1946年7月，從國民黨新疆省出獄的中共中央候補委員馬明方回到陝甘寧邊區。 11月，中共中央任命馬明方為中央西北局副書記。此時國民黨蔣介石集團發動的內戰已全面爆發。 ：在此後的數年間裡，在中共中央和毛澤東主席的直接領導下，馬明方協助黨在西北的主要領導人彭德懷、賀龍、習仲勳、林伯渠，全面地領導了保衛陝甘寧解放區和解放陝甘寧國民黨統治區的艱苦鬥爭，為黨和人民建樹了新的功勳。
侵占陝甘寧邊區，奪取延安，是蔣介石集團發動內戰的重要戰略目標之一。 1946年8月2日，國民黨空軍轟炸延安。到了10月間，集結在邊區南、西、北三面的敵軍已達8個師、23個旅、15個保安團、2個空軍大隊、2個獨立砲兵團、2個工兵團、1個裝甲兵團，進犯解放區的大小戰鬥達70餘次之多，大有“黑雲壓城城欲摧”之勢。在此嚴峻的形勢下，中共中央書記處於11月9日決定，在延安的黨政軍民中公開動員保衛延安，一切笨重器材在一兩個月內疏散完畢。 11日，中共中央召集幹部大會，朱德、劉少奇、彭德懷、楊尚昆到會講話，號召動員起來，保衛陝甘寧邊區。
遵照中共中央的指示精神，中央西北局在書記習仲勳的主持下，多次召開常委會議討論形勢和戰備問題，具體部署保衛邊區的各項實際工作。馬明方在常委會議上反復強調說：蔣介石集團的總目標是要消滅我們共產黨和解放區，不消滅我們共產黨和解放區他們是死不瞑目的。我們的方針要針鋒相對，堅持保衛解放區，堅持自衛戰爭。這場戰爭是定了的，不可避免，問題是我們如何取得勝利，是我們孤立蔣介石，還是我們自己被孤立。要藐視美帝國主義和蔣介石，但不能不重視他，這就要認真備戰，要從精神上物質上去積極進行備戰。敵人進攻延安的時間不會很遠，可能有兩三個月的空隙，我們要抓住這個空隙，紮紮實實地做好各項戰備工作。解決土地問題是戰備工作的重要內容，各地的戰備工作必須和土改工作結合起來進行，同時要發動群眾搞好生產。這場戰爭一打起來，可能不是幾個月，要有長期打算，節省開支，支持戰爭。很多地方可以節省，如機關人員可以大減，馬匹可以大減。財政開支要通盤計劃，周密審查，嚴格製度和紀律，節省一切可以節省的人力物力和財力，以贏得長期的自衛戰爭的勝利。
馬明方還說：在做好解放區戰備工作的同時，還要派幹部到寧夏、綏遠、甘肅、關中、黃龍、陝南國統區去。整理那裡的黨組織，改正對“隱蔽”政策的誤解，喚醒黨員起來積極參加黨的工作。要宣傳教育群眾，組織秘密游擊隊，注意用群眾迫切的口號，組織開展群眾運動。要廣交朋友，組織廣泛的反蔣統一戰線。以國統區的人民鬥爭，來配合解放區的自衛戰爭。在中共中央直接領導下，陝甘寧邊區的戰備工作廣泛深入地開展了起來。
廣大人民群眾熱烈響應黨的號召，積極參加保衛邊區的鬥爭。數千青年爭相參軍，土地改革運動轟轟烈烈的進行，國民黨軍的一次次小股侵犯被地方武裝和民兵英勇的擊潰或消滅，穩紮穩打地奪取自衛戰爭的勝利。
1946年10月，正當國民黨軍陰謀閃擊延安的時候，國民黨陝北保安指揮部副指揮官胡景鐸，接受中共中央西北局的指示，在解放區軍民的大力配合下，率領5000官兵在橫山光榮起義，遂使橫山縣和榆林縣南部的國統區獲得解放，建成榆橫特區。特區下轄橫山、鎮川兩個縣治，胡景鐸任特區政務委員會主任。榆橫特區地處陝甘寧邊區的北端，鞏固這個新解放區對於保衛邊區北境的安全甚為重要，因此西北局十分重視這個解放新區的鞏固工作。
1946年10月底到11月初，西北局常委會議多次討論榆橫新區的工作問題。遂形成關於榆橫新區工作的指示。
