1934年4月下旬廣昌失守後，中央紅軍在根據地內粉碎國民黨軍隊的第五次“圍剿”已極少可能。 5月，中央書記處作出決定，準備將中央紅軍主力撤離根據地，並將這一決定上報共產國際。不久便得到共產國際的批准。但博古、李德等人仍未對轉變戰略方針作出決斷，戰略轉移的準備工作只是在極少數中央領導人中秘密進行。成立了由博古、李德和周恩來組成的“三人團”。政治上由博古作主，軍事上由李德作主，周恩來負責督促軍事準備計劃的實施。為了調動和牽制敵軍，減輕國民黨軍隊對中央根據地的壓力，並準備實施戰略轉移，中共中央和中革軍委決定紅7軍團北上、紅6軍團西進。
1934年10月10日，中央紅軍開始實行戰略轉移。朱德隨中共中央、中革軍委於當日傍晚由瑞金出發，踏上了漫漫長征路。此時朱德總司令年近48歲，他身著舊灰軍裝，腰插一支小手槍，腳踏草鞋，走在司令部隊伍的最前面。按規定他可以配備擔架和文件挑子，但為了節省人力，他只要了兩匹馬供乘用和馱行李文件。在長征中，他那匹騎乘的馬實際上常常隨康克清留在隊伍後頭用來馱乘傷病員。儘管中央紅軍遭受重大挫折，不少指戰員踏上長征路時多有沮喪情緒，但身經百戰的朱德卻保持著革命樂觀主義精神，沿路談笑風生地給大家講故事，鼓舞大家的革命情緒。
博古、李德等人在指揮中央紅軍實行戰略轉移時，又犯了退卻中的逃跑主義錯誤。他們對戰略轉移這樣的事關中央紅軍前途命運的大事，既不召開政治局會議研究，也不對廣大指戰員進行充分的政治動員工作。紅軍帶著笨重的機器設備等物資，使戰略轉移變成了大搬家式的行動。朱德儘管是中革軍委主席、紅軍總司令，但戰略轉移的主要領導權卻掌握在博古、李德手中。朱德顧全大局，想方設法指揮部隊，減少紅軍損失。僅10月23日這一天，由他本人簽發給各軍團負責人的軍事電報就達15件之多。他向各軍團通報敵情，部署各部隊的行軍和作戰。要求部隊在行動時須保持高度的機密性，在大兵團集中運動與戰備行軍條件下，必須隱蔽露營，加強行軍中的政治工作及衛生救護和收容等。
10月18日，紅軍主力由於都南渡贛水後，按照朱德總司令發布的突圍作戰命令，於21日晚從贛縣王母渡至信豐縣新田間突破國民黨軍的第一道封鎖線，而後再過信豐河，向湘粵邊境轉進。 11月8日，紅軍主力全部通過國民黨軍在汝城至城口間的第二道封鎖線，進入湘南。
紅軍之所以能夠較順利地通過國民黨軍的第一、二道封鎖線，主要有兩個原因：一是長征開始後國民黨當局沒有摸清紅軍的行動意圖，防範較鬆；二是在紅軍出發前，紅軍和國民黨南路軍總司令陳濟棠部秘密達成合作反蔣抗日的協定。在與國民黨南路軍總司令陳濟棠簽訂秘密協定過程中，朱德做了大量工作。 1934年7月間，陳濟棠秘密派人到蘇區接洽，表示贊成中共同全中國武裝隊伍聯合起來共同抗日的主張，願意經過談判來協調雙方的關係。 9月底，朱德親筆致信陳濟棠：先生與貴部已申合作反蔣抗日之意，德等當無不歡迎。情勢日急，日寇已躍躍欲試於華南，蔣軍則增兵於贛閩，福建事變，可為殷鑑，若不急起圖之，則非特兩廣苟安之局難保，抑且亡國指日可待。信中並提出雙方停止作戰行動等五項建議。 10月初，紅軍代表潘漢年和何長工帶著周恩來以朱德名義起草的介紹信，到尋烏附近的一個山村同陳濟棠部代表進行談判，達成就地停戰、互通情報、解除封鎖、相互通商和必要時互相借道等五項協議。
當紅軍長征時，陳濟棠履行了相互借道的秘密協定，讓開大路40裡，在他的防區內沒有對紅軍進行堵截。致使紅軍主力得以順利地通過國民黨軍的第一、二兩道封鎖線。這是朱德等領導人根據黨的統一戰線政策，利用陳濟棠和蔣介石之間的矛盾，為中央紅軍主力順利地通過國民黨軍兩道封鎖線的經典之作。
11月7日，朱德發佈於宜章北之良田及宜章東南之平石間通過國民黨軍第三道封鎖線的命令。紅軍遂分三路帶著“壇壇罐罐”艱難地突破國民黨軍的第三道封鎖線，進入廣西湘江地域。此時，蔣介石察覺了中央紅軍主力西征的意圖，調集了數十萬大軍，兵分五路前堵後追，企圖一舉將紅軍消滅在湘江之側。 11月中旬，紅軍兵分兩路進入桂北地區。 11月25日，朱德向紅軍各軍團、縱隊發布命令，指出：國民黨軍隊的企圖是在湘江阻止我們，並從兩翼突擊我們。針對敵之企圖，朱德作出全軍分四個縱隊從興安、全州之間強渡湘江的部署。此時，興安、全州一線正是湘江封鎖線的薄弱環節，對於紅軍搶渡湘江十分有利。令人遺憾的是，由於部隊攜帶的笨重物資太多，行動遲緩，坐失良機。
湘江之戰是關係到中央紅軍生死存亡的關鍵一戰。紅軍廣大指戰員同國民黨軍隊展開了殊死的決戰。 11月27日，紅軍的先頭部隊渡過湘江並控制了渡河點。但因部隊前後相距200裡，特別是龐大的中央縱隊和軍委縱隊共1.4萬多人，有1000多副擔子，被戰鬥部隊夾護在約100多里長的狹窄通道裡，行動遲緩，尚未過江，即遭到優勢敵軍的夾擊。在這險惡情勢下，朱德臨危不懼，與周恩來一起指揮部隊抗擊敵軍，掩護中央縱隊和軍委縱隊渡江。擔任掩護任務的部隊，為掩護中央領導機關和其他部隊過江，付出極大犧牲。湘江之戰，是中央紅軍長征以來最為慘烈的一戰。紅軍以飢餓疲憊之師，血戰5晝夜，終於在12月1日渡過湘江，突破了國民黨軍隊的第四道封鎖線，粉碎了蔣介石圍殲中央紅軍於湘江以東的企圖。但紅軍也為此付出了極為慘重的代價。中央紅軍和中央機關人員由出發時的8.6萬人銳減至3萬餘人。
