馬明方是中共中央於1954年4月決定調中央工作的，但由於他當時在西北大區的黨政軍領導工作還未脫開，因此直到是年8月才到北京出任新職。他先任中共中央副秘書長、中夾組織部副部長，後任中央財貿部部長，在中共中央工作了六年多。
1954年4月27日，中共中央政治局決定，任命鄧小平為中央秘書長兼中央組織部部長，譚震林、馬明方、宋任窮、劉瀾濤、林楓、李雪峰、楊尚昆、胡喬木為中央副秘書長；增加馬明方、宋任窮為中央組織部副部長。全國六大行政區撤銷之初，為加強上下聯繫，中央還成立了分別與華北、東北、華東、中南、西北、西南地區的省、市聯繫的六個地區工作部，由劉瀾濤、林楓、譚震林、李雪峰、馬明方、宋任窮副秘書長分別兼任這六個中央地區工作部的部長。中央建立了中央秘書長工作會議制度，會議均由鄧小平主持，各位副秘書長為會議的固定成員，並視每次會議需要分別吸收中共中央和國家機關部委的主要負責人參加，主要討論幹部配備和中央交辦的其他重要事項。毛澤東主席親自召集過一次中央秘書長工作會議，他說：中央的事由你們做，對外一律用中央名義，不用秘書長或副秘書長的名義。馬方是中央政治局會議固定的列席成員，參加政治局的會議和中央書記處的一些會議。他除做中央副秘書長和中央西北地區工作部部長的工作，還協助鄧小平主持中央組織部的全盤工作。以後他又是鄧小平主持的黨的全國代表會議、七屆五中全會、七屆六中全會、第八次全國代表大會，籌備工作班子的主要領導成員，是鄧小平主持的“修改黨章及起草《關於修改黨的章程的報告》委員會”的成員。他在鄧小平的直接領導下做了不少重要工作，是鄧小平的重要助手。
1954年8月27日，中共中央政治局委員、書記處書記劉少奇，在政治局會議上提議，由馬明方、張際春、蕭華、胡耀邦等起草中央關於共產黨員在日常生活中應注意的若干事項的決定。 10月27日，馬明方書面報告劉少奇：“《共產黨員在日常生活中應注意的若干事項的決定》一文，已寫出。雖然我們花了不少工夫，但仍然寫得不好。現送上，請你審核。”在這個決定的草稿中，主要有這樣一些內容：共產黨員不得做壽，不得以公共財物送禮，非經中央決定不得以人名命地名，中央和地方負責同志進行工作和其他活動時不得組織歡迎歡送，不得獻旗獻花，娛樂場合中不得備用水果點心，少鼓掌少敬酒；共產黨員的娛樂活動，如看戲、看電影、跳舞和體育活動，不得妨礙工作；共產黨員不得侮辱玩弄女性，不得違反《婚姻法》；共產黨員不得酗酒滋事，賭博偷盜，吸食毒品，不得貪污勒索，欺騙詭詐；共產黨員不得利用職權假公濟私，違犯財經制度和財經紀律。 10月29日，劉少奇將這個決定草稿呈送毛澤東主席審閱。這些近半個世紀前寫的條文，現在讀將起來，仍備受教育，深感大有警示作用，仍然是今天的共產黨員特別是黨員領導幹部在日常生活中應該注意的事項。
1954年9月15日至28日，第一屆全國人民代表大會第一次會議在北京舉行。陝西省選舉的全國人大代表馬明方出席了這次會議，並是大會主席團成員和代表資格審查委員會主任委員。 9月26日，馬明方在大會上作了發言。他說：西北地區和全國一樣，五年來在政治、經濟和文化建設方面的成就也是極為顯著的，但我們在勝利前進的途程中還存在著不少的缺點和過失，只有不斷地克服了這些缺點和過失，才能更健全地勝利地做好我們的一切工作。隨著我們各項建設事業的勝利和發展，愛祖國愛勞動已逐漸成為我國人民的一種新的社會道德和社會風氣。但在我們的某些幹部和工作人員中還存在和滋長著一種貪圖個人享受、對自己的工作和事業採取不負責任的態度，並且常常因此而造成工作中或大或小的損失。對於這些不負責任的工作人員，除了經常對他們進行教育以外，是應該給以必要的紀律處分的。這種不負責任的現象，是舊社會遺留下來的，是多少年來形成的一種剝削階級的生活習慣和思想形態，因而需要我們花費很多時問和精力才能從根本上加以消除。我們不怕暴露自己的一切缺點和過失，我們也一定能夠更加勇於改正和克服自己的一切缺點和過失，而把偉大的人民事業不斷地引向新的更大的勝利。 9月27日，大會進行選舉，馬明方當選為第一屆全國人大常委會的委員。
