1935年1月7日，林彪指揮紅1軍團第2師攻占遵義城。兩天后，周恩來隨軍委縱隊進駐遵義城。
在此之前，中共中央政治局於新年元旦在猴場召開會議。會上，周恩來再次反對博古、李德不過烏江，要回頭到湘西與紅2、6軍團會合的主張。通過了《中央政治局關於渡江後新的行動方針和決定》。
決定指出，由於我野戰軍即將渡過烏江，跨進我們12月18日政治局會議所預定的新蘇區根據地的一部的遵義地帶，開始徹底粉碎敵人五次“圍剿”的最後階段，因此政治局決定，立刻準備在川黔邊廣大地區轉入反攻，目的是和蔣介石主力部隊作戰，首先消滅他的一部來徹底粉碎五次“圍剿”，建立川黔邊新蘇區根據地。首先向以遵義為中心的黔北地區然後向川南發展，是目前最中心的任務。心須在“創造川黔邊新蘇區根據地”、“徹底粉碎敵人五次'圍剿'”、“消滅蔣介石的主力部隊”的基本口號之下，在全體紅色指戰員中間進行廣大的、深入的宣傳鼓動，最大限度地提高他們的戰鬥情緒，堅強他們作戰的意志與勝利的信心，並且指出新蘇區根據地只有在艱苦的、殘酷的、勝利的戰鬥中才能創立起來，反對一切逃跑的傾向與偷安休息的情緒。爭取時間使部隊得到短期的休息，並進行整頓補充的工作，特別加強在連隊中的政治工作。在充實戰鬥連的原則之下，應縮編我們的部隊，軍委縱隊應繼續縮小，以適合於新的作戰環境。在目前轉入反攻已具有取得勝利的有利條件，軍委必須特別注意敵情的分析研究，道路、敵情的偵察，抓住反攻的有利時機，並不失時機地求得在運動戰中各個擊破敵人，來有把握地取得勝利。
早在紅軍突破烏江天險以後，就部隊下一步的行動，周恩來和朱德、王稼祥於1月5日聯名發布中革軍委《並於我野戰軍迅速休整，準備進入反攻戰的指示》。
指示首先分析了蔣軍的“圍剿”部署，指出：“薜岳兵團約七日可到達貴陽、貴定、平越之線，並將構築碉堡五天；劉建緒兵團以三個師經鎮遠向施秉、新舊黃平前進，亦約七號可到，十五師則預定向銅仁集中；桂敵兩個師分向八寨、都江前進，粵敵三個師擬十五日開柳州參加追剿；川敵有以兩個旅由川南、正安進占湄潭、鳳岡消息；而黔敵主力約七個團則被迫進至紫江、羊塘、牛場（瓮安以南）地域防堵我軍，並企圖北渡扼守遵義。據此，薜敵暫時推遲追剿，到十二號以後與蔣敵從各方面部署新的圍攻似有關聯。而黔敵在烏江北岸失利時，將有可能分向思南、赤水退竄。”
就迅速休整和準備反攻的任務，指出：“我野戰軍為渡過烏江執行黨中央政治局十二月十八日及一月一日兩次決定中所規定的基本任務，特決定六、七兩日我野戰軍到達下列的第一步的集中地區，迅速進行休息、整理、補充並開始準備進入反攻的戰鬥和爭取首先在黔北的發展。一、一軍團到遵義老蒲場、蝦子場地域。二、九軍團到湄潭場、牛塘（場）地域。三、三軍團到場尚稽場、茶山關、鎮關地域。四、五軍團到豬場、羊岩河地域。五、軍委縱隊到團溪地域。”
當天，周恩來在三界河渡過烏江。
按照軍委的部署，紅軍分三路對黔軍進行追擊：右縱隊以紅1軍團缺2師及紅9軍團組成，在取得湄潭後，1軍團主力向蝦子場集中，必要時協同2師攻取遵義，消滅黔敵，9軍團即留在湄潭、牛場集中；中央縱隊經紅2師、軍委縱隊和5軍團組成。以紅2師及乾部團主力擔任攻占遵義，消滅黔敵的任務。軍委縱隊6、7號進至團溪。 5軍團於6號集中豬場，並以一小部分兵力扼守袁家渡、江界河、孫家渡三渡河點；左縱隊，由紅3軍團組成，在過烏江後，派出一個師進占鎮南關，控制烏江北岸，主力則集結在尚稽場地域，並以一小部分兵力扼守尚稽場以南各渡河點。