紅軍付出的巨大代價，引起朱德的深思。當他總結這一階段的教訓時沉重地說：對於突圍沒有絲毫經驗。長征就像搬家一樣，什麼都搬起來走，結果太累贅，很吃虧。來的新兵沒有來得及補充到團裡、營裡去，沒有帶過兵的人，就會搞空頭計劃，他們不知道沒有訓練過的新兵，不跟著老兵怎麼走，讓新兵去搬運東西——整個司令部、黨政機關、幹部都很重要，連印刷機、兵工機器都搬出去。結果，一個直屬隊就有1萬多，所以需要的掩護部隊也就更多了。
朱德吸取了這血的教訓，與周恩來、王稼祥於12月4日發布《後方機關進行縮編的命令》。部隊拋棄了笨重物資設備，從而保證了部隊能夠輕裝前進。紅軍過了湘江後，繼續西進，進入峰巒疊嶂的西延、龍胜山區。此時，紅軍又面臨著天上國民黨軍的飛機轟炸掃射，腳下山險路滑，又常遇到反動民團的騷擾，使部隊行軍更加艱難。
12月上旬，紅軍再入湖南境內。此時，國民黨當局已判斷出紅軍將北上湘西同紅2、6軍團會合的意圖，便加緊在城步、新寧、通道、綏寧、靖縣、武崗、芷江、黔陽、洪江等地構築碉堡線，集結重兵把守，企圖一舉殲滅紅軍。博古、李德無視敵情，仍然堅持按原定與紅2、6軍團會合的計劃前進。致使紅軍又處於萬分危急的關頭。在這生死攸關的時刻，毛澤東根據敵我雙方的軍事態勢，提出中央紅軍放棄北上同紅2、6軍團會合的原定計劃，立即轉向敵人軍事力量比較薄弱的貴州，力爭在運動中打幾個勝仗，以扭轉紅軍突圍以來的被動局面。
1934年12月12日，中共中央負責人在湖南通道舉行緊急會議。參加會的多數同志贊成和支持毛澤東提出的轉向貴州前進的建議。中央紅軍突然轉向貴州，完全出乎蔣介石的意料，一下子把國民黨十幾萬軍隊甩在湘西，使中央紅軍贏得了戰略上的主動。 15日，中央紅軍攻占黎平後，部隊得到了長征以來首次休整的機會。此時，博古、李德依然主張中央紅軍北去湘西同紅2、6軍團會合。於是，中共中央政治局又於18日在黎平召開會議，討論研究今後紅軍的戰略方向問題。會上發生了激烈的急論。朱德對長征以來的挫折和教訓使他對毛澤東更加信服，非常贊成毛澤東的意見。他和周恩來、張聞天、王稼祥等多數同志站在一起，否定了博古、李德要中央紅軍去湘西同紅2、6軍團會合的錯誤主張。會議通過了《中央政治局關於戰略方針之決定》。決定指出：鑑於目前所形成之情況，政治局認為過去在湘西創立新的蘇維埃根據地的決定在目前已經是不可能的，並且是不適宜的。新的根據地應是在川黔地區，在最初應以遵義為中心之地區。中央政治局這一中央紅軍長征戰略方向的重大轉變，使中央紅軍避免陷入絕境，並開始從被動局面中擺脫出來。朱德堅決執行中央政治局黎平會議確定的戰略方針。
19日，朱德和周恩來向全軍發出《軍委執行中央政治局十二月十八日決議之通電》，通電對紅軍今後的行動作出明確部署，命令部隊兵分兩路，從西北方向轉朝貴州腹地的劍河、台拱以至施秉、黃平地域推進，並要求紅2、6軍團和紅四方面軍積極活動，箝制湘軍和川軍，以策應中央紅軍西進。 12月底，中央紅軍到達烏江南岸瓮安縣猴場一帶。朱德於12月31日連續電令：3軍團應迅速渡過烏江，1軍團限當日上午8時全部渡江完畢，軍委縱隊限當日上午10時渡江完畢。此時，博古、李德再次提出中央紅軍不渡烏江，回頭東進同紅2、6軍團會合的意見。為此，中央政治局於1935年1月1日在猴場召開會議。會議否定了博古、李德的主張，決定強渡烏江。會議通過了《關於渡江後新的行動方針的決定》。這個決定提出首先在遵義為中心的黔北地區，然後向川南創建川黔邊新的根據地的戰略任務。會議還決定：關於作戰方針，以及作戰時間與地點的選擇，軍委必須向政治局會議作出報告，以加強政治局對軍委的領導。這個決定，實際上剝奪了博古、李德的軍事指揮權。
1935年1月2～6日，中央紅軍兵分三路渡過烏江天險。 7日，紅軍先頭部隊襲佔遵義城，其他部隊陸續進入。中央紅軍進駐遵義城，受到當地群眾的熱烈歡迎。 12日下午，遵義萬餘群眾在遵義省立中學操場上舉行集會，朱德在大會上首先發表演講，向群眾闡明紅軍是工農的隊伍，宣傳紅軍的三大紀律八項注意，宣傳紅軍願意聯合國內各黨派、軍隊和一切力量共同抗日的主張。隨後，毛澤東、李富春及遵義群眾代表也講了話。會後，朱德還參加了紅軍籃球隊和遵義三中籃球隊進行的友誼比賽。
中央紅軍在對敵第五次圍剿進行的戰鬥中屢次失利，幾乎瀕於絕境，這與中央紅軍前四次反“圍剿”勝利發展的情景形成鮮明的對照。錯誤和挫折教育了紅軍廣大指戰員，使他們逐步認識到，這是排斥以毛澤東為代表的正確領導，執行錯誤的軍事指導方針的結果。在中央紅軍開始長征途中，毛澤東對王稼祥、張聞天等紅軍領導人反復進行深入細緻的工作，分析第五次反“圍剿”和長征開始以來中央在軍事指導上的錯誤。毛澤東的意見逐步得到王稼祥、張聞天、周恩來、朱德等多數中央領導人的讚成。在此形勢下，黨中央政治局召開一次會議，總結經驗教訓，糾正黨中央領導上的錯誤的時機已經成熟。
