延安成了中共中央所在地和陝甘寧邊區的首府，共國兩黨實現合作抗日建國，蔣介石的國民政府承認陝甘寧邊區作為國民政府管轄的一個特區。但是蔣介石並沒有放棄吃掉共產黨，取消邊區，消滅革命力量的野心。陝甘寧邊區四周國民黨軍駐紮得滿滿的，對邊區形成包圍態勢。蔣介石將較同情共產黨的東北軍、西北軍調離陝西，把他的嫡系胡宗南調來陝西布防邊區南面，西邊有馬鴻逵，北面有二十二軍和傅作義的軍隊，共約30萬兵力，東面日軍陳兵黃河東岸，虎視眈眈。中國共產黨也清楚地認識到實現國共合作，鞏固和發展統一戰線，保衛中共中央和抗日民主策源地——陝甘寧邊區的安全，並“造成抗日和民主的模範區”，沒有強大的武裝力量，沒有槍桿子是不可設想的。正如毛澤東說：“槍桿子裡面出政權”。 “軍人是國家政權的主要成分，誰想奪取國家政權，並想保持它，誰就應該有強大的軍隊。”高崗在邊區工作中把毛澤東的這一英明論斷落到實處。
1937年7月17日開始，國民黨以蔣介石、張沖、邵力子為代表；中國共產黨以周恩來、博古、林伯渠為代表，經過多次談判均無結果。在上海吃緊的情況下，蔣介石被迫同意中共的條件，最後在廬山達成協議，將工農紅軍改為國民革命軍第八路軍，隸屬國民黨軍委會。中共中央軍委於8月25日發布命令，紅軍改編為八路軍(後稱十八集團軍)，下轄三個師，即一一五師、一二0師(以陝北紅軍和一方面軍部分改編的)、一二九師，共4萬多人(一說3萬多)，實際大於這個數字。紅軍改為國民革命軍八路軍時，一些人對更換著裝、領章、帽徵等接受不了。高崗親自給一些幹部戰士做工作。他說：“我們共產黨和紅軍，要解放全中國是實質，是紅軍的目的，改個名堂，換個帽子，變不了我們的心是紅的。為了打日本，救中國，改個番號，換個著裝，有利於抗戰，沒有改變性質，別在感情上通不過去……”
紅軍主力改編時，將一部分地方武裝改編為八路軍和充實了主力，其中有些作為八路軍留守處部隊，一部分改編為保安部隊。但是，八路軍主力改編後，開往抗日前線作戰，邊區的留守處部隊(一二九師的七七0團，一二0師的七一八團)和保安部隊，數量少，裝備差，素質低，而任務卻很繁重，遠不能承擔後方保衛的任務。當時，國民黨政府不給留守部隊番號，也不委任領導，企圖取消邊區的武裝力量。
1937年5月，陝甘寧特區成立，中央軍委決定成立保安司令部，任命高崗為司令員。 9月6日，陝甘寧邊區政府成立，保安司令部正式對外宣布。高崗仍任保安司令部司令員、政治委員兼公安處長，譚希林為參謀長，呂振球為政治部主任，統領地方武裝和保安部隊。
從此，高崗擔任著用槍桿子保衛黨中央、保衛邊區、保衛革命勝利果實和人民既得利益，保衛抗戰大後方建設的重任。他根據毛澤東“重新編制保安部隊，肅清漢奸和搗亂分子，造成抗日和民主的模範區”的指示和洛川會議決定“擴大紅軍”的精神，集中全力抓緊整頓和擴建保安部隊，加緊培養訓練，提高戰鬥力，以適應大部隊開上前線後，加強鞏固抗日根據地需要，著手發動群眾，動員參軍，擴大八路軍留守處部隊和保安部隊，改造赤衛軍組織。其間，收留一部國民黨軍一些散兵游勇和小股起義隊伍，擴充紅軍。如高崗派慕生忠到綏德收編國民黨吳堡一支暴動隊伍，時自稱“黑軍”(內有各聯保武裝)遂改編為抗日游擊隊並委任領導。
他按照地方部隊、游擊隊和警衛部隊的戰鬥力和政治素質等情況，分別改編為保安基干大隊、縣保安大隊和警衛隊。首先組建起關中、慶環、三邊、神府和延屬等保安司令部(後稱警備司令部)和10個基幹保安大隊，23個縣均建立保安大隊和若干警衛隊以及加強騎兵團、教導營等部隊，還整組起3萬多人的一支基幹自衛軍。
保安部隊肩負著肅清邊區內土匪、漢奸，保衛黨中央，保衛邊區，保衛人民生命財產安全，並隨時準備同日軍作戰的任務。他們除了獨立作戰以外，還承擔配合八路軍作戰，為八路軍留守部隊輸送幹部和戰士的任務。
1937年冬，為適應剿匪和抗戰的需要，黨中央將邊區地方部隊統一整編為8個警備團和騎兵團，以利指揮和擴大隊伍。之後在綏德、佳縣、吳堡、清澗等地設警備司令部。八路軍留守處改為留守兵團司令部(對外仍稱留守處)。留守部隊擴編2500人，高崗從自衛軍動員一些人參軍外，大部分是保安部隊輸送的。同時，保安司令部決定：擴充保安隊4000人，從11月開始到12月中旬完成任務。邊區第二次黨代會上又作出擴大3500名軍隊的決議。到1940年保安部隊和留守部隊達3萬多人。這支部隊參加戰鬥都與保衛家鄉相聯繫，多數打仗在本地區，人情地形熟悉，便於發揮優勢，戰鬥力較強。所以，保安部隊是地方政權的直接依靠力量，為鞏固政權，保衛抗日民主根據地模範區建設，維護社會秩序發揮了支柱的作用。
1938年1月28日，高崗向中央書記處報告了保安部門和部隊整頓的情況。毛澤東聽後指示：保安部隊應受保安司令部統一指揮。在組建保安部隊的同時，加強自衛軍的建設，高崗親自主持起草，經邊區黨委作出《關於改造赤衛軍的決定》，指出將原來赤衛軍改編為抗日自衛軍。他還制定《陝甘寧邊區抗日自衛軍組織條例》，由邊區政府和保安司令部聯合發布命令，頒發了《條例》。條例明確規定，“抗日自衛軍系邊區內半軍事性質的群眾性抗日武裝組織，同時是抗日的後備軍。”配合保安部隊或單獨負責消滅漢奸、土匪，搜索零星土匪，捕捉偵探，擔任警戒，設置盤查哨，偵察敵人，遞送情報，進行抗戰訓練，戰時擔負有關軍事工作。
自衛軍組建以延安縣為典型，5月間，舉行了自衛軍檢閱，3000多名自衛軍參加，高崗在檢閱會上作了報告，宣布了《條例》和《決定》。
