正當全國剛剛渡過三年嚴重困難，經濟形勢開始全面好轉的時候，1966年5月，一場史無前例的震撼中外的“文化大革命”風暴，在中國的大地上鋪天蓋地而來。大批久經考驗，為中國革命和社會主義建設事業做出重大貢獻的干部受到無情打擊，殘酷鬥爭，被打倒、被關押、被流放甚至被迫害致死，馬明方就是其中的一個。
馬明方同其他許多同志一樣，對“無產階級文化大革命”是很不理解的。他出於對毛澤東主席的信賴，在“文革”初期，還是積極宣傳和執行了中央的決定。他向東北局機關幹部傳達《五一六通知》時，對於“通知”中關於中央和中央各機關，各省、市、自治區都有一批反黨反社會主義的資產階級代表人物的論斷是有保留意見的，所以在傳達原文之後又解釋說：“資產階級代表人物有就有，沒有就沒有”。而這個解釋後來就成為他“反對毛主席”的罪狀之一。在運動初期，馬明方根據中央“通知”精神，把運動控制在“五界十三行”的範圍內，主張派工作組進駐大專院校，指導運動；主張大字報不上街，內外有別。他按照中央《十六條》決定精神，主張文鬥，反對武鬥。他認為絕大多數幹部是好的或比較好的，反對把乾部一棍子打死。他在接見撫順煤礦工人代表時說，“張國燾搞肅反，殺害了大批優秀共產黨員；王明對乾部實行殘酷鬥爭，無情打擊，使中國革命遭受重大挫折。歷史的教訓是不能忘記的。”而這一切後來又被當作執行了資產階級反動路線，破壞“文化大革命”而受到批判。他過去在工作中的許多正確觀點、正確主張被說成是修正主義，甚至把他在新疆獄中堅貞不屈，英勇鬥爭的歷史，歪曲成“叛變革命”。說他是“大叛徒”、“活特務”。馬明方那時已經是60多歲的人了，又患有多種疾病，每天忍受著巨大的苦痛，眼睜睜地看著許多同志受到殘酷鬥爭，無情打擊，在肉體和人格上備受凌辱和折磨。他自己自然也不能例外。此情此景，真是不堪回首。
1967年10月6日，在林彪、江青一伙的授意下，《遼寧日報》在頭版頭條發表了《打倒馬明方》的社論。在二三版上發表了《馬明方的反革命真面目》的長文。社論和文章捏造、誣衊馬明方“是一個卑鄙無恥，罪行累累的大叛徒”，“是牛鬼蛇神在黨內的代理人”，“是彭高饒反黨聯盟的死黨和漏網分子”，“是瘋狂鎮壓無產階級文化大革命的劊子手”，“是一個徹頭徹尾的反革命修正主義分子”，“是黨內最大一小撮走資本主義道路當權派篡黨、篡政、篡軍的一員干將”，“是東北地區黨內走資本主義道路當權派的一個大頭目”，“是黨和人民的死敵”，“是個十足的死心塌地老牌反黨分子”，“是埋在黨內的一顆定時炸彈”，“是全遼寧人民不共戴天的死敵，全東北人民不共戴天的死敵，全中國人民不共戴天的死敵”，帽子之大，罪名之多，言詞之毒，用心之險，攻擊之狠，可謂無所不用其極。一個長期獻身於無產階級革命事業，當時是中共中央委員、中共中央東北局第三書記、“文革”初期周恩來在接見群眾組織代表時稱為“老實人”、“同高崗問題沒有牽連”的馬明方，就這樣被打倒了！這篇社論，對當時運動起了特別惡劣的作用和影響，使東北地區本來已經十分混亂的局面，更加一發不可收拾。
1967年11月，馬明方被送往北京衛戍區，秘密關押達8年之久，備受凌辱和摧殘，終於含冤而死。