1935年1月15～17日，中央政治局在遵義老城枇杷橋原柏輝章住處的樓上召開擴大會議，此即著名的遵義會議。朱德出席了這次會議。會議主要議題是總結中央紅軍第五次反“圍剿”和長征中軍事指揮上的經驗教訓。會上，毛澤東針對博古的總結報告作了長篇發言，他批評博古把第五次反“圍剿”失敗的原因主要歸結於敵強我弱的客觀原因，剖析了“左”傾軍事路線實行消極防禦戰略方針的錯誤及其表現，如進攻時的冒險主義，防禦時的保守主義，轉移時的逃跑主義。毛澤東在發言中還闡述了中國革命戰爭的特點和由此而產生的戰略戰術問題。
會上，朱德態度鮮明地支持毛澤東的正確意見，對博古、李德在軍事上的錯誤路線給予嚴厲的批評。他在發言中，聲色俱厲地追究博古、李德在軍事上瞎指揮，給中央紅軍造成的巨大損失的嚴重錯誤，譴責臨時中央排斥毛澤東同志，依靠外國人李德瞎指揮，致使丟掉根據地、部隊傷亡慘重。他在發言時，還非常激動地指出：如果繼續這樣的領導，我們就不能再跟著走下去。
遵義會議最後指定張聞天負責起草決議，委託常委審查，然後發到支部討論。張聞天在會後根據與會多數同志特別是毛澤東發言的意見，起草了《中央關於反對敵人五次“圍剿”的總結的決議》。這個決議，在中共中央離開遵義到達雲南扎西（今威信）縣境後召開的會議上正式通過。該決議充分地肯定了毛澤東等指揮紅軍多次取得反“圍剿”勝利所採取的戰略戰術的基本原則，明確指出博古、李德在軍事上的單純防御路線，是我們不能粉碎敵人第五次反“圍剿”的主要原因。在敵大我小、敵強我弱的條件下，我們的戰略路線應該是決戰防禦（攻勢防禦），集中優勢兵力，選擇敵人的弱點，在運動戰中，有把握地去消滅敵人的一部或大部，以各個擊破敵人，以徹底粉碎敵人的“圍剿”。然而在反對第五次“圍剿”的戰爭中卻以單純防御路線一（或專守防禦）代替了決戰防禦，以陣地戰堡壘戰代替了運動戰，並以所謂“短促突擊”的戰術原則來支持這種單純防禦的戰略路線。這就使敵人持久戰與堡壘主義的戰略戰術達到了目的。決議還指出，在戰略轉變與實行突圍的問題上，博古、李德同樣犯了原則上的錯誤。他們沒有及時轉變內線作戰的戰略方針，實行戰略上的退卻，以保持主力紅軍的有生力量，從而貽誤了時機。在突圍中，採取基本上不是堅決的與戰鬥的，而是一種驚慌失措的逃跑以及搬家式的行動。
遵義會議根據形勢的變化，改變了黎平會議先以黔北為中心、再去川南創建根據地的決議，決定紅軍渡過長江在成都之西南或西北地區建立根據地。會後，又根據敵情的變化，決定中央紅軍在川滇黔三省廣大地區創造新的根據地。
遵義會議改組了中央領導機構，毛澤東被增選為政治局常委。會議決定取消在長征前成立的“三人團”，仍由最高軍事首長朱德、周恩來為軍事指揮者，而周恩來是黨內委託的對於指揮軍事下最後決心的負責者。此後，在中央紅軍轉戰途中，於2月5日在滇黔交界的一個“雞鳴三省”的村子，中央政治局常委進行分工。根據毛澤東的提議，決定由張聞天代替博古在在中央負總責（習慣上也稱之為總書記）、毛澤東為周恩來在軍事指揮上的幫助者，博古改任總政治部代理主任。 3月4日，中革軍委在第二次進駐遵義後設置前敵指揮部，以朱德為司令員，毛澤東為政治委員。 3月中旬，在貴州鴨溪、苟壩一帶，成立由毛澤東、周恩來、王稼祥組成的新的“三人團”，以周恩來為團長，負責指揮全軍的軍事行動。這樣，實際上形成了以毛澤東為核心的新的中央的正確領導。這是中國革命在幾乎陷於絕境的危險時刻作出的關鍵性抉擇，挽救了黨、挽救了紅軍。 26年後，朱德在緬懷這一偉大的歷史轉折時仍十分動情地寫下了這樣的詩句：
遵義會議後，朱德和毛澤東、周恩來協力配合，指揮3萬中央紅軍馳騁在雲貴川高原上，與數十萬圍追堵截的國民黨軍隊展開機動靈活的運動戰。經過四渡赤水戰役，中央紅軍終於跳出敵人的圍堵圈，開始由被動變為主動。
1935年1月24日，紅一軍團進占土城，並繼續向赤水縣推進。 27日，中革軍委到達土城時，獲悉川軍劉湘的模範師一部4個團正尾追紅軍，向土城襲來，毛澤東決定，利用土城以東山谷夾峙的有利地形，殲滅該敵。他責成彭德懷統一指揮紅3、5軍團進行這一戰鬥，以紅9軍團及紅2師擔任預備隊。 28日晨5時戰鬥打響，經幾個小時的激戰沒能取得較大戰果。這時發現情報有誤，原來以為川軍是4個團約六七千人，實際上是6個團約萬餘人，而且敵增援部隊還在不斷湧來。川軍倚仗優勢兵力和優於紅軍的武器裝備，突破紅五軍團的陣地，步步向土城進逼。如果不能把敵擋住，後面是赤水河，紅軍將被迫背水作戰，後果難以設想。
在這危急時刻，朱德決定親臨前線指揮。毛澤東考慮到朱德的安全，沒有同意。朱德把帽子一脫，說：得羅，老伙計，不要光考慮我個人的安全。只要紅軍勝利，區區一個朱德又何惜！敵人的槍是打不中朱德的！無奈，毛澤東終於點頭同意了。朱德和劉伯承親臨前線直接指揮戰鬥，給苦戰中的紅軍指戰員以極大鼓舞，終於頂住了川軍的一次次沖鋒。此刻，毛澤東通知奔襲赤水縣的紅一軍團急速返回增援，並令陳賡、宋任窮率軍委縱隊的干部團急赴前線，發起反沖鋒。朱德親自到干部團指揮，終於打退了川軍的進攻，鞏固了陣地。當晚，毛澤東和政治局的幾位主要領導人開會研究，決定改變由赤水北上、從瀘州至宜賓之間北渡長江的計劃，迅速撤出土城戰鬥，渡赤水河西進。朱德、劉伯承仍留前線指揮，周恩來負責在次日天亮前架好搶渡赤水河的浮橋，陳雲負責安置傷員和處理軍委縱隊的笨重物資。