進駐遵義城後，中革軍委和紅軍總部設在老城枇杷橋原黔軍第一師師長柏輝章公館。周恩來和朱德、劉伯承都住在這裡。其他領導人，毛澤東和洛甫、王稼祥住在新城穆家廟巷一個黔軍旅長公館，博古住在與柏公館相隔幾條街的一條僻靜的巷子，那是一個大財主的四合院。
這天，周恩來正和朱德、劉伯承在軍委作戰室研究作戰方案，博古找上門來了。
周恩來說：“博古同志，你來得正好！關於部隊部署的問題，我們正要向你匯報哩。”
“我這不是登門拜訪，討教來了嗎！”博古做出很謙遜的樣子。
“第一把手何出此言？”朱德困惑地望著博古。
博古一觸到朱德那種目光，不由納悶，說：“怎麼，我這樣不可以嗎？”
周恩來笑了笑，說：“老總，博古同志屈尊大駕光臨，這說明不是怪罪我們來的！”
博古說：“嚇我一跳。我本來是洗耳恭聽來的嘛！”
朱德說：“嚇一跳的該是我們啊！”
博古說：“這麼說，總司令不歡迎我來？”
朱德說：“豈敢不歡迎，我們是受寵若驚，誠惶誠恐啊！”
博古明白了朱德的意思，臉上有點窘。自從他代表中央領導軍委工作以來，把軍事指揮大權交給李德，凡大事小事都通過李德發號施令，是不會親自到軍委總部來的。今天突然光臨，就像周恩來說的算是“屈尊”了，難怪身為軍委主席和紅軍總司令的朱德感到驚奇。
周恩來拿著一根小木棒，對著牆上的大幅地圖比劃著，向博古講解敵情動態。
中央紅軍在黔東鎮遠、施秉、黃平、餘慶、瓮安一帶擊潰王家烈部後，南面的桂軍也向馬場坪前進。從最近蔣軍薜岳部入黔後，桂軍與粵軍的動向看，李宗仁極有可能與陳濟棠聯合，乘我西進之機，搶先入黔以控制整個貴州局面。因為桂系的財源有一半來自貴州運鴉片的稅收，貴州的鴉片是要經過廣西外運的。蔣介石當然不會比李宗仁、陳濟棠傻，早在桂軍進抵貴州都勻，粵軍經水路到柳州時，蔣介石就命令薜岳搶占貴陽，並任命薜為貴州'綏靖'主任。
現在看來，對中央紅軍構成威脅的只有薜岳部。紅1軍團調往北面，在桐梓、松坎一線警戒北面川軍；紅3軍團放在南面懶板登至烏江一線，警戒週薜縱隊與黔軍，提防他們渡江襲擊遵義；紅5軍團放在遵義東南的珠藏、團溪一線，扼守烏江的袁家渡、孫家渡、江界河各渡河點；9軍團警戒東面之敵，駐防湄潭一線。西面敵人尚未插足，暫不考慮駐軍。
博古又點了點頭，說：“恩來同志，這些事由你定。我還有些事，要跟你商量一下。”
“原來我們是表錯情了！”朱德不悅地說，“你要早說要跟恩來商討軍機大事，我和伯承早迴避給你們騰地方了。”
博古笑了笑，說：“不用騰地方，你們也坐下來給參謀參謀，不是很好嗎！”
“你們最高首長議事，我們插什麼嘴？級別差一截哩！”朱德自嘲地說著，就和劉伯承走出去了。
博古要跟周恩來商量的是，在遵義召開政治局會議的問題。起初，只有毛澤東、洛甫、王稼祥主張要開會，經他們三人鼓動呼籲，響應的人越來越多，要求開會的呼聲也越來越高。瞧這聲勢，這個會是不得不開了。
作為中共中央總負責人，儘管因軍事上的失利遭受的非議頗多，但這還不至於動搖到他的絕對權威，這一點他還是很自信的。因為他的這個權威不是篡奪來的，而是共產國際和王明欽定的，他的一行一動都有共產國際和王明給指明方向，是非曲直由莫斯科裁決，這裡的閒言碎語何足懼？
