恭親王接到耆齡的第二篇折子後，當即對著幾位大軍機說道：“耆九峰這件事做的卻是有些過了。左宗棠只是革職留任，以後怎麼樣還不知道，他怎麼就開始舉薦起浙撫的人選了呢？左宗棠到浙江後征剿還算得力，儘管他對援閩一事延誤不辦，也有他自家難處。他無非是想把浙省的事全部辦妥帖後，再全力去辦閩事。耆齡參他勦賊不能殲除也是有的，但把閩省的局面變壞全推在他一人的身上，也是錯的，他耆齡自己也有錯處。本王以為，耆齡舉薦曾國荃出任浙撫的這個折子，還不能往上遞，先壓一壓，看看事情的進展再定。”
幾位大軍機互相看了看，誰也沒有言語，但每人心裡卻明鏡似的：耆齡的折子，軍機處想壓，怕是壓不住的。
軍機大臣此時是文祥、寶鋆、李棠階、曹毓瑛，連同領班大臣恭親王，共是五位。在五位軍機大臣中，寶鋆、文祥是滿員，二人唯恭親王是聽；李棠階、曹毓瑛是漢員，這也沒的話說。但軍機章京就有十幾位，其中就有醇親王奕譞和慈禧太后安插的眼線，還有一些人和各地督撫走得較近。軍機大臣李棠階一直就和兩江總督曾國藩來往密切，軍機章京潘祖蔭不僅和曾國藩有來往，他與湘系的所有人都有來往。每逢有外地奏摺進京，到的第一站便是軍機處，而軍機處負責拆閱折子的並非軍機大臣們，而是一些辦事的章京，最後才能到恭親王的手上。無關緊要的折子，恭親王一般並不往宮裡遞，而是在早朝或者什麼時間，對著太后隨口說上一句也就是了，沒有人計較這些。但每逢有重大的折子進京，恭親王想壓卻壓不住。慈禧太后不是在早朝，就是別的什麼空閒時間裡，向恭親王或其他的軍機大臣問起這事，往往又都是陰著臉子，口裡講出的話也特別刺耳：“折子不遞進來，想怎麼著啊？皇上小，不懂事，總不濟我們也不懂事吧？”恭親王往往都很被動。這次也不例外。
慈禧太后先不發作，她先去見東太后慈安。慈安是滿洲鑲黃旗人，鈕祜祿氏，廣西右江道穆揚阿之女。咸豐未即帝位時即娶其為妻，登基後，晉孝慈皇貴妃，咸豐二年（公元1852年）立為皇后。同治帝即位，尊為皇太后，徽號慈安，與西太后慈禧共同垂簾聽政。慈安懦弱，不懂國事，名義上是共同聽政，其實權盡操於慈禧之手。
慈禧太后見了慈安太后，依禮先給慈安請了個安，口稱“姐姐”，然後才說道：“姐姐，我看這個小六子，是越來越不把我們姐妹當成個人了，他這是想幹什麼？”
慈安說道：“小六子就是那個脾氣，現在又是議政王。隨他怎麼折騰，只要不亂了綱紀就行，我們哪，樂得清閒。”
慈禧卻說道：“有些話呀，姐姐不說，我可不能不說。我不能任著他們瞎折騰。老祖宗這份基業呀，來得不容易，別人不心疼，我可不能不管！”
慈禧氣哼哼地走了。慈安討了個沒趣，倒也沒太往心裡去，畢竟自己於國事上不如慈禧懂得多。
慈禧太后回宮後也並沒有馬上發作，她在等待機會。耆齡參左宗棠這件事，她不信督撫會一點反應都沒有。
果然不久，協辦大學士兩江總督曾國藩的折子到了。對於曾國藩的折子，軍機處是從不敢壓的，幾乎是隨到隨遞，半點不敢耽擱。慈禧太后笑一笑，慢慢打開折子讀起來。
曾國藩得知左宗棠遭耆齡參劾被革職留任後，用了不到十天的時間，便理清了耆齡上奏的起因和幕後黑手。