1947年1月4日至7日，西北局連續四天召開常委會議，專題討論榆橫新區的工作問題。馬明方說：鞏固榆橫新解放區，這包含著兩種意義，一是在新區放手發動群眾，解決土地問題，建立群眾自己的武裝，改造鄉政權；一是用一切力量開展榆屬國統區的工作，繼續解決榆林問題，否則新區仍有隨時被敵人侵擾和侵犯的危險，不要以為只要把新區群眾發動起來便萬事大吉。黨的特委在對內對外工作的領導上，應以四分力量用之於內部，大部力量用之於外部，並積極改正前一兩個月對外工作有所放鬆的缺點。西北局常委會議還重點討論了胡景鐸起義部隊的整訓問題。馬明方說：胡景鐸部能在內戰全面爆發後率先接受我們黨的號召，反對內戰，光榮起義，說明這個部隊是好的。我們準備用3個月時間整訓提高這個部隊。大體看來，在整訓中，除了很少的人需要審查注意外，不需要提什麼如“肅反”的口號，主要是進行政治思想教育，講解八路軍的作風紀律和黨的各項具體政策，提高官兵的政治覺悟。要十分重視對胡景鐸的培養，使之成為對內對外團結這個部隊的核心人物。我們派到這個部隊裡去工作的同志，要把自己的位置擺正確，擺適當，否則就會引起部隊的反感，在新同志和黨外人員中造成不好的影響。
西北局撤出延安後，馬明方於5月21日主持召開西北局後方工作委員會會議，討論了榆橫特區堅持游擊戰爭的問題。
隴東分區是陝甘寧邊區通過徵購地主土地的辦法進行土地改革的試辦地區，中共中央和邊區領導機關派了一大批幹部在這裡進行試辦工作。 1947年2月5日，中共隴東地委報告西北局：到1月底，慶陽、合水、鎮原等3個縣33個鄉的徵購土地工作大體結束，共徵購和獻地56823畝，9080戶無地和少地的農民分得了土地。為了加強對土改工作的領導，馬明方帶著西北局2月10日對隴東土地徵購工作的指示到慶陽，對隴東分區的工作進行視察和具體指導。
2月17日，馬明方在中共隴東地委會議上強調指出：慎重的對待富農，實際上是鞏固聯合中農的問題。我們的目標是消滅封建剝削制度，割掉富農的封建剝削尾巴和消滅封建剝削制度在目標上是一致的。但是不能過重打擊富農，當群眾要求動富農土地時，以不致引起中農恐慌為原則，倘若因動富農土地而遭到中農反對，那就要迅即檢討我們對待富農的政策。富農打擊過重，就會使富農走向地主方面，並使中農恐慌，而孤立我們自己。
但是正當隴東分區的土地改革運動深入發展的時候，國民黨軍於2月28日進犯隴東，3月2日侵占了慶陽和合水。馬明方隨中共隴東地委機關轉移到慶陽以北的廣大農村，協助地委領導隴東分區的自衛游擊戰爭。
他強調指出：（一）敵人佔了城鎮，我們還有廣大農村，只要我們適應這個變化，積極組織整頓地方武裝，廣泛開展游擊戰爭，改變黨政組織形式，發動群眾整頓後方勤務工作，努力支援前線，形勢會起變化的，而且愈往後形勢變化愈有利我們。 （二）在戰爭的環境下，要利用一切機會解決土地問題。戰爭動員的關鍵還在於土地問題的解決。在鄉村，堅持游擊戰爭與解決土地問題是當前的最主要工作。 （三）戰爭才開了個頭，艱苦的戰爭還在後頭。我們的一些地方可能被敵人佔領，一些地方可能變成游擊區。但群眾是向著我們的，最後勝利是我們的。要教育幹部樹立起這個信心。 （四）對於敵人編的“保甲”，能打垮的就設法打垮，一時打不垮的，可爭取其“明順曹操，暗順劉備”，為我所用。
同時，馬明方還對戰爭以來的隴東分區領導工作中存在的問題進行了調查。 3月12日，馬明方在給西北局的電報中提出：（一）這次敵人侵入慶陽、合水，一下暴露了我們工作中許多嚴重的缺點。 （二）其主要的原因在於地方黨政的工作不確實，幹部命令主義的工作方式在各種藉口、各種形式的掩護下存在著。 3月18日，西北局作出關於加強隴東地委的決定，指出“這次戰爭暴露出來的極多弱點，證明隴東工作沒有認真轉變，已不能適應新的戰爭環境，隴東地委是有責任的”，決定調整分區黨政軍的主要領導人員。