1月29日3時，朱德發出《一渡赤水河的行動命令》後，隨即重返前線指揮戰鬥，掩護全軍西渡赤水河。他來到紅四團的陣地時，恰巧紅一軍團政治部組織部長蕭華也在該團陣地。據蕭華回憶：當時天下著雨，劉湘的模範師向我們陣地壓來，朱老總手提駁殼槍，來到我們這裡親自指揮，掩護大部隊過河。我很擔心朱總的安全，幾次勸他撤下去，都被他拒絕了。他一直同我們堅持到天黑，才和我們一起渡過赤水河。
在長征途中，朱德曾多次在危急時刻親蒞前線，化險為夷。越是在危險的時候，他越是鎮靜、從容。紅軍一渡赤水進入川南的古藺、敘水地區時，川軍有12個旅沿長江兩岸嚴密布防，薛岳部和黔軍也向川南急進。在這樣的情勢下，紅軍北渡長江已不可能。於是中央政治局召開擴大會，決定利用國民黨軍隊主力和注意力都集中在川南一線，而黔北比較空虛的時機，突然折向黔北。根據會議決定，朱德和周恩來、王稼祥於2月10日發布《中革軍委關於各軍團縮編的命令》。命令指出：為了適應目前戰鬥的需要，並充實各連隊的戰鬥力，以便有利地消滅敵人的有生力量，便於連續作戰，軍委特決定實行縮編各軍團的戰鬥單位。命令規定了縮編的具體方案。 2月15日，朱德電令各軍團以東渡赤水河、消滅王家烈軍的主要作戰目標。 2月18～21日，紅軍在川黔交界的太平渡、二郎灘二渡赤水河，重入貴州、紅軍克桐梓、奪婁山關、再取遵義，並在遵義城外重創國民黨軍吳奇偉、王家烈部。這次遵義戰役，中央紅軍共殲滅國民黨軍2個師又8個團，俘敵約3000人，取得了中央紅軍長征以來的第一個大勝利。為了鼓舞士氣，擴大紅軍的影響，朱德致電紅九軍團，要求他們在桐梓附近多貼捷報，召集群眾開祝捷大會。
中央紅軍的遵義大捷，使蔣介石極為震驚。他飛抵重慶，準備以重兵將中央紅軍圍殲於遵義地區。 3月4日，中革軍委決定組成前敵指揮部，朱德為司令員，毛澤東為政治委員。朱德和毛澤東、周恩來故意指揮中央紅軍在遵義地區徘徊，而當國民黨軍隊被誘趕來時突然掉頭西進，於3月16日經茅台三渡赤水河，再次進入川南，並作出準備從該地北渡長江的架勢。為了進一步迷惑敵人，紅軍以一部繼續佯攻古藺，主力則神速掉頭東歸，於3月21日晚在太平渡、二郎灘、九溪口四渡赤水河。中央紅軍搶渡赤水河後，立即南渡烏江，把國民黨軍的重兵全部甩在赤水河西和烏江以北，完全跳出了國民黨軍的合擊圈。
中央紅軍南渡烏江後，開闢了進軍雲南、從金沙江北渡入川的前景。為了實現這一戰略目標，中央紅軍採取聲東擊西的戰術，以一部向黔東方向佯動，作出東進湖南同紅2、6軍團會合的姿態，主力卻直趨貴陽。正在貴陽督戰的蔣介石急忙調滇軍3個旅趕往貴陽協防。滇軍主力被調出，紅軍進軍雲南的門戶已經敞開。 4月7日，朱德電令林彪、聶榮臻從貴陽、龍里之間南進。 4月8日，紅軍以一部佯攻貴陽，以一部佯攻龍里，主力在第二天則從貴陽至龍里間穿過湘黔公路，以120裡的晝夜行軍速度向雲南疾進。紅軍乘滇軍入黔之際，直趨雲南省會昆明，目的是讓駐守滇北的國民黨軍回援昆明，使金沙江南岸的國民黨守軍兵力空虛。這一目的達到，中央紅軍在昆明附近虛晃一槍，隨即出人意料地大踏步北轉，直奔金沙江。中央紅軍靠7條小船在皎平渡往返，經過6晝夜，於5月8日全部勝利渡過金沙江。
紅軍巧渡金沙江後，一下子將尾追的國民黨軍隊甩在江南，行程相距一個多星期。 5月12日，中央政治局在會理召開擴大會議。林彪等對四渡赤水到北渡金沙江的迂迴機動的運動戰表示不滿，他甚至給中央三人小組寫信，要求朱德、毛澤東下台。毛澤東在會上批評林彪說：你是個娃娃，你懂得什麼？在這個時候，直接跟敵人硬頂不可行，繞點圈子，多走點路，這是必要的。朱德和周恩來也嚴肅批評林彪，肯定毛澤東的指揮是正確的。會理會議決定紅軍繼續西進，越過大渡河，同紅四方面軍會合。
5月21日，中央紅軍到達彝族地區的冕寧縣。朱德在群眾大會上發表講話。他說：彝、漢是一家，窮人要團結起來，打倒蔣介石和四川軍閥，才能過上好日子。他還以紅軍總司令部的名義發布《中國工農紅軍佈告》：
以朱德名義發布的這個佈告，在彝族群眾中產生了廣泛的影響。擔任先遣任務的紅軍總參謀長劉伯承，根據黨的民族政策，同彝族沽基部落首領小葉丹歃血為盟。紅軍得到彝族群眾的信任與幫助，順利通過大涼山地區，到達大渡河南岸的安順場。 5月25日紅軍先遣隊十七勇士冒著敵軍的槍林彈雨渡過波濤洶湧的大渡河，攻占了對岸渡口。大渡河水深流急，無法架橋，僅憑只有的一條小船無法保證幾萬紅軍按時渡河。毛澤東、朱德等領導人決定以急行軍搶占大渡河上游另一個渡河點瀘定橋。朱德立即命令紅1軍團第1師及乾部團為右縱隊，沿大渡河東岸北上；紅1軍團指揮部、第20師主力和紅5軍團為左縱隊，沿大渡河西岸北上，同時向瀘定橋急進。 29日，紅軍先頭部隊進抵瀘定橋，並搶占全橋。隨後趕到的朱德，親自指揮紅軍部隊跨過瀘定橋。至此，蔣介石要“朱德、毛澤東成為石達開第二”的妄想宣告徹底破滅。