曾國藩不由動起真怒，當著一班幕僚的面罵起來：“若非季高督軍入浙，浙江能有今天的局面嗎？耆齡瞎參亂彈，朝廷如何就偏聽偏信呢？就算有心想懲處季高一下，也應該問問老夫的主意啊！也真難為了季高，咸豐九年就因樊夑事被人誣參過一次，如今已過了四年，還是有人不想放過他！”
曾國藩的這後一句話，顯然是在說官文了。但曾國藩畢竟是曾國藩，他做事有他自己的尺度。
官文時任文華殿大學士領湖廣總督，是真正的滿漢各官之首。當時的曾國藩雖手握重兵，但僅以協辦大學士領兩江總督。憑當時曾國藩的名望與地位，還無法與官文硬抗。但曾國藩仍要想個策略為左宗棠分解一下壓力，起碼不能讓官文的陰謀得逞。
曾國藩與幕僚們計議了兩天，兩天后，他給朝廷上了這樣一篇折子。折子名義上是向朝廷陳述近日軍情，其實是另有新意。
折子開篇先大論江蘇、浙江、安徽、江西等省的“賊勢”，卻隻字未提閩事如何；然後又大講慈溪大捷對扭轉戰局所起的作用：“浙軍經慈溪大捷，連克富陽、紹興等城，杭州即有所圖。”但寫著寫著，老謀深算的曾國藩卻話鋒一轉，感嘆起來：“臣於咸豐二年（公元1852年）在湖南募勇至今已十有餘年。臣每與賊匪交戰，無不是能殲除則全部殲除，能驅散則力圖驅散，決不姑息。但每每驅散時多，殲除時少，蓋因敵眾我寡之故也。自古兵家，莫不如此，情理相通也。”
對太平軍能殲除就殲除，能驅散就驅散；偏偏驅散的時候多，殲除的時候少。什麼原因呢？因為敵眾我寡啊！曾國藩最後發的這通議論，看似與全篇無關，其實這才是曾國藩所要向朝廷表達的真正意圖。
慈禧太后把曾國藩上的折子讀過兩遍之後，終於讀出了朝廷將左宗棠革職留任後，曾國藩對此事的不滿，這才又重新讓人找出耆齡上的那道參折，重新看起來。
慈禧太后當日把恭親王、侍衛大臣管神機營的醇親王及幾位大軍機，傳進宮來議事。
慈安太后照例被慈禧太后請到身邊坐下，年僅八歲的同治皇帝照例坐在兩宮的前頭。施禮請安畢，各王公大臣們依例退後一步。
慈禧太后在簾中徐徐說道：“你們幾位主事的都來了。有些話呀，我們早就想說，可有人不給機會，不讓我們說話，想一手遮天！我呀，有些話還是要說。為什麼呢？就為了這份祖宗的基業！”
慈禧太后的語氣大異於以往，不僅幾位軍機大臣聽得發呆，連恭親王也有些吃不住勁，只有奕譞不動聲色地洗耳恭聽。
慈禧太后接著說道：“耆齡糊里糊塗上了個折子，說了左宗棠許多的不是，我們哪，也聽了你們的話，認為左宗棠的確有負朝廷對他的厚望。按說呢，將左宗棠革職留任對他懲戒一下也好，可耆齡隨後又上了個折子，你們為什麼壓下不遞呢？恭親王啊，你說說看，耆齡保舉曾國荃出任浙江巡撫，有什麼不對呀？”
恭親王跨前一步答道：“禀太后，臣和幾位軍機大臣以為，曾國荃目前正在圍困江寧，耆齡之保舉有諸多不妥之處。”
慈禧太后厲聲道：“恭親王啊，你說明白些。是你自以為耆齡的保舉有不妥之處呢，還是其他大臣也這樣認為？”
文祥見恭親王囁嚅不能答，於是急忙跨前一步道：“禀太后，耆齡的折子沒有遞上來，的確是王爺同我們幾位商量來著。奴才當時也以為，耆齡要說的也不是什麼大事，就算不遞，太后和皇上也能體諒。請太后明察。”
