由於在段祺瑞內閣中黎派閣員佔據優勢，所以這場爭端雖然發生在國務院內部，但其實也是府院之爭的一種擴大和延續。一手挑起爭端的孫洪伊原為進步黨人，不過政見上卻傾向於國民黨，段祺瑞和北洋係對他很反感。他之所以能夠入閣，完全是黎元洪提名的緣故。
段祺瑞是看在黎元洪的面子上，才同意孫洪伊入閣的。對孫洪伊，他自然不會予以重用，所以起初安排的閣員職位只是有職無權的教育總長。不料孫洪伊到京後便以領袖人物自居，當著黎元洪的面，他聲稱即使不入閣，也不干教育。
這時閣員名單已經發表，黎元洪騎虎難下，只好硬著頭皮讓人再找段祺瑞商量。段祺瑞很不高興地回答道：“就他難纏！名單已發表，誰肯讓他？”
事有湊巧，閣員裡面正好也有人想調整，原定的內務總長情願把位置讓給孫洪伊。段祺瑞見狀，又考慮到必須維持與黎元洪的關係，就再次遷就黎元洪，任命孫洪伊當了內務總長。
內閣組成不久，恰逢李烈鈞在廣東與人爭奪地盤，對段祺瑞調他“來京聽候任用”的命令也置之不理。段祺瑞十分不安，便在內閣會議上就廣東問題提出討論。
徐樹錚列席內閣會議並發言。按照法理，國務院秘書長只有列席內閣會議的資格，沒有發言權，可是既然段祺瑞不予阻止，其他人也就不好講什麼了。
徐樹錚提出要組織粵、閩、湘、贛四省軍隊對李烈鈞部進行會剿，並拿出了一個水陸三路進兵的計劃。因李烈鈞是國民黨人，孫洪伊及其他原國民黨出身的閣員都對此表示反對，他們採取袒護李烈鈞的態度，僅主張進行調解。
內閣會議結束後，徐樹錚也不管什麼少數服從多數、自己有沒有發言權，就按照先前在陸軍部的做法，自顧自地擬定了四省會剿李烈鈞的命令，然後去找府方蓋印。
黎元洪、丁佛言與孫洪伊等閣員平時都是一個鼻孔出氣，當然不肯給他蓋。遭到拒絕後，徐樹錚便索性在沒蓋印的情況下把電令發了出去。
事情很快洩露，孫洪伊性情自負，不甘人下，本來上任後就看不慣徐樹錚，抓到把柄後馬上當面指責他違法越權。徐樹錚也不是一盞省油的燈，二人言辭激烈，聲達戶外。
自此，孫洪伊挾黎以自重，徐樹錚倚段以為抵制，二人皆視對方為仇敵，幾乎無時無事不發生衝突，並且這些衝突還都相當激烈，乃至於“短兵相接，日在火併之中”。
“廣東案”之後，又發生了福建省長胡瑞麟查辦案。袁世凱主政時期，胡瑞麟奉袁世凱之命，曾授意其弟、湖南將軍湯薌銘屠殺革命黨人。儘管已經事過境遷，但參議院仍有人要跟胡瑞麟算舊賬，為此提出要查辦胡瑞麟。
胡瑞麟本來和黎元洪有些淵源，後來卻投靠了段祺瑞，與徐樹錚的私交也不錯，因此查辦案送到國務院後，徐樹錚便不提出閣議，只以國務院秘書長的資格擬文諮復了參議院。
省長是文官，其任免、查辦皆屬於內務部管轄範圍。孫洪伊從國會方面得知這件事後，馬上提出閣議說總理濫用職權，這麼大的事，為什麼不經過內閣討論就直接諮复參議院？
其他各部的部長也都有意見，段祺瑞的處境十分尷尬。本來對徐樹錚所為，段祺瑞是完全同意和支持的，但為了免使段難堪，徐樹錚就一個人把責任承擔了起來。
徐樹錚就此成為孫洪伊等人集中攻擊的目標。段祺瑞無言以對，只好說了一句“樹錚荒唐”。
孫洪伊仍舊窮追猛打，又向段祺瑞提出辭呈。徐樹錚忍無可忍，對段祺瑞說：“姓孫的太狂妄了！他想脅迫總理，我看乾脆批了他的辭呈，把這個害群之馬趕出內閣。”
孫洪伊得理不饒人，段祺瑞偏偏還不能趕他走，其直接原因是總統府和國會的一些人正藉機大做文章，黎元洪還特招孫洪伊前去見面，對其大加慰留。
畢竟是自己理虧在先，黎元洪又做此表示，段祺瑞於是也不得不對孫洪伊進行了慰留。
孫洪伊有了面子，這才答應收回辭呈，但又迫使段祺瑞答應對院秘書長的權限進行限制，其中包括不能對內閣會議的決定進行擅改，以及政府命令必須由國務員副署後，才能送總統府蓋印發表，等等。
此次沖突的結果，徐樹錚受到了重大打擊，此後他與孫洪伊的爭鬥便開始表面化，而且呈現出愈演愈烈之勢。