1954年11月8日至12月7日，經中共中央批准由中央組織部主持召開的第一次全國農村基層組織工作會議在北京舉行。 11月8日馬明方致開幕詞，他說：全國勝利了，五年建設計劃開始了，農業互助合作和農業生產有了新的發展，整個農村情況和農村經濟情況有了改變，因而要求我們農村黨的基層組織要提高一步，要有所改變，不改變不行，這次會議就集中討論這個事情。 11月22日，馬明方在會上作了題為《發展和鞏固黨在農村的基層組織，為實現國家對農業的社會主義改造而鬥爭》的報告。報告分為九個部分：一、認真做好發展和鞏固黨在農村的基層組織的工作；二、使農村支部的組織形式和農村工作的發展相適應；三、加強集體領導，開展批評與自我批評，健全支部民主生活；四、加強農村支部的教育工作；五、建立和加強農業生產合作社中的政治工作；六、整頓落後支部，加強對於落後支部的領導；七、加強黨的統一領導，發揮鄉人民委員會和各種組織的作用；八、用說服教育的方法進行工作，反對強迫命令；九、縣委、區委必須加強對農村支部的領導。 12月7日，馬明方作了會議總結髮言，他再次強調：開展批評與自我批評是黨內民主生活的重要標誌，但是在不少支部中還不能很好地開展批評和自我批評，因而使黨的生活不夠正常，黨員的積極性不能發揮，甚至造成了黨內不團結的現象，農村支部必須向黨員經常地進行關於批評與自我批評的教育，使黨員明白，如果沒有黨與群眾的監督，即使是最好的黨員也可能變壞。黨內應進行團結的教育，對於一切不利於團結的人和事都要予以嚴格的批判。個人包辦，家長式的領導，黨的負責人不受黨員監督，不允許黨員對黨的工作進行檢查和批評，是資產階級政黨所具有的一種特徵。農村支部必須在自己的一切生活和工作中堅決向這種傾向作鬥爭，實行集體領導，建立支部民主的、批評與自我批評的生活，嚴肅黨的紀律，增強黨的團結，從而把黨在農村的各項工作做好。 1955年2月21日，中央批轉了馬明方在這次會議所作的報告。
1955年3月21日至31日，中國共產黨全國代表會議在北京舉行，會議通過了《關於高崗饒漱石反黨聯盟的決議》，馬明方出席了這次會議並發了言。代表會議之後，受中央委託馬明方又代表中央在京主持召開了西北歷史問題座談會。從4月4日開始，共開了8次會議，出席全國代表會議的西北地區代表和在京的有關同志共30多人在會上發了言，著重揭露批判了高崗在西北的反黨罪行。 4月13日座談會結束時，馬明方發了言，他說：最後我講幾句話，也就是我們的教訓，歸納起來說就是，離開了黨的路線，離開了黨中央和毛主席的領導，離開了黨和黨內許多忠實的同志，離開了人民群眾，任何人，任何英雄好漢也不會在歷史上做出什麼可觀的事情來，誰要在這方面投機取巧，誰就要遭到悲慘的失敗。只要階級存在，階級鬥爭存在，舊的社會思想意識存在，黨內的各種錯誤思想傾向就總會存在的，階級存在到什麼時候，階級鬥爭就存在到什麼時候，階級消滅了不等於舊的思想意識就消滅了，常常是階級鬥爭消滅以後舊的思想意識還存在相當長的時期，舊的思想意識和革命的先進的思想意識鬥爭總是要反映到我們黨內來的。所以，我們要學會向各種錯誤思想傾向及時地正確地進行鬥爭，並且及時地正確地加以批判和克服，這是我們黨的事業，人民的事業，馬列主義的事業，取得勝利的重要保證。這是很重要的工作，是我們必須做好的重要工作。