馬明方被關押審查期間，林彪的死黨吳法憲任專案組組長，直接受康生的領導。為什麼要關押審查馬明方呢？因為他在新疆坐過敵人的監牢。同時坐牢的100多人也被列入審查名單。由於馬明方職務最高，所以叫做“新疆馬明方叛徒集團案”。罪已加，性已定，人已抓，但事實呢？沒有。於是成立“馬明方專案組”去搜羅“罪證”。辦案人員經過外調，在新疆敵偽檔案中發現了這樣的記載：馬明方等人“素性刁頑，平日在獄中分開小組會議，學唱國際歌，並要求發還馬列書籍，無理滋事，已非一次”；“勸其投誠，然結果均仍執迷不悟”，“頑冥異常”。曾任國民黨新疆省主席的張治中在1967年8月16日寫給毛澤東的信中附的《我的經歷事實簡述》中，也記述了馬明方等在新疆獄中的表現。他說：馬明方等同志“在黨中央、毛主席教導下，覺悟高，組織好，紀律好，被反動派關在監牢裡，始終堅貞不屈”，是“經得起殘酷考驗的”。當辦案人員將這些材料向吳法憲匯報時，吳法憲暴跳起來，說：“搞專案不要被敵人同化了”。 “現在要突擊審訊，要他口供。有口供就可以定案”。於是，他們對馬明方大搞逼供，拳打腳踢，什麼“噴氣式”、“燕兒飛天”，用盡非人刑罰。但是馬明方面對林彪、江青一伙的殘酷迫害，錚錚鐵骨，寧折不彎。
康生等人對馬明方等同志在新疆獄中的鬥爭和出獄經過本來是完全清楚的，但他們指示專案組一面隱匿馬明方等同志對敵英勇鬥爭的證據材料不呈報毛澤東和周恩來，另一方面又錄用叛徒徐夢秋和國民黨政府特派新疆審判團書記官鄭大綸等人按他們的旨意編造的假供，逼迫受審查的同志承認。 1968年6月1日下午，康生親自接見馬明方專案組人員，無中生有地把馬明方定案為敵性。他說：“新疆這個案子，1943年向敵人自首，1945、 1946年燒毀口供，再向敵人、自首，回延安和張治中合夥欺騙黨，篡奪黨政軍的領導地位，這個案子基本是敵我矛盾”。他還說：“馬明方、方志純、張子意是首罪分子”，“這些人不僅是集體欺騙，而且和張治中一道合夥欺騙我們黨，投敵叛變”；“這是跟國民黨勾結起來，有組織、有計劃地隱瞞、潛伏、欺騙黨，有計劃地搞內奸”。很明顯，康生等人把矛頭指向代表黨營救馬明方等同志出獄的周恩來同志。下面引用1973年12月3日馬明方在被關押期間寫給周恩來的信，來看林彪、江青反革命集團是怎樣殘害馬明方的
恩來總理：
我在新疆獄中的問題，1968年就想寫信說明，又因我不願意打擾你，一直等待專案組的處理。現在已至無可奈何，我不得不將幾年來審訊的經過，給你作一次報告。最好請你派人來，了解多方面的情形，參加對我的審訊，以便能夠依據我在新疆獄中的客觀實在情形，把我的問題早日得到處理。 ……
我1967年10月到此，先向專案組交待了在新疆獄中填表和對敵鬥爭經過，先把這兩個問題分別說一下，再講其他。
我在獄中填的表和專案組的修改
我在獄中填的是八路軍工作人員，專案組得到敵人的一個名冊上也承認我是軍人。但是，在1967年審訊開始和1968年一二月審訊末期，三番五次硬要改成中共黨員。我填的是信仰共產主義，也願為實現三民主義而奮鬥。但是，硬要去掉信仰共產主義，只留下願為實現三民主義而奮鬥。過了幾天，又將願為實現三民主義而奮鬥改成信仰三民主義。這樣，將我由信仰共產主義，一變再變，變成共產主義的叛徒，還強加了一些不三不四的話。
在獄中的對敵鬥爭和專案組的意見
我在獄中對敵人進行了必要的堅決的鬥爭。我參加了絕食鬥爭；我們對敵人進行了集體抗議。我填了信仰共產主義的表格，敵人荷槍實彈以槍口對准我，我向謦人作了嚴正的抗議，我在索維仁（第二監獄處處長）等幾人審問毒打我的時候，索維仁辱罵八路軍，歪曲我黨政策，我一句話也沒有放過對敵人的駁斥。
專案組的負責者說：索維仁不夠法官的資格，那個時候挨打的不是你一人。我說，夠也罷，不夠也罷，實際情形就是我給你們寫的材料所說的那樣。如果我是叛徒，敵人為什麼喜歡打叛徒呢？我又為什麼敢於給敵人以嚴正的駁斥？專案組對此一直不加可否，連聽都不願聽一下？ ……
1968年的審訊，按審訊情形說來，又分三個不同的階段。
三天的車輪戰
