1949年6月，黃汲清滿懷壯志地由舊金山飛達香港，準備回國。可是，就在他下榻香港的一家飯店時，一位在台灣工作的舊友匆匆找上門來，並當面向他轉交了一封台灣大學校長傅斯年的電函。傅斯年是黃汲清非常熟悉而且可以說曾是一度崇拜的人物之一，傅與丁文江、胡適都是好友，黃汲清做了丁文江的得意門生，傅自然對黃也格外看重。此次，傅斯年是作為蔣介石的代表，出面邀請黃汲清到台灣大學主持地質系工作的。傅的電文中語氣之懇切動情，真讓黃汲清激動了一番。可黃汲清有些不明白，為什麼要到那彈丸之地台灣呢！包括傅先生他自己在內？往內地一打電話，黃汲清才恍然大悟：原來，蔣介石國民黨政府正在大撤退，把大陸各界名流拉攏到台灣是蔣介石大撤退計劃中的一個重要內容。我不去！搞地質的，就得爬大山，跑大川，台灣那麼一塊小地方有啥地質可搞呀！黃汲清把傅的電函一扔，毫不含糊地對舊友這樣說。那時的香港亂得一團糟，而蔣介石的特務到處都是。黃汲清怕出意外，決定立即抽身回國。
回哪兒去呢？南京的中央地質調查所？這是他出國前的從職單位，理當回那兒，可聽說南京已被共產黨解放，地質調査所也被收管。作為曾在舊政府中任過職的知名人士，當時黃汲清心裡顧慮很大，畢競他對共產黨不了解。尤其令他擔憂的他那位任國民黨行政院長的恩師翁文灝，聽說還被共產黨列入重要戰犯之一而逃之夭夭了。外界的傳聞當時也很多，尤其是蔣介石派特務在高層知識分子中放的謠言就更多。有人說共產黨來了，凡在國民黨政府中當過官、委過號的，不是殺頭就得坐牢。黃汲清心想，自己官也當過地質調査所所長、號也有中央研究院院士，這可怎麼辦？最後，他心一橫：管他那個，老子搞地質搞科學是一生變不了的事，任殺任砍聽天由命吧。當時他最掛念的還是妻子和三個孩子。有人吿訴他，在南京混亂時，他的家人搬到了重慶北碚住。黃汲清再也沒有猶豫了，在大陸的人們潮水般向南奔命時，他一手挎一個皮包，頂著硝煙與塵埃，回到了山城。北碚是個距重慶十幾里外的小鎮，抗戰時黃汲清曾作為所長帶著中央地質調査所全班人馬在此安營扎寨過幾年。此時的小鎮已是一片淒涼蕭條。大勢已去的蔣介石坐鎮山城還想在此作最後的掙扎。黃汲清記得，那天他正擔心在人慌馬亂一片狼藉之中家人會不會走失時，一個八九歲的小男孩站在他面前傻笑著。兒子？兒子！黃汲清喜出望外，他放下皮包，張開雙臂上前抱住大兒子浩生。
全家團聚在戰亂的硝煙之中。那時的黃汲清什麼都不想，只要一家五口人平安無事就阿彌陀佛。可偏偏有人要找他麻煩。一天，有兩位持槍的憲兵上門了。
“黃先生，我們奉命請你與我們一起走。”憲兵顯然知道站在他們面前的是一位大科學家，說話還算客氣。
“上哪兒？”黃汲清問。
“南邊，或者台灣。”
“我不去。回去告訴你們的上司，我還是那句話：搞地質的，就得有自己的地盤，台灣那麼一塊小地方，沒法幹。”
憲兵冷冷地看了黃汲清片刻，沒有說話就走了。
沒過幾天，又來了幾個當兵的，而且還開了一輛吉普車，惟一不同的是軍裝變了樣。
“這回你得跟我們走一趟。”一位當官模樣的人說。
黃汲清看了一眼妻子和孩子，只好跟著上了車。
吉普車一溜煙走了，家人的心卻吊到了嗓門口。夜色朦朧時，吉普車又回來了。黃汲清跳下車，拉著妻了和孩子就往屋裡走，情不自禁地連聲說道：“我放心了！我放心了！”
“怎麼回事？”妻子問。