自衛軍以班排連營建制，以營為最高單位。每個自衛軍隊員都自備一件武器。保安司令部給發一部分槍支等武器，到1938年底，參加自衛軍的人數達22萬之眾。其中組建了3萬人的模範自衛軍和4萬基幹自衛軍。全邊區的村、鄉、縣都建立起自己的自衛軍組織，並給前方部隊和留守處部隊輸送了7000多名戰士。之後，又組織起少先隊28萬人。參加自衛軍和少先隊的人數佔全區總人口的四分之一，真正做到了全民皆兵，召之即來，來之能戰。到抗戰後的45年全區有3萬人參軍作戰。
在大部隊開赴前線的情況下，這支強大的地方人民武裝力量，既是保衛邊區安寧的主要支柱，又是我黨獨立自主、統一戰線和鞏固政權的基礎，也是抗日武裝力量的一個重要組成部分。
為了提高保安部隊和自衛軍的戰鬥力和政治素質，保安司令部加緊進行練兵習武，提出“任務重於生命，服從組織第一”的口號。採取官教兵、兵教官，互教互學的群眾路線訓練方法，經常整頓組織、政治教育和軍事訓練，不斷提高軍事素質和政治覺悟，加強了紀律性。在自衛軍中重點培養了基幹自衛軍隊，使之平時維持地方秩序，參加生產，戰時配合部隊打仗，有時完全脫產，隨部隊戰鬥，既是戰鬥隊又是生產隊。保安部隊和這樣一支強有力的地方“土八路”，經過整組訓練，組織性、紀律性和戰鬥力不斷提高，從抗戰開始，到抗戰勝利的艱苦歲月裡，這支部隊在配合主力部隊，打擊日寇，保衛邊防，保衛河防，反擊摩擦，保衛政權和剿匪肅特、維護地方治安等方面發揮了重大作用。保衛了大後方，支援了大前方。正如陳雲說的“現在的陝甘寧邊區，如果沒有留守兵團和保安部隊，我們也就不能在這裡存在，早就被人家趕跑了。”他還說：邊區的群眾是有革命傳統的，對黨中央是全心全意擁護和支持的，有很高的政治覺悟和抗日熱情。但是，“我們要注意群眾的切身問題，幫助他們解決困難，這是發動群眾的關鍵。”“群眾切身利益解決不好，擴大軍隊就困難，甚至會影響軍隊的鞏固。”
為了發展和鞏固武裝，在邊區黨代會和參議會上，高崗主持起草並拿到會上討論通過了：關於根絕土匪、漢奸、擴大地方武裝案、擁護八路軍的決議，優待抗日軍屬案等法規文件，為發展和壯大武裝部隊提供了法規依據。
1942年5月中央軍委決定在延安成立陝甘寧晉綏聯防司令部，統一陝甘寧綏和晉西北兩個區域的軍隊指揮。賀龍任司令員，高崗任副政委，代理政委(政委關向應養病)，徐向前任副司令兼參謀長，林楓任副政委。一二0師、留守兵團、晉西北新軍、三五九旅、邊區保安部、砲兵團等統歸聯司領導和指揮。保安部隊編人正規部隊，在邊區的總兵力近4萬人。 6月又成立陝甘寧和晉西北兩地區財政經濟委員會，高崗任財委委員，主任林伯渠。中央規定聯防司令部和財經委員會的職能：一、統一晉西北與陝甘寧綏兩個區域的軍事指揮和建設；二、統一兩個區域的財政經濟建設；三、統一兩個區域的黨政軍民關係。
9月，陝甘寧邊區軍內著手精兵簡政，統一軍事指揮，中央軍委決定八路軍留守兵團和聯防司令部合併，(對外只稱留守兵團司令部)，由西北局統一領導。肖勁光任司令員，高崗任政治委員，張經武任副司令，方強任副政委，曹裡懷任參謀長，莫文驊任政治部主任。毛澤東對留守兵團評價說：留守兵團在邊區即抗日根據地發揮了重要作用。我們中央這些人“要靠留守兵團吃飯吶！”“鳥有窠，毛毛有搖籃，革命要有根據地。”他還對莫文驊說：“部隊在邊區，就要和高崗搞好關係。”
為了積蓄抗日反攻力量，留守兵團司令部管轄部隊不斷增加，1943年，中央軍委調回邊區有三五八旅、獨立一旅、新四旅和抗大總校、七分校，部隊人員新增加3.5萬多人。 10月，西北局、聯防司令部召開高級將領和軍事幹部聯席會議，毛澤東、朱德、高崗、林彪先後在會上作了報告。
1944年6月，又從前方調來教導一旅和教導二旅，統歸聯防司令部統一指揮。至1945年聯防軍發展到76000多人，成為邊區強有力的部隊。
陝甘寧晉綏地區部隊實行統一指揮後，聯防司令部抓緊部隊的軍事訓練、政治教育，培養軍事骨幹，積極為反攻準備，迎接最後勝利。抗戰勝利後，大批部隊調往他地，接收新區。
八年抗戰期間，八路軍留守處和保安司令部在邊區黨委(後為中央局)的領導下，認真貫徹了毛澤東的建軍路線，堅持用馬列主義、毛澤東思想武裝部隊，以學習“朱德射擊手”、“賀龍投彈手”、“高崗刺殺手”為主要內容，對部隊進行實戰訓練，指導部隊軍事建設。 1944年9月中旬，延安召開留守兵團學習模範和戰鬥英雄代表會議，高崗在西北局招待英模代表的會議上發表講話。 26日，高崗陪同毛澤東、賀龍、陳毅、林彪、聶榮臻等及美國軍事觀察組鮑瑞德等，在延安東關大操場觀看留守部隊模范代表投彈、刺殺、射擊等七項軍事技術表演，受到毛澤東和各位將領及美國觀察組人員的讚揚。邊區和其他根據地比較，戰爭相對少些。但是練兵習武，軍事訓練相對多些。高崗經常親自到練兵場傳授和指導投彈、刺殺、射擊等技術。
邊區軍事走的一條由自衛軍、民兵——地方部隊——主力部隊的逐步升級的道路，使部隊不斷壯大，戰鬥力不斷提高，為保衛邊區、保衛西北做出貢獻。
高崗在陝甘寧邊區武裝建設上，從1927年大革命失敗以來，殫精竭慮，付出了極大心血，是個“槍迷”，“兵販子”馳名中國。在經費上給予保障，抗戰時期軍費佔邊區經費將近一半。
陝甘寧邊區這塊熱土，不僅是培養幹部的搖籃，也是人民軍隊走向全國，走向勝利的策源地。從1937年八路軍由陝甘根據地出發，到1945年日本投降，我軍開闢了華北、華東、華南敵後戰場，包括陝甘寧母根據地在內，創造了20個抗日根據地，遍及全國19個省區，到處都有陝甘寧邊區出去的黨政軍和經濟領導、骨幹，軍隊發展到120萬。閻錫山驚呼道：“我們抗光了，八路軍抗大了！”
1937年冬，日軍侵占大同，在忻口戰役中，閻錫山的軍隊一觸即潰，11月太原失守，接著臨汾等地淪陷，並形成向綏遠、寧夏進攻態勢。閻錫山慌忙逃到陝西宜川秋林躲避。高崗根據毛澤東指示，立即進行直接抗戰準備動員。
