孫洪伊上任後，一度想安插自己的人當京師警察總監。京師警察系統雖隸屬於內務部，但對總監這樣高級別官員的任免，必須得到總理的認可才行。
段祺瑞怎麼可能讓孫洪伊隨心所欲地佈置自己的勢力，他的提議理所當然地遭到了拒絕。
孫洪伊安插不了總監，又把主意打到了部內。早在未入閣之前，他的“夾袋人物”也就是親信和存記備用之人就有一百五十多人。這些人都要進行安置，孫洪伊就以整頓內務部為由，裁減了原有的一批高級部員。
部員們突然丟了飯碗，恨不得找人拼命。徐樹錚見有機可乘，遂鼓動他們上訴平政院。
平政院即後來的行政法院，主要負責監察行政官吏的違法和不正當行為，原肅政廳即為其下屬機構。接到有關內務總長違法裁員的投訴後，平政院裁決原告勝訴，並要求孫洪伊限期撤銷解職令，准許被解職部員重新回部上班。
平政院是根據袁世凱時代的“民三約法”設立的。孫洪伊緊緊抓住這一點，認為平政院的存在本身是否合法還存在疑問，所以拒絕執行該院的裁定。
徐樹錚見狀，趕緊與段祺瑞商議，擬定了一道執行平政院裁定的命令，準備送府蓋印。可是按照新規定，命令須由孫洪伊副署，而孫洪伊拒絕副署。
平政院聽說自己的裁定竟然不能被執行，頓覺大丟臉面。他們請段祺瑞主持公道，說：“如果平政院真的不合法，請總理立即下令解散。如果是合法的，為何判決不能生效？”
平政院方面還聲稱，倘若孫洪伊繼續拒絕執行裁定，他們將集體辭職。
段祺瑞把孫洪伊叫來，讓他無條件執行裁定。孫洪伊卻抵死不肯，還公然對段祺瑞進行頂撞。段祺瑞勃然大怒：“你這是結黨營私，濫用私人！平政院的判決我看很合理，難道你還無法無天了？”
段祺瑞即便動怒也沒能鎮得住孫洪伊，孫洪伊根本就不把他這個總理放在眼裡。這使得段祺瑞痛下決心，隨後便向總統府呈請將孫洪伊予以免職。
孫洪伊在段祺瑞面前如此強硬，本身就與得到了黎元洪的支持有關。他雖為段內閣成員，卻得到黎元洪的高度信任，可參與黎幕的一切密議，隱然執總統府之牛耳。徐樹錚手持“孫洪伊著即免職”的命令前往總統府，去了四次，次次碰壁。最後一次他忍不住對黎元洪放言：“總統不蓋印，就只能不准伯蘭（孫洪伊的字）出席國務會議！”
見徐樹錚又開始對自己不恭不敬，黎元洪頓時火了，他大喝一聲：“你說的這是一句什麼話？”
徐樹錚冷冷回答：“這是總理說的。”
府院之爭如此熱火朝天，原先站在一旁看熱鬧的國會議員們也都按捺不住，紛紛加入戰團。
此時的國會議員中有兩大派別，一是以原國民黨人為主的商榷系，一是以原進步黨人為主的研究系；基本政治傾向是商榷系靠攏黎元洪，研究系接近段祺瑞。
自段祺瑞的免孫令一問世，商榷系議員即向段內閣提出質問，認為只有國會彈劾才能罷免國務員，國務總理無權直接呈請罷免。更有甚者，還有六十餘名議員聯署提案，要求彈劾院秘書長徐樹錚。
商榷繫起勁，研究系議員同樣把戰鼓擂得咚咚響。先是其機關報猛烈批評孫洪伊“違法”，接著研究系首領、眾議院議長湯化龍又親自謁見黎元洪，勸其尊重輿論，主動調換孫洪伊以息爭端。
在國會的推波助瀾下，段祺瑞一反以往盡量克製或不直接表態的處事態度，親臨總統府催促黎元洪為免孫令蓋印。
可是黎元洪仍然一再推諉，段祺瑞不由脫口而出：“總統不肯免孫伯蘭的職，那就請免我的職吧！”
黎元洪雖然與段祺瑞有矛盾，但也知道如果缺了段祺瑞撐場子，他這個總統必然做不長久，只好無可奈何地表示：“可以讓伯蘭自動辭職，免職令還是不下的好。”