1935年5月12日，中央政治局在會理縣城附近的鐵廠舉行擴大會議，研究紅軍今後軍事行動問題。會議決定中央紅軍繼續北上，並對林彪等人懷疑毛澤東的領導，不同意機動作戰的主張進行了批評。 6月中旬，中央紅軍翻越長征途中第一座大雪山——夾金山，到達懋功地區，與紅四方面軍勝利會合。 3萬左右的中央紅軍與擁有8萬之眾的紅四方面軍勝利會合，極大地增強了紅軍的力量，使兩個方面軍的廣大指戰員都感到格外興奮。 6月25日，朱德和毛澤東、周恩來、張聞天等來到懋功以北的兩河口，以迎接從雜穀腦（今理縣縣城）前來會見的紅四方面軍領導人張國燾等。當日，在大雨滂沱中舉行了紅1、4方面軍會師大會。朱德和張國燾先後發表講話。朱德在講話中熱情讚揚了紅四方面軍從鄂豫皖到川陝根據地屢挫強敵、發展壯大的英勇業績。並指出：兩大主力紅軍的會合，不僅是中國無產階級的勝利，也是全世界無產階級和一切勞苦群眾的勝利！張國燾講話時，語氣傲慢，流露出與黨中央的北上方針相左的意向。這就給兩軍會師後的歡樂投下了陰影。
黨中央為了統一思想，進一步明確兩軍會會後的戰略方針，於6月26日在兩河口舉行政治局擴大會議。會上，周恩來作目前戰略方針的報告，指出：懋松理地區的經濟條件和群眾條件都不利於紅軍主力在這裡建立根據地，向東、向南和向西北都不可能得到發展，應該北上到川陝甘建立根據地。毛澤東、朱德等發言，同意北上川陝甘建立根據地的發展戰略。朱德講話強調：要迅速打出松潘，進占甘南。主張兩個方面軍要統一指揮，一致行動去打擊敵人，並要從政治上保障戰爭的勝利。張國燾在會上也表示同意北上的方針。會議最後通過《關於一、四方面軍會合後的戰略方針的決定》，明確兩個方面軍今後的戰略方針是集中主力向北，在運動戰中大量消滅敵人，首先取得甘肅南部，以創建川陝甘蘇區根據地；為了實現這一戰略方針，在戰役上必須首先集中主力打擊與消滅胡宗南部，奪取松潘並控制松潘以北地區，使主力能夠順利向甘南挺進。
為了增進紅1、4方面軍的團結與友誼，團結張國燾一道工作，朱德在兩河口時曾誠懇地與張國燾徹夜長談。動員他去指揮部隊攻占松潘地區，奪取戰略要點，藉以打開北進的道路。但張國燾藉口敵軍工事過於強大，一口回絕。
中革軍委根據兩河口會議的決定，於6月29日擬定了《松潘戰役計劃》，規定一、四方面軍組成左、中、右三路縱隊和岷江支隊，準備趁國民黨軍堵截部隊剛到松潘、立足未穩的機會，迅速、堅決地攻占松潘，並控制松潘以北及東北各條道路。按照這一計劃，朱德立即率領紅一方面軍從懋功一帶北上翻越夢筆山、長板山、打鼓山、拖羅崗等幾座大雪山，先頭部隊於7月16日攻占靠近松潘的毛兒蓋。
儘管張國燾在兩河口會議上表示同意北上的戰略方針，但遲遲不執行《松潘戰役計劃》，在原地按兵不動。他自以為自己擁有8萬之眾的部隊，而中央紅軍只有3萬人，個人野心進一步膨脹。兩河口會議後，他致電黨中央提出另一套主張：一方面軍南下打大砲山、北取阿壩，以一部向西康發展；四方面軍北打松潘，東扣岷江，南掠天（全）、蘆（山）、灌（縣）、邛（崍）、大（邑）、名（山）。並要求黨中央速決統一指揮的組織問題。還唆使他的追隨者要求改組中革軍委和紅軍總部，由張國燾擔任軍委主席並給以獨斷專行的權力，企圖將整個紅軍置於張國燾的掌控之下。
7月10日，紅軍總部到達蘆花後，四方面軍卻遲遲沒有按計力跟進。朱德和毛澤東、周恩來立刻致電張國燾，望他按預定計劃迅速北上。為了爭取張國燾，維護兩大主力紅軍的團結統一，共同北上，中央政治局於18日接受周恩來的提議，將紅軍總政治委員一職改由張國燾擔任。當日，中央軍委發出通知：仍以中革軍委主席朱德兼任總司令，並任張國燾為總政治委員。一、四方面軍會合後，一切軍隊均由中國工農紅軍總司令、總政委直接統帥指揮。 20日，中革軍委又將紅一方面軍1、3、5、9軍團分別改為1、3、5、32軍，四方面軍4、9、30、31、33軍番號不變。並決定組建前敵總指揮部，以徐向前兼前敵總指揮，陳昌浩兼政委，葉劍英任參謀長。
7月中旬，張國燾才率領紅四方面軍到達蘆花。 7月21～22日，中央政治局在蘆花召開會議，聽取四方面軍的情況匯報。朱德在發言中肯定了四方面軍在創建根據地、擴大紅軍力量、多次打破敵人“圍剿”等方面所取得的成績。同時，也分析了四方面軍在軍隊政治工作、地方工作以及戰略戰術配合等方面存在的缺點與不足，希望加以總結改進。朱德在發言中極力克制自己的情緒，沒有提出尖銳的批評。因為他深知，紅軍正在作戰期間，一切服從戰爭的需要，暫緩討論軍事以外的問題。野心極度膨脹的張國燾根本聽不進朱德的意見，散佈“中央政治路線有問題”，“中央紅軍的損失應由中央負責”，“軍事指揮不統一”等流言蜚語，暗地裡加緊進行反中央的分裂活動。
