1948年8月，中共中央晉綏分局副書記張子意到延安向西北局匯報晉綏邊區的工作情況。以後西北局報經中央決定，將由晉綏分局領導的晉南解放區改由西北局直接領導，並由西北局副書記馬明方兼任中共晉南工委書記、晉南軍區政委。晉區設南有隰縣、新絳、運城3個分區，轄31個縣（市），面積20.2萬平方公里，人口260萬。區的黨政軍領導機關駐臨汾市。
1948年11月，馬明方代表西北局到晉西北興縣指導晉綏分局召開黨的代表會議。 12月3日，馬明方電報西北局，他將於6日起程赴晉南解放區。馬明方從興縣南下，沿途視察了隰縣、新絳分區的一些縣，12月中旬抵達臨汾。之後他又繼續南下，考察了運城分區的一些縣。
經過一段調查研究，馬明方於12月底主持召開了晉南區幹部大會，並於29日就晉南當前工作問題作了重要報告。他說：我們過去處於分散的農村環境，缺乏管理城市經驗，我們要學會管理城市和領導生產建設的各種知識。西北解放區是全國五大重要戰略區之一，擔負著解放西北、發展西南的偉大歷史任務，全體同志應拿出力量把工作做好，在當前主要是做好土地改革、整黨建黨、恢復和發展生產、管理好城市等四項重要工作。為了做好工作，就要提倡學習，提倡民主，提倡自我批評和互相批評。對於共產黨人說來，學習是一種生活，是一種責任。要學習各種科學知識，學習馬列主義和毛澤東思想，這是我們一生的事情。沒有理論知識，就會陷於片面、狹隘，就不會客觀的認識事物，就會在重要轉折關頭陷於模糊，迷失方向。但目前我們還普遍缺乏這方面的修養，而且至今還沒有引起幹部特別是高級領導幹部足夠的重視。我們的理論水平落後於形勢的發展這對我們是帶有危險性的，應該加強學習，從各方面提高自己。民主集中製是馬列主義學說中重要的一部分，也是黨的生活的根本原則，目前在黨內外都要大大提倡發揚民主，建立民主集中製的領導，克服個人包辦、各行其是的領導方式和工作方式。至於自我批評和互相批評，這是推動黨和工作進步的動力，要誠懇的歡迎別人的批評，同樣要誠懇的批評別人，切忌把批評和自我批評變為庸俗的無原則的糾纏。同時，馬明方還為新創刊的《晉南日報》題詞：“報紙是提高與教育黨員幹部和廣大群眾最好的武器，是測量我們各項事情辦得好壞的風雨表。”勉勵報紙在指導學習和工作中發揮其特有的作用。這次幹部大會後，晉南工委對全區的土改工作作了新的部署，即在1949年夏收以前把晉南平川地區的土地改革工作做好，明確規定這是各項工作中最中心的一條；對已進行過土改的地區，要按“群眾是否發動起來”、“土地分配得好不好”、“執行政策有無偏差”等情況，劃為幾類不同地區，採取不同措施，把土改工作真正做好。晉南行政公署和工委宣傳部就土改中頒發土地房窯證和保護文化遺產的問題，分別發了指示和通知。工委先後召開了文藝工作座談會、中等教育會議等，並幫助臨汾等城市建立了基層工會組織和行業的公會組織，行署還發出了關於開展生產大運動的指示，多方面加強對城市和農村工作的具體領導。
1949年2月4日和7日，西北局兩次召開常委會議。聽取馬明方關於晉南工作情況的匯報。馬明方主要匯報了土地改革、城市工作、文教工作方面的情況。他說：（一）關於土改工作。要區別不同情況，分類進行指導：從抗日戰爭時期到現在，經過減租、清算和貫徹“五四”指示進行土改的地區，解放後進行土改比較徹底的地區，封建的半封建的土地制度已被完全消滅或大體消滅，對於這兩類地區可在頒發土地證確定地權過程中，進行個別的或小範圍的抽補調劑，解決土改中遺留的問題，端正黨的政策，整黨建黨，團結農村一切勞動人民，發展農業生產：對過去土改不徹底的地區，應發動與組織群眾進行較大範圍的抽補調劑，然後確定地權，發展生產；對未經過土改的地區，應按照正確的政策進行土改，有些地方是國民黨閻錫山實行“兵農合一”的地區，可在現耕的基礎上實行平分。 （二）關於城市工作。晉南有若干中小城市，工商業相當發展，目前應以恢復和發展生產人民生活必需品和生產工具的手工業為城市工作的中心環節。在城市中應加強在工人、學生、婦女、店員、學徒、商人等各階層人民中的組織工作，迅速適當地處理敵方人員，建立各界人民代表會議，加強城市政權建設，推動城市工作。 （三）關於文化教育工作。首先是大量恢復各級學校，在教育內容方面增加政治課，逐漸改造；辦好西北軍政大學、晉南黨校及各種訓練班，動員廣大失學無業青年進入各種學校、訓練班學習；加強政治思想教育，動員大量知識青年參加人民戰爭事業和各項建設工作；成立文藝協會加強文藝工作，辦好報紙。在做好以上工作的基礎上，完成1949年的擴兵、徵糧和抽調幹部支援新區等工作計劃。
