段祺瑞尚在頭疼錢的問題，“一戰”就結束了，參戰督辦和剛剛成立的“參戰軍”也相應改為邊防督辦、邊防軍。邊防軍和西北邊防軍其實並不是一個概念，邊防軍其實已突破“參戰軍”的範疇，除西北邊防軍外，它還包括陸軍第九師等其他段氏嫡係部隊。西北邊防軍則是單純由“參戰軍”擴展出來的部隊，由徐樹錚直接指揮，其費用也主要靠徐樹錚個人從皖督倪嗣衝、陝督陳樹藩等人那裡“化緣”。
西北邊防軍在習慣上又被稱為西北軍。這是民國時期最早以西北軍冠名的軍隊，共轄三師四旅，其中第一、第二混成旅就是徐樹錚任奉軍副司令時，歸屬於參戰督辦處的那兩支奉軍旅，算是從張作霖手裡挖過來的。第三、第四混成旅係按徐世昌的命令招募，這兩個旅的招募區被指定為皖南，由於招募期間得到了倪嗣衝的竭力協助，所以用很短的時間便募得滿額。
西北軍為清一色的日式裝備，步槍、機槍是“三八式”，山炮是“大正六年式”，其他如交通通信等設備也都來自日本。就當時的情況而言，這些裝備在全國各軍隊中都處於拔尖地位。
除了一流的裝備，西北軍還擁有一流的軍官素質——各旅軍官以正規軍校出身者居多，單純行伍出身的軍官為數較少。
在舊的北洋系四分五裂之後，能夠完全聽從段祺瑞調遣的北洋精銳部隊已經不多了，這使得他和徐樹錚吃盡了苦頭，行事也多受掣肘。西北軍類似於當年袁世凱的模範團，是自直、皖對立以來，段、徐所創建和直接指揮的第一支嫡系武裝，而且底子又是如此之好，所以二人都對它格外重視。
按照段祺瑞的吩咐，徐樹錚以洛陽為據點，對西北軍展開了極具自身特色的軍事訓練。
正誌中學（後曾改名為成達中學）是首都師範大學附屬中學的前身。這所具有百年曆史文化積澱的名校，乃徐樹錚一手創建，建校款項就是當年經袁世凱特批，他從美國軍火商那裡拿到的佣金。學校建成後，徐樹錚擔任了首任校長，並親自製訂教學計劃，遴選教員，林紓等文化名家都曾被他請為教員。在此期間，徐樹錚還有過將正誌中學改成大學的計劃。北洋系軍人中雖不乏尊師重教者，但能做到像他這樣認真的，卻極其罕有。
更令人稱奇的是，徐樹錚的辦學模式也與眾不同。當時的普通中學一般都不設軍事操，在課程設置上，古文也已被放到相對次要的位置。徐樹錚則主張“中學為體，西學為用”，正誌中學的學生必須練軍事操、讀古文，缺一不可。他還常向學生講話，號召學生學好本領，將來好征服日本，一雪自甲午以來的國恥。
軍隊同樣被徐樹錚灌注了這樣的個人理想。他希望自己的部下“上馬能擊賊，下馬作露布”，既會拿槍桿，又會拿筆桿。為此，他規定西北軍的所有軍官都必須讀《孫子兵法》《管子》《孟子》《戰國策》等古書，且每兩週或一個月必須寫作文一篇。作文題目由徐樹錚擬定，不限體裁，不限字數，文言白話均可，篇幅亦可長可短。寫好之後，徐樹錚不假人手，親自批改。文章寫得好的，還能得到紙、筆、墨盒等獎勵。
與軍官不同，士兵的文化程度一般較低，剛剛招募進來的甚至大多不識字。徐樹錚對士兵的“掃盲教育”抓得很緊，經過“掃盲”，一年之內，士兵中能讀白話報及寫家書的，不在少數。
民初軍隊的士兵訓練，均注重操場上老一套的製式訓練，拔慢步往往被看得非常重要。徐樹錚對這些形式化的東西不太在意，他在意的是野外演習和實彈射擊，對官兵的體力訓練，如器械體操、刺槍、劈劍、負重跑步和負重超越障礙物等，尤要求嚴格。
在軍隊的公文格式直至軍紀方面，徐樹錚也做了一些革新。他發現有些公文格式非常煩瑣，有時公文的正文才兩三句話，廢話卻有一大堆，不僅費事無用，而且容易將辦公文的人和看公文的人都弄糊塗。徐樹錚通令予以廢除，之後公文就變得簡便清楚多了。
對士兵的體罰，曾盛行於民初各軍隊。當時軍隊裡還特製了一種責打士兵的專用軍棍，名之為“黑紅棍”。徐樹錚下令廢除“黑紅棍”，並嚴禁體罰和打罵士兵。士兵犯錯需要處罰，一律只關禁閉。
這些改革現在看來似乎微不足道，但就當時的情況而言，卻極具轟動效應，尤其不體罰士兵這一條，一般軍隊是難以做到的。