1968年1月間，開始了午前、午後、晚上一日三審。問的問題是新疆有人控告我叛變，說我在第一監獄沒有審訊是不可能的。我說，我在新疆沒有做過勾勾搭搭見不得人的事；我在第一監獄沒有被審問過，審訊就是審訊了，沒有審訊就是沒有審訊，沒有審訊怎能說成審訊了呢？我不能請求審訊。一次他們（指專案組）來了，一進門就叫我站起來，然後盯著我繞了一個圈子，我說你們輪班審訊，我要求停止一晚，未允許。過來過去，總想要我把這兩個問題承認下來。
20天的清醒頭腦
接著進行了一場開國以來審訊史上少有的事情。審訊一開始，就把新疆有人控告我的材料拿出要我看，說這是絕密材料，是對你的照顧，別人是不能看的。我要看時，則又說，看了你可要簽字！我說，那樣我就不看了。老審聽了我的話，非常生氣，這樣，我就坐上了“飛機”，還說，人少外面有的是人。說，我向敵人承認參加了“四一二”暴動，做了損害負責同志的事。我說，連那個影子也沒有。
第二天審訊時，帶來了腳鐐手銬。審訊我的負責者向桌子上“啪”的一甩，我想這一定是要給我戴的了。其他負責者都悠悠然。以為得計而樂在心間。忽然，老審向主審我的負責者默語了一會，沒給我戴，這大概是因為戴上了，就不能坐飛機。一位負責者說，我的頭腦不清醒，於是又坐上了飛機。清醒頭腦的辦法，我親自實踐了的有這樣幾種：坐飛機，是捋左右兩支胳膊，兩個人各捋一隻，使勁往後捋。燕兒飛天，是把頭髮揪住向後揪，揪到面目朝天。還有一種是兩腿撇開，站端，臀部向下，腰部伸直，兩手向上高舉。這個不知其名。打耳光，是將四肢撒開打的，用腳蹬頭，用拳頭打胸脯。卡脖子，抓住領口搖晃……。這樣，越到後來，越不清醒，昏昏然，不知究竟是怎樣一回事。
在審訊的全過程中，歸納起來，要我承認這樣一些問題：我向敵人承認參加了“四一二”暴動，做了損害負責人的壞事。張子意要檔案，火燒檔案，出賣了支部的同志。你在高樓上住的，敵人怎能不問你和蘇聯領事館的關係。你一定寫了自首書，等等。
現舉一下張子意要檔案、火燒檔案這個問題做例子， 就可以知道審問其他問題的情形了。負責者說，你們釋放後一個月來，跳上跳下，張子意到敵人檔案室把你們的檔案弄到手，發給每個號子的小組，張子意已經承擔了全部責任，你不知道嗎？我說，不知道，於是就坐上了飛機。我要求放開手，站起來說，站起來後，我說，據我所知，張子意不是做這樣壞事的人，也沒有那個本事。負責入說我是緩兵之計，於是又坐上飛機，坐了一陣子，又改成燕兒飛天。把頭髮拚命往後揪，揪至面目朝天，不承認則拚命的捋。捋得全身流汗，頭上的汗流在地上，好像灑過水的樣子，直至所問的，全部承認了，才作罷。捋得兩隻胳膊完全失去知覺，負責者將胳膊放在背上，我用力拉，好久也拉不下來。我一站起來就否認了，每次都是這樣，急得一位負責者要我總結經驗。
我不寫材料，曾發生過哨兵不准我睡覺。
要我把所有我的“口供”，總和成萬千條，把我叫到審訊室，幾位負責者編好幾句，要我寫幾句，寫慢了，一位負責者在我頭上敲打。寫好了要簽字蓋章，我沒有章子押了紅指印。這是審訊我均一個例子。 ……
附帶一兩句：這次審訊對我的身體造成的後遺症，恐怕終生難以去掉了。
這就是20天審訊的經過，這就是20天清醒頭腦的經過。
一個月左右比較和平的審訊
一日三審了一個時期，我的血壓增高，疲累不堪，一位負責者還拿我打趣：你剛來時，不是嫌睡覺的時間多了嗎？現在怎麼樣？我的馬大哥，而今安在？有的負責者說我們坐飛機，給別人也坐哩，又不是給你一人坐的。此後一個多月的審訊中，也發生過動手動腳的事，如卡脖子，拿起棍子說：“老子揍死你”，也有的說：“槍斃的條件也夠了”。但比之前20天，算是比較和平的審訊了。
