黎元洪要為孫洪伊留面子，於是加緊勸說對方自動辭職。不料孫洪伊卻不肯給他面子，死活不願辭職。
之後，黎元洪又請王士珍做說客，提出可以讓孫洪伊以專使的名義出洋考察，部務由次長代理。這未嘗不是一個下台階的辦法和機會，然而孫洪伊還是拒絕從命。
段祺瑞一面令人起草辭呈，一面也放出風來，說只要孫洪伊肯辭職，可以調其任全國水利總裁，或者外放省長。孫洪伊回復得更乾脆：“政治家要硬幹，無論做何犧牲，決不辭職。”
當孫洪伊成了針插不進、水潑不進的一顆銅豌豆之時，他在內閣的進出，也就成了總理能否維持其威信的標誌。段祺瑞怒氣沖沖地說：“好，我們大家都辭職，讓孫洪伊一個人去幹！”
黎元洪左右為難。當然他不認為問題出在孫洪伊身上，而只會認為全都是段祺瑞的錯。幕僚們趁勢建議邀請在河南隱居的徐世昌赴京組閣，以求徹底解決府院問題。
在幕僚們看來，北洋係是段祺瑞的政治資本，而徐世昌在北洋的資望又在段祺瑞之上，以徐代段，不會引起嚴重後果。黎元洪的政治智慧並不比他的幕僚高出多少，他居然也認為此計甚妙，當下就派代表前往河南敦請徐世昌出山。
黎幕不知道，資望是一回事，實力又是另外一回事。徐世昌不掌握北洋軍權，那麼明白的一個人，他豈敢憑著一個北洋元老的虛銜去摸老虎屁股？
徐世昌開始一再推託，在黎元洪派使兩顧茅廬的情況下，才答應進京，但只是調解，“幫助總統分憂”，而不是取代段祺瑞做總理。他讓人轉告黎元洪：“要我做總理萬萬使不得，芝泉的脾性我知道，這樣做必定後患無窮。”
為了避嫌，徐世昌還特地通過報界宣布了個人的三條原則，即“擁護元首”（指黎元洪）、“維持合肥”（指段祺瑞）、“不入政界”（指徐世昌自己）。
徐世昌到京後，在著重對段祺瑞的想法進行摸底的基礎上，正式向府院提出調解辦法：三天之內將孫洪伊、徐樹錚同時免職。
段祺瑞對這種“各打五十大板”的辦法表示同意，黎元洪驅段不得，也只好下令免去了孫洪伊內務總長的職務。
孫洪伊離開內閣後，重新恢復了議員的資格。他對免職一事很不服氣，便又組織被稱為“小孫派”的一部分國民黨議員，利用國會對段祺瑞進行攻擊。
徐樹錚下台後也不甘心，孫洪伊繼續折騰的做法則讓他更加惱火。在徐樹錚的策劃下，步軍統領（清代稱九門提督）江朝宗派兵到孫洪伊家中進行搜查，理由是孫宅隱藏亂黨，意圖不軌，孫洪伊本人也有“陰蓄死士進行暗殺”的嫌疑。
自此，孫宅三天兩頭遭到軍警的光顧。孫洪伊到底只是個手無縛雞之力的政客，吃不消驚嚇，只好逃出北京，到上海租界避難去了。
這是繼策動各省北洋軍人發表聯名通電、反對唐紹儀入閣之後，徐樹錚第二次在府院之爭中使用非正常政治手段。聽說孫洪伊狼狽出逃，徐樹錚打著京劇道白對他的朋友們說：“山人略施小計，孫大鬍子（孫洪伊）便丟官逃走，一家大小不得團聚了也！”
徐樹錚努力裝出得意和興奮的表情，但心裡其實並不愉快，因為政敵固然已落荒而逃，可他也不能再像原來那樣光明正大地在國務院出入了。
徐樹錚被免職後，國務院秘書長一職由“千年和事佬”張國淦擔任，以融洽府院關係。徐樹錚想在幕後操縱，讓張國淦按他的意圖辦事，張國淦有時敷衍他一下，有時也不買他的賬。
徐樹錚向以“總理第二”自居，他的主張實際上也代表了段祺瑞的意思，張國淦不買他的賬，就等於不買段祺瑞的賬。這讓徐樹錚很不高興，背後罵張國淦：“想不到張乾若（張國淦的字）是個蝙蝠派，給總理當秘書長，不聽總理的。”
與此同時，段祺瑞一向對徐樹錚依賴甚深，徐樹錚的離職讓他很不得勁，而且這種不快情緒很快就集中指向了徐樹錚的另一個政敵——擔任總統府秘書長的丁佛言。
在徐世昌進行調解，並徵詢段祺瑞的意見時，段祺瑞就曾提出：“要免，丁世鐸（丁佛言的原名）一起免。”
在段祺瑞看來，孫洪伊免職僅僅只是內閣內部的問題，不能視為府方的讓步。作為原先府院雙方的秘書長，府院之爭焦點之一的徐樹錚既然已經去職，丁佛言也不應該再留在總統府。他對黎元洪說：“我的秘書長搞掉了，你的秘書長我還不滿意呢。”
丁佛言是黎幕的主要人物，黎元洪自然不會輕易答應段祺瑞的要求，於是當即回答：“你的秘書長出了錯，與我這裡有什麼關係？”
徐樹錚雖然離開了國務院，但卻從沒有離開過段祺瑞的左右，而無論是為了幫段祺瑞爭奪政治權力，還是給自己找回些面子，他都覺得有必要讓黎元洪收回“有什麼關係”這句話。
明槍不行，徐樹錚又想到了暗箭。在他的授意下，以馮國璋領銜，全國二十餘省區的北洋軍頭髮出了“掬誠忠告”總統、總理、國會三方面的電文，其中提到“今後政客更有飛短流長，為府院間者，願我大總統、我總理力予摒斥”。很顯然，“飛短流長的政客”指的就是丁佛言。
接著，長江巡閱使張勛主持徐州會議，請總統罷免“佞人”。隨後，又發出電報，公然指責丁佛言挑撥是非，離間府院關係。
當年徐樹錚曾用這一套中途嚇退唐紹儀，迫使黎元洪讓步，如今也同樣有效。黎元洪看到電報後，再不敢對抗下去，只好讓丁佛言辭職並予以批准。