1960年10月，中共中央決定，宋任窮任中央東北局第一書記，歐陽欽任第二書記，馬明方任第三書記。當時由於第二書記歐陽欽兼任中共黑龍江省委第一書記，馬明方除專管財貿工作外，還協助第一書記料理東北局的全面工作。
1960年11月2日至7日，中共中央東北局在吉林省長春市召開第一次全體委員會議，討論通過了關於東北地區形勢和任務的決議及對發展農業10個問題的意見。
東北地區是我國重要的工業基地和商品糧基地。第一個五年計劃期間，各方面建設事業都取得重大的成就，到1957年，各項建設均超額完成計劃，經濟繁榮，人民生活有了很大改善。但經過1958年至1960年的三年“大躍進”，國民經濟比例關係出現了嚴重的失調，農業生產大幅度下降，社會購買力與可供商品值之間出現了巨大差額，城市人口猛增，市場供應異常緊張，人民生活水平顯著下降，整個國民經濟處於非常困難時期，東北地區面臨著嚴重困難的局面。
1961年1月，中共八屆九中全會分析形勢，指出由於農業歉收和輕工業原料不足而形成的市場暫時困難是一個急需解決的問題。全會要求迅速採取措施幫助輕工業、城市手工業、家庭副業和郊區農業的發展，增加各種日用品和副食品的生產，同時改進商業工作活躍農村初級市場。全會確定了“調整、鞏固、充實、提高”國民經濟的八字方針。東北局堅決執行了中央的方針，在大力加強農業的同時，縮短重工業，拉長輕工業，大刀闊斧地關、停、並、轉了1100多個工業企業，大刀闊斧地精簡城鎮人口350多萬，並採取了一系列重要措施，使工農業生產迅速得到恢復和發展。到1965年，各項經濟指標接近1957年的水平，國民經濟走向均衡發展的軌道，為實現第三個五年計劃，打下了良好的基礎。馬明方當時在東北局主持經濟調整工作和專管財貿工作。他堅決地貫徹執行了中央的指示和東北局的決定，認真進行調查研究，從東北地區的實際情況出發，在調整國民經濟、安排人民生活、安排市場、發展農副業生產、發展輕紡手工業生產等方面，做了大量工作，做出了重要貢獻。
東北局成立後，在農業嚴重減產、人民生活極端困難的情況下，馬明方始終把安排好城鄉人民生活作為一項大事來抓。 1960年11月在東北局第一次全體會議上，馬明方就提出：“安排好農村人民生活是當前整個工作的中心問題”。他說：吃飯問題從來就是個大問題，多少年都證明：誰能在這方面搞得好一點或比較好一點，誰才能站住腳。他同東北三省同志算了一個細賬：1960年全區糧食產量比1957年減少了將近50億斤，口糧減少一半左右。全區在完成徵購任務和扣除秋冬口糧後，1961年1至9月人均只有口糧120斤（黑、吉兩省稍多，遼寧更少，均不包括自留地產量），部分地區還低於這個數字，有256個大隊已經沒有糧食，全靠返銷。很明顯，問題是非常嚴重的，安排不當就要出大問題，對爭取來年生產生活好轉存在著很大的威脅。他在1960年東北局第一次至第五次書記處會議上先後對生活安排問題提出許多重要的意見。他提出：安排好人民生活應作為整風整社一項重要內容，並以此作為整風整社是否搞好的重要標誌之一。如果離開了廣大人民群眾這個最迫切的問題去整風整社，就等於沒整。他提出明年能否過得去，全部問題的關鍵在於從1月至9月能否每人至少有120斤糧食和每天有二兩干淀粉（代食品）。 120斤糧食是命根子，管理好、安排好，保持勞動力的一定強度，就可能爭取好成績，否則生產肯定搞不好。勞動力是生產力，安排好生活，保護勞動力，實際上也是生產力問題。他提出必須對1至9月的農村人民生活做出具體安排，120斤糧食，要分三段安排：大體上前3個月每人每天三兩糧食、六七兩干淀粉，加上自有的糧食和蔬菜，可以勉強過得去；中間四個月處於青黃不接農忙季節，每人每天必須有六兩糧，二兩幹啶粉；後兩個月早熟作物和蔬菜上來了，每人每天二兩糧食，再加一些代食品，能接到秋收。同時提出對耕畜飼料也要安排好，這也是保護生產力的問題。書記處同意馬明方的上述意見，並根據其精神於1960年12月28日以東北局名義發出關於安排人民生活的緊急指示。指示指出：“安排好人民生活是當前全區各級黨組織的一件十分重要的事情，是做好一切工作的基礎，是關係到全區人民生活和明後年生產的嚴重任務。”要求各級黨組織按照指示中提出的意見，逐社逐隊逐戶安排落實。