馬明方在寫給周恩來總理的另外幾封信中，還寫了1969年、1970年、1971年、1972年的審訊經過。信中說：
1970年初，情形變到最高點，一天傍晚，把我叫去，負責者正等著，他說：“你的問題非常嚴重，按照你的問題只有槍殺。你在報告（係指給中央的報告——寫信人注）上說幾句話，我們好轉彎，就說你的態度還好，這樣就可以免於槍殺——對你也有好處嘛！”我說：“要說你們說去，我沒有說的。”但我心裡一直不安。
1970年4月間，有幾位負責者審訊我時，還是要我把問題承認下來，我當時非常著急，我說，要我承認什麼呢？我說了幾百次我沒有做叛黨的壞事，你們硬說我做了，這樣什麼時候能說清呢？現在還是憑證據論處吧！一位負責者說：“你太天真了！”……這時上次審訊我的負責者又突然地說：“你不承認，你以為讓你在那裡睡覺呀？！睡不成！”
今年（1972年）6月1日審訊一開始，老審說，這裡條件還不錯，你可以把你的問題實事求是地寫上來。我說，實事求是，我就一點也寫不出來。
1972年11月9日審訊時，我說，我從1967年到此，連頭連尾六年了，應該對我的問題很清楚了。 ……我說集中一點時間，把我的問題搞個結束。回答說：不行，我們沒有時間，顧不上。我說：請釋放我。回答說：不行，我們辦不了，沒有那個權力。我說：請中央派人來參加對我的審訊。回答說：不行，我們都是中央派來的。我說：請允許我給中央寫信。回答說：那可以，信要交我們。我說：那不行，信是給中央寫的，不是給你們寫的。這次審訊的情形就是這樣。
上面引用的信，是馬明方1972年在被關押期間，背著專案人員和看守人員，在煙盒紙上、報紙邊頭秘密寫出來的。 1973年3月15日，馬明方的女兒馬銳去首都工農兵醫院（同仁醫院改名）看望父親時，馬明方悄悄從褲腰里抽出這些材料交給女兒，並囑咐：一定要孫維世同志轉交到總理手裡。不料孫維世同誌已遭江青慘害，離開人世，所以這些材料未能送到周恩來手裡。
從上面的信中，可以看出馬明方被迫害的情況和他同迫害者做鬥爭的情況。林彪、江青、康生一夥施盡種種毒計，用盡種種刑罰，並沒有使他屈服。
馬明方被打成“叛徒”、“特務”，秘密關押之後，馬明方全家遭到了滅頂之災。他的妻子馬淑良被下放到遼寧盤錦“五七”幹校勞動審查，他最喜愛的小女兒馬小芳被逼瘋了，經常袒露胸膛跑到街上大喊大叫“爸爸回來，爸爸是好人”。他的兒子、女兒、女婿被流放到農村，備受凌辱。在馬明方身邊工作過的工作人員也受到審查和歧視。他的大女兒馬銳冒著危險，經過再三要求，“馬明方專案組”終於答應她可以在1973年2月2 13去探望馬明方。這一天是舊曆大年三十。馬銳清晨起來，冒著鵝毛大雪，來到北京西郊指定的地點，一直等到10點鐘，才來了一輛吉普車，把馬明方拉來。馬明方下車後，馬銳竟然認不出了。馬明方身體彎曲，頭上戴一頂舊氈帽，穿一身破舊黃色棉衣，上面露出許多棉花，上衣特別小，釦子沒扣全，肋骨都露出來。腳上穿一雙黃色膠鞋，沒有鞋帶。臉色髮灰，鬍子很長，兩眼呆澀，兩腿彎曲，不會站立，更不會走路，由兩個人架著拖出車外。這和以前的馬明方完全是判若兩人！馬明方同馬銳說了幾句話後，就叫把專案人員找來，他憤怒地說：“你們說我在新疆出賣同志，說有人檢舉我，你們有根據嗎？把他找來，當面對質。你們先定案，先抓人，後調查材料，這對黨對人民有什麼好處？叛黨的人是不敢回延安的，我馬明方如果在新疆做過壞事，我情願一步一叩頭到延安請罪請死！”專案人員本來限定接見時不准談政治，馬明方就用這種方式，斥責了專案人員，訴述了他的冤案，顯示出他的凜然正氣和錚錚鐵骨。過了好久，馬明方才問起家庭情況，問起馬淑良和小芳的下落。馬銳能說什麼呢？只有簌簌下淚！
