段祺瑞與黎元洪的搭配是一段雙方都不太滿意的“政治婚姻”。段祺瑞有足夠的理由瞧不上黎元洪——
講資歷，段在清末時就出任提督、軍統，還署理過地方上的總督，而黎原來不過是個小小的協統。以現代軍製而言，軍統相當於軍長，協統才不過是旅長，整整差了兩級。
論實力，袁世凱當政時期，段長期擔任陸軍總長，手中握有實權。黎雖然是副總統兼湖北都督，表面看上去很有地位，但在中央，他不過是總統府的一個政治花瓶；在地方，部下們居然都能挾之以為傀儡。
段祺瑞不僅在資歷、實力上遠勝於黎元洪，而且其魄力、意志方面亦有人所不及之處。這跟他少時的家境變化有很大關係。段祺瑞的父親是一個老實巴交的農民，祖父是家裡的主要靠山，段祺瑞十五歲那年，祖父病死軍營，家道隨即中落。
段祺瑞將祖父的靈柩送至合肥歸葬後，仍舊回到他和祖父原在的宿遷軍營。這時他私塾也念不起了，只好暫時留營做了一段時間的雜役。
第二年，段祺瑞深感在兵營打雜並非長久之計，也違背祖父對自己的期望，於是告別宿遷，隻身跋涉兩千里，前往山東威海投奔在那裡任管帶的族叔。族叔見他有七年的私塾底子，便安排他在營中當了一名文書。
此後，更大的不幸接踵而至：段父在家鄉遇害。雖然後來案子破了，兇手也被擒伏法，但段母因哀痛過度，亦追隨段父而去。
段祺瑞是家中長子，以下尚有三個弟妹，在家庭迭遭變故之後，養家糊口的重擔完全落在了他一個人身上。為了解決收入微薄、進身無門的窘境，這位早熟的少年在二十歲時基本上靠步行去天津，並考取了武備學堂，從此命運得到改變。當時段祺瑞赴津，隨身僅帶一塊銀元，所以段家人常說，段家是“一塊錢起家”的。
少年時代家境的陡然中落，以及作為長子不得不過早挑起家庭重擔的艱難經歷，使得段祺瑞逐漸養成了冷峻、剛毅、敢任事的性格。
同為武人，黎元洪則要遜色許多。他有一個綽號叫“黎菩薩”，在湖北方言中，“黎”與“泥”同音，故也有人叫他“泥菩薩”。黎元洪有此綽號，固然是因為他脾氣好、待人寬厚，但也不經意間暴露出他性格中軟弱的一面。
事實上，在覺得形勢不利時，黎元洪確實常常露出怯意。當年辛亥革命，馮國璋攻下漢陽，第二天一名與黎元洪相熟的北洋軍將領隔江偷偷給他打電話，探聽其虛實。黎元洪人都哆嗦了，他說：“我是一個老實人，你是知道的。這哪裡是我搞的事，都是他們（指革命黨人）利用我們的名義瞎搞一通……我是一個完全的傀儡，今天你把這筆賬算在我頭上，那真是冤枉極了。”
到快當總統了，大抵還是如此。袁世凱去世那晚，得知北洋軍可能要鬧事時，黎元洪的表現近乎失態。忙於對軍官們進行勸說的段祺瑞也被弄得不勝其煩。當張國淦受黎元洪之命一再向他打聽情況時，他忍不住握起拳頭朝桌上敲了一下，狠狠地說：“他（指黎元洪）要管，就讓他管！”
張國淦當然沒有把這句話報告給黎元洪。其後段祺瑞平息了事端，又把一張已經擬好的通電出示給張國淦看，上面寫著：“黎公優柔寡斷，群小包圍。東海（徐世昌的號）頗孚人望，但'約法'（民四約法）規定大總統出缺時，應由副總統繼任。”
段祺瑞這封通電顯然是為了安撫北洋系，但“優柔寡斷”也未嘗不是段祺瑞對黎元洪的真實看法。
張國淦看過電報，趕緊勸段祺瑞：“這何苦來呢？做人情就索性做到底，總統都奉送了，何必讓受人情的人不痛快呢？”
段祺瑞想了一會兒，覺得有理，這才提筆刪去了這段難聽的話。
黎元洪繼任總統後，出於政治利益的考量，在許多重大問題上都與段祺瑞存在重大分歧。比如段一再找藉口推遲國會的重開，而黎則認識到國會可以限制段的勢力，擴大自身權限，所以對恢復國會持支持和促成的態度。又如在敲定帝制禍首的名單時，黎和段也都有各自的主張。
儘管瞧不上黎元洪的能力，又存在諸多分歧，但段祺瑞初期在表面上還是與黎元洪合作的。這主要是由於他們有互補的一面——段祺瑞需要用黎元洪來維持“中央是團結的”這樣的國家形象，以便對付南方的各黨各派，而黎元洪雖為名義上的國家元首，可是手中無兵，缺了段祺瑞，場面也撐不下去。
就這樣，大家你讓一步，我讓一步，用利益交換的辦法解決了一些分歧。在此之後，他們又合作裁撤了帝制時期的機構和職官，取消了部分專制獨裁的法律條例，同時放開報禁，撤銷政治犯通緝案，使自“二次革命”失敗以來遭受重創的民主共和製度得到了局部的恢復和發展。
可惜好景不長，黎段配很快就出現了維持不住的跡象。