醇親王這時跨前一步禀道：“禀太后，奴才也想說句話。奴才大膽以為，祖宗設立軍機處，怕的就是各部院對下面的奏禀隱匿不報，貽誤軍機。把大臣的折子壓下不遞，軍機處實有不妥之處。”
文祥等四位大軍機一見醇親王講出這話，知道事情已經嚴重，於是互相看了看，一起跪下道：“臣等失察，請太后、皇上降罪！”
恭親王一見如此，也只得說道：“禀太后，這件事全是臣一人之錯。太后和皇上要責罰，就請責罰臣一人吧。”
慈禧太后緩緩說道：“我們也並不是非要問是誰的錯，這件事你們幾個做得也實在太荒唐了。耆齡這是沒什麼事，真要有什麼事，你們把折子壓下不遞，一旦出了事故，該算誰的？你們幾個也都起來吧。軍機處裡的事情，我心裡有數。恭親王啊，曾國藩的折子，想必你和他們都看了吧？”
恭親王答道：“禀太后，臣看了。曾國藩講的也是實情，他那裡也的確有些兵單。”
慈禧太后道：“恭親王啊，你最近怎麼總犯糊塗啊？曾國藩究竟是在訴苦，還是在替左宗棠鳴不平，你難道看不出來嗎？”
恭親王忙道：“太后聖明！經太后一提醒，臣忽然也有所悟。不過臣以為，左宗棠入浙系他所薦，兩個人又是同鄉，他為左宗棠說幾句話，也在情理之中。請太后明察。”
慈禧太后在簾內點點頭道：“你這話說得還算明白。我這幾天哪，反复想了想。左宗棠入浙後固然有督剿不利之處，但耆齡把福建的局面變壞，全推到左宗棠的身上，也有錯處。在福建的畢竟是耆齡而不是左宗棠，往左宗棠身上推是過於牽強了些，朝廷不問青紅皂白就將左宗棠革職，的確有些不妥。”
恭親王忙答道：“太后說的是，臣和一些大臣們也以為，朝廷全聽耆齡一面之詞，似有失公允。”
慈禧太后想了想，道：“依我看，耆齡這個閩浙總督，是不能再做下去了，可究竟放誰合適，我還沒有想好。你們幾個是怎麼想的呀？”
文祥這時答道：“禀太后，奴才以為，閩事愈來愈棘手，此時將耆齡撤任似有不妥之處。耆齡已在福建征剿多年，比較熟悉那裡的情形，若突然將他撤任，勢必對閩浙剿匪大局有諸多牽動。請太后明察。”
慈禧太后道：“文祥啊，耆齡這幾年是立了大功的，這誰都清楚。但他糊里糊塗地參了左宗棠一本，若不將他撤任，你讓左宗棠怎麼辦哪？督撫掣肘，歷來都是我朝大忌，你應該知道這一點。醇親王啊，你以為呢？你也說說看！”
醇親王跨前一步道：“禀太后，太后聖明。奴才以為，督撫掣肘，歷來都是祖宗家法所不容的。耆齡不管功勞多大，都該將他撤任逮進京師問罪。”
恭親王大聲道：“醇親王你在說什麼呀？耆齡有多大的錯處啊？他不過參了左宗棠一本，就算參得糊塗些，也不致逮進京師問罪呀！”
醇親王被恭親王問得一聲不吭，他其實還沒有真正領會太后的意圖，不過是隨便說說。醇親王對治國用人原本就不太在行，他的最大長處就是吃喝玩樂外加逢迎太后，除此之外，全不放在心上。
慈禧太后這時說道：“恭親王啊，你也不用急成那樣，醇親王也不過是隨便說說，何況我也沒說將耆齡撤任，就非得逮進京師問罪呀。”
醇親王忙搶著說了一句：“太后聖明！”
