出了國務院的大門，徐樹錚的霸道作風絲毫未變。按照責任內閣制，總理總攬一切軍國大計，但是其決定得用大總統命令的形式發表，也就是說，必須經過總統府蓋印這道手續，否則無法生效。在段祺瑞、徐樹錚的心目中，總統就是一架蓋印機器，沒有對命令內容置喙的餘地。
問題是，黎元洪本人不會這麼認為，他把掌握總統府印信看成一件大事。當時總統府的監印官叫作輯瑞室主任，為了表示慎重，黎元洪特地命他的親家、長子的岳父唐某擔任。
一般情況下，段祺瑞不會自己拿著公文去蓋印，這事主要由徐樹錚負責。有一次，徐樹錚拿著一道命令來到總統府請唐某蓋印。唐某把全文看了一遍，然後嘴裡習慣性地嘟囔道：“這樣的措詞合適嗎？恐怕還要斟酌斟酌吧……”
“老兄，請放心，你只管蓋你的印好了。責任內閣制嘛，一切由總理負責。”徐樹錚不等他說完，就很不客氣地說，“你要說他（指段祺瑞）的命令不妥，明白的人知道你在文字上推敲，力求工整，不知道的人，不是說你胡亂干涉國政嗎？”
徐樹錚說這番話是項莊舞劍，意在沛公，明著說唐某，其實是暗示黎元洪不應該在蓋印環節上加塞。唐某沒聽出來，仍然囁嚅著說：“這事兒總統要找……”
徐樹錚見他不知趣，便故意半開玩笑半認真地說：“總統要是對老兄還不放心，那就只好請他自己蓋印了！”
唐某無法，只好在命令上蓋了“大總統印”。徐樹錚回到國務院，一見到段祺瑞及秘書們就不由放聲大笑，說：“我今天給菩薩念了一遍天地咒。”
自從被徐樹錚教訓了一頓後，唐某嚐到厲害，真的不敢再多管用印的事了。黎元洪見狀，便把印信帶到自己辦公的地方，交給時任總統府秘書長的張國淦保管，這樣徐樹錚要蓋印，就必須直接找黎元洪辦理。
管印的換成了總統，徐樹錚一樣不買賬。有一次，黎元洪看了命令，也覺得有些地方不妥，就拿起筆準備在文字方面稍作修改，不料徐樹錚立刻拉著他執筆的手說：“總統，這萬不能隨便改……”
儘管徐樹錚和顏悅色，用的似乎還是懇求語氣，可是黎元洪還是被氣得半天都說不出話來。
徐樹錚的過分之處還在於，總統對國務院有所指示，國務院秘書長照例應在國務會議上進行報告，徐樹錚則是願意報告就說兩句，不願報告就撂到一邊，當黎元洪完全沒說過一樣。對黎元洪交辦的事也是如此，他願辦就辦，不願辦就高高掛起。
某日，國務院在一天內更調了山西省的三個廳長。徐樹錚拿著相關命令去蓋印，黎元洪見了自然要問問原因，徐樹錚卻不耐煩地說：“總統只管在後頁年月上蓋印，何必管前面寫什麼，我還忙著呢！”黎元洪被弄得十分難堪。
這類事情多了，即便黎元洪是有名的泥菩薩也忍受不了，他氣憤地說：“現在哪裡是責任內閣制，簡直是責任院秘書長制。”
在徐樹錚的影響下，國務院的許多辦事人員都只知有段總理而不知有黎大總統，就連內閣中的一般辦事人員都敢挖苦頂撞黎元洪。
當初吳光新得知徐樹錚要出任國務院秘書長，就對曾毓雋斷言：“這樣一來，國務院從此多事，你若不信，拭目以待。”如今果然弄成了一個多事的局面，幸虧張國淦一直從中周旋調停，衝突才沒有進一步激化開來。
黎元洪和徐樹錚的矛盾，其實就是他和段祺瑞之間的矛盾。自那一年到北京後，袁世凱雖然也不給黎元洪任何政治實權，可是大面上還過得去，平時禮尚往來，噓寒問暖，起碼把他當個佛一樣地供著。
袁世凱會的一套，段祺瑞不會，他為人一向非常嚴肅，無論對誰，都是板著面孔，很少露出笑容，更不會說什麼玩笑話。跟黎元洪在一起也是如此，不會故意裝出推重尊崇的樣子，這讓黎元洪內心裡很不舒服。
在段祺瑞看來，大總統職位本來非他姓段的莫屬，只是由於國內外的種種壓力，才把黎元洪扶上了“馬”，而對於扶黎上“馬”，他也是很認真很花力氣的。可是有與段祺瑞關係不睦的人為了挑撥離間，卻向黎府吹風，說：“我們在項城的靈前討論總統問題時，老段反對黃陂（黎元洪）繼任，是東海（徐世昌）竭力促成的。”
黎元洪聽後信以為真，對段祺瑞更加不滿，現在再加上一個徐樹錚，那股怨氣已到了難以化解的程度。
限於自身力量過於薄弱，黎元洪雖然滿腹怨尤，但在大部分時間裡也只能忍氣吞聲。他敢於和段祺瑞唱對台戲，乃是發現國會和議員傾向於自己以後的事。