馮段之間越鬧越僵，馮國璋也開始像他的前任黎元洪那樣，頻頻對院方動用否決權。
劉建藩等人宣布獨立後，段祺瑞以國務院的名義下令予以討伐。可是命令送到總統府蓋印時，馮國璋卻以大事化小、小事化了為由拒絕蓋印。
馮國璋不蓋印，段祺瑞也沒辦法，結果湖南那邊已經打得昏天黑地，這邊北京政府的討伐令仍未頒布，段內閣也因此被外界譏刺為“對外宣而不戰，對內戰而不宣”。
及至南北戰爭爆發，段內閣下令罷免以兩廣巡閱使陸榮廷為首的西南三軍頭，馮國璋又拒絕蓋印，理由還是原來大事化小的那一套。
馮國璋鬧起彆扭，比黎元洪更麻煩，因為“泥菩薩”其實沒有什麼強硬資本，馮國璋卻有著不小的本錢，這就是從北洋系中逐漸分化出來的直系。
北洋系形成於小站練兵時期，還在其發展擴張過程中，內部就因權力之爭而初步形成派系，只是在袁世凱的統馭下，派系現象受到了壓制。後來袁氏稱帝，儘管北洋系中的相當一部分軍人已不完全聽命於袁，但仍不至於公開分裂。
北洋系的加速分化是從袁世凱暴斃以後開始的，最終形成了直皖兩大系統——馮國璋出生於直隸省（今河北省），以他為首的北洋軍人集團稱為直系；段祺瑞出生於安徽省，以他為首的北洋軍人集團便稱為皖系。
當時的江蘇督軍李純、江西督軍陳光遠、湖北督軍王占元號稱“長江三督”，三人皆為直系的骨幹分子，他們在長江下游聯成一氣，成為馮國璋在京的有力後盾。
南方聯軍誓師出征的當天，“長江三督”就聯合提出解決南北問題的四項意見，不僅主張停止湖南戰爭、撤換傅良佐，而且還要求改組內閣、整理皖系倪嗣衝等部。
“長江三督”的意見一發表，即遭到皖系的強烈反彈。一部分皖系激進派以硬對硬，甚至醞釀要發動政變，以對付站在幕後的馮國璋。從1917年10月下旬起，北京謠言四起，都說在京的北洋軍人要軟禁總統。
畢竟自己身處京城，這樣的跡象和謠言不免令馮國璋感到害怕。他這才做出讓步，勉強同意罷免廣東督軍陳炳焜，但仍將罷免陸榮廷等其他二人的命令留下不發。
罷免陸榮廷本是段內閣罷免令的重點，馮國璋卻來了個避重就輕，段祺瑞對此很不滿。他又重新擬令，將陸榮廷調職來京，並催促馮國璋蓋印。
見段祺瑞緊盯不放，馮國璋只好將命令交印鑄局蓋印後予以發表。可是到了晚上，他又後悔做出了這一決定，派人把命令從印鑄局追了回來。
第二天，段祺瑞未見到總統命令發表，一問才知道馮國璋居然將命令追了回去，不由大為光火，當即聲色俱厲地對馮國璋進行質問：為什麼講好發表的命令還要變卦？總統豈能出爾反爾？
馮國璋被問得理屈詞窮，啞口無言，待段祺瑞走後，就無可奈何地把命令重新送至印鑄局。
此時南北兩軍正在湘南交戰，北軍略佔優勢，已先後攻下衡山等地；而在四川境內，川軍劉存厚部也在段祺瑞的支持下，擊敗了入川的黔軍、滇軍。段祺瑞不斷收到捷報，自認為拿下西南已指日可待，於是便決定接受梁啟超的建議，援引“臨時約法”中的有關條例成立臨時參議院。
臨時參議院為代立法機關，有權修改“國會組織法”及“兩院議員選舉法”，並根據新法召集新國會。馮國璋是舊國會選舉出來的總統，如果是新國會進行選舉，變數就增大了許多。
親段勢力本身也有要推倒馮國璋的意圖，他們內部有兩種意見，“政變倒馮”是其中之一，但段祺瑞並不同意這麼做。除了“政變倒馮”，另一種意見就是“合法驅馮”，成立臨時參議院無疑為“合法驅馮”提供了一條便捷之路，這讓馮國璋大感威脅。
俗語說得好，狗急了就要跳牆。馮國璋在北洋三傑中又被喻為“狗”，在此內外交困之際，他也想到了一招。