3月下旬到4月上旬，馬明方幫助隴東地委認真總結已往工作的經驗教訓並向西北局作了報告，西北局於4月12日轉發了這個報告。報告說：隴東地委領導作了初步的檢討，以往的工作主要缺點是：1、本位主義，不忠實執行地委的決定，黨的一元化領導實際未做到。 2、地委各委員對於全局工作不關心，地委的主要負責者亦未盡到克服與糾正之責，致使集中領導、各負專責的效果很差。 3、嚴格檢查工作的製度未建立，對黨政基層組織執行黨的指示的效果很少注意，下面的情況不能很好了解，地委的決定往往不能貫徹到實際工作中去。因為領導上有嚴重的官僚主義作風，致使實際工作中存在著嚴重的問題。
戰爭教育了人。從分區領導到基層，隴東的干部作風轉變了，一面堅持游擊戰爭，一面堅持土地改革和生產、戰勤工作的動員，不斷取得勝利。
1947年3月19日，中共中央西北局隨中央主動撤出延安，轉移到延安以北的廣大農村，繼續全面領導邊區的各項工作。
西北局撤出延安後，為適應戰爭環境，正式分設為“前敵委員會”和“後方工作委員會”兩部分。前委以習仲勳為書記，與彭德懷為司令員兼政委的西北野戰軍總部一起行動，習仲勳也是西野的副政委。後委以馬明方為書記，林伯渠、王維舟、賈拓夫、周興為成員，負責地方工作和軍隊的糧草被服等。
4月底，馬明方從隴東北上抵達安塞農村，主持西北局後委的工作。在一個多月時問裡，馬明方利用戰鬥的空隙，主持召開了十多次後委會議，討論部署撤出延安後的地方工作。隨同毛主席轉戰陝北，參與指揮全國解放戰爭的中共中央政治局委員、書記處書記、中央軍委副主席兼代總參謀長的周恩來，中共中央宣傳部部長陸定一，也參加了其中的幾次會議，作了重要指示。馬明方在每次會議上都有發言，綜合起來主要是：（一）我們陝甘寧邊區十年來處於相對的和平環境中，在思想上，從西北局到下邊，“打出去”的思想占主導地位，對敵人打進來估計不足，準備不足。在作風上，工作不深入，不踏實，形式主義，命令主義，脫離群眾。 （二）這次戰爭是長期的艱苦的，西北黨要經得起這個考驗，要一切從“長期、困難”四個字重新準備起。我們有困難，敵人也有困難。我們的困難能夠克服，而敵人的困難是無法克服的，因為他們與人民大眾是根本對立的。 （三）努力擴大武裝力量，擴大西北人民解放軍。要做到干部四分之一到三分之一參軍，黨員十分之一到十分之二參軍。要建立發展地方兵團，開展廣泛的群眾性游擊戰爭。 （四）創造比較鞏固的後方。這一方面要靠主力部隊作戰，一方面也要靠我們自己去努力工作。現有的這一大塊後方要盡量保存之，加強橫山、靖邊、吳旗、志丹、華池、安塞、子長等縣的工作。後方的任何人員都要擔負生產任務，這要成為測量後方工作人員負責與否的標準之一。要在河東山西建立小後方，派人以西北局、邊區政府、聯防司令部的名義去河東進行整理。 （五）做好反姦保安工作。反姦應區別主從，經過群眾，避免單純的行政處理。保安工作要加強，但不能“左”。保安工作已有十多年曆史，中間發生過“左”和右，一“左”便要錯殺人，遺害就大。 （六）開展敵占區的工作。這個地域內的黨員幹部大部分要上游擊隊去，一部分可以群眾面目出現進行秘密活動，凡敵要群眾辦理的手續，如加入三民主義青年團、宣誓等，可以允許參加。在此期問，後委還以西北局的名義發出了《關於目前邊區戰爭形勢與黨的任務的指示》、《關於目前敵軍工作的指示》、《關於擴大西北人民解放軍的決定》等重要文件，指導各地的工作順利開展。