“我見到了共產黨！”黃汲清滔滔不絕道：“他們都是好人，完全不像國民黨說的那樣。有幾個當官的叫……對，一個叫劉岱峰，還有段君毅、萬里、李文彩什麼的，他們對我特別客氣，對我以前當過中央地質調查所所長和中央研究院院士都知道。說讓我把散處在西南幾省的地質人員找來一起為新中國服務，後天還要讓我見一位重要人物……噢，我穿什麼衣服去見合適呀？好像共產黨幹部都沒有穿西服的，對，你想法給我買一套中山裝。”
妻子樂了：“行，看你高興的。”
“怎麼不高興？誰讓我搞科學、搞地質，我就高興！”黃汲清一本正經地說。他的那雙充滿智慧的眼裡，流露出固有的天真。
後來會見他的那位重要人物便是當時任第二野戰軍政委和西南軍政委員會副主席的鄧小平同志。兩位同齡的四川老鄉，一見如故。 “我們人民解放軍在毛澤東的領導下，用槍桿子趕跑了蔣介石國民黨，可是要收拾這個爛攤子再靠槍桿子是不行嘍，得靠工人、農民和黃先生這樣的科學家了！”鄧小平帶著濃重的四川鄉音，親切地說道。 “中央令我和劉伯承同志一方面率領部隊解放蔣匪殘留的地方，另一方面是更重要的工作，那就是盡快恢復和建設好大西南。搞建設特別是工業生產建設就離不開地質工作。咱們四川老家和雲貴康（舊省份西康筆者註），可是塊寶地，有很多礦產資源吧？所以我今天代表西南軍政委員會請黃先生出山配合政府領導和組織好西南地區的地質工作。你看這工作應該怎麼做？”
聆聽了鄧小平的一番話，黃汲清很受鼓舞，說：“應該先把機構搭起來。川、滇、黔、康原來都有地質調查所，是否可以考慮在這基礎上組成西南地質調査所”。
“可以”。鄧小平當即拍板，並說：“黃先生可馬上著手與這些省份的地質人員聯繫。需要政府出面的隨時找我無妨”。
1950年7月，西南軍政委員會召開第一次全體會議，黃汲清被選為委員。事隔不到兩個月，西南地質調査所又宣布成立，黃汲清任所長，另兩位地質學家樂森埒、常隆慶任副所長。成立那日，鄧小平親自設宴招待黃汲清等三人。席後，鄧小平單獨留下黃汲清。那時重慶市剛剛成立，這個昔日的戰時首都，是大西南最重要的工業城市，鄧小平對該市的工業發展十分關注。當他聽黃汲清介紹說重慶附近不少煤、鐵礦和天然氣資源因缺乏鑽探設備而一時無法開發時，便立即命令調來六台金剛石鑽機。
“國家大規模建設需要人才，黃先生是知名人士，在國外也一定有不少地質界專家朋友，是否有人願意回國呀？”鄧小平問道。
黃汲清想了一想，說：“有”。他告訴鄧小平，有個名叫趙景徳的青年專家，是地質學博士，學識豐宮，願回國參加建設。
“那就你去請他回來，一切旅費我們負責。你寫個報告，我批！”鄧小平非常乾脆。
遵照鄧小平的意見，黃汲清即刻向西南軍政委員會寫了一份報告。不幾日，鄧小平當即批准3000美元撥款作為黃汲清寄給趙景徳回國的旅費。遺憾的是，趙收到旅費正準備回國時，美國當局下令禁止中國專家學者離境，因此趙不得成行。然而，通過這件事，鄧小平等共產黨領導人那種平易近人，尊重知識，尊重人才和雷厲風行的辦事作風，給黃汲清留下深刻印象。無疑，這一切都給了黃汲清以極大的精神力量。在這之後的三四年裡，黃汲清以前所未有的工作幹勁，帶領西南地質調査所的科技人員，跑遍了西南雲、貴、川及西康一些地區的山山水水，出色完成了中梁山煤田、泰江鐵礦、彭縣銅礦、遵義錳礦、水城觀音山鐵礦、東川銅礦和江油海棠鋪、簡陽石經寺氣油田等重要礦產地的發現與勘探工作，為西南各省的大工業建設作出了卓越貢獻。如中梁山煤田，幾十年來一直是重慶市的主要能源供給地。