朱德為了維護一、四方面軍的團結統一，總是多講四方面軍的長處，多說鼓勵的話，並推心置腹以誠相待，因而很快受到四方面軍指戰員的擁戴。據徐向前回憶：朱德認為四方面軍的干部年輕、有朝氣，部隊生龍活虎，紀律嚴明，是一支難得的有戰鬥力的隊伍。希望一、四方面軍相互學習，取長補短，團結一心，渡過眼前的困難，爭取更大的發展。他的這些話，完全是顧全大局的肺腑之言，給我留下難忘的印象。朱總司令作風樸實，寬厚大度，平易近人，為接近過他並與他共事的干部、戰士所稱道。
由於張國燾一再拖延北上的戰略行動，致使當朱德和紅軍總部、中央機關於7月底到達毛兒蓋時，形勢的發展變化對紅軍極為不利：國民黨軍主力胡宗南部已在松潘集中，基本上完成了堡壘線的構築，並控制了經松潘北去的大道，原來擔任追擊紅軍的敵薛岳部和川軍也從東南方向壓來。軍委原定的松潘戰役計劃已難以實現。根據形勢的發展變化，中革軍委於8月初決定以紅軍主力西指阿壩，北進夏河地區，爭取在洮河流域消滅阻敵，進入甘南。 8月3日，中革軍委製定《夏（河）洮（河）戰役計劃》，決定將一、四方面軍混合編成左、右兩路軍北上。 8月4～6日，中央政治局在沙窩召開會議，討論研究一、四方面軍會合後的形勢與任務。會議作出決議，重申北上抗日、創建川陝甘革命根據地的方針是正確的，而加強一、四方面軍的團結是實現這個方針的基本條件。一切有意無意的破壞一、四方面軍團結一致的傾向，都是對於紅軍有害，對於敵人有利的。決議同時強調一、四方面軍必須進一步加強黨的絕對領導，反對過高地估計敵人力量、對革命前途悲觀失望的右傾動搖。朱德在沙窩會議上發言時指出：兩個主力紅軍會合後的力量增強了，創造川陝甘蘇區是有把握的，要提高自信心，克服各種困難去戰勝敵人。對一、四方面軍，不能輕率地說誰好誰壞，存在缺點是可以改進的。
沙窩會議後，按照中央的分工，朱德和總參謀長劉伯承率總部赴左路軍集結地卓克基。至此，朱德暫時告別多年來並肩作戰的毛澤東、周恩來等領導人，開始直接與張國燾共事打交道。朱德與黨內同志打交道一向以寬宏大度、謙虛禮讓而著稱。但要與張國燾共事打交道，朱德深知可不是一件容易的事。一、四方面軍會師後，特別是張國燾擔任紅軍總政委後，他目空一切，專擅用權，排斥總司令和參謀長，而以個人意志挾制紅軍總部領導，進而同黨中央對抗。
朱德、張國燾和劉伯承率總部去左路軍後，接黨中央來電，準備改變主力經阿壩北上的方案。因此，要求一、四方面軍主力均宜走右路。左路阿壩，只出支隊，掩護後方前進。但張國燾不同意黨中央的決定，更聽不進朱德的勸說，仍堅持西出阿壩，甚至提出深入青海、寧夏、新疆的主張。無奈，中央政治局於8月20日在毛兒蓋索花寺再次召開會議，會議通過《關於目前戰略方針的補充決定》。決定指出：企圖使紅軍主力西渡黃河，深入青、寧、新僻地是不適當的，是極不利的，是錯誤的，是一個危險的退卻方針。要求紅軍迅速奪取以岷州為中心的洮河流域，向東發展，以創造川陝甘革命根據地。會議改變了夏洮戰役計劃的具體部署，變右路軍為北進主力，要求左路軍向右路軍靠攏。會後，黨中央和前敵指揮部立刻率領右路軍進入艱難的草地行軍，同時將毛兒蓋索花寺政治局會議的決定電告張國燾和朱德。 8月底，黨中央率右路軍走出草地，在班佑、巴西、阿西、包座地區等待左路軍到來。
朱德遵照黨中央的部署指揮左路軍先頭部隊於8月21日攻占阿壩，但張國燾卻無視黨中央關於左路軍向右路軍靠攏的決定，在阿壩按兵不動。在黨中央一再催促和朱德的極力勸說下，張國燾方與朱德率領左路軍第1縱隊於8月30日向東進入草地，向班佑前進，同時向位於卓克基、馬爾康等地的第2縱隊發出北進向右路軍靠攏的命令。左路軍進入草地後的第三天，張國燾以噶曲河漲水為由，拒絕繼續穿過草地到班佑與右路軍會合。他獨斷專行以“朱、張”的名義致電黨中央：嘎曲河漲水，上游偵查七十里，亦不能徒涉和架橋，各部糧食只能夠吃三天，茫茫草地，前進不能，坐待自斃，無嚮導，決於明晨分三天全部趕回阿壩。朱德和劉伯承堅持左路軍應向右路軍靠攏，共同北上。為了搞清噶曲河的水情，朱德親自來到河邊堪察。當朱德了解到噶曲河水最深處只有齊馬肚子深，部隊完全可以徒涉的情況後，多次向張國燾提出過河北上。但張國燾卻按兵不動。這樣，朱德同張國燾之間發生了嚴重的爭執。據時任總部一局一科參謀陳明義回憶：在總部的一個帳篷裡，張國燾和他的秘書長黃超同朱德爭吵，要朱德同意南下，態度很激烈。我當時是總部一局一科參謀，不知道他們吵得對不對，但總覺得他們用這樣態度對待總司令不對。張國燾還煽動個別人員給朱總施加壓力，但朱總一直很鎮靜，他說他是一個共產黨員，要服從中央，不能同意南下。
張國燾不顧朱德、劉伯承的反對，重新佈置左路軍的行動，並於9月5日電令正要北上的第2縱隊就地鞏固陣地，備糧待命。
在張國燾堅持南下的那些日子，等待在巴西的黨中央幾乎天天開會，謀求妥善解決的辦法。隨右路軍行動的徐向前、陳昌浩也致電朱德、張國燾，要求以不分散主力為原則，左路軍速來北進為上策，右路軍南去為下策。但張國燾一意孤行，於9月8日以“朱、張”的名義致電徐向前和陳昌浩，要右路軍準備南下。當晚，中央政治局向左路軍發電，要求左路軍迅速北上，如果南下，則前途將極端不利。