6月15日，毛澤東為中共中央軍委起草的致林伯渠、王維舟並告彭德懷、習仲勳、馬明方、葉劍英、楊尚昆的電報指出：“敵之'清剿'，主要在騷擾我區，捉走壯丁。據我們經驗，只要我們採取積極態度，堅持反'清剿'鬥爭，即使是十數人的游擊隊，經常保持與敵接觸，也可使敵躊躇不敢冒進，或者據山築工，不敢下溝捉人。這樣，既可遲敵前進，便我掩護群眾及機關轉移，又可阻敵騷擾，減少群眾及機關損失。”遵照中央的指示精神，西北局於6月18日發出《關於粉碎敵軍“清剿”的指示》，對全區的反“清剿”鬥爭作了具體的部署。 7月21日至23日，中共中央在靖邊縣小河村召開前委擴大會議，研究人民解放軍戰略進攻階段各解放區配合作戰等問題。會後，毛澤東召集彭德懷、賀龍、習仲勳、馬明方、賈拓夫開了三天會，檢討工作，決定河東、河西統一後方工作由賀龍負責，習仲勳回後方工作。並決定西北野戰軍向榆林行動。至此，西北局的前委、後委合在一處了。
1947年6月初，馬明方指導中共綏德地委召開幹部會議，討論了土地改革等問題。 6月10日，馬明方親自動手向中央寫了書面報告。報告說：綏德分區的土地問題，據已知道的情況，有下列幾個問題：甲、把階級成分弄錯了，因土地不夠分配，就勉強把中農當做富農、富農當做地主，引起富農中農的不滿。乙、有些地方提出“有仇報仇，有怨報怨”的口號，混淆鬥爭對象，分散革命力量，引起農民間許多糾紛，造成農民內部的不團結。丙、沒收地主土豪家財時，群眾未曾發動起來，黨、政、軍代替包辦，二流子大出風頭，變為積極分子，欺騙幹部，從中發財。丁、分配土地時，幹部多得地，得好地。戊、幹部參加打土豪，刨窨子，私人拿東西，機關也沒收東西，造成與民爭財和群眾對立的現象，黨、政、軍的威信降低了，楊家溝的群眾曾提出要開除區委書記的黨籍並捆打幹部。周恩來仔細批閱了馬明方的這個報告。
1947年秋冬，西北局派出一大批幹部組成工作團，幫助綏德分區各縣進行土地改革工作，並一再指示地委要注意防止“左”的傾向和做法。
1948年1月19日，習仲勳、馬明方致電綏德地委：“在土改過程中，對參加三三製的黨外人士應慎重處理，縣以上非黨人士的處理務由地委提出意見經西北局批准，縣以下及小學教員中的非黨人，士須經地委批准後，才能處理。”3月26日，習仲勳和馬明方再次指示綏德地委：“凡錯訂成分，把中農錯作富農鬥了的，必須徹底改正，一家也不要錯了。凡改正錯誤不徹底的地方，必須繼續改正，不要說春耕已到而終止，爭取在最短時間內徹底清理，才能使群眾安心生產。”4月4日，習仲勳和馬明方又給綏德地委負責人寫信，指示堅決糾正土地改革中“左”的錯誤。信中說：“米脂土改中錯鬥了不少中農，這是一件大事情，必須認真改訂成分，退還錯誤拿出的土地和財產。本人財物已變賣或消耗的，應以其他鬥爭果實賠償，暫時無法賠償的可採取借貸方式處理。糾正'左'偏，應採取堅決的態度和切合實際的步驟，一般提出'秋後解決'還不妥當，應根據現有乾部力量，先從突出的區鄉開始，對被錯鬥的人，改訂成分，退還土地財物，有些土地應該退還但分得人已種上的，應採取由種地人收割後再退還並給出租子等辦法，使雙方都不太吃虧。對鬥得不錯但鬥得過火的，亦必須注意糾正。對鬥了的地主必須使其能維持起碼的生活，並須領導和幫助他們參加生產，使其逐漸獲得生產技能，依靠勞動生活。糾偏中忽略了這一方面，也是不對的。”