1961年2月，馬明方在東北局的干部會議上的講話中，又對城市職工生活安排提出了具體要求。他首先明確指出了生產和生活的關係，說生活搞好了，生產才能搞好，生活問題對職工的思想影響很大，生產是根本的長遠的問題，生產發展了，生活自然會提高，把生活安排好，職工就能更好的生產，而生產的發展又為解決生活需要提供物質條件，歸根到底，生產的目的，就是為了提高整個社會的物質生活和精神生活的水平。馬明方在當時就明確地提出生產的目的這個根本問題，是很可貴的。他要求所有廠礦企業都要辦好食堂，節約用糧，搞出高級代食品，盡可能自種蔬菜，解決好職工生活問題，同時要教育職工家屬，把職工家庭生活搞好，以解決職工後顧之憂。
在精簡城市人口下放農村時，馬明方又及時提出：各級黨政部門要對下鄉人口的生產和生活安排好，以穩定人心，鞏固成績。否則就出現下鄉人口回流城市現象，引起社會秩序的混亂，人為地增加困難。
為了解決城市人口的蔬菜問題，1962年3月，馬明方主持召開了城市蔬菜工作會議。他在會議講話中指出：城市人口的糧食是定量的，想上也上不去，現在肉少了，菜也少了（每人每月比1957年少14斤），增大了職工生活的困難。一定要千方百計地把城市蔬菜抓上去，這是城市人民生活中僅次於糧食的重要問題。會議經過認真研究討論，形成會議紀要，提出解決城市蔬菜問題的若干重要政策和重要措施，經東北局批轉各地執行。
馬明方對安排城鄉人民生活的工作一直是抓得很緊的，在各種會議上，在下鄉檢查工作中，經常講到這個問題，每年都要根據當年糧食情況作出具體安排。 1965年，東北全區糧食情況是幾年最好的一年，農民的口糧水平也提高了一些。多數生產隊有了一些儲備糧，有些地方出現了放鬆安排人民生活的情況。 1966年2月4日，馬明方在《關於當前面上的幾項工作》的講話中指出：目前國家和群眾的家底還很薄，國家每年還要進口一部分糧食，東北還吃關內調入的糧食，全黨同志必須繼續以極大的努力，增加糧食生產，下苦功夫做好糧食工作，狠抓生活安排，節約用糧，這是一個長期的方針，要全面抓，全年抓，上下一起抓，發動群眾抓，爭取少吃返銷糧，不吃探頭糧，保住儲備糧，給第三個五年計劃打下一個良好的基礎。
還在1961年，東北全區就出現了社會購買力與可供商品值之間的嚴重差額。 1962年差額達14.4億元。許多生活必用品嚴重缺乏，市場供應十分緊張。 1962年5月24日，馬明方在東北局第三次全體（擴大）會議上，著重講了市場問題。他說，市場問題，無非是增產和節約問題。市場的差額很大，怎樣解決？根本的辦法是多生產點東西，要千方百計地將輕紡工業、手工業搞上去，多生產一點生活用品和生產用具。多生產一點東西，就多一點實在的力量，這是根基。政治工作是不可少的，但基礎是物質，政治要同司物質條件結合起來，才能產生力量。原材料不夠怎麼辦？要想方設法將輕紡工業、手工業生產需要的各種原材料和邊角餘料收集起來，用在生產上。要堅決做好清倉核資工作，超庫存的物資都拿出來，用在市場的輕紡工業、手工業生產方面。並且要將有限的材料使用得合理，要節約原材料，力爭多生產一點，質量好一點。他還提出要堅決壓縮社會集團購買力，壓縮流動資金，切實扭轉工商企業的虧損局面，減少貨幣投放量。
在這前後，中共中央批轉了陳雲和李富春的報告，指出全國處於困難的非常時期，要以堅決措施扭轉局面。東北局結合東北地區情況研究瞭如何執行中央的指示問題，認為東北的困難比全國其他地區更為嚴重，東北地區市場差額和金融、財政矛盾比全國尤為突出。因此，除自身解決外，必須向中央報告，請求中央給以可能的支持。經宋任窮親自和中央聯繫，派馬明方、強曉初（東北局書記處候補書記兼秘書長）赴京向政治局匯報。主持匯報會的劉少奇和周恩來十分體諒東北的困難，並組織有關部門給予了有力的支持。在此期間，馬明方還組織財貿委員會系統地調查研究了東北地區財政、金融、市場情況，提出爭取市場和財經狀況好轉的四項措施，經東北局批轉三省省委並上報中共中央。