1938年，日本軍佔領晉西北後，在飛機、大砲掩護下，企圖渡河西犯。駐綏遠日軍伺機向伊盟進犯。河防吃緊，邊區危險，為了保衛千里河防，保衛兩千里邊防，保衛抗日根據地，中央軍委命令，邊區保安司令部和留守兵團司令部合署，保安部隊歸留守兵團司令部統一指揮。合署後，執行超越地方性的作戰計劃，和留守部隊一樣參加對日作戰，保衛邊防、保衛河防，並為開赴前線的主力輸送兵員和擔負“培養和積蓄軍事幹部”的任務。
為保衛後方的安全，保安部隊在留守部隊和抗日自衛軍的配合下，以強大攻勢進行剿滅土匪戰鬥。先後消滅邊區境內土匪四十多股(內徹底消滅36股，擊潰10多股)，4000多人，其中斃傷300多人，繳獲步、馬槍1700多支，機槍10多挺，炮2門，子彈7萬多發，還有戰馬及其他物資，武裝了保安部隊，邊區境內匪患肅清。
1937年秋，三邊地區土匪借日軍在綏蒙進犯之機迭起。慣匪張廷芝和范玉山、薛子茂等匪徒，所到之處，搶劫財物，強姦婦女，給人民群眾帶來沉重災難。張廷芝屬國民黨陸軍八十四師高桂滋部下，不思抗日，复叛為匪，在青陽岔襲擊紅軍一個營和騎兵團，然後流竄到三邊搗亂。黨中央和毛主席命邊區保安司令高崗兼任剿匪司令，並命騎兵團從洛川開往三邊剿匪。團長兼政委孔令甫帶騎兵團經過幾天急行軍到達張家畔見到高崗，遂率部向定邊、鹽池進發，在官灘一帶消滅了一股匪徒，殘部逃人馬鴻逵統治區的白土崗等地。之後，張廷芝匪部被我包圍在西八蜡梁，土匪驚恐萬狀，把所帶東西全部丟掉，拼命輕裝突圍，被我打死打傷一部分，未徹底消滅。部隊跟踪追擊到定邊的勞灣村住宿，高崗對指戰員講，今天打的不解恨，大家不要氣餒。要鼓足勇氣，要有信心，一定能夠消滅這股土匪，活捉土匪頭子。第二天，高崗率部追擊到定邊堆子梁，白泥井，後在安邊北面的倉房梁寨子把敵人包圍住，圍困了兩天一夜，敵人挖洞乘夜逃跑時，受到我軍沉重打擊並追至靖邊檸條梁，又將敵包圍，騎兵團和警備團東西對進，四面合圍，先後殲滅400多人，繳槍500餘支，戰馬100多匹，這次對張廷芝匪部的重大打擊，使其潰不成軍，殘部龜縮進安邊城裡，再不敢輕舉妄動了。是年9月，高崗率部在志丹縣對該縣境的股匪王子義、李天才、金林等進行圍殲，斃傷俘敵200多人，其餘潰散殘匪逃離邊區。
10月底至11月初，高崗率部從安邊地區對綏遠的范玉山、薛子茂等流竄到三邊的土匪接火追殲，一直追到橫山縣的冷窯則，活捉薛子茂夫婦，斃傷俘匪徒百餘人，繳獲彈藥、槍支、戰馬，殘部逃往榆林等地。
三邊剿匪任務完成後，部隊到定邊休整，鹽池、定邊兩縣政府和各人民團體敲鑼打鼓、抬著豬羊和衣物等慰勞部隊，高崗司令代表全體指戰員表示感謝並講話。
高崗指揮剿滅土匪時，在三邊、伊盟等地組建起自衛軍近萬人，基幹自衛軍近2000人，定邊、靖邊、鹽池等縣都建立了保安隊，隊員達280人，維護這一帶地方治安。 1938年春，高崗命保安隊對黃龍地區、安定地區的股匪進行剿滅，取得勝利。
經過兩年來反复剿滅，邊區土匪絕跡。林伯渠在邊區第一屆參議會報告中說，現在我們可以說，邊區內部的土匪已告肅清了。這不能不說是“一個偉大的勝利”。
在三邊地區剿匪鬥爭取得勝利時，中央針對太原被日軍侵占後，綏遠更加緊急，內蒙地區人民動搖不定，有的地方在漢奸日特的活動下，蒙姦德王和日特策劃成立“內蒙自治”傀儡政府，一些人已經傾日等情況，為穩定內蒙，鎮定人心，發動“抗日保蒙”運動，1937年11月16日毛澤東致電高崗：
高崗接到毛澤東主席的電報，積極籌備北出蒙地，開展游擊戰爭，聯絡上層，團結下層，打擊敵人，“鎮定人心”。但因情況不明和人畜的糧草和冬衣一時無法解決而未成行。
1938年1月中旬，中央決定成立陝甘寧邊區聯防軍司令部，高崗任司令，他先後兩次到榆林，和二十二軍協商聯防問題。 20日，中央書記處給賀龍、關向應並朱德、彭德懷、任弼時關於蒙古混成旅和聯防問題工作意見中指出：“內蒙工作及榆林一帶友軍聯絡工作，均由高崗同志到榆林負責主持。”高崗根據中央指示，到榆林磋商軍事和設辦事處等問題。這年春節高崗在榆林過的，他和高雙成、鄧寶珊就共同抗日，紅白兩軍互不打仗和延安在榆林設辦事處等問題談判，達成共識和協議。高崗返回延安匯報後，中央決定將少數民族工作委員會(高崗離開定邊後，少工委歸三邊特委領導)改為駐榆林辦事處，由白堅、高增培、曹動之帶領機關人員到榆林，高雙成通知上峰不同意在榆林設共產黨辦事機構。白堅留下繼續交涉，高、曹帶工作人員(20多人)返回靖邊縣。
是年5月，高崗二次到榆林同鄧寶珊、高雙成商談統戰和加強邊防工作，因高崗曾在延安高雙成部任過司書，有很多熟人，高崗到榆林後，受到鄧、高的熱烈歡迎，並同高雙成等研究防禦日軍入侵陝北的問題。在這次訪問中，高雙成召集國民黨駐榆林城內幾千官兵於大操場，邀請高崗講話。高雙成握著高崗的手，並肩走進會場，對官兵說：“這就是同我們打過幾年仗，現在和我們是朋友的高崗先生，歡迎給我們講話。”高崗向全體官兵發表國共團結抗戰，槍口對外的講話。他首先分析了全國反法西斯戰爭形勢和日軍侵占東北、華北後大步西犯的危險態勢。他強調：中國人民要緊密團結起來抗擊日軍，齊心協力，眾志成城，一致禦敵，把倭寇趕出中國。他講了抗戰的有利條件，中國人不可侮，最後勝利屬於我們。日本帝國主義，亡我之心最終要失敗的。他指出，當前我們藉黃河屏障禦敵西犯，我們團結一致，堅決抵抗，不讓日倭踐踏陝北一寸土地。他的講話激發了官兵仇恨日本侵略者，堅持抗戰到底的信心，為捍衛河防和保衛伊盟邊防打下堅實基礎。一直到抗戰勝利為止，邊區和榆林保持團結一致，配合作戰，共同抗日。鄧寶珊三赴延安，受到黨中央、邊區領導毛澤東、高崗等熱烈歡迎，設宴招待。