朱德接到黨中央的電報後，力主左路軍應該執行中央北上的命令。但張國燾不聽朱德的勸阻，又於9月9日單獨用個人的名義致電徐向前、陳昌浩並轉中央，堅持他的南下的主張。黨中央當即回電張國燾：北上方針決不應改變，左路軍應速即北上。
9月10日凌晨，中共中央得知張國燾背著黨中央電令右路軍南下，企圖分裂和危害黨中央的情況後，為貫徹北上方針，避免紅軍內部可能發生的衝突，果斷地決定率1、3軍先行北上。 11日，黨中央再致電張國燾，指令他立刻率左路軍向班佑、巴西開進，不得違誤。張國燾無視黨中央對他的一再爭取，反於12日親擬電致1、3軍領導人，聲稱1、3軍單獨東出，將成無止境地逃跑，要1、3軍速歸。朱德斷然拒絕在這個電報上簽字。
在朱德的軍旅生涯中，他經歷過許許多多的坎坷和磨難，但從沒有像在左路軍那樣心情沉重。在與張國燾右傾分裂行為鬥爭的極端艱難的時刻，朱德暗下決心，跟著這支隊伍，哪怕遇到再多的艱難曲折，也要把它最終帶到黨的正確路線上來。
左路軍折回阿壩後，張國燾立刻大造反對黨中央的輿論，並實施對朱德的圍攻。張國燾在川康省委及紅軍中黨的活動分子會上攻擊黨中央率1、3軍北上是“逃跑主義”，極力鼓吹南下。一些人跟著張國燾起哄，要朱德當眾表態：“同毛澤東向北逃跑的錯誤劃清界限”、“反對北上，擁護南下”。張國燾也逼著朱德表態。
朱德面對張國燾等人的無理圍攻，非常鎮定地說：黨中央北上的方針是正確的。北上決議我在政治局會議上是舉過手贊成的，不能出爾反爾。我是共產黨員，我的義務是執行黨的決定。並再次告誡張國燾等人；南下是沒有出路的！這時有人衝著朱德大喊：既然你擁護北上，那你現在就走、快走！朱德非常從容地說，我是黨中央派到這里工作的，既然你們堅持南下，我只好跟著你們去。當劉伯承看到張國燾等人如此蠻橫地圍攻朱德，挺身而出，非常激動地質問張國燾等人：現在不是開黨的會議嗎？你們怎麼能這樣對待朱總司令！劉伯承的話音剛落，張國燾等人又把攻擊的目標轉向劉伯承。劉伯承緊緊地同朱德站在一起，旗幟鮮明地表示擁護黨中央北上方針的堅定立場。
9月17日，張國燾發布南下命令。左路軍和右路軍中的4軍、30軍分別由阿壩、包座地區南下，於10月初集中到卓克基、馬爾康、松崗和黨壩一線。 10月5日，張國燾在四川省理番縣卓木碉召開高級幹部會議，公然另立黨的“中央”、“中央政府”、“中央軍委”、“團中央”，宣布“毛澤東、周恩來、博古、洛甫應撤銷工作，開除中央委員及黨籍，並下令通緝”。 12月5日，張國燾狂妄地要求中共中央“不得再冒用黨中央的名義”，只能稱北方局，中華蘇維埃共和國中央政府只能稱陝甘政府，紅一方面軍只能稱北路軍。至此，張國燾分裂黨、分裂紅軍的行動發展到登峰造極的地步。
面對張國燾分裂黨和紅軍的行為，朱德堅持原則的堅定性和策略的靈活性。他心平氣和地跟張國燾等人說：大敵當前，要講團結嘛！天下紅軍是一家。中國工農紅軍是在黨中央統一領導下，是個整體。大家都知道、我們這個“朱毛”，在一起好多年，全國全世界都聞名。要我這個“朱”去反“毛”，我可做不到呀！不論發生多大的事，都是紅軍內部的問題，大家要冷靜，要找出解決問題的辦法來，可不能叫蔣介石看我們的熱鬧！
卓木碉會議後，朱德的處境更加艱難。他和劉伯承住在一起，沒有行動的自由。朱德深沉地跟劉伯承說：過去軍閥混戰時，死是不值得的。現在為黨的利益奮鬥而死，是可以的。當然，個人是無所謂的，可是任事情這樣發展下去，對整個革命不利呀！
由於朱德和劉伯承在紅軍中享有極高的威望，張國燾沒敢對他們採取極端行動。不久，朱德被派到前方部隊去，劉伯承則被調至紅軍大學工作。朱德到前方部隊後，利用各種機會做廣大指戰員的思想工作。他要求隨左路軍行動的原紅一方面軍5、9軍團指戰員，一定要堅持真理，堅持鬥爭，堅決擁護黨中央北上方針，但要講究正確的鬥爭方法，要顧全大局，要講革命團結。四方面軍廣大指戰員都是好的，革命的，都是我們的階級兄弟。眼前的困難曲折總會能克服的。他還設法同四方面軍的干部戰士接觸談心，包括當面辱罵過他的人。朱德平易近人的作風、恢宏凝重的態度、循循善誘的話語，贏得了廣大指戰員的敬重。朱德還設法保護由於不同意張國燾南下、反對張國燾分裂黨和紅軍而遭受其迫害的同志。
由於張國燾拒不執行黨中央北上的正確方針，頑固堅持南下，致使紅四方面軍由南下時的8萬人，經幾個月的苦戰銳減到4萬餘人。挫折和失敗使四方面軍廣大指戰員受到教育，逐漸認識到張國燾的南下方針是錯誤的。
朱德在左路軍工作這段艱難的日子裡，歷經磨難。它堅持高度的原則性，絕不輕率地採取任何決裂的做法，努力說服爭取教育四方面軍廣大指戰員。當四方面軍重新北上再度同黨中央會合時，他動情地對紅5軍團政治委員李卓然說：你看，現在還是黨的路線勝利了。如果我在初時不忍耐，就不能取得以後在四方面軍工作的地位，那麼就不能說服四方面軍幹部了。
1935年12月30日晚，朱德致電毛澤東、彭德懷等，介紹四方面有關情況。這是朱德隨左路軍行動後首次以個人名義給黨中央發電，因為紅軍總部的通訊聯絡機構已被張國燾嚴密控制。毛澤東等接電後十分興奮。毛澤東、朱德等領導人深知，要把兩支革命力量再匯聚到一起，關鍵問題是要排除張國燾分裂主義的障礙。朱德為此深感自己的責任重大。轉折的時機終於到來了。