三邊分區的西面是寧夏回族地區，北面是綏遠蒙族地區，全分區的民族工作任務本來就比較重。自衛戰爭開始以後，三邊分區的一部分地方又幾度被國民黨寧夏的馬家軍所侵占，這就使這個分區的民族工作更為複雜、艱鉅。因此，西北局對三邊工作的指導特別強調要嚴格執行黨的民族政策。
1947年7月，中共三邊地委決定整理黨在寧夏的工作。 29日，習仲勳和馬明方致電中共三邊地委指出：三邊收復後，西北野戰軍主力部隊將北上榆林，這就為開展伊克昭盟蒙族工作創造了極為有利的形勢，三邊要藉此機會大力爭取伊盟的廣大軍民，除對個別首要反動分子發動蒙人進行鬥爭予以鎮壓外，對於在敵佔期間一時動搖而投敵的分子均應堅持爭取的方針，耐心教育，消除其顧慮，增強其勝利信心，告訴他們同敵鬥爭的方法，爭取他們同我們共同反對蔣介石，為實現蒙人自治進行鬥爭。為此，必須用大力擴大蒙漢游擊支隊，並加強對蒙人自治會的領導。
同一期間，鄂托克旗的蒙人自發的興起了“獨立運動”。 8月3日，習仲勳和馬明方致電中共三邊地委，要求地委以大力支持和領導這個運動。電報指出：務求此一運動及廣泛開展，尤應注意與蒙人當前迫切的經濟鬥爭配合起來。為求得這一運動的開展，務須對贊成這一運動的失意蒙官採取聯合方針，利用其推廣這一運動，但其鬥爭的領導權要絕對掌握在積極可靠的平民手中，並註意建立武裝力量，實行蒙人自治。
三邊有一支蒙族部隊叫“西烏鄂旗部隊”。為了鞏固這支民族部隊，習仲勳和馬明方於8月29日致電中共三邊地委，指出：為鞏固西烏鄂旗部隊，一要注意鞏固內部，把不穩分子清洗出去；二要切實解決其糧、款、穿衣等問題，一切供應均由我們負責，原則是小處放寬，大處（政治方面）抓緊；三，如果該部問題嚴重，可調到靖邊附近，或靠近我主力部隊，酌加整頓。
隨著三邊分區自衛戰爭的不斷勝利，敵占區的大部收復，三邊的民族工作出現了新的形勢。西北局於1948年6月17日至19日，先後召開了兩次常委會和一次城工委委員會議，專門討論伊盟工作問題。
馬明方在這些會議上說：
（一）我們黨今天在伊盟的總方針是蒙漢聯合，團結伊盟各階層，組成廣泛的反蔣統一戰線，以便達到整個伊盟的解放和自治。在此方針下，在已解放的地區進行一些蒙人內部的改良工作是必要的，但這是屬於統一戰線內部鬥爭問題，應該適當地、有尺度地、有分別地、有步驟地去進行，任何過早、過“左”的做法，都會脫離蒙古群眾，使我們自己陷於孤立，並造成我們工作中的困難。
（二）在我們已解放的地區，應成立蒙漢聯合的自治政務委員會，吸收在群眾中有威信的蒙漢進步分子，包括王公等上層分子參加工作。提倡蒙漢平等、蒙漢合作，尊重蒙人的自治權益，防止漢族幹部包辦代替。
（三）在蒙人中發展黨員和培養幹部。應該特別強調指出的是在自衛戰爭中，蒙人黨員和乾部起了很好的作用，應把蒙人中的進步分子、優秀青年吸收到黨內來。
（四）在蒙旗境內暫不實行土改，只在王公私有地、召廟地、蒙人戶口地等土地集中的地區實行減租交租政策。伊盟全境解放後，遵照毛澤東主席1949年10月24日指示，經中共中央華北局和西北局商議，伊盟劃歸綏遠省領導。
中共中央西北局撤出延安後，相當長一段時間駐在延屬分區北部幾個縣的農村，因此西北局對延屬的工作多是面對面的直接指導。
撤出延安後，邊區級機關的一大批幹部在安塞縣區鄉工作。 1947年5月1日，馬明方主持召開西北局後委會議，在總結髮言中著重講了區鄉開展游擊活動和組織生產的問題。他說：每個鄉可以組織幾個不脫產的游擊小組，實行勞武結合，一面掩護群眾生產和掩護工作人員工作，一面參加生產勞動。生產是關係戰爭勝敗的大事，全體黨政幹部都要下鄉組織生產，參加生產，從縣委書記和縣長到鄉支書和鄉長，都要在這方面以身作則。