馬明方也很重視群眾來信的處理工作。 1955年春群眾來信反映，烈士張漢民的父親病亡後，因家貧又無親屬作主，長期未能安埋。 5月5日，馬明方簽發中共中央組織部給陝西省委並山西省委的電報，要求地方幫助解決這個問題。電報說：“過去楊虎城部內之旅長張漢民是共產黨員，曾為黨做了不少工作，1935年在陝西革命戰爭中被紅軍誤殺。自他死後，他的父親和他的一個幼女即寄居陝西。1954年他父回原籍山西稷山縣，8月病亡。我黨對漢民之家屬應按革命烈士予以照顧撫卹，陝西省委應斟酌具體情況給漢民之女若干埋葬費，令速回家埋葬她的祖父，並指定一個同志負責幫助辦理。希山西省委亦告稷山縣在埋葬問題上給予必要的幫助。”陝西省委接到電報後，交由西安市人民委員會給張漢民之女張懷欽頒發了“革命犧牲軍人家屬光榮紀念證”，按師級以上犧牲軍人的撫卹標準補發了撫卹費。經與張懷欽商量，於是年秋後由張懷欽回原籍，在當地政府幫助下安埋了她的祖父。張漢民生於1903年，1925年冬加入中國共產黨，長期在陝軍中做地下軍運工作，先後任楊虎城部的營長、團長、旅長，在西北地區的黨內外甚有聲譽。因此，黨對張漢民身後事的妥善處理，在西北的干部和當地的群眾中產生了良好的影響。
1955年5月18日，中共中央辦公廳通知，中央決定派馬明方在西安召集西北各省省委書記、西安市委書記和有關同志開會，傳達毛主席的指示，討論西北地區農業互助合作、糧食統購統銷、鎮壓反革命等問題。這次會議於5月22日開始，24日結束，與會的同志認為，毛主席的指示很切合實際，也很及時。 5月27日，馬明方向中央和毛澤東主席電報了西安會議的情況。其中提到：陝西寶雞專區和甘肅銀川專區的大部分地區，甘肅天水專區和陝西渭南專區的部分地區建社中的問題較為嚴重，社員退社、拉走耕畜，甚至有因要退社和不滿意對耕畜、青苗等問題的處理捆綁社主任、鄉干部，包圍縣長的；窩工、減產、耕畜死亡的現像也比較普遍。辦得不好，問題較多的社，陝甘兩省約佔15％，青海省約佔12％，新疆省約佔7％。現在是農忙季節，去冬今春合作社發展得又較猛，秋收前一般的不求再發展，以便集中全力搞好生產；並在充分進行政治工作（例如貫徹自願互利、中貧農團結等原則），加強黨支部工作的基礎上，合理解決土地、勞動分紅問題，耕畜的所有權和工價問題，青苗問題，勞動力的合理組織和使用問題。然後在秋收後到明年春季再有計劃地分批地去發展。關於糧食統銷問題，馬明方說：西北幾個省1955年的統銷指標是打得比較寬裕的。問題是機關、工廠、學校中的冒領、浪費糧食現像是普遍而嚴重的，以拋棄飯食餵養牲畜的現像很普遍。國家統銷的糧食70％是供應城市的，如果制止了城市中這種浪費的現象，就可以節省很多糧食，西北各省準備採取一切確實可行的措施解決這方面韻問題。中央認為馬明方的報告很好，於5月30日轉發上海局、各分局和各省、市委參考。向鄧小平、毛澤東反映非生產性建築中的突出問題。
1955年6月22日，時在西安的馬明方就非生產性的房屋建築問題電報鄧小平和毛澤東主席。電報說：中央各部關於非生產性的房屋建築一律改為平房的指示下達後，在蘭州工程建設中發生一系列問題亟待解決。 （一）原來根據中央各部門的指示將大部分非生產性的房屋按二層到三層樓房進行了設計、備料和施工力量的調配等工作，現在一律改為平房，就有370萬立方米的木材（其中小木材可用之修平房）、2000噸鋼筋、2萬噸水泥、20萬立方米石頭、10萬立方米碎石積壓起來，已調配好的2萬多工人和一些技術人員，因設計、備料等工作未做好，全部無法進行工作。 （二）施工地區的面積因受山河限制都很狹窄。如東門外（即東崗）已有蘭大、科學分院、醫學院等正在擴建和新建，如一律改修平房，原計劃要留的控制地區即全部被佔去；西門外（即西固）擬建的橡膠、熱電、氮肥、煉油、自來水等廠，預計職工為6.6萬多人，如一律修平房，每人按4.5平方米計，則將有6000人的住處無地方修建，如每人按6平方米計，則將有1.8萬人的住處沒地方修建；七里河擬建的石油基建廠、煉油和化學廠、火車站、火車頭機車修配廠、毛織廠等，預計職工為13.7萬人，如全部修平房，每人以4平方米計，則將有4.5萬人的住處沒地址修建，如每人按6平方米計，則將有7萬人的住處沒地址修建。