使他煩惱的是，現在與共產國際的聯繫中斷了！更使他擔憂的是，周恩來的觀點已逐漸向毛澤東他們傾斜！這是他怎麼也料不到，也是想不通的事情。對此他只能無可奈何，周恩來畢竟不是等閒之輩，這個人他是不能得罪的，尤其在與莫斯科失去聯繫的情況下。
本來，要開會總結第五次反“圍剿”戰爭，博古也覺得未尚不可。如果這個建議是別人提出來，也許他不僅不反對，還會以積極的態度來對待。偏偏這個建議是毛澤東首先提出來的！他說什麼心裡也不舒服。他執行的是共產國際的進攻路線，而毛澤東的游擊主義與共產國際的進攻路線是格格不入的。
僅憑這一點，他就不可能理睬毛澤東的建議。可與莫斯科失去聯繫以後，麻煩事一波未平，一波又起。先是在通道會議上，由於周恩來的支持，部隊按毛澤東的主張改變了行軍路線。原以為一向策略靈活的周恩來，是因敵情所迫而不得不暫時採取此下策，他也就妥協讓了一步。豈料，到了黎平會議，乾脆連共產國際派來的軍事顧問都不放在眼裡，對經共產國際批准的原定計劃全盤否定，讓毛澤東的主張占了上風。實際上，這是為毛澤東東山再起大開方便之門啊！
這時，與周恩來單獨坐在一起，博古內心的懊惱仍沒有消散。只是，身為黨中央總負責人，在任何人面前都不應讓心底下的情緒流露出來，就盡量做出鎮定自若的樣子。他說：“恩來同志，如果這時候召開政治局會議總結五次反'圍剿'，你估計會發生什麼意想不到的情況呢？”
周恩來說：“會發生什麼意想不到的事？大不了是大家敞開胸懷，痛痛快快地爭論一場而已，這也是正常的嘛！”
博古苦笑說：“我也是這樣想的。有些同志以為，我不想開這個會，這實在是一種誤解。現在流言蜚語那麼多，各種觀點把部隊的思想都搞亂了，開會一總結，是非曲直不就明啦！再說，大是大非的問題，不是我們這幾個人說了算的，還得上報莫斯科審批嘛。雖然與莫斯科的聯繫暫時中斷了，我們還是要想盡一切辦法恢復與他們的聯繫，凡事還是要聽莫斯科的指示啊！”
周恩來若有所思地點了點頭，說：“剛才我已經把敵情跟你說了。這段時間內，敵人大規模進攻我們的情況不可能發生，在遵義開會的條件是具備了。如果沒有什麼大的變動的話，我建議，政治局會議召開的日期應宜早不宜遲，最好不要超過本月底。”
博古說：“應該是這樣。所以，今天我找你商量這事來了。”
周恩來說：“對五次反'圍剿'以來有關軍事問題的爭論，現在已經波及軍團一級，各軍團指揮員也有不少意見。我考慮，是否把他們也請來，我們乾脆開成個政治局擴大會議。你看怎麼樣？”
博古想了想，說：“沒問題。就按你說的辦吧！”
周恩來說：“會議的籌備我來負責。總結報告嘛，當然是你來寫了。”
博古又想了想，說：“我有個想法。準備時間倉促，我們的報告是不是可以分兩部分來做，主報告我負責，軍事問題的副報告你來做？”
周恩來略一思忖，點了點頭，說：“可以的。書記處是不是先開個預備會？”
博古搖了搖頭，說：“不必了。”
進駐遵義城以後，周恩來跟以往一樣，還是個大忙人。每天處理完軍委的日常事務，已是三更半夜。他離開作戰室，上了樓，躡手躡腳開門進房間，生怕把已入睡的妻子攪醒。他點起案上的馬燈，翻開筆記本，攤開稿紙，準備寫那份軍事問題報告。窗外，寒風獵獵，雪花如絮。
躺在床上的鄧穎超並沒有睡著。她抬起頭看見丈夫一回來又要伏案工作，輕輕嘆了口氣。但她不想打擾丈夫工作，又假裝睡著了。這段時間她身體還是不好，加上長途跋涉，身體更加虛弱，晚上不等他回來，就早早上床休息了。
