不出陳文運所料，傅良佐督湘的明令一發表，立即招致湖南和西南各省的反對。他們認為傅良佐雖然是湘籍，但自幼便隨父隨宦在外，無論過去的出生之地，還是現在的做事方式，都只能被歸入北人之列，不符合“湘人治湘”的要求。
陸榮廷出面給馮國璋發來一份電報，要求收回成命，並主張劃湖南為南北軍的緩沖地帶，繼續維持湖南現狀。
馮國璋由於已同意段祺瑞派傅良佐督湘，故而難以作答，只得把陸榮廷的這份電報交給段祺瑞。段祺瑞以國務院名義答复陸榮廷，把更換湘督說成是“為事擇人”，拒絕了對方的要求。
1917年8月下旬，傅良佐以“衣錦歸鄉”的姿態，辭別段馮，離京前往湖南就職。
段祺瑞在發表任命時，曾表示傅良佐雖督湘，但不帶北軍入湘。可是面對各界如此強烈的反對，如果真的讓傅良佐一個光桿司令入湘，段祺瑞自己也不放心，為此他在傅良佐赴任的同時，就派了兩個師的北洋軍開往湖南。
譚延闓內心不是不想抵抗，但原本答應援湘的桂滇軍還沒行動，北軍已經大兵壓境。至於湘軍，只有兩個裝備較差的師，而且譚延闓還只能控制其中的半數，自然無法抵禦北軍。
在此情況下，譚延闓只得放棄抵抗。有人問他是否願意留任省長，譚延闓說：“當慣了婆婆，如何能做媳婦？”
傅良佐到長沙後，譚延闓一俟辦完交接手續，馬上藉口回籍省親，離開長沙到上海去了。
譚延闓絕非俗輩，當年曾與譚嗣同等人並稱為“湖湘三公子”。離職之前，他在與西南各省加強聯絡的同時，派原零陵鎮守使望雲亭赴京迎接傅良佐，望雲亭的職務則由劉建藩署理。
譚延闓的舉動表面看上去似乎是對北京政府的服從，其實暗藏機鋒——望雲亭是段祺瑞留在湖南的一個內線，把他調走乃為調虎離山之計；繼任的劉建藩參加過“二次革命”，讓他鎮守零陵，無異於埋下了一顆反對傅良佐的定時炸彈。
傅良佐在就職的第四天也發現了譚延闓所布的這著棋，於是下令撤換劉建藩。劉建藩早有準備，不僅拒絕從命，而且通電全國，宣布獨立。
消息傳到長沙，傅良佐立刻慌了手腳，一面宣布長沙戒嚴，一面派兵前往討伐。不料派去的本省軍隊全是軟腳蟹，沒幾下就紛紛潰敗。
傅良佐再命隨其南下的那兩個北洋師出戰。北洋軍久經沙場，炮火又相當猛烈，非劉建藩等所指揮的湘南軍隊所能抵禦。在湖南地方的屢次請求下，10月中旬，西南方面組織湘、粵、桂聯軍，分路向北洋軍發起反攻，湖南問題迅速演變為南北戰爭。
與南北戰爭相伴隨的，是第二次府院之爭的正式浮出水面。自傅良佐督湘事件以後，馮段就產生了隔閡，而且從此一天天地加深。
段馮本來當面接觸的機會就不多，這時候越發少了。難得有一次，馮國璋突然打電話給段祺瑞，請他到府裡來談談。段祺瑞接了電話說：“一定是四哥想打麻將了！”說完便高高興興地帶了兩百元現鈔趕去總統府。
段祺瑞喜歡打麻將，但一般都在晚上下班之後。這次他上班也要打麻將當然不是純粹為了玩，而是希望利用打麻將的機會重新加強二人的私人聯繫，沖淡彼此感情上的不愉快。
可是馮國璋在和他談完公事之後，卻並沒有談到打麻將的話。段祺瑞也不便提出，只得乘興而去，敗興而歸。
馮國璋本人其實不愛打麻將了，他也知道段祺瑞的癖好，但就是不肯迎合對方打上那麼幾圈。這也使得段祺瑞不能不懷疑“四哥”是在擺他的總統架子。
後來又有一次，段祺瑞主動去拜訪馮國璋。當時恰巧府內有一處木橋壞了，段祺瑞的汽車無法通過。有了打麻將的尷尬經歷，段祺瑞自然而然地認為馮國璋仍在故意擺陣勢，不准備和他見面，於是當即就命令車夫掉轉車頭，憤然打道回府。