3月1日，西北局作出《關於晉南工作的決定》。決定說：“西北局常委會聽了明方同志關於晉南工作的匯報後，完全同意馬明方同志對晉南各項重大工作所提出之方針和實行步驟”，“責成晉南工委具體研究，堅決實行，以便有力地支援西北人民解放戰爭，並給晉南今後各項建設工作，打下良好的基礎”。
3月17日至27日，晉南工委召開土改生產會議，傳達貫徹西北局《關於晉南工作的決定》。會議指出：“1948年12月以前，由於工委領導機構尚不健全，分工亦不夠明確，以致對各地工作進展及時研究指導做的非常不夠，12月馬明方同志到來，全面地研究了各地工作進展後，才按照不同情況把晉南劃分為四類地區，並確定了各地區的土改方針與實行步驟”，“估計麥收前可能基本上完成晉南163萬餘人口地區的土改任務”。
1949年3月5日至13日，中共七屆二中全會在河北省平山縣西柏坡村舉行，馬明方出席了這次全會。
二中全會閉幕後，馬明方即回到晉南解放區，召開晉南工委擴大會議，傳達貫徹二中全會的精神。他在擴大會議上用了幾天時間詳細傳達了毛主席在二中全會上所作的重要報告，要求全黨集中一段時間學習毛主席的報告，深刻領會毛主席在報告中提出的促進革命迅速取得全國勝利和組織這個勝利的各項方針，在全國勝利的局面下黨的工作重心必須由鄉村轉移到城市城市工作必須以生產建設為中心，由農業國轉變為工業國由新民主主義轉變為社會主義是中國社會發展的方向，在人民民主革命勝利以後資產階級的“糖衣砲彈”將成為對於無產階級的主要危險等重要論斷，在二中全會精神指引下，把各項工作做好，迎接全國大解放。 4月19日，馬明方在晉南工委擴大會議上作總結報告，突出講了健全黨委製的問題。他說：健全黨委製是客觀形勢發展的需要，因為形勢要求加強民主集中製的領導。加強健全黨委製，首先要發揚黨內民主。在有的會議上沒有什麼人發言，雖然原因很多但主要是領導問題，作了報告沒有討論就結論了，“結”誰的“論”，很難說。一個地方有幾分這種傾向，便很不好了。要尊重少數人的意見和持相反意見同志的意見，他們說的有他們的道理，要與他們商量，部分對部分採納，都對都採納，有疑問則可以研究或者作為懸案，一切以說清楚道理為貴。要團結，黨委會的團結象徵著這個地區的團結，一般情況是黨委內部是團結的一致的，那麼下面的問題就好解決，否則下面一定不好搞，黨委成員之間要互相學習、互相尊重友愛、互相批評。要處理好書記和委員之間的關係，黨委書記和部隊的政委不同，書記在會議上作結論是必需的，但不是書記決定一切，書記沒有最後決定權。要在黨內提倡大膽負責的精神，勇敢地完成自己擔負的工作任務，克服謹小慎微的思想狀態和工作作風。如果事事處處請示。束手束腳，則對於乾部的發展和作好工作都不利。再就是要提高馬列主義水平，如果黨委會固步自封，則很難提高群眾及一般黨員。學習中要研究領導缺點找出原因，求得改進，好就是好，壞就是壞，向上向下一樣講法，如果總是報喜不報憂，那就不好。馬明方還說，現在有些現象雖然是少數，但影響不好。如一個縣修衙門花去800石糧食，有的縣急著修烈士紀念堂，這些事幾年以後辦也不遲，現在去辦群眾的負擔就會更大。我們和敵人不同之點就在於不諱疾忌醫，能把做錯了的事情講出來，錯了就改。老百姓贊成這樣的干部。
這次工委擴大會議後，工委發出《關於建黨工作的指示》等重要文件，工委宣傳部發出《關於1949年開展生產大運動的宣傳大綱》，並召開了晉南學生代表會等會議，結合晉南的實際，結合晉南的實際，宣傳七屆二中全會精神，推動晉南全區各項工作的順利開展。
土地改革是晉南解放區的頭等大事，晉南工委從晉南的實際出發，在指導土改工作中很注意解決具體的政策問題。