1935年2月16日，中共駐共產國際代表團成員張浩從陝北致電張國燾：說明“共產國際派我來解決一、四方面軍問題”。 1936年1月24日，張浩又致電張國燾說：共產國際完全同意中國共產黨中央的政治路線，中央紅軍的萬里長征是勝利了。來電沒有承認張國燾自立的“中央”，而要他成立西南局，對中央在原則問題上的爭論可提交共產國際解決。張浩代表共產國際給張國燾的電報，對張國燾起到了一定的約束作用，一些跟著張國燾跑的人也表示服從共產國際的決定。孤家寡人的張國燾不得不表示“急謀黨內統一”。朱德和劉伯承等趁機做張國燾的工作，要他取消自立的“中央”，服從黨中央的領導。 1936年1月27日，張國燾致電陝北，要求“和此間同時改為西北局和西南局”。黨中央回電拒絕了張國燾這一無理要求，但作為過渡辦法，同意西南局直屬共產國際中共代表團領導，暫時同陝北黨中央發生橫向關係。
1936年2月，國民黨當局增調重兵向天全、蘆山地區發動大舉進攻，張國燾被迫不斷率部西撤。 2月中下旬，四方面軍陸續撤離天全、蘆山、寶興地區，向康北地區的道孚、爐霍、甘孜進軍。四方面軍進入甘孜地區時，部隊減員過半，只剩下4萬餘人，而且給養極其困難。此時，張國燾的南下方針在實踐中已宣告失敗。
就在四方面軍遭受重大損失和處境非常困難的情況下，黨中央從陝北不斷把各方面的情況電告紅四方面軍，要求其繼續北上。紅四方面軍廣大指戰員要求北上抗日與黨中央會合的願望，以及對張國燾的分裂行為的不滿情緒日益增長。從莫斯科回到陝北的張浩，也以中共駐共產國際代表團的名義對張國燾進行幫助。朱德、劉伯承不斷勸說張國燾取消他另立的“中央”，北上與黨中央會合。任弼時、賀龍領導的紅2、6軍團，也即將到達甘孜地區。在這種情況下，張國燾被迫同意北上，並於1936年6月6日宣布取消他另立的“中央”。
1936年2月下旬，年近50歲的朱德率領紅四方面軍先後翻過3000多米高的雪山夾金山和5000多米高的雪山黨嶺山。紅四方面軍進入康北地區後，為策應紅2、6軍團北進，決定在該地區停留一段時間。
紅2、6軍團於1935年11月開始長征。 11月19日，紅2、6軍團為爭取主動，在任弼時、賀龍、關向應、蕭克、王震等領導下，從桑植地區出發，開始實行戰略轉移。 1936年1月進入黔東石阡、鎮原、黃平地區。由於國民黨軍隊四面緊逼，部隊又向黔西、大定、畢節等地轉移。 3月下旬，部隊到這盤縣、亦子孔地區。 3月30日，紅2、6軍團接到朱德總司令、張國燾總政治委員的電報，命令他們北渡金沙江同位於甘孜地區的紅四方面軍會師。紅2、6軍團立即離開盤縣地區向西急進，渡過金沙江，翻越大雪山，於7月2日到達甘孜地區，與紅四方面軍會師。會師後，黨中央指令紅2、6軍團合編為紅二方面軍（紅32軍編入），任命賀龍為總指揮，任弼時為政治委員，蕭克為副總指揮，關向應為副政治委員。此時，張國燾雖已取消另立的“中央”，但並沒有改變同黨中央對抗的立場。他企圖拉攏紅2、6軍團領導人站在他的一邊，遭到紅2、6軍團領導人的堅決抵制。在朱德、劉伯承、任弼時、賀龍、關向應等力爭下，紅2、4方面軍決定共同北上，同黨中央和紅一方面軍會合。
7月上旬，紅二、四方面軍從甘孜出發，於8月到達甘肅南部。中共中央和中革軍委為了促成抗日民族統一戰線，迎接全國的抗日高潮，已於8月提出三支紅軍主力會師後，合力奪取寧夏的戰役計劃，以鞏固和擴大西北根據地，並打通與蘇聯的交通，形成西北抗日局面，進而出兵綏遠，推動全國大規模抗戰的實現。 9月14日，中共中央和中革軍委為此要求進抵甘南的紅四方面軍立即佔領隆德、靜寧、會寧、通渭地區，控制西（安）蘭（州）大道，與在固原西部的紅一方面軍部隊靠近，阻止胡宗南部西進；同時，派聶榮臻、左權率部到西蘭公路以北，迎接紅二、四方面軍北上會師，爭取兩個月後奪取寧夏。但張國燾此時又對北進方針發生動搖，於9月21日命令紅四方面軍撤離通渭等地，掉頭西進，打算迅速從蘭州以西永靖、循化一帶過黃河，進到涼州、永登地區。後經黨中央的耐心說服並命令，以及朱德和紅四方面軍一些領導人的抵制和鬥爭，加之在蘭州以西渡河困難等因素，張國燾只好放棄這一打算。 9月下旬，紅四方面軍繼續北進。
10月9日，朱德率領紅四方面軍指揮部到達會寧。當他見到黨中央派來的一方面軍部隊時十分激動，禁不住熱淚盈眶。 21日，紅二方面軍領導人賀龍、任弼時、關向應、劉伯承在平鋒鎮與紅一方面軍第一軍團代理軍團長左權、政治委員聶榮臻會面。 22日、23日，紅二、六軍團分別在將台堡、興隆鎮同紅一方面軍會師。至此，紅二、四方面軍完成了長征。歷時兩年的中國工農紅軍長征終於取得了偉大勝利。
長征勝利了，但我們永遠不應忘記朱德在長征中所付出的艱辛，所遭受的磨難，所發揮的巨大作用；永遠不應忘記朱德為中國工農紅軍長征的勝利所作出的重大貢獻。我們要永遠向朱德學習為了中國革命的勝利勇往直前、赴湯蹈火、在所不惜的革命精神。