恭親王白了醇親王一眼，道：“禀太后，臣以為，此時不將耆齡撤任也可，不妨將江西巡撫沈葆楨和左宗棠對調一下。這樣一來，就避免了督撫相互掣肘。”
李棠階這時鼓起勇氣跨前一步道：“禀太后，臣以為恭親王此議似有不妥。太后試想，浙江現在全系曾國藩與左宗棠舊部，沈葆楨到浙江後，調動這些軍隊勢必不能得心應手。何況，左宗棠離浙後，劉松山與劉培元二軍必被曾國藩調回江寧助剿，左宗棠原募之楚軍則必將隨左宗棠進入江西。沈葆楨原本兵單，他到浙江後，讓他拿什麼來應對局面呢？請太后明察。”
慈禧太后沉吟了許久，才道：“李棠階呀，你適才所言是這個理兒。恭親王啊，看樣子，沈葆楨與左宗棠還不能對調。你有沒有更好的辦法呀？”
恭親王猶豫著答道：“禀太后，臣適才想了想，李棠階所言極是，將左宗棠與沈葆楨二人對調，的確不甚妥當。臣於是忽然有了一個大膽的想法，但總覺有不夠成熟之處，故不敢對太后明言。”
慈禧太后說道：“恭親王啊，你是軍機處領班大臣，又是議政王，有什麼想法，就直說。若不妥，咱們再議，有什麼打緊呢？你說吧。”
恭親王答道：“禀太后，耆齡撤任總督以後呢，不妨讓他先署理福州將軍的缺兒，仍讓他辦理閩省的防務。對左宗棠呢，朝廷不妨就大膽使用他一次，補授他為閩浙總督，兩省的軍務全由他辦理。但左宗棠是不是做總督的料兒呢？臣還沒有思慮好，請太后明察。”
文祥跨前一步，說道：“禀太后，奴才以為，憑左宗棠之才，實不堪擔當總督大任，王爺所議似有不妥。請太后明察。”
慈禧太后道：“李棠階呀，你也說說看。”
李棠階沉吟了一下答道：“禀太后，臣與左宗棠素未謀面，不知其才是否能擔起總督大任。但臣以為，左宗棠自入浙後，兵事、政事均有起色。以此證明，朝廷放左宗棠到浙江是英明之舉。請太后明察。”
慈禧太后徐徐說道：“我以為呀，如今國運維艱，這用人上啊，該大膽時就大膽些。我記得放曾國藩做兩江總督並節制四省的時候啊，許多人都不同意，以為朝廷給曾國藩的權柄太重了，怕他擔不起來，反誤了國家大事。事實怎麼樣呢？曾國藩幾年下來，不僅扭轉了東南全局，而且做得非常出色。所以呀，曾國藩舉薦左宗棠援浙，折子一到，朝廷馬上便答應了下來。這叫什麼呢？這就叫用人不疑，疑人不用！醇親王啊，你以為朝廷該不該大膽使用左宗棠呢？”
醇親王摸清了太后的真實意圖，於是馬上響亮地回答：“禀太后，太后聖明！奴才以為，朝廷設若能大膽使用左宗棠，閩浙的局面一定會有大的起色！”
慈禧太后高興地說道：“這醇親王啊，就是懂我們和皇上的心。恭親王啊，就按你說的辦吧，讓耆齡暫署福州將軍。實授左宗棠閩浙總督，讓他盡快對閩省防務做出佈置。”
恭親王高興地答道：“太后所言極是，臣下去後就著軍機處擬旨。臣還有一事要禀告太后，左宗棠升授閩浙總督之後，放誰去接任浙江巡撫呢？”
慈禧太后想了想答道：“先緩和一下耆齡和曾國藩之間的關係吧。實授曾國荃浙江巡撫。曾國荃現在江寧督戰，自不能到任，就讓左宗棠兼署吧。”
恭親王率一班王公大臣退下去後，不久便在私下里對文祥發牢騷道：“西邊的心事越來越難猜了。將左宗棠革職的是她，決定大膽使用左宗棠的也是她。她究竟想怎麼樣呢？”