馮國璋就任總統不久，就提議要按照袁世凱設置陸海軍大元帥統率辦事處的成例，在總統府成立一個“統率辦公處”，以王士珍為處長。
段祺瑞一聽馬上意識到自己的軍權有被分割的危險：王士珍身兼參謀總長，一旦府院遇到不同意見，馮國璋和府方就可以坐擁三分之二的多數。
得知段祺瑞不同意設立“統率辦公處”，馮國璋又提議在總統府內設立“參陸辦公處”，由參謀總長王士珍和兼有陸軍總長職務的段祺瑞共同負責。他還託人帶話給段祺瑞說：“請芝泉無須多心，總統作為軍隊的統帥，對軍事不聞不問畢竟是失職嘛。”
段祺瑞聞言不便再拒絕，終於同意設立這樣一個組織，但又堅持“參陸辦公處”必須附在責任內閣裡面才算合法。他這一手的高明之處在於，不僅使得馮國璋實際無法分享國務院的軍權，而且還把參謀本部變成了國務院的附屬機構，從而最大程度地限制了馮國璋聯王抑段的可能性。
這些情況被一些老北洋人看在眼裡，令他們早早就看到今後的府院關係存在某種隱憂。時任黑龍江省督軍鮑貴卿在小站練兵時期即為管帶，他在進京謁見馮國璋後，特地去秘書廳找惲寶惠攀談。二人先談了一會黎段相爭的情況，接著鮑貴卿便說：“他們老兄弟倆（指馮段）這還有什麼說的，當然不會再鬧像以前的那些個事……”
說到這裡，鮑貴卿欲言又止，隨後才用沉重的語調繼續說道：“不過，他們老二位的性情各有不同。我和他們相處多年，可以說是相知有素了，希望你和遠伯（張志潭的字）設法給他們從中調和彌縫，使得他們不至於鬧出任何意見來，那就最好了！”
惲寶惠把這些話分別告訴了馮國璋和張志潭，張志潭又轉告段祺瑞。大家都覺得鮑貴卿語重心長，意見很好，也都在口頭上表示要引以為戒。無奈這世上的事，往往是你越怕什麼就越會來什麼——在度過短暫的蜜月期後，府院終於還是又回到了攏不到一塊兒的狀態，第二次府院之爭很快就在傅良佐督湘這個問題上集中爆發出來。
馮國璋雖為北洋大將，但很早就與西南軍人有密切聯繫。唐繼堯曾是馮國璋的學生，早在馮住北京的時候，他和李烈鈞從南方來京，即留住於馮宅。後來馮國璋到南京，又通過梁啟超的關係，和陸榮廷、唐繼堯建立了通信往來。那段時間，馮國璋、陸榮廷甚至還拜把子做了兄弟。
馮國璋能在地方上成為一大勢力，連袁世凱在世時都不敢輕視，除了擁有地方兵權外，和西南軍人的相互呼應也為其一大法寶。當年在袁世凱稱帝時期，馮國璋領銜發出的“五將軍密電”，更是幾乎要了老袁的半條命。
西南軍人反段擁馮，馮國璋和陸榮廷等人一直保持著秘密盟友關係。對西南軍人完全不同的感情，決定了段馮在這方面的政見存在著根本分歧。概言之，段祺瑞主張武力統一，而馮國璋則力倡和平統一——雖然聽上去都是要追求統一，但段祺瑞是真的要統一南北，馮國璋所謂的統一卻只是個形式。退一步說，即便西南各省仍然保持獨立或半獨立的狀態，可只要對馮國璋這個總統沒有異議，他也可以容忍。
知道段祺瑞打湖南的主意，乃是為了動兩廣，馮國璋如何能夠不予過問。他反對撤換譚延闓，其直接理由是譚延闓在湖南可以作為南北雙方的橋樑，換了別人起不到這樣的作用。
有一天，國務院秘書長張志潭循例來府蓋印。在把需要蓋印的命令一件件遞給馮國璋的時候，他特地提到了傅良佐督湘的問題，並轉述段祺瑞的意見：傅良佐是湖南人，又和湖南省內的軍界人物有聯繫，所以由其督湘一定能夠勝任。
馮國璋聽後，一邊把他已經看過的命令一件一件遞給惲寶惠，一邊對張志潭說：“恐怕不見得吧！你還是回去跟總理商量商量。”
馮段二人的年紀都比較大了，不像年輕時候那麼喜歡到處走動。段祺瑞到總統府的次數不多，馮國璋也一樣，就算他不認同段祺瑞的意見，都不肯去找段當面商談解決，而是直接乾脆地予以否決。
馮國璋無疑給段祺瑞出了道難題。傅良佐的父親與段祺瑞是盟兄弟，傅良佐則是段祺瑞的學生，有著這兩重關係，使得他對段祺瑞極為恭順，見面總稱段為“老伯”。同時，傅良佐不僅自日本士官學校讀書起就成績優良，而且本人還有很好的中文根底，寫作俱佳，自然而然更得段祺瑞的賞識和提攜。
世誼兼學生，親信兼幕僚，允文允武，還正好是湖南人，人地相宜，段祺瑞就算是打破腦袋，也想不出再到哪裡去找這樣合適的人選。
可是馮國璋不同意怎麼辦？這時候段祺瑞想到了另一個人。