7月11日，馬明方主持召開西北局後委會議，聽取中共延屬地委書記李景膺關於反“清剿”鬥爭情況的匯報。他指出：敵人的“清剿”辦法已有了一些變化，以“懷柔”欺騙群眾，因此我們的反“清剿”辦法也要有變化，除了組織群眾轉移外，要採取各種辦法加強宣傳工作，用事實揭破敵人的陰謀和欺騙，並大力組織群眾生產，救濟災民，解決群眾的實際困難。
12月中旬，中共延屬地委召開土改工作會議，馬明方到會指導並講話。 23日，他寫信報告習仲勳：延屬土改中犯了“左”的錯誤，鬥了好多中農、富裕中農、新富農和乾部家屬，“左”的行動使農民懷疑我們黨對勞動起家的農民究竟持何政策，顯然影響他們的生產情緒，影響工商業者的營業。這是一個失常的情況，必須引起注意，否則發展生產就會遇到更多困難。地委準備用全力領導春耕生產，鬥錯了的一律平反，退還錯沒收的全部財產財物。
1948年春耕開始後，馬明方到延川縣城市區檢查生產。 3月14日，他到第六鄉檢查，向鄉支部書記問了一些基本情況：“你鄉有多少戶”？ “全鄉有多少軍工屬”？ “全鄉共有多少地”？ “你親自參加哪個村的生產動員會，群眾提出些什麼問題？有幾戶沒地的，沒地的戶怎樣和別人夥種”？等等。對於這些基本的情況，鄉支書都未能具體的回答上來。馬明方說：“你是只把上邊的指示傳達下去，沒根據下邊實際情況和群眾商量具體問題。”《延川報》和《群眾日報》先後以“西北局馬副書記和劉支書談生產”為題，刊登了這次談話的記錄，號召幹部加強對生產的具體領導，糾正不踏實的工作作風。
黃龍地區是陝甘寧邊區南面東部的國民黨統治區，蔣介石反動集團長期在這裡集駐重兵，對解放區實行封鎖和侵擾。另一方面，中共黃龍特委領導的地下組織也有相當的力量，黨員800多名，游擊隊員2000多人。因此，內戰一爆發西北局就把開闢黃龍新區的任務提到了議事日程上。
1947年5月，西北局後委將中共黃龍特委“桌兒山會議”記錄報送中央。根據周恩來的審閱批示，馬明方向黃龍特委轉達了以下三條指示：（一）鑑於過去多次經驗，我們在蔣管區工作的開展，主要依靠人民游擊戰爭的自力更生，野戰軍只能在消滅敵人正規軍、打開局面方面給以推動，而且更要估計到野戰軍不會永遠在一個地區行動的，敵人在我主力軍走後也會再來的，故必須經過多次的反复，游擊根據地才能變成鞏固的解放區。因此一切武裝工作，黨的組織均須服從這一形勢的發展而規定它的鬥爭形式和組織形式。 （二）從特委的報告中也可看出，統戰的對象、策略與鬥爭，仍應予以極大的注意。必須清楚，統戰陣營也包括民族資產階級與開明士紳，但他們究竟是上層人士，其動搖性是不可避免的。故與他們這一類人聯絡反對蔣介石胡宗南，必須有聯合又有鬥爭，不要怕他們不來，鬥走後碰了反動壓力又會回來的。 （三）游擊隊仍應以勞動人民為基本成分。從敵軍來的士兵，如經過戰鬥考驗，應歡迎其中成績好的入黨，並提升之。成績不佳的游擊隊，如紀律不好，戰鬥不行，應以得力的領導同志自己下去領導改變作風。
為配合西野南下作戰，西北局多次召開常委會議，討論黨在黃龍地區的各項工作。馬明方在每次會議上都作了重要發言，突出強調：（一）黃龍黨的工作應放在自己進行艱苦工作的基礎上。不論主力部隊是否去黃龍，黃龍的黨應有信心在黃龍創造建立根據地。不向此努力就會犯錯誤。 （二）用大力做群眾工作。全體幹部都要做群眾工作，其中絕大部分要跟游擊隊去做發動群眾鬥爭的工作，這樣做，一方面發動了群眾，反過來又改造發展了游擊隊，才能使我們的工作在群眾中生根，才能使游擊隊成為群眾的武裝，游擊隊的一切問題才可以得到解決。