西安市也有因此造成積壓、窩工等問題存在。據甘肅省委的同志說，如果允許修建一部分三層（平川）和二層（半山）樓房，每平方米造價大體可控制在中央規定平房標準之內。上述問題比較複雜，中央似應派遣大員協同有關部門組成工作組，分赴上述工地，按照當地實際情況，迅速分別解決這些問題。否則延誤時日會造成嚴重浪費，並影響國家五年計劃的完成。中央很重視馬明方所反映的情況，於6月24日復電馬明方並甘肅省委，指出：中央對非生產性建築的要求是適應我國現在的經濟水平和人民生活水平的，根據不同氣候，不同城市，辦公樓與高等學校的建築造價每平方米45元至70元，職工宿舍20元至60元；根據上述造價範圍，結合各地的土地、材料等具體情況，可以建築平房或二三層樓房，中央並未決定房屋修建一律改為平房。除請甘肅省委按上述原則進行佈置外，中央責成建設委員會黨組派副主任一名負責率同有關各部派人組織工作組，前往蘭州、西安佈置。
馬明方對工作極其認真負責，尤其是對黨中央負責同志交辦的有關地方和部門工作的一些事項，他都要書面報告辦理的情況。而且成了他工作中的一項製度。 1955年8月22日，他就劉少奇交辦的事項，向劉少奇寫了報告，其中有：（一）關於青海、甘肅、新疆要求從內地招收一批青年知識分子問題。甘肅省要求招收1200多名，已在天津、北京的中學生中錄取了1000名，在河北的複員軍人知識分子中錄取了200多名。青海省要求招收1600多名，已確定從山東、河北、河南三省各招收500名，從北京招收170名（全是回族）。新疆省要求招收4070人，正在河北、河南、江蘇、湖北、陝西、安徽、浙江等七省招收。 （二）關於給科學院調配95名幹部問題。其中75名科級以上乾部現正由中央機關幹部調整委員會從中央機關調整出來的干部中抽調解決，20名司局長級幹部因條件很高不可能從調整出來的干部中解決，已與科學院商談由他們提出具體的抽調計劃報中央批准後向各地抽調。 （三）關於給新疆省包爾漢、賽福鼎同志調秘書的問題。現在我們正在物色適當的干部。 （四）關於抽調一批青年知識分子到基層工作的問題。在中央一級機關整編中，估計可以抽調出1.2萬名左右的干部去工廠、農村工作，其中有一大批是青年知識分子（規定工業部門必須抽調四分之一左右的1950年以來統一分配的大專學生到基層單位工作）。 （五）關於加強工業城市中黨委的干部配備問題。已商定由中央書記處第三辦公室的李雪峰同志負責研究統一予以解決。
受中共中央委託，馬明方於1955年5月20日至6月29日，先後參加了陝西省、甘肅省和西安市的黨代表會議，並於8月30日向中央和毛澤東主席寫了書面報告。馬明方在這幾個黨代表會議上都講了話，其中在陝西省黨代表會議上的講話中，特別強調要關心農民的利益。他說：農業生產合作社要注意分紅問題，不要將公共積累留得太多了，首先要使社員感覺到他人社以後並不比入社前壞，再進一步使社員感到人社後比入社前好，得的利益多，多一分也算好，多二三分就更好，多七八分就越好。如果一進農業社他們的收入就比入社前減少了，要使他們滿意農業社那是困難的，是不合道理的，你光是抽像地講農業社的好處，那是不解決問題的。農業社要鞏固，當然政治工作也很重要，黨的工作也很重要，但是實際產量的增加，使社員得到的具體利益較多，這一條則更重要，只有他們得到了利益，第二年得到了更多的利益，那農業社大體上就可以鞏固。社員的實際利益是鞏固農業社的物質基礎，在物質基礎上，政治工作就能充分顯示它的作用。