段祺瑞一回保定就“病”了，而且“病”得很重。他的親信幕僚、北洋新軍的中高級軍官紛紛趕來探視，就在探視過程中，段祺瑞用含蓄的方式向他們傳遞了信息：假裝搞操練，並且要給外界確有其事的印象。
很快，陸軍部就得到報告，說北洋軍及其陸軍學堂即將舉行大規模冬操。
不經陸軍部批准就擅自舉行冬操，無疑是犯上作亂。朝廷聞訊很是吃驚，可是往下追查，各部隊又都推說並無此事，是有人故意製造謠言。
就在攝政王載灃等人惶恐不安的時候，陸軍部又得到了一份更為驚人的報告：保定發生了大規模兵變。
與前面那份查無實據的報告不同，這次是來真格的，而且提供報告的人就是坐鎮保定的段祺瑞！
原來就在段祺瑞放風要搞冬操的時候，幾個月前剛調到保定的北洋第十六鎮第十一協發生了火併事件。事件本身並不大，不過是幾個聚賭的士兵發生爭執，然後互相打了起來。
這種事情在新舊軍中都不是什麼了不得的新聞。段祺瑞開始處理時也沒怎麼太放在心上，隨後一想，卻發現居然是個天賜的好機會。
他立即從“病床”上爬起來，命令手下接通第十一協協統李純的電話。
“是秀山（李純的字）嗎？我是段祺瑞，你那邊發生兵變了！”
“兵變？”李純一時還沒反應過來，“段大人，不是兵變，是幾個士兵因賭博而……”
“是兵變！”段祺瑞打斷對方的話，用斬釘截鐵、不容置疑的語調說道，“你聽著，你那裡發生了兵變！你當怎麼處置？”
“率兵彈壓？”李純終於有所領悟。
“對，立即彈壓，聲勢越大越好！我隨後帶兵增援。”
就這樣，兵營中一件芝麻綠豆般的事件被越炒越大。真實發生的“兵變”自然比捕風捉影的“冬操”更嚇人，也讓朝廷大為震動。
據說，載灃在攝政當國後就已經草擬了嚴懲袁世凱的諭旨，最終沒有下達，原因固然很多，但段祺瑞策劃的這一系列行動不能不說起到了一定作用。
1909年1月，朝廷以袁世凱“現患足疾，步履維艱，難任職任”為由，將其開缺回籍。
袁世凱雖被罷官，但項上人頭總算還是保住了。當他乘火車路過保定，見到段祺瑞時所說的第一句話就是：“芝泉（段祺瑞的字），這次全虧你了！”
隨著袁世凱下野，朝廷中以載灃為中心的皇室親貴一方面搶奪軍事大權，另一方面加緊剪除北洋系中的袁氏一黨。段祺瑞自然也受到了牽連，更糟糕的是，他製造假冬操，把火併擴大成兵變的事情也被朝廷發現了。載灃本擬嚴加追究，只是顧忌事態鬧得太大會導致不可收拾才作罷。
死罪雖免，活罪難逃。段祺瑞的職務被頻頻調動，直至1910年年底奉命署理江北提督。
段祺瑞原任鎮統制，職務相當於現代軍制中的師長，為二品官，提督則是從一品。表面上載灃提升了他的官職，但實際上不過是一種明昇暗降的手法——江北提督統轄清江浦的舊軍巡防營，僅僅負責地方治安、剿匪等，顯見得是朝廷虛與委蛇，要將段“置諸閒散之列”。
在得知自己即將到清江上任時，段祺瑞就已經悶悶不樂了。途中他不顧朝廷的監視和猜忌，專程繞道去看望了在彰德隱居的袁世凱。
袁世凱在彰德也日日夜夜受到監視，所以白天只能領著段祺瑞觀魚、賞花，不敢深談。只有到了晚上，眾人散去，二人才能藉下棋的機會聊兩句知心話。
袁世凱雖然被貶，卻比在位時更清醒沉著。他結合自身的經歷和古書中的教訓，悟出一個道理——天下大勢，分久必合，合久必分。只要這種進退盈縮的變化一出現，他袁某和北洋係就一定會有再次出頭的機會。
袁世凱鄭重地告訴段祺瑞：“芝泉啊，要沉住氣，耐心等待時機。”
這的確是一個很考驗耐心的過程。江北提督沒有實權不說，當得還不輕鬆。在段祺瑞履職到任後，有一個協譁變了，段祺瑞被迫帶著老婆孩子過了一段逃難日子。好在段家有兩個廚房頭兒，逃難期間忙上忙下，很賣了份力氣，生活才不至於受到太大影響。
譁變結束，段祺瑞論功行賞，將兩個頭兒都列為有功之臣。雖然不可能封他們官，但兩個人自此在段府地位特殊，有些家事連段府總管都做不了主，得這兩個廚房頭兒說了算。
段府除了他們之外，另有後宅的幾個老媽子，也是自清江浦提督時代開始進入段府的，而且同樣歸入功臣之列，可見這一時期曾給段祺瑞留下的心理陰影。