游擊隊如無群眾工作，則打仗打不勝，鞏固發展也很困難。 （三）注意策略爭取最大多數。爭取各階層人士對我同情或中立，這個工作做得越廣泛越好。爭取過去反對過我們的人，至少不要使他們害怕我們。對學生教員一律採取爭取政策，哪怕是三青團員國民黨員只要不是特務或有反動行為，仍要給以工作。就是特務也要分別脅從的，對這種人還是爭取。工商業，除反革命分子辦的予以沒收外，其餘一律採取保護的政策。 （四）黃龍的游擊隊已有三幾千人，可組成3個團。主力部隊轉移後更需要有這些地方部隊，打擊出援之敵，鞏固自己。
1948年1月，黃龍分區的黨政軍領導機關成立。 3月，西野取得宜川戰役的勝利，殲敵3萬多，黃龍地區各縣相繼解放。黃龍新區和關中分區連成了一片。
在西北局分設為前委和後委的時候，關中分區歸前委指揮。到1947年冬，關中分區收復了絕大部分被敵侵占的地區。
1948年春，在西北野戰軍即將轉入外線作戰的時候，西北局於2月1日將對黃龍工作的七條指示，轉發中共關中地委，要求按其部署關中的工作。
4月16日，西北野戰軍從關中分區馬欄出發，出擊西府國民黨統治區。同時成立了西府分區的黨政軍領導機構。經過半月激戰，解放了寶雞等10座縣城。 5月12日，西野與西府分區領機構撤回關中解放區，已解放的西府國統區再入敵手。為了部署西府的下步工作，賀龍、習仲勳、馬明方於6月26日、29日致電西府地委和關中地委，指示：（一）西府目前的中心任務是積蓄力量，爭取群眾並壯大群眾，克服困難，爭取好轉，而不是等待好轉。改變前時期公開的組織形式與鬥爭方式，務求能夠蔭蔽和存在，凡已公開不能立足進行活動的干部均應有計劃的撤退，建立各地新的領導核心，積極準備武裝活動。 （二）留在西府的游擊隊應配備堅強幹部領導，化整為零活動，行動無踪，飄忽不定，使敵不易合圍和奔襲。這一時期游擊隊的主要任務不是打仗，而是做群眾工作，不是急求發展，而是保存有生力量，一切盲目的亂竄和拼命主義都是錯誤的。 （三）游擊區的保甲組織不宜過早摧毀，即在較鞏固的游擊區亦不宜取消保甲建立鄉村民主政權，否則流於形式，或新舊脫節，與我不利。但對鄉保中的特務反動分子要積極地發動群眾與之鬥爭，以至從保甲中驅逐出去。 （四）對游擊區的地方團隊和灰色武裝應獨立自主的進行統戰工作，只打其中最反動的個別部分，不要過多樹敵，不要過分要求一切同情我們的力量都馬上跟我們來，這樣都會孤立我們自己，只要你今天不打我，我今天還要堅持合作，切記我們自己不把門堵死。 （五）殺人要特別慎重，嚴禁密殺，處決任何一個反革命分子必須經過群眾審判並宣布其罪狀，殺人要事先報告地委審查批准。
9月7日，西北局再次致電西府地委，批評了“不怕暴露”的錯誤方針，鄭重指出：這個方針一出，必然會引起下面工作中的盲動主義與拼命主義，領導上要注意糾正與防止這種偏向，應在反蔣反美、抗差、抗款的口號下，發動與組織各階層廣大群眾向蔣胡統治作鬥爭，所以不僅應著重發動基本群眾，而且亦應向地富進行工作。在敵反复“清剿”、群眾未發動起來、我們游擊隊的力量弱小的情況下，只能利用舊保甲或搞革命的兩面政權，絕不能建立我們的民主政權，否則便是冒險，使群眾遭受本可避免的損失，或給壞人以可乘之機，使其取得合法地位，而對我游擊隊則無任何好處。從此，西府分區黨的工作步人了健康發展的道路，為西府國統區的最後解放做了各方面的準備。
在西北野戰軍取得宜川戰役的重大勝利，並乘勝出擊西府國統區的形勢下，孤守延安的胡宗南部於1948年4月21日晨倉皇逃出延安，向西安潰退。 4月24日，馬明方、王維舟、周興率領一部分工作人員，從陝北北部回到延安，指導先行回延安的延屬分區領導機關進行接收工作。