1948年12月20日，中共新絳縣委書記趙守攻給晉南工委書記馬明方和副書記張稼夫寫信，請示土改中農民間的土地房屋典當關係如何處理。 12月25日，馬、張書面答复趙守攻：（一）如雙方均願按照原價作死時，可將房地作為死契。 （二）如雙方之一方不同意按照原典價作死，允許回贖；原典價不管是偽幣、蔣幣或白洋，一概按照訂立契約時當地的物價折合實物償還之。 （三）雙方均願繼續典當關係者，不加干涉。 （四）如雙方協議或經農會調解願找價作死者，即可找價作死。 （五）如雙方之一方因回贖結果而缺少房地者，農會應設法使之分得或購得其必需的房地。 （六）如因回贖或作死所找之房地價值而影響其生活者，一般應由當地農會所儲存之果實中或以其他辦法予以補濟。 （七）平分土地後之租典賣價由雙方協議訂之。
1949年2月9日，晉南工委就頑偽軍官分地問題請示西北局。 2月20日，西北局复示：應分別情況對待之，其有重大反革命行為者本人可不分地，但其家庭如未參與犯罪行為並願自己耕種者應分給一份土地；一般的頑偽軍官應視其家庭成分、勞動情況、貧苦程度等情況，而確定其是否分得與農民同樣的一份土地或酌量補給之。
1949年2月10日，晉南工委請示中共中央：晉南地區農民兼營紡織、運輸、工商副業的情形很多，這種情形在劃分成分時往往發生困難。 （1）在計算家庭收入時，家庭副業性質的紡織、運輸等勞動收入，若不扣除作為資本的棉花、糧食等項，則就等於把已經算人農業收入裡邊的棉花、糧食又重複計人一次，我們認為這樣是不合適的，計算副業收入時應扣除去成本，只將其純利計人總收入。 （2）婦女紡紗織布，有的完全供家用，有的一部分家用一部分賣成錢補助家庭開支或作為紡織婦女本人的“體己”，也有全部作為“體己”的，計算其家總收入時，是否只把家庭所消費了的計入總收入，其作為“體己”者則不必計人。中央同意晉南工委的分析，並指出：在計算剝削分量時，副業收入如不及總收入的三分之一，則不必計算在總收入內；如超過總收入的三分之一時，則亦不必合併在總收入中計算，應按其農業生產中的情況和經營副業的情況，而決定其是否富農或中農兼手工業者（或商人、小販）。
晉南地區的地主經營出租水磨者不少，但各地在處理上多有不同，有的視為封建財產沒收分配給若干農戶合營，有的視為工商業予以保護，有的地方則只准自營而不准出租和出賣。為求正確處理，晉南工委於1949年3月25日請示西北局，西北局於4月2日電複：地主經營的水磨屬手工業生產資料，不應視為封建財產予以沒收；過去在土改中已沒收分配者可不退還，組織群眾很好管理以利生產。
這些具體政策的及時出台，對於晉南解放區全面地正確地執行黨的土地改革政策起了很好的作用。
1949年4月24日山西省省會太原市解放後，奉中央軍委命令，華北解放軍第十八、第十九兩個兵團，將途經晉南解放區進入陝西，參加解放大西北的戰爭。為了做好解放大西北的人民支援前線工作，馬明方於5月1日在晉南各界人民紀念五一勞動節的大會上，號召全區人民努力生產，支援前線，打倒國民黨反動派解放全中國。 5月5日，他和晉南行署主任武新宇、副主任霍維德、晉南軍區司令員馬佩勳，共同簽發中共晉南工委、晉南行政公署、晉南軍區司令部的聯合指示，動員1.7萬多名民工、700多頭牲口，組成2810副支前擔架，隨大軍西進。 5月22日，他又和武新宇等共同簽發了晉南行政公署和晉南軍區的聯合指示，對華北解放軍途經晉南行軍沿線的後勤工作做了具體的佈置。全區立即掀起群眾性的支前高潮，備糧，磨面，碾米，打掃房舍，修路，築橋，造船，千方百計保證過境部隊吃得飽，住得好，走路方便。
在中共晉南工委的領導下，晉南區人民在支前方面做出了顯著的成績。 1949年全區共徵公糧（小麥）140.7萬市石，佔群眾實際收入的21％；動員民工21481人，牲口1041頭，組織擔架3562副，隨軍支前遠到蘭州、西寧、銀川；擴兵1.2萬人；支援西北和西南新區幹部數千名，其中區級以上的干部885名。
1949年6月，中共晉南工委撤銷，中共晉南中心地委成立，隸屬晉綏分局直接領導。馬明方回到移駐西安的西北局。