高崗親自陪同鄧參觀抗大、陝北公學、工農業展覽，邀請出席勞模大會。高崗同鄧多次會談，商討民主建國和抗戰防務，取得共識，使鄧每次懷著讚歎與欣慰之情離開延安。
1943年夏，國民黨借第三國際解散之機發動第三次反共高潮，遂召陝蒙總司令鄧寶珊去重慶，面授反共事宜，並指定他繞道寧夏、蘭州到重慶。鄧對指定路線極為反感，他說：“我偏要走延安這條路。”他決定取道延安後，高崗指示沿途地、縣熱烈歡迎。鄧到邊區境米脂縣城，綏德地委派楊虎城之子楊拯民前去迎接入境。鄧寶珊到綏德，地委書記習仲勳主持歡迎會，吳、清警備司令徐向前致歡迎詞。 6月中旬，鄧到延安，邊區組織千餘名戰士到郊外列隊歡迎。當天，毛主席在楊家嶺中央禮堂設宴為鄧洗塵，高崗等作陪。中央和邊區先後派周小舟、肖勁光、袁任遠、楊明軒、曹力如、黃羅斌等到榆林多次協商邊防抗戰問題。當時在國民黨軍營房裡，掛著蔣介石的畫象。據胡景通回憶說：隨周小舟的通訊員年齡不過14、5歲，高雙成的副官指著蔣介石的像問：“你看蔣委員長好，還是毛主席好？”紅小鬼說：“都是我們的抗戰領袖。”副官又問“你們在延安生活很苦吧？”紅小鬼說“我們精神很愉快。”在國共合作的抗戰時期這個娃娃語言得體，雙方無損。這充分說明在延安這座革命熔爐裡鍛煉出來的人，抗日統一戰線深入人心，高尚的革命情操，使那位副官很欽佩。他對別人說：“這個小鬼回答問題，我們成年人也答不出來，共產黨的教育真了不起。”
日本侵占了山西以後，向晉西北晉東南挺進，在黃河東岸擺了4個師團，企圖西渡，突破西北大門，佔領西北。邊區軍民在剿匪除奸，打擊頑軍進攻的同時，在陝甘寧邊區所轄區域從宜川到神府一線近千里的河防地區各個主要渡口駐守幾個團兵力，並成立神府和兩延(延長、延川)河防司令部，嚴陣以待，抗擊日軍西犯。日本侵略軍曾在河防陣地發動了幾十次進攻，其中大的有20多次，每次出動兵力兩千至一萬之眾。沿河軍民響應高崗在1938年延安召開的留守兵團、保安部隊領導聯席會議上提出“不讓日本鬼子侵占邊區一寸土地”的號召，奮起反抗，擊退了日軍的進攻。 1938年3月、5月，39年1月、6月、10月、11月，40年3月，我先後7次渡河同晉南日軍作戰，消滅大量日軍，先後組織兩萬多人參加擔架、修工事及近2萬頭牲畜運送糧草、物資，支援部隊，粉碎了日軍西犯的計劃。
1939年6月，日軍以一個師團的兵力向晉西北進犯，佔領柳林、軍渡等河東沿岸，虎視眈眈，並以大砲、飛機轟炸河西的宋家川等地區，沿河日夜偵察渡口，妄圖渡河進攻邊區，佔領西安乃至西北。高崗命令地方武裝部隊和自衛軍積極配合留守部隊準備對日作戰，組織大批人員和牲畜，渡河支援山西前線抗戰。為緩減河西岸被突破的危險，還組織部隊過河配合主力襲擊柳林日軍，勝利而歸。
7月7日，延安軍民舉行抗戰兩週年紀念大會，高崗在會上發表紀念講話，強調指出，要貫徹黨中央“7·7”宣言，堅持抗戰，反對投降，堅持團結、反對分裂，堅持進步，反對倒退，為克服國民黨的投降反共逆流，爭取時局好轉奮鬥！同時，朱德、彭德懷、高崗等聯名向南京各負責人和全國各將領、戰區負責人、各黨派、各界同胞，發出通電，表明了八路軍全體將士抗戰的決心，揭露汪精衛等背叛民族，投降日本，反對共產黨、八路軍，分裂團結的罪行。邊區黨委發出《紀念抗戰兩週年告全邊區民眾書》，要求邊區軍民加緊保衛邊區的戰鬥準備，粉碎投降妥協陰謀，打退日軍新的進攻。
為準備應付突然事變，中央軍委急調三五九旅由華北開赴綏德、米脂、佳縣、清澗、吳堡等地區加強軍事力量。高崗帶副官吳瑞旺等一行5人，從延安出發，經宜川、延川、清澗、綏德、吳堡縣等沿黃河西岸，視察了河防部署，視察部隊駐守陣地。在河口、棗林坪、宋家川等地召開幹部會議、軍人會、民兵會和群眾會，號召河防地區黨政軍民緊急動員起來，同心協力，一致抗戰到底。不讓日本鬼子過河侵占一寸土地，為保衛黨中央、保衛陝甘寧邊區，保衛大西北安全而不惜一切代價。他在視察中發現個別布防不當的，隨時隨地和地方黨委、河防司令何長工、陳奇涵等駐軍領導共同研究方案作出新的部署。到清澗野戰醫院和沿路看望慰問了從山西轉移來的傷病員，向他們詢問病傷情，了解膳食和醫藥治療情況，勉慰他們安心養傷治病，並要求醫護人員和傷病員住戶，“要對傷病員護理好，要像一母同胞對待”。他說：“這些傷員是為消滅日本侵略軍而受傷的，想盡辦法搞好護理，搞好伙食，使傷病員早日恢復健康，重返前線，保衛河防不受侵犯。沒有他們流血受傷，我們的河防就沒有保障。”高崗視察，對當地駐軍、群眾鼓舞、教育很大，原來有個別住戶不願接護傷員，聽了高崗講話，搶著接護傷員，把好窯洞讓給傷員住，好食品給傷員吃。沿河防軍民眾志成城，堅決阻擊，在晉軍民的配合下，佳縣、府谷、吳堡、延川、延長等沿河防打退了日軍的70多次的進攻，使千里河防，固若金湯，保衛了抗戰總後方。褒揚革命烈士，弘揚革命精神，為反攻日軍進行思想教育。在定邊建立一座烈士紀念塔，高崗親手題寫了“革命烈士紀念塔”七個大字。 1943年4月，高崗的親密戰友劉志丹靈柩從瓦窯堡運往志丹縣。途經延安時，高崗等延安萬人上街迎靈。 23日在延安廣場舉行1萬5千人的公祭大會，高崗出席公祭並報告志丹的生平史略，送了輓幛，挽詞“患難共十年，嘗膽臥薪，堅持革命為黨國；永別七年，抗戰禦侮，繼承遺志建邊區”。隨後，志丹靈柩運抵志丹縣安葬。高崗、張秀山、劉景範等陪靈到志丹縣。於5月2日在志丹縣舉行萬人公祭大會，高崗再次介紹了志丹的生平。
