雖然順利完成了重新出山前未完成的兩件大事，但段祺瑞也面臨著入主中樞以來從未遇到過的一件棘手難題，這就是南方勢力的挑戰。
張勛復辟前，強迫黎元洪解散了國會，失去飯碗的國民黨議員們即紛紛南下，以孫中山為中心發起護法運動。
孫氏“護法”，固然有捍衛民國、維護約法的政治追求，但亦有爭奪中央控制權的實際考慮。他的直接訴求是要求北京政府恢復“舊國會”（即被解散的這屆國會），因為“舊國會”中國民黨議員佔絕對優勢，控制國會也就控制了中央控制權中的相當一部分。
孫中山有政治聲望和影響力，也有國民黨作為政治支撐，但自“二次革命”失敗後，國民黨就失去了自己的武裝，必須依賴於西南軍人。
這裡所說的西南主要包括雲南、貴州、四川、廣東和廣西五省，其中勢力最大的是桂系陸榮廷和滇系唐繼堯。從袁世凱時代開始，西南軍人便與孫中山的國民黨系、長江下游的馮國璋系互通聲氣，形成了一種或明或暗的盟友關係，藉以增強本系在中央的分量。
在張勛復辟前後，西南各省一面參與“護法”，一面宣告獨立，其目的無非是鞏固和擴展自己的勢力。應該指出的是，這些西南諸侯不僅反對張勛，也同樣反對段祺瑞。當段祺瑞根據黎元洪的命令復任總理，準備舉旗討逆時，唐繼堯曾通電反對，其邏輯是複闢乃段祺瑞一手釀成，豈可再安居總理之位。
復辟被平定後，根據唐繼堯的這一邏輯，西南各省不僅仍然沒有取消獨立，而且指段為複闢的罪魁禍首，要予以堅持反對和討伐。段祺瑞早就看西南軍人不順眼，現在這幫人又要對他進行討伐，並實際形成了南北分立的局面，他當然不肯示弱。
西南各省的地理位置都較為偏遠，中央不宜用兵，這是連袁世凱當政時期都難以解決的一大難題。段祺瑞在總結袁世凱的一些策略辦法的基礎上，制訂全盤的戰略計劃，即“入川以進攻雲貴，攻湘以佔有兩廣”，也就是以四川、湖南為樞紐，逐步削平西南諸侯。
圍繞入川，段幕設計了一個周密的方案，即利用川、黔、滇三方面的矛盾，先使其互鬥，再尋機取而代之。 1917年8月初，川、黔、滇三軍果然發生大混戰，段祺瑞立即任命吳光新為長江上游總司令兼四川查辦使，率六個旅入川查辦四川問題，其目的是首先督促川軍驅逐滇黔軍，然後再拿下四川和控制滇黔。
與“入川”相比，“攻湘”更為困難和復雜。湖南省長兼督軍譚延闓本傾向於西南，對北京政府只是表面敷衍。段祺瑞就以吳光新代之，但譚延闓在湖南甚得民望，湖南人以“湘人治湘”為口號，反對北方勢力侵入湖南。
針對這一情勢，段祺瑞採取了一個將計就計的辦法，他決定派湖南籍的傅良佐去湖南，這樣既可以堵住湖南人的嘴，又可以執行自己的計劃。
可是段祺瑞的提議卻遭到了馮國璋的極力反對。
馮國璋剛來京時，曾經很大度地說現政府既實行責任內閣制，那麼他作為總統就應該“人事不參加”。比如陸軍次長出缺，幕僚們建議讓師景雲乾一下，他們對馮國璋說：“嵐峰（師景雲的字）伺候您這麼多年了，現在陸軍次長出了缺，是否可以提拔他一下？”
師景雲乃馮幕首席，深得馮國璋的信任，其地位相當於徐樹錚之於段祺瑞，但是馮國璋聽後不同意，他對其中的一個幕僚說：“嵐峰要去，我看還不如你去。可是我覺得你也不去的好，內閣裡，咱們還是不加入為是。”
如果馮國璋能夠始終如一地不過問人事和其他政府要務，馮段之間自然就不會有什麼不同意見，然而事實上他卻做不到這一點。
馮國璋後來追述他在北京當總統的這段經歷時，曾經說：“以我老大哥的地位，以段向來對我唯命是聽的那樣態度，為了北洋的大局，當時我認為，我是可以說服段，做到府院合作的。”
其實僅此一句話，就足以說明馮國璋和他的前任一樣，絕不甘心於只做一個責任內閣制下的“蓋印總統”。