周恩來對東北的困難十分關心，曾親自到東北視察工作。東北局書記處向周恩來匯報了市場、金融、財政情況。在他的直接指導下，提出進一步壓縮集團購買力2億元，千方百計增產輕、紡、手工業產品3.2億元，為東北渡過困難起了重要作用。
為了搞活市場，馬明方除了大力抓農副產品的生產和收購，積極促進輕紡工業、手工業生產的發展，努力增加市場貨源外，還主張開放農村集市貿易，在城市開放小商品市場。 1962年7月，他到黑龍江省牡丹江、合江、寧安、林口、綏化、雞西、鶴崗、佳木斯、依蘭、湯原等地進行了廣泛的調查。他向東北局書記處寫的調查報告中提出：自由市場的發展，對集體經濟起著輔助的作用，對自由市場採取硬性限制的辦法是脫離群眾的。據勃利縣雙河公社太安大隊、樺川縣土龍公社勝利大隊第五生產隊和依蘭縣三道崗公社永安大隊第一生產隊的調查，1961年社員的收入，按國家牌價計算，來自集體的收入和來自自由市場的收入各佔一半；按自由市場價格計算，為六比四；如果集體收入按國家牌價、自由市場的收入按高價計算，則為四比六。農民反映，“吃飯穿衣靠集體，日常零花靠小自由。”對自由市場消極的一面，馬明方主張用發展供銷社自營業務的辦法來限制。報告中說，供銷社自營業務開展以來，農村產品的收購增加，某些商品的集市價格降低，城鄉物資交流加速，所以完成國家統購派購任務以後的一二類物資和三類物資應允許供銷社自營，對於活躍市場是很有好處的。
經過各方面努力，到1963年，東北地區的市場形勢有了明顯的好轉。市場商品增多，貨幣回籠；平價商品銷量增加，高價商品銷量減少，集市貿易價格下降，計劃價格基本穩定。對於加速國民經濟的調整、鞏固、充實、提高起了積極的作用。
馬明方對東北局農委工作也很支持。他根據東北局“關於農業的發展跟不上工業發展的需要，是當前主要矛盾”的分析，用很大的精力研究農業問題，曾多次深入農村調查研究，實事求是地提出發展農業的一些重要政策意見。
關於徵糧問題。為了調動農民的積極性，馬明方提出：（1）把徵購任務固定下來，幾年不變；（2）隨著糧食產量的增長，增產部分加價徵購一部分，例如30％左右。
關於自留地問題。馬明方歷來主張自留地要及早確定，並採取保護政策，不要輕易變動抽調，以補群眾口糧和飼養豬、雞飼料的不足。他指出，在農業正處於恢復的時期，自留地以不征農業稅為宜。
關於小片開荒問題。馬明方肯定小片開荒對於充分發揮個人積極性，擴大耕地面積，增產糧食和發展農副業生產起了積極作用。同時也指出小片開荒的一些副作用，對小開荒提出一些切實可行的政策，如嚴禁破壞山林資源和水土保持，對小開荒土地三年後適當徵收農業稅等。關於發展畜牧業問題。黑龍江草原不少，發展畜牧既可有肉吃。又可增加皮毛收入。但當時多是集體飼養，限制個人養羊。馬明方提出允許個人養羊，採取集體飼養和個人飼養相結合的方法，加速畜牧業的發展。對於商業部門收購羊皮購九留一的規定，馬明方認為不利於畜牧業的發展，建議適當調整。
關於農業生產的經營責任制問題。 1962年7月，馬明方在黑龍江湯原縣蓮江口公社萬勝大隊調查時，對於這個大隊實行包產到戶的辦法給予了充分的肯定。他在寫給東北局書記處的調查報告中說：“這個大隊是個產稻區，有兩個生產隊，49戶（都是朝鮮族），有水田675畝，連年減產。今年春天安排生產時，450畝地也安排不下去，後來採取了包產到戶的辦法，按地定產、定工，超產部分60％獎給承包戶、40％提交生產隊。”“實行這種包產辦法以後，全部土地都包下去了，逃走的社員也回來了，很多社員想盡一切辦法增施肥料。現在，稻秧長得一片蔥綠，預計畝產400斤，超過包產266斤的50％。我們認為，這種包產到戶的辦法並不是削弱集體經濟，而是在生產過程中的某一個環節勞動組織方面更合理，更能充分調動社員生產的積極性，評工記分、勞動調配的矛盾也解決了。”可惜，在他的調查報告印發不久，包產到戶在北戴河會議上就受到了批判。