4月24日，《解放日報》發表了高崗《向劉志丹同志學習》的“代論”文章，文章中說：“志丹同志被公認為西北黨和西北人民的好領袖。他是陝甘蘇區和紅軍的創造者。他深諳戰爭的藝術，特別擅長運動戰和游擊戰爭，是西北黨的軍事家。
“民國二十五年，志丹同志奉黨中央命令，率部東征，北出佳吳，由神府渡河南下，擊敗了黃河兩岸阻擋紅軍抗日前進道路的軍隊不下數十營團，威聲大振，不幸於同年四月中旬，志丹同志在強攻三交堅固工事的戰役中負傷陣亡。志丹同誌之死，實是我西北黨的重大損失。
“志丹同志在十餘年奮鬥史中，曾經數次失敗，然而他一心為黨為國，從不灰心。……不屈不撓，繼續與反革命作無情的鬥爭。記得志丹在彬縣曾遭軍閥蘇雨生逮捕，在反動的法庭上，志丹同志堅持革命氣節，抵抗反革命的審判。……當我去探問時，他笑著說：'坐監獄等於休息罷了。'在監獄中，他仍暗中策動同志繼續革命工作。當反革命一度判決槍斃他的時候，他毫無畏懼，並委託同志說：'你告訴高崗……我遭毒手，要死就死，絕不會連累任何同志，叫他自己小心。'
“志丹同志是西北黨的領導人，他一貫地代表著西北黨的正確路線。他曾經反對叛徒杜衡等的'左'傾機會主義。大革命失敗後，西北城市青年學生的革命鬥爭，曾經停留在喊口號，貼標語，鬧學潮，遊行示威等鬥爭形式上面，而不知深入農村組織武裝力量，於是一批批的青年學生被反革命屠殺監禁。志丹同志當時批評這種鬥爭方式說：這等於蒙古人向喇嘛跪求布施。志丹同誌之所以這樣批評當時的鬥爭方式，因為他從多次失敗與勝利的鬥爭中，逐漸體驗到了槍桿子和農民結合起來這一真理。他認為：中國革命的成功要靠槍桿子。槍桿子要靠農民。……西北黨內曾經有人反對志丹同志，說志丹同志這一主張是'機會主義'，事實證明：志丹同志的方向是正確的。志丹同志的方向是西北人民的方向。而反對志丹同志這一方向的，恰恰就是真正的機會主義者。
“志丹同志臨死時……他除遺給我們的革命財產——邊區而外，自己只剩下一個破被袱，一身破大衣，一個紙菸盒子，六根紙菸和幾份被翻得爛熟了的黨內文件。志丹同志一生為黨為革命奮鬥，從不想到個人利益，他不計較職位的高低、工作的輕重。黨派他做任何工作，無不赴湯蹈火以完成任務。他胸襟寬大，坦白自如，大公無私。遵守黨的鐵的紀律，是我們黨堅強的布爾什維克乾部。
“今天紀念志丹同志，我們要向志丹同志學習，學習誌丹同志對黨對革命的無限忠誠，學習他再接再勵百折不悔的革命毅力；學習他眼睛向下，實事求是的工作作風；學習他同群眾密切的聯繫；學習他的艱苦和遵守黨紀的模範。”
“我們秉承志丹同志的遺志建設邊區，堅持抗戰，鞏固與發展我們的革命事業。”為紀念革命烈士，高崗提議保安改志丹縣，安定改為子長縣後，在1944年1月1日他提議、經西北局、邊區政府決定，將綏德分區西川辦事處改設子洲縣，以紀念烈士李子洲。
1939年前後，抗戰進入相持階段，特別山西被日軍侵占後，邊區軍民以黃河為屏障頂住了日軍西渡。國民黨大批軍隊從前線撤退下來，向抗日總後方——陝甘寧邊區發動進攻。由原來的保安隊和舊政權製造“摩擦”變為正規軍進攻，掀起第一次反共高潮。
當時，陝甘寧邊區所轄範圍內，一些地方存在著國共雙重政權的特殊情況。原來一些地區國民黨部隊撤走了，舊政權和黨部依然存在，還保留一些保安隊。八路軍留守部隊和保安隊進駐後，建立了抗日民主政府和抗敵後援會。舊的政權仍秉承國民黨的旨意，到處製造“摩擦”，向我駐軍進攻，壓制群眾的抗日運動，打擊抗日力量，唆使地主勢力顛覆民主政府，搗毀抗日組織，進行反攻倒算，收回分出的土地、財產，逼迫歸還已廢棄的舊債。日本漢奸武裝，國民黨特務和被打擊的反革命分子、地主惡霸分子等糾集一起，流竄各地打家劫舍，姦淫擄掠，無惡不做。他們暗殺中共黨政軍工作人員，勾結偽保安隊襲擊八路軍，圍殲抗日自衛軍，搗毀地方政權，大肆誣衊中共和八路軍，破壞兩黨兩軍的關係，挑撥我黨政軍和群眾的關係。在舊政權的陰謀策動下，邊區摩擦日益加劇。
1938年5月，國民黨旬邑縣長李笑然藉故槍殺八路軍工作人員，還反咬一口，向國民黨西安行營謊報“八路軍包圍縣城”，並私自調集偽保安隊驅逐當地八路軍。富縣黨部指導員範文龍放黑槍打死我看守所長。 7月，國民黨米脂縣長劉學海和縣黨部指導員王道之，指使部下偽造陷害“八路軍信件”，挑撥兩黨關係，破壞團結，改組抗敵後援會，下令驅趕八路軍。清澗縣長強迫取消青年救亡活動。吳堡縣國民黨保安隊無故逮捕八路軍殘廢人員。 7月12日，新上任的旬邑縣長張中堂，調集偽保安隊七八百人，向八路軍獨立營發動進攻。包圍毆打駐土橋鎮的八路軍的殘廢人員，並槍殺了9名殘廢人員。國民黨安定縣長田傑生非法捕捉八路軍工作人員，阻撓抗敵後援會工作，綁架我安定縣長薛蘭斌，調動偽保安隊400多人威脅我瓦窯堡駐軍，延川縣政府被偽保安隊襲擊。
特別是武漢被日軍侵占，正在趾高氣揚時的日軍在台兒莊戰役受到打擊後，基本停止了向國民黨戰場的戰略性的進攻，日軍將其65％的軍事力量和95％的偽軍力量轉移到解放區戰場。其時，汪精衛被日誘出重慶，在南京成立偽政府，實行民族欺騙政策。國民政府反共活動逐步升級，蔣介石繼續按他的“日本人是癬疥之患，共產黨是心腹之患”的政策，秘密頒布了《異黨問題處置辦法》等文件。國民黨五中全會上通過了“溶共、限共、防共、反共”的決議，成立了“防共委員會”，制定了一系列的反共具體政策，把他的政策重點變成消極抗戰，積極反共。反共摩擦日趨嚴重。在陝甘寧邊區由舊政權製造的摩擦轉向正規軍進攻。胡宗南的20萬部隊更是有恃無恐，擁兵恃重，藉口西安事變前，關中一帶是東北軍駐防區域，應再歸國民黨軍隊駐守。 1938年至1939年，在關中地區發動武裝進攻20多起，拘捕我黨政人員26人，暗殺23人，驅出19人。同時阻撓我徵糧和其他事件時有發生，共計達130多起。國民黨不僅到處製造“摩擦”，發動軍事進攻、封鎖，而且在一些縣設立縣黨部，擴建保安隊。在陝北設綏德、富縣警備區，綏德成立專員公署並派專員，專門和共產黨、八路軍作對，嚴重地干擾破壞邊區的安寧，影響團結抗戰方針的貫徹。 12月25日，朱德、高崗等對國民黨軍在邊區製造摩擦，挑起事端的行徑通電全國，反對槍口對內，進攻邊區。通電揭露了敵人在寧縣、鎮原、富縣、靖邊、安定等製造摩擦的事實，呼籲停止對邊區的進攻，取消《限制異黨活動辦法》。月底，高崗向中央書記處匯報反摩擦的情況。
