在段祺瑞到清江任職的第二年，他終於感受到了暗潮湧動下局勢的顯著變化。
首先是爆發於1911年4月的黃花崗起義，雖然這次起義最終並沒有取得成功，但已經足夠令清廷感到不安：“倘不嚴加防緝，誠恐釀成大變，不可收拾。”
當年9月，四川發生保路風潮。四川總督趙爾豐倒是“嚴加防緝”了，但嚴得又過了頭，結果釀成流血事件。潛伏於四川的革命黨人乘機發難，連陷數十郡縣。
天下未亂蜀先亂，袁世凱所預言的“合久必分”終於露出了苗頭。作為一波波大浪頂峰的，則是10月10日革命黨人所策動的武昌起義。至12日，起義軍已光復武漢三鎮，天下為之震動。
清廷立即召集內閣緊急會議，商議對策，他們遇到的第一個問題是究竟派誰出征為好。
在滿洲貴冑中，鐵良、良弼均被稱為清季干將，但良弼年輕，資歷和地位也較低，只有鐵良才具備“帥”的各方麵條件，而在實際生活中，他也確實常被人稱為“大帥”。
從慈禧太后決定編練新軍起，鐵良即奉旨與袁世凱共同主持練兵事宜。當時袁為主，鐵為鋪，練兵處辦事人員都稱袁世凱為“宮保”（袁世凱曾被封為“太子少保”），稱鐵良為“大帥”。
如果單評政績，鐵良給袁世凱做副手都很勉強。不過依照清廷一向的規矩，凡是滿人中具備辦事能力，頭腦比較清楚，同時又官至二品的官吏，其得到信任和被遷擢重用的機會都要比漢官來得容易得多。在慈禧的信任賞識下，鐵良在很短的時間內便歷任軍機大臣、陸軍部尚書，名位幾乎可與袁世凱平起平坐。
練兵的時候，大權歸屬袁世凱，鐵良尚對之俯首帖耳、唯命是從。等到“宮保”、“大帥”能面對面坐下了，他就不這麼好說話了。圍繞著北洋新軍的使用，鐵良時時以陸軍部的命令與袁對抗，令袁很難堪。二人矛盾逐漸明朗化，鐵良也由此成為滿人“中興派”的主要代表人物。
北洋新軍共有六鎮。在慈禧的支持下，鐵良收回了其中的四鎮，從而揭開了他與袁世凱之間正面衝突的序幕。而後改組四鎮軍官的做法雖遭到慈禧的製止，但鐵良在這場權力爭鬥中已經贏了大半。
袁世凱被逐，本是“中興派”內部的一件大喜事，與袁世凱積怨已深的鐵良更是猶如去了一塊心病。可是讓他沒有想到的是，有袁這個大敵在，自己在朝中尚能相安，袁一走，他反而混不下去了。
攝政王載灃是個庸懦無能、眼光短淺之輩，他逐走袁世凱後，便把自己的弟弟載濤推出來，讓載濤掌握軍權。載濤時年才二十三歲，也沒有什麼文武才略，一切都要靠軍事熟手鐵良指導協助。
外行領導內行，是中國官僚場上的一個常見現象。面對載濤這個乳臭未乾、對軍事基本一竅不通的公子哥，有多年處理軍政事務經驗的鐵良不可能不感到憋屈，有時也難免會流露出“軍事你們不如我”之類的牢騷和倨傲。
載灃、載濤兄弟對此很忌諱，於是便將鐵良身兼的禁衛軍訓練大臣一職免去，調他籌辦海軍，實際上是架空了他。
鐵良知道自己不能為朝廷所容，就索性將陸軍部尚書也一併辭去，像他的政敵袁世凱一樣回家閒居去了。
鐵良在家閒住了一年，載灃、載濤還是如同防袁世凱般防著他。由於害怕鐵良暗中仍與各鎮將領聯繫，便又特予起用，讓他去做江寧將軍。在大半個清代歷史中，各地駐防將軍的職權都非常重要，但到光緒以後，卻逐漸淪為一個有名無實的閑職，基本無事可辦。
代替鐵良出任陸軍部尚書的蔭昌曾在德國留學，專習軍事。回國後，他長期在天津武備學堂擔任督辦（相當於校長），段祺瑞、馮國璋等人都尊其為老師，段祺瑞到小站投效袁世凱，其實也是由蔭昌推薦的。
蔭昌的最大缺陷是沒有練過兵，更無帶兵打仗的經驗，同時他在北洋新軍中的威信也與“大帥”鐵良相差很遠。不過也唯因如此，載灃等人才覺得他好駕馭，遇事不致掣肘。
事實上，蔭昌接到任命時尚在德國，其職務只能臨時由左侍郎署理，那位左侍郎“奉命唯謹”，上面說該怎麼辦就怎麼辦，確實聽話得很。後來即便蔭昌本人回國，部務也仍然倚重副手，他自己連公文都懶得處理。
武昌起義爆發時，蔭昌已出任內閣陸軍大臣。內閣開會幾經商討，認為鐵良已經下台，良弼資格太淺，只有蔭昌才是唯一合適的人選，於是便決定派他督師赴鄂剿辦。