5月4日，延安萬人集會隆重慶祝延安光復，馬明方出席會議並講話。他說：民主聖地延安的收復，標誌著蔣匪法西斯統治在全國范圍內，將要被人民力量完全打垮，而建立全國范圍的民主聯合政府。記得去年此時，蔣匪侵入延安之後，蔣匪及其反動的官僚們，曾經沖昏了頭腦，以為從此可以長期統治西北，安然壓榨人民。美國的銀行老闆和白宮的大官僚們，也沾沾自喜，以為我國這塊土地，又可以變成他們的殖民地了。甚至蔣賊還把去年3月“克服延安”在豬仔國大報功，誇耀這是他在“一年半的時間”“達成了兩個重要戰略目標”之中的第一個。可是僅僅一年一月零三天，延安就為我們光復了，這就給蔣介石打了一個十分清脆的耳光。從蔣匪侵占延安的累累罪行可以完全看清蔣匪對中國人民統治的本質，摧殘破壞，欺騙與屠殺。因此，中國人民只有打倒蔣匪及其封建法西斯制度，才有活路。蔣匪及其封建法西斯制度，是和中國人民不能相容的，人民力量是無限強大的，中國人民在共產黨、毛主席領導下，一定能打倒與推翻蔣介石政權而建設人民自治的新民主主義政權。光復延安以後的首要任務是發展生產恢復建設，並在一二年內恢復到戰前水平。
延安光復後，中共中央西北局突出抓了乾部學習，為解放大西北準備幹部。
1948年7月1日，西北局發出《關於在職幹部學習的指示》，並在延安召開學習動員大會，號召黨員幹部加緊學習，掌握政策，堅決執行中央的路線，迎接解放大西北的勝利。習仲勳、林伯渠、賀龍、馬明方先後在大會上講了話。馬明方在講話中著重對黨員幹部中存在的個人主義、自由主義、命令主義等不良思想傾向進行了深刻分析，號召通過理論學習，提高思想覺悟，克服各種不良的思想傾向。他說：個人主義，表現在個人方面的是計較名譽地位的得失，比資格比歷史，總覺得黨沒有提拔自己，責己寬，責人嚴，牢騷滿腹；表現在工作方面就成為本位主義，只顧本部門的需要，不顧全體利益，不顧黨的政策和政府的法令；表現在軍隊中發展到高峰就成為軍閥主義，不執行命令，忽視政治工作，打罵成為製度。至於自由主義則是個人主義的親生子，其表現為隨風轉舵，看人說話，事不關己高高掛起，當面不講背後談，馬馬虎虎，對對付付；對事對人沒有明確原則，不能給同志以思想政策上的指導，更不能幫助同志克服錯誤。特別普遍嚴重的是命令主義，表現在工作方式上簡單，不耐心說服群眾，不細心向群眾解釋，沒有民主作風，不和群眾商量，獨斷獨行，沒有高度為人民服務的精神，甚至捆打群眾造成和群眾的對立。這些都是黨性不純的表現，必須在這次學習中徹底加以糾正。此後馬明方兩次主持召開學習匯報會，要求在學習中和教條主義、經驗主義的學習方法作鬥爭，以期達到改造思想和改進工作的目的。
他在9月22日的學習匯報會上說：（一）各單位在學習中要根據各自的具體情況，各有重點的學習西北局指定的文件，並針對本單位存在的主要問題進行檢查。文件要精讀，不精讀文件就急於檢查，學習一定搞不好，檢查也會不深刻。 （二）開展批評和自我批評是思想檢查的主要方法，但現在仍有相當多的同志在這方面存在著各種錯誤態度，這是提高覺悟改進工作的思想障礙，克服它才能把學習繼續引向前進。 （三）首長負責制是搞好學習的關鍵，但它不在於首長和大家一起開會學習、讀文件等這些形式，而在於首長在實際的思想領導作用，引導群眾向正確的方向發展。 （四）開展批評和自我批評要力求全面，實事求是，要反對片面，誇大等不解決任何問題的唯心主義的批評和自我批評。
這次幹部學習運動12月底結束，成效顯著，為迎接大西北解放做了思想上的充分準備。