長期的關押和折磨，嚴重地摧殘了馬明方的身體。 1973年被送往首都工農兵醫院，那時他已經是氣息奄奄了。他患有全身性血管硬化症，四肢僵硬，每次大便蹲下就站不起來，只好爬著走。他在生死嚴重考驗關頭，堅信黨的事業必定勝利，光明必定戰勝黑暗。他要前來醫院探望他的女兒馬銳給他找一支圓珠筆芯，夾在手指縫裡，背著看守人員，用顫抖的手，花一個多月時間，寫了前面引用的1973年12月3日那封給周恩來總理的信。當他得知孫維世已被迫害致死後，臉色陰鬱，慢慢閉上雙眼，不禁潸然淚下。他患病期間還閱讀《毛澤東選集》，讀列寧的《談談辯證法淞讀《史記》，他說：“我早晚能出去，還能做點工作，比如寫黨史，至少還可以提供材料嘛！”他一刻也沒有忘記黨。他對馬銳說：“我是黨員，就要繳黨費。現在人家不承認我是黨員，黨費也沒處去繳，而且也沒有錢繳，總有一天，我要把黨費繳清的。”
馬明方在醫院裡得不到很好的治療，病情日益惡化。他在臨終前特別囑咐子女：“你們要把我的事，報告毛主席，報告週總理，說我馬明方是好人，不是叛徒。”1974年8月13日，馬明方終於含冤去世了。
“新疆馬明方集團案”，根據毛澤東、周恩來的指示，於1975年7月31日，由中共中央辦公廳發出通知，予以平反。中央專案三辦《關於新疆馬明方案的平反報告》中說：“大量材料證明，1942年9月新疆軍閥盛世才，為達到其投蔣反共的罪惡目的，捏造了所謂'四一二陰謀暴動案'，誣陷我黨，將我在新疆的人員全部拘禁，於1943年春關進監獄。陳潭秋、毛澤民、林基路三同志堅貞不屈，慘遭殺害。其餘的我黨被捕人員，除徐夢秋、潘柏南、劉西屏和黃義明等15人先後自首叛變沒有回延安外，馬明方等絕大多數同志，在敵人監獄裡表現很好，沒有自首叛變”。他們“在新疆出獄，沒有履行任何反共手續，是張治中任國民黨新疆省主席時受我黨中央委託，無條件釋放，派專人護送回延安的”。至此，八載冤案，得以平反昭雪。
1976年10月，黨中央粉碎了江青反革命集團之後，馬明方一案才真相大白。原來這是林彪、江青反革命集團陰謀篡黨奪權的一個組成部分。受蒙蔽的群眾，反戈一擊，揭穿了林彪、江青、康生一伙的真面目。
中共十一屆三中全會之後，中共中央於1979年12月29日為馬明方舉行了隆重的追悼大會，姚依林致悼詞說：馬明方同志是中國共產黨優秀黨員，是我黨久經考驗的堅強的無產階級戰士，是紅軍時期陝北革命根據地的創始人和主要領導人之一。馬明方同志在陝北時，堅持以毛澤東同志為代表的黨的正確路線，先後和劉志丹等同志一起，發展了陝北的農民運動，建立和鞏固了陝北革命根據地。 1941年，他從蘇聯學習回國，路經新疆被反動軍閥盛世才軟禁，1943年復遭逮捕入獄。這期間，他參與領導獄中黨的工作，堅貞不屈地同敵人進行了英勇的鬥爭，表現了一個共產黨員的崇高革命氣節。新中國成立後，馬明方同志在陝西省委和西北局工作期間，在中央部門工作期間，在東北局工作期間，都正確地執行了黨的方針政策。在“文化大革命”中，馬明方同志立場堅定，旗幟鮮明，堅貞不屈，頑強鬥爭，為保衛黨的利益，戰鬥到生命的最後一息。在50多年的長期革命鬥爭中，馬明方同志為中國人民的解放事業、社會主義革命和社會主義建設事業做出了重大的貢獻。在“文化大革命”中被林彪、江青反革命集團強加在馬明方身上的一切誣衊不實之詞統統被推倒了。歷史證明：馬明方同志的一生，是革命的一生，戰鬥的一生，他不愧是無產階級的英勇戰士。
“文化大革命”是一場歷史悲劇，它給中國人民帶來巨大的災難。馬明方在這場悲劇中被奪去了生命，人們在哀思之餘，永遠不要忘記這場悲劇的慘痛教訓。