綏蒙地區頑固派到處製造“摩擦”，我工委負責人受王明投降路線的影響，放棄了獨立自主原則，把後套地區搞的很亂。高崗主持召開區黨委會，專題研究綏蒙的反摩擦鬥爭，決定派楊一木等加強伊盟領導。他找楊談話，“中央決定你去伊盟工委工作，公開身份是國民革命軍十八集團軍上校聯絡參謀，南京委任狀下來，你就去綏蒙工作，先抓一下軍事活動和統戰工作。”伊盟工委負責人趙通儒列席會議。原來抗敵後援會(實際是工委機關)掛毛澤東畫像和蔣介石畫像，後來被自衛軍頭頭紀松令把毛澤東的像摘掉了，高崗知道後很惱火，當面批評趙通儒：“你這個人是聾子，瞎子，你到處跑什麼？毛主席的像被人拿掉你不管，你要有點鬥爭勁，革命就是鬥爭。實行統戰，結果連紀松令也不敢惹，這是政治問題。”“越兆仁(自衛軍司令)到底怎麼樣？下面的大隊長是聽我們的，還是聽人家的？你是把槍桿子交給他們了……”趙吱吱唔唔回答不清。高崗對楊一木交待說：“後套那裡問題比較多，有些組織爛掉了，有些人有問題，你先去管一管軍事工作和統戰工作，然後集中力量把伊盟的工作抓起來。在伊盟地區，我們要對國民黨頑固派，政治上要摩擦來反摩擦去，軍事上積極防禦。”
面對妥協、分裂、倒退的逆流，為了保衛邊區安寧，支援抗戰，邊區保安司令部和留守兵團司令部，根據毛澤東的“人不犯我，我不犯人，人若犯我，我必犯人”和“有理、有利、有節”的對敵鬥爭方針，對國民黨的舊政權製造“摩擦”和軍事進攻，給予狠狠打擊，粉碎了敵人的陰謀。 1940年7月21日，邊區召開各分區(亦稱警備區)司令員和參謀長軍事會議，高崗在會上作了報告。指出同國民黨頑固派的鬥爭是抗日民族統一戰線內部的鬥爭，堅決執行毛主席的“十六”字方針，既要注意政策和策略，也不能綁住我們的手足。他強調指出：抗日統一戰線期間，同國民黨頑固派的鬥爭，必須緊緊把握“自衛原則、勝利原則、休戰原則”等重大政策和策略問題，發展進步勢力，爭取中間勢力，孤立頑固勢力。 “鬥爭是團結的手段，團結是鬥爭的目的”。
會議認真討論了高崗的報告，交流了各分區開展反“摩擦”鬥爭的經驗，把“有理、有利、有節”的鬥爭引向深入。 24日下午，高崗帶領分區司令員，騎馬到楊家嶺向毛澤東主席匯報會議情況，毛主席老早就在門口等候，和大家一一握手問候。他說：“同志們辛苦了。”又一一問了司令員的姓名，盤問了各分區反“摩擦”鬥爭的情況，並講了話，為大家進一步指明了鬥爭方向和策略。
邊區黨委和保安司令部、留守兵團，根據黨中央、中央軍委和毛主席關於處理同國民黨的關係的有關指示精神，堅持獨立自主，既統一，又獨立，既不破裂統一戰線，又不束縛自己的手腳的原則，採取一系列既分寸適度又措施得力，“政治上要摩擦來反摩擦去”，團結抗戰，保衛邊區，取得勝利，贏得了廣大軍民的讚譽。他們說：“共產黨、八路軍、保安隊，真正為人民謀福利。”
可是，國民黨頑固派特別是那些製造“摩擦”的“專家”們，對土匪的絕跡，深感到失去了一支“別動隊”，削弱了他們對付邊區的力量，進爾赤膀上陣，指揮正規軍出去製造事端。 1939年10月15日，邊區保安司令部和留守部隊召開政治工作會議，高崗在會上作政治報告，毛澤東到會作指示，要求在反摩擦鬥爭中，要堅持政治原則，實行靈活的政策和策略。 11月，國民黨的五中全會，進一步確定以“軍事限共為主，政治限共為輔”的方針，企圖進攻延安。國民黨派中央軍封鎖邊區。過去的一些摩擦規模小，有的通過協商談判解決。在1939年冬至40年春，國民黨九十七師在隴東對駐防的八路軍形成包圍勢態，一六五師侵入八路軍駐防慶陽之白馬鋪、赤城鎮一帶，實行軍事壓迫，支持舊政權和偽保安隊有計劃的在共產黨、八路軍駐防地區的活動，接著發動軍事進攻。 1939年12月，該師五七八團配合慶陽保安隊突然襲擊八路軍駐寧縣的二營，合水縣縣長率縣保安隊襲擊八路軍三五八旅直屬隊，配合進攻寧縣，九十七師步兵砲兵千餘人配合幾縣的保安隊，圍攻八路軍駐鎮原縣城內的三營，進占縣城，並公開宣布要進攻邊區，消滅八路軍。在環縣等地，搶劫燒殺，增兵彬縣、旬邑等縣。隨後又佔了正寧、淳化縣城，先後襲擊佔領了陝甘寧邊區八路軍駐防的五座縣城。
邊區軍民在區黨委領導和保安司令部、留守兵團的指揮下，對進犯的國民黨軍進行了還擊。同時，為避免兩軍內耗，團結抗戰，朱德、高崗等聯名通電全國，抗議頑固派進攻陝甘寧邊區，要求全國軍政領袖主持公道，懲辦肇事魁首，取締反共邪說，制止反共軍事行動，並且在邊區四周布防了自衛軍事力量，防禦國民黨軍隊大規模的進攻，命王震率三五九旅進駐綏德，趕走了反共“專家”何紹南。
國民黨綏德行政督察專員兼綏德縣長何紹南是一個製造反共摩擦的專家，反共的老手。糾集13個縣保安中隊企圖襲擊當地八路軍，並肆意誣衊三五九旅是同日軍打仗敗下陣的“潰軍”。強令限制群眾不給八路軍三五九旅賣菜賣糧，不准給借房子住，妄圖攆走三五九旅。王震旅長根據高崗的指示，深入發動群眾，揭露何紹南在綏德編保甲，製造摩擦，欺壓群眾，私自倒販大煙、白銀、貪污公款數十萬元的罪行。高崗、林伯渠、肖勁光致電國民黨當局，控訴何紹南破壞統一戰線，侵吞公、民糧款，在河防吃緊時擅離職守等罪行。要求懲辦何紹南，並委任王震為專員，收回綏德、佳縣、吳堡、米脂、清澗等五縣行政隸屬邊區，以利保衛河防，何紹南感到無法立足，1940年春，帶保安隊狼狽溜走。