要注意農業社的公共積累，但也要注意到社員每家每戶所得的利益。現在我們許多地方不是這樣的，農業社一成立。就蓋什麼辦公室，買什麼東西等，這一頭佔的多了，社員所得到的具體利益就少了，少了人家就不會滿意合作社。也要注意允許社員家庭小塊自留地的生產。蘇聯集體農莊用拖拉機等機械生產，但莊員的家庭還有小菜園、奶牛、小豬、羊子、雞鴨及其他手工業生產等，我們一下子就要農業社里把社會主義搞得那麼純是不可能的，應該允許社員有家庭生產，並要當作農業社對社員進行工作的一條重要任務去做，讓他們在農業社以外，在自己小塊土地上生產或者搞其他副業或別的生產（不能違法），以增加他們的實際收入。馬明方還於6月7日向中央如實地電報了陝西日益嚴重的旱情，他說：陝西全境旱像日趨嚴重，尤以陝北、陝南為最。陝北兩月多來點雨未滴，山地麥田大部幹死，減產45—70％，秋田多未下種，榆、綏一帶糧價猛漲，小米每鬥由上月初的3.2元漲到6.8元，黑豆由3.1元漲到6.2元，麥子由4元漲到8元多，沿黃河各縣小米每鬥已漲到11元。關中至今仍未落透雨，鄉村購買物品的人愈來愈少，部分人民中滋長了不安情緒。各級黨委正在領導農民進行開渠、挖井、保墒補苗等工作。另外，外省流入陝西的災民已遣送還鄉1萬餘人，安置了幾千人，但最近又增至近3萬人。這些災民多來自河南、安徽、江蘇。其中有地主、流氓分子，有一般群眾，也有個別黨團員和鄉村幹部，當地黨政有安置不暇之苦，既耽誤生產，也影響社會治安。陝西省人民委員會除令各縣加強安置工作外，也希望國務院申令有關省人民委員會切實加強終止災民再流工作。
1955年10月4日至11日，中共七屆六中全會（擴大）會議在北京舉行，會議通過了《關於農業合作化問題的決議》。馬明方出席了這次全會，並主要就“加強農村中黨的基層組織的建設和整頓工作，以便於黨能夠進一步加強對農業生產的社會主義改造的領導”的問題，發了言。六中全會後，遵照毛澤東主席的指示，馬明方先以省為單位，主持召開了陝西、甘肅、青海、新疆座談會，以後又召集四個省的同志一起座談了兩次，主要座談對農業合作化的領導問題。 10月20日，馬明方將座談中的主要情況和問題，書面報告了毛主席。毛主席閱後於10月23日批示：“劉、週、陳、鄧閱，退毛。第二頁末數行所提問題，請小平、陳云同志注意。”毛主席所指的“第二頁末數行”，全文如下：“在座談會中，也談到，在製定合作化的規劃的時候，必須從當地的具體情況出發，防止超越實際的主觀片面思想。批判右傾思想的時候，必須和當地的工作狀況和同志們的思想實際相結合，離開實際就沒個分寸。”
黨的七屆六中全會後，中央指定馬明方、安子文、李雪峰、陸定一、張際春等五人研究中央分部的問題。馬明方召集五人小組座談兩次，商定：先建立中央工業交通工作部、財政貿易工作部、文化教育工作部，即從中央組織部分出管理工交和財貿幹部的任務，分別成立工交工作部和財貿工作部，從中央宣傳部分出管理文藝、普通教育、衛生、體育等方面乾部的任務，成立文教工作部；然後再建立中央交通運輸工作部、政法工作部、外交外貿工作部。根據工業交通、財政貿易、文化教育系統的干部情況和業務工作情況，本著緊縮編制，減少層次，加強領導的原則，馬明方於1955年11月29日，就工交、財貿、文教三個部的組織形式、機構設置和人員編制，提出具體方案報告鄧小平。三個部包括雜勤人員共編制1000人，其中乾部813人；除從中央組織部、中央宣傳部、中央書記處第三辦公室撥出363個乾部名額外，餘均從中央一級其他部門調整解決。鄧小平又召集五人小組討論了一次，於12月11日將馬明方提出的方案轉報中央，並提出鑑於成立文教工作部還沒有考慮成熟，可先成立工交工作部和財貿工作部。 12月28日中央政治局會議決定先成立工交工作部和財貿工作部，任命李雪峰為工交工作部部長，馬明方為財貿工作部部長。