1963年5月，毛澤東在杭州召集有部分政治局委員和大區書記參加的會議，討論農村社會主義教育問題，制定了《關於目前農村工作中若干問題的決定（草案）》（即前十條）。 《前十條》對我國形勢作了“左”的估計，認為“當前中國社會中出現了嚴重的尖銳的階級鬥爭情況”，提出要“重新組織革命的階級隊伍”，打退資本主義和封建勢力的進攻。同年9月，中央政治局在北京召開工作會議，又討論通過了《關於農村社會主義教育運動中一些具體政策的規定（草案）》（即後十條），繼續強調以“階級鬥爭為綱”，同時也強調了團結95％以上的干部和群眾的重要性。 1964年12月。中央政治局召開全國工作會議，進一步討論農村社會主義教育運動問題。並於1965年1月14日發布了這次會議的討論紀要，《農村社會主義教育運動中目前提出的一些問題》（即二十三條），進一步指出“我國城市和農村都存在著嚴重的、尖銳的階級鬥爭”，要“抓住階級鬥爭這個綱，抓住社會主義和資本主義兩條道路鬥爭這個綱”，並第一次提出“這次運動的重點，是整黨內那些走資本主義道路的當權派”。 “四清”運動就是在這種“左”的指導思想下，在全國展開的。
馬明方參加了這場運動，在有關“四清”運動的會議上，也貫徹了“階級鬥爭為綱”的觀點。但他在搞“四清”時，對農村幹部隊伍的狀況作過實事求是的分析，主張採取熱情的幫助的方法。
1965年11月，馬明方到遼寧省營口縣官屯大隊蹲點搞“四清”。當時正提倡在每縣每社集中大批幹部組織工作隊打“殲滅戰”，但他在蹲點時，卻只帶兩名幹部。他說：“我們走群眾路線，不走工作隊路線。把社員都發動起來，都變成工作隊不是更好嗎？而且他們是永遠不走的工作隊。”進點以後，馬明方一連十幾天，找農村幹部促膝談心，並且深入到群眾中了解群眾的生產和生活情況，徵求群眾對農村幹部的意見。在一段時間裡，群眾下地干活，他也跟著下地；群眾起圈積肥，他也跟進畜棚；晚上群眾學習，他也參加；幹部回家，他就去串門。開始時干部和群眾還有顧慮，認為他的官大，不敢說心裡話。幾天之後，幹部和群眾見他和善誠懇，沒有一點官架子，就願意和他說心裡話了。那時他已是近60歲的人了，又患有慢性胃潰瘍，縣委為了照顧他的身體，指定一個炊事員給他單獨做飯。他得知後，立即找公社黨委書記，指示今後什麼事情都不能特殊照顧。吃第二頓飯時，他就到食堂同大家一起排隊買飯。他的言行舉動，給大家深刻的教育，群眾對他更為親近和尊敬。他還親自向幹部講解黨的政策，講土地革命戰爭、抗日戰爭、解放戰爭的故事。他講的東西和乾部群眾的思想能對上號，所以人們都願意聽，並且主動找他反映情況，說出自己心裡的疙瘩和思想上工作上的問題。
經過20多天深入細緻的群眾工作，他和同去的干部多次研究後，聯名向宋任窮和東北局書記處的同志寫了報告。他對農村幹部隊伍狀況作了與當時“左”的估計完全不同的看法。報告中說：“我們到官屯公社官屯大隊20多天，感到在社教運動中。如何正確地認識和正確地對待好的和比較好的干部，如何把他們的思想覺悟大大提高一步，是一個容易被忽略的、又是很重要的問題”。 “幹部到底存在一些什麼問題，對他們的問題應該怎樣認識。怎樣才能把他們的問題解決得好？經過我們多次的研究，認為這些幹部基本上是好的，但是也有許多錯誤缺點。就他們好的方面來說，各個人是不相同的。概括起來，他們大多數是勞動人民出身，基本上能夠堅持社會主義方向，有一定的政策思想水平，在領導生產隊、生產大隊的工作上，在領導農副業生產上，以及在分配、安排社員生活上，都做了不少的工作，為群眾辦了許多好事”，“這是他們基本的、主要的方面”。 “就他們的錯誤缺點來說，也是各不相同的，有的多一點，有的少一點，有的是很輕微的”。報告說，農村幹部的缺點錯誤，主要的是作風不民主，階級觀點模糊，有的有多吃多佔，有的從事一些商業活動，投機買賣，有的革命意志衰退，想當“太平黨員”、“舒心社員”等。 “對他們的成績要給以足夠的估計，對他們的錯誤缺點要給以嚴肅認真的批評教育，這樣才能夠達到提高認識、改正錯誤、團結起來，做好工作的目的”。這個報告。經東北局批轉各地，對“四清”運動起了良好的作用。