接著留守兵團和保安司令部致電西安駐天水行營主任程潛，要求令國民黨陝西省政府立即撤銷淳化、旬邑、延安、甘泉、延長、延川、清澗、吳堡、綏德、米脂、佳縣、靖邊、安定等13縣的縣長，如不撤退，邊區將有權護送出境。隨後，邊區黨委對“統戰區”的舊政權人員根據不同情況，分別進行處理，對於多次製造摩擦的反共分子逮捕；對於一般的予以“放行”出境；對於主張抗日，維護統一戰線的個別人熱情接待或留用。從而，使邊區結束了雙重政權的局面，委任了自己的縣長，建立了抗日民主政府，統一行政領導，進一步推進了抗日民主運動蓬勃發展，鞏固了邊區。國民黨發動的第一次反共高潮被擊破。
國民黨政府把陝甘寧邊區當作眼中釘肉中刺，作為它貫徹“必先安內”政策的重點，無時不在企圖消滅、取消它。從第一次反共高潮開始，就到處修堡駐軍，製造摩擦，軍事進攻，陰謀破產後，仍不甘心失敗，於1940年冬季至41年春發動了第二次反共高潮。胡宗南在西北配合南方國民黨製造“皖南事變”，積極策動西北地區的反共活動，摩擦事件有增無減。在陝甘寧邊區之西、南、北，三面修築了長達幾百里、內外縱深五道碉堡封鎖線，以40萬軍隊層層包圍，斷絕我邊區與外界來往，不斷進攻邊區抗日根據地，進行武裝挑釁，製造摩擦事件，把反共高潮推向了頂點。僅40年7月到10月，對邊區發動了武裝進攻20多起，搶劫、抓人、暗殺人70來起。邊區留守兵團和保安司令部命令各部隊進行英勇反擊，打退了敵人在隴東、三邊的多次進攻，趕跑了閻家寨、望寧堡的敵人，拔掉邊區的釘子。 1941年7、8月間，國民黨認為十一旅反共不力，胡宗南令張廷芝、張廷祥兄弟倆將十一旅吃掉，就地擴入保安十三團和綏蒙游擊師，配合陳長捷部何文鼎二十六師進駐三邊，打開進攻延安的通道。張家父子兄弟，為消滅十一旅，重演三道川的“美人計”故伎，將張廷芝的養女張小芹(對外講是親閨女)，主動提親許配劉保堂(十一旅長)的少爺，張廷芝約定一天以定親和慶祝升師長為幌子，把十一旅在安邊的各級頭頭都請到張家赴宴，其中有劉保堂、陳國賓、曹又參等20多人，張廷祥(保安十三團長)趁大家吃菜喝酒熱鬧非凡之機開槍打死劉保堂。槍響後，張事先部署的兵丁一齊出動，將十一旅的官員悉數綁起來，就地關押，並下令保安部隊攻打城內的十一旅駐軍，駐軍群龍無首，士兵委員會自覺發起抵抗。
十一旅中共地下黨員即派人快馬加鞭到三邊分區報告，分區請示西北局書記高崗即指示：警三旅全力協助十一旅救出曹又參等十一旅領導，趁勢剷除張廷芝惡霸團伙。由於十一旅士兵委員會立即行動和三邊警三旅的配合，嚇得張廷芝等匪徒逃跑出城，張蘭亭和張廷芝父子逃往榆林時，被追擊的部隊抓住，張廷芝以財物賄通追擊部隊的頭頭被放走。張雨亭和張廷祥父子被劉保堂的弟弟抓住押回公審處決了。胡宗南利用土匪頭子張廷芝妄圖吃掉十一旅，打通進攻延安的突破口的陰謀失敗後，10月，駐伊盟的國民黨二十六師何文鼎躍躍欲試，氣勢洶洶準備南下，企圖進攻三邊。中央軍委和西北局決定調王震部駐紮三邊前線，迎擊陳(長捷)何(文鼎)部的進犯。毛澤東說：“王鬍子在綏德已打出威風，派你去三邊最合適。你把摩擦專員何紹南嚇跑了，威名大得很咧！”高崗根據毛澤東“何來必打，不能做做樣子”的指令，對王震說：“三邊是邊區的門戶，鹽池是邊區的財源，只要打，絕不能讓何文鼎占到便宜。”王震部隊到定邊和地方部隊組成6千人的野戰兵團，嚇得何文鼎部被迫縮回去，未敢輕舉妄動。至此，粉碎了敵人發動的第二次反共高潮。 1943年6月，共產國際宣告解散，蔣介石藉機指使特務到處叫嚷，“馬列主義已破產”、“共產黨解散”、“取消陝甘寧邊區”、“消滅八路軍”，並密令胡宗南向邊區進犯，在洛川召開軍事會議，高談“攘外必先安內，對共產黨勢在必剿”方針老調，悍然掀起了第三次反共高潮，急調駐河防的軍隊和原來部署封鎖邊區的軍隊16個師進駐洛川，宜君、耀縣、三原、旬邑、淳化、彬縣、平涼、固原等地，分九路妄圖閃擊邊區，奪取延安。戰略上仿照南方第五次“圍剿”中央紅軍的伎倆，採取所謂“鐵滾式三層陣地新戰法”，對邊區加緊軍事、交通、經濟的封鎖，構成“徹底吃掉”的態勢。到處拉民夫，拆民房，修碉堡，步步為營，壓縮邊區。東由黃河邊的宜川，瓦子街、英旺鎮、洛川、交道鎮、隆坊鎮、七里鎮，西起寧夏和甘肅的正寧縣、寧縣、西峰鎮，南面的黃陵、宜君、銅川、耀縣、淳化、旬邑、彬縣等綿亙幾省，長達700多華里的地方，部署了五、六十萬軍隊，修築碉堡100多座和塹壕無數，內外幾層，犬牙交錯，妄圖迫使邊區“放下武裝”，交出政權，或者閃擊邊區，打下延安，消滅抗日民主“模範區域”。從5月到8月，對邊區擾亂100多次，攻占村莊，搶劫人民的牲畜、財物和現款1100萬元，強姦婦女19人。抓走工作人員和群眾20多人，殺害10人，打殘13人。到處製造事端，散佈謠言“共軍要打出去”，“什麼革命不革命？辛亥革命不是成功了吧？還革誰的命。”
“敵中有我”。胡宗南的機要秘書熊向輝(中共地下黨員)把胡閃擊邊區的部署密告我西安辦事處周子健。延安獲息後，立即緊急行動起來，調整軍事部署，加大輿論力度，針對蔣介石的“沒有國民黨就沒有中國”的叫囂，我提出“沒有共產黨就沒有新中國”的口號，針鋒相對，給予敵人堅決回擊。