1956年9月27日黨的“八大”閉幕後，受中共中央監察委員會的委託，習仲勳和賈拓夫約同馬明方、馬文瑞、甘一飛、潘自力、趙伯平、張邦英、汪鋒等，對中共陝西省委1954年作出的《對於渭南問題和華縣問題的結論》和《關於省委宣傳部不團結問題的結論》兩個文件以及有關幹部提出的問題，進行了20多天的座談和研究。 10月18日和19日，座談了對這個問題的認識和處理意見。中央監委副書記王從吾參加了最後兩天的座談。座談形成了紀要。 《紀要》、認為：（一）中共渭南地委領導上在“三反”運動初期是有缺點和錯誤的，這些缺點和錯誤是屬於壓制民主、壓制批評的性質，而不是渭華幹部反黨反領導的問題，省委的《結論》上沒有明確指出這一點，是不妥當的；渭南地委決定逮捕在“三反”運動中有過一些不利於黨的團結的錯誤言論的一個乾部，是錯誤的；之後，省委紀律檢查委員會又對這個乾部給予了留黨察看一年半的處分，是不適當的，建議予以撤銷；渭南專區偵察科負責人在“三反”運動中記的30名被偵察的人員名單，造成黨內同志間互不信任的不正常現象，這是極其錯誤的，而省委在修改“渭華問題”的《結論》時，略去了這個名單，又在幹部中間引起一些錯覺，也是不妥當的。由於這個《結論》有缺點，建議中共陝西省委根據當時的實際情況，實事求是的重新作出結論，並本此精神解決那些處理不當或懸而未決的問題，在解決這些問題中統一干部認識，加強團結。 （二）中共陝西省委宣傳部曾經存在著嚴重的不團結現象，部長應當負主要責任，同時擔任副部長的干部，也應當負有責任。由於省委《關於省委宣傳部不團結問題的結論》有許多並不恰如其分之處，建議省委撤回這個結論。中共陝西省委關於“渭華問題”和“省委宣傳部不團結問題”的兩個結論是經過中共中央西北局批准的，當時主持西北局工作的馬明方在座談中認為在處理上述問題的方法上、認識上是有缺點的，有教訓值得記取。中共中央批轉了這個座談紀要。
馬明方擔任中共中央財政貿易工作部部長近五年。在此期間，他於1958年7月間在陝北考察了半個多月，於8月24日向中央書記處寫了《關於陝北農業生產問題的報告》，對治溝治沙等提出具體意見。他說：陝北地形複雜，溝渠縱橫，有毛溝、支溝、乾溝。米脂縣境內有長達20裡到100裡的溝渠18條，5裡到20里以下的溝渠182條，5里以下的溝渠4000多條。其他各縣大體如此。如果在這些溝渠攔洪蓄水就可以擴大水地面積。治理的辦法，一般應當由毛溝到支溝，再到干溝，分段蓄水，節節利用；治完一條溝，再治一條溝，先治有水的，開展大的溝，次及其餘。治理溝渠的基本工作，概括言之，一日土石工程。二日生物措施。治溝必須和治山相結合，但應以治溝為主，以便迅速地普遍地取得水利。治山在目前應以能夠控制水土流失，減輕洪水對溝渠水利工程的壓力為目的。對於生物覆被較好的山區，主要是保護現有林木和野生植物，使之繼續生育發展；對於準備退耕的土地應積極培植各種易生植物，以收到水土保持之效；對於現耕的緩坡地帶，應盡力做好田間工程。他說：陝北沿長城一線有近1000萬畝流沙，大風一起黃沙滾滾，對於農田的危害極大。榆林地區已經創造出一套治沙辦法，就是種樹，種沙蒿，引水排沙，很有成效。從榆林到定邊一線的防沙林帶已具雛形。沙上種沙蒿，生長極快，二三年內就可將沙覆蓋。種沙蒿、種樹，種喬木和種灌木並舉。 30年前榆林有個馬德峰，在沙地上培植起300畝大的一片林帶，足見沙漠變林田並不是新事。引水排沙，四五丈高的沙丘幾小時之內即被拉平，水到之處一片汪洋，流沙就難以流動。榆林的治沙經驗，我看在沙漠地區都可推行。馬明方關於治溝、治沙的意見，在今天仍有現實的指導意義。
1960年9月中央財政貿易工作部撤銷後，10月中央任命馬明方為中央東北局第三書記。馬明方到東北工作。