周恩來端坐在案前，陷入沉思中。他疲憊的臉上，充滿了苦惱的表情。思考了好長時間，他都沒有拿起筆寫一個字。是他才學不成嗎？不。他才兼文武，在黨內是早被公認了的。自從八年前進入黨中央核心以後，黨中央及軍委的好多重要文件都是由他執筆起草的。那麼，在這麼一份報告面前，他怎麼如此愁腸百結、無從下筆呢？
其實，就他個人而言，他是最不願意寫這份報告的。可是，如果他不寫，又該由誰來寫呢？若換上博古或李德來寫，可能不用這麼費心勞神，那會是一個怎麼樣的報告呢？那樣的報告又能解決什麼問題呢？第五次反“圍剿”失敗了，西征以來軍事連遭敗績，部隊損失慘重，這是血的事實啊！這能說軍事指揮沒有問題嗎？能說軍事策略是正確的嗎？承認軍事指揮是錯誤的，這需要多麼大的勇氣啊！
就如博古、李德所說的，這一年多來執行的是共產國際的軍事路線，一旦承認五次反“圍剿”及西征以來的軍事行動是失敗的，那不就等於否定共產國際的軍事路線嗎？否定共產國際的軍事路線就是否定共產國際的政治路線！要是像博古、李德那樣，只承認是局部的軍事失利，總的軍事策略是正確的，經共產國際批准的原定計劃在大的方面還是達到了目的，這樣以後到莫斯科就好交差了。
最重要的問題是，這樣的說法，黨中央的全體同志和廣大的紅軍指戰員會接受嗎？他們不接受，問題就得不到解決，正確的方向就找不到，黨和紅軍將何去何從？
是站在毛澤東他們一邊，承認軍事指揮是錯誤的，並對原定的軍事策略進行改正呢？還是站在博古李德一邊，只承認局部的軍事策略失誤，而認定整個軍事路線是正確的，是不容否定的呢？此時此刻，他的態度非常關鍵。他在其中起的作用，是任何人所無法替代的。
“恩來，該休息了！”妻子催促道。
他這才從冥思苦想中回過神來。走到床前，他俯下身看一看妻子，關切地說：“怎麼，你還沒睡啊？……”
“你不是也沒睡嗎？”妻子責備道，“前段時間老蔣對我們圍追堵截，你休息太少，身體都快搞垮了。現在衝出了他們的包圍圈，你還不抓緊時間休息？”
他辯解說：“政治局要開會，我得準備做報告哩！”
“開會做報告，對你來說是什麼稀罕事？我可從來沒見你為哪一份報告，這麼發愁過！”
他重重地嘆了口氣。見妻子要坐起來，他將她扶正，從床邊拿起一件棉衣給她披上。
她望著丈夫愁苦的臉膛，忽然想起什麼，說：“恩來，本來我是不該過問你工作上的事，但有些事我又不得不說。一年多來，軍事連連失利，先是中央蘇區丟了，再就是西征以來部隊損失慘重。現在，同志們對你們三人團意見很大啊！”
他點了點頭，又重重地嘆了口氣，說：“打了敗仗，難怪大家發牢騷嘛。”
“不過，大家主要是議論博古和李德，沒有提到你。”
“那我也不能因此而心安理得呀。打敗仗，也有我的一份責任嘛！”
“你是有一定的責任，但又與博古、李德他們有所不同。”她用勸慰的語氣說，“你是負責具體工作的，你的工作能力和工作熱情，大家有目共睹。不管怎麼說，目前黨的工作還離不開你，這支隊伍還是要你來帶的！”
“小超，你跟我說實話。”他緊握住妻子的手，鄭重地說。 “我要是坦誠地向同志們承認錯誤，並進行自我批評，他們會原諒我周恩來嗎？”
“我想，他們會原諒你的！”她不加思慮，體貼地說。 “你不是那種私心重，權力欲膨脹的人。你為黨工作，一貫兢兢業業、任勞任怨，你的為人黨內同志誰人不清楚！對你工作上的失誤，他們會原諒的。”
“這時候，我多麼需要同志們的諒解啊！……”他激動地抱住妻子，熱淚盈眶。