7月9日，延安三萬人舉行了緊急動員大會，高崗在大會上講話，揭露國民黨破壞團結抗戰的行徑，號召全區人民緊急行動起來，制止內戰。他指出：邊區已經成了全國實行三民主義的模範區域，邊區人民在抗戰中過著民主自由與豐衣足食的生活，比較大後方的慘淡情況何止高百倍。是全國人民同聲稱道的模范建設，我們將誓死保衛這塊地方。保衛抗日民主根據地而戰。朱德、高崗等聯名再次向全國發出了通電，呼籲團結抗戰，反對內戰。會場口號聲此起彼落，響成一片。 “響應高崗同志的號召！”“保衛邊區！”“保衛西北！”“保衛共產黨！”“保衛全中國！”
邊區政府委員、蒙古族領袖那素，抱病到國民黨駐延安辦事處質問，抗議國民黨調河防部隊進攻邊區的罪行。 7月23日，《解放日報》發表回民救國會呼籲制止內戰的電文，讚揚邊區黨政軍對回民生活、生產、貿易、住宅、教育諸方面關懷和幫助的事蹟，說明邊區人民達到真正解放。電文指出：“共產黨與邊區的共存，增強了全國各族人民的團結，增強了全中華民族爭取自由解放的無限信心，誰要進攻它，取消它，誰就必會遭到全中國人民的堅決反對與各族的共同唾棄。”
電文說：伊斯蘭的輝煌教義是團結禦侮，對內和平。我們恪遵穆聖遺訓：“愛護國家，應如鳥愛其巢。”邊區就是我們少數民族的家鄉，是抗戰建國的柱石，如邊區遭受任何攻擊，我們也必定發揮伊斯蘭的光輝傳統，“凡侵犯爾等者，爾等其如彼之侵犯而侵犯之！”堅決予粉碎的打擊！
邊區軍民響應大會號召，立刻全體總動員起來，誓死保衛邊區，各部隊迅速開到前線，準備以自衛戰給狂妄野心者進攻以打擊。邊區人民對保衛邊區表現了極大熱忱，對頑固派極大義憤。備糧送草，惟恐戰士餓肚子，馬吃不飽。甘泉縣三天做一千多雙軍鞋。婦女們說：“我們響應高司令號召，為部隊炒好米，炒好面，做好鞋，只要把頑固派擋住，我們多出物多吃苦不要緊，頑固分子來了，咱們婦女可不得了。”軍隊開到哪裡，哪裡慰勞形成熱潮。連國民黨區的人民同樣擁護八路軍。敵三十五師開到洛川時，群眾把青年婦女送到解放區。她們說：“八路軍是好人，不強姦婦女。”人民自衛武裝普遍動員起來，吸收了一批打獵的神槍手。張村驛自衛軍抓來幾十個國民黨兵。甘泉縣四區自衛軍裡有40個神槍手，向縣上保證包打一個團。有的自衛軍保證：“敵人來一連消滅一連，來一營消滅一營。”全區各地層層召開自衛戰動員會，幾十歲的老人和常不出門的閨女都焦急地說：咱到會“聽一聽”，“看怎麼辦？”。少數民族代表上台講話，表決心，自衛反擊情緒激烈，空前未有。他們說：“咱邊區共產黨、八路軍辛辛苦苦領導老百姓開荒生產，安置移民，大家有吃有穿，頑固派看見不順眼，想來發洋財，進攻邊區，咱們要和他拼個死活，老百姓人多勢重一齊來，不要你躲我避，和八路軍一起保衛咱家鄉。”“沒有邊區就沒有自己的家，就沒豐衣足食的生活，只要有邊區就有了一切。”
經過全邊區軍民的緊急動員，堅決反對，在西坡店、大庫連、方里鎮等地給予已經進犯之敵沉重打擊。同時，抓住事實充分揭露了國民黨頑固派，挑動內戰陰謀，呼籲全國人民起來製止這種破壞“團結抗戰”的罪行，各解放區的人民積極表示願為邊區的後盾，得到全國人民的擁護和美、英、法的同情。
在邊區軍民有了充分的準備，加上國內外人民的強大輿論反對下，蔣介石迫於形勢，“閃擊”邊區的陰謀敗露，勉強接受了談判。邊區人民又一次粉碎了國民黨頑固派發動的反共高潮。
從1939年到1943年秋的五年之內，國民黨政府發動的三次大規模的反共高潮中，製造“摩擦”1000多起(內武裝進攻270多次，搶劫450多次，暗殺和捕捉我人員300多人)，分裂邊區的團結抗戰，在嚴重威脅邊區安全的逆境下，高崗在黨中央、毛主席的領導下，帶領邊區黨政軍民，“堅持抗戰，反對投降，堅持團結，反對分裂，堅持進步，反對倒退”，發展經濟，支援前線，在異常困難的情況下，有力地打退了敵人三次進攻，克服了當時的嚴重危機，鞏固了抗日民主根據地。邊區群眾編順口溜道：
在這五年的鬥爭中，高崗堅決執行黨中央、毛主席關於反對摩擦、粉碎反共高潮的方針，巧妙地運用策略，本著長期抗戰大局為重，堅持了階級鬥爭服從抗日的民族鬥爭，對國民黨作了一些有條件的讓步、妥協，爭取了廣大民眾的擁護和支持，實行“既統一、又鬥爭”，在斗爭中求統一、求團結的策略，既得了民心，又行使了獨立自主權利，在既不犧牲無產階級的根本利益，又保護了人民既得利益的原則下，放手發動群眾，進行抗日救國運動，爭取人民的民主和自由，發展新民主主義的政治、經濟和文化，壯大人民武裝力量，加強了民主政治模範區域建設，取得打退了反共高潮和統一戰線、反摩擦鬥爭的勝利。他用槍桿子創造邊區，又用槍桿子保衛共產黨，保衛邊區，保衛政府。延安被譽為“抗日的燈塔”。正如毛澤東指出的：槍桿子“可以造黨……造幹部、造學校、造文化、造民眾運動。延安的一切就是槍桿子造出來的。”(《戰爭與戰略問題》)
邊區政府民政廳長劉景範在總結粉碎反共高潮的原因時說：“邊區黨在黨中央毛澤東同志直接領導下，在邊區創造者高崗同志領導下，黨的政策是正確的。”抗日以來，邊區黨實行三三製，各階層人民更加團結。農業上實行“利民政策”，機關生產，精兵簡政，減輕人民負擔，群眾積極性提高，生活改善，變工隊、生產班子、“唐將”班子遍布各地，勞動英雄一批一批湧現，群眾的“光景一年比一年好。”而國統區人民一天天走向飢餓死亡之路，不幫人民發展生產，還要錢，要人(拉丁)、要命(不當特務的殺)。在解放區和國統區的顯明對比之下，群眾認識更清楚，更加擁護共產黨，保衛邊區的積極性更高。
在黨中央、毛主席的領導下，高崗帶領全邊區軍民，用槍桿子保衛黨中央，保衛邊區，保衛西北，贏得黨和西北軍民信任和愛戴。 1945年9月下旬，黨中央決定加強陝甘寧邊區北線工作，拿下榆林、橫山為自衛戰爭拓寬迴旋餘地，任命高崗為陝甘寧晉綏聯防司令部司令員兼政委，王世泰為副司令，張仲良為副政委。