為此，鄭敦謹耿耿於懷，這時聽了曾國藩意見，越覺得滿懷抑鬱難宣，不由得就發了牢騷。
“不該辦的非辦不可，該辦的卻又不能辦。”他說，“讀書六十年，真不知何以為懷！”
曾國藩的牢騷更多，但養氣的功夫，他比鄭敦謹來得到家，所以不動聲色地答道：“相忍為國而已！”
能忍是一回事，辦案又是一回事。鄭敦謹那個年過得很不是滋味，大年初一還好，年初二一早，馬新貽的胞弟，浙江候補知縣馬新祐，領了他的過繼給馬新貽的兒子毓楨，跪在欽差大臣的行轅門口，放聲痛哭，請求伸冤。好不容易給勸了回去，接著便是袁保慶來拜，鄭敦謹跟他的叔叔袁甲三是會試同年，所以袁保慶稱他“老世叔”，為他指出張文祥供詞中，種種不合情理的疑竇，要求嚴辦。袁保慶向來心直口快，對曾國藩和魁玉都有批評，張之萬更為他隱隱約約指責得一文不值。江蘇巡撫丁日昌丁憂開缺，張之萬奏旨接任，朝命一到，忙不迭地趕往蘇州，催丁日昌交卸，膽小怕事到如此，頗為袁保慶所譏評。
“還有人居然在馬制軍被難之後出告示，說'總督家難，無與外人之事。'老世叔請想，疆臣被刺，怎能說是'家難'？”
鄭敦謹也聽說過這件事，出告示的人就是梅啟照。 “這當然是失言！”他說，“我奏旨跟滌相會辦此案，凡事亦不能擅專。等稍停幾日，我再約諸公細談。”
過了初五，鄭敦謹會同曾國藩約集江寧的司、道、府、縣會談案情，別人都不講話，只有孫衣言侃侃而談，說指使的人倘能逍遙法外，則天下將無畏懼之心，又何事不可為？所以這一案辦得徹底不徹底，對世道人心，關係極大。又說，民間謠諑紛傳，上海戲園中甚至編了“張文祥刺馬”這麼一出新戲開演，明明是誣衊馬新貽的荒唐不經之談，而竟有朝中大臣，信以為真，做一首詩，說什麼“群公章奏分明在，不及歌場獨寫真”，馬新貽含冤而死，复蒙重謗，天下不平之事，那裡還有過於這一案的？
上海丹桂茶園編演“刺馬”新戲，轟動一時，連遠在安慶的安徽巡撫英翰，都有所聞，特為諮請上海道塗宗瀛查禁，以及孫衣言所提到的那兩句詩，鄭敦謹無不知道。那首詩出於喬松年的手筆，鄭敦謹跟他雖是同年，也覺得他做這樣的詩，實在有傷忠厚。
不過喬松年家世富饒，雖做過大官，不脫絝褲的習氣，養尊處優，深居簡出，跟恭王是倡和的朋友，一時覓不著詩材，信口開河，不足為奇。所以鄭敦謹這樣答道：“喬鶴儕的話理他幹什麼？清者自清，濁者自濁，馬端愍的清譽，總有洗刷的一天。”
曾國藩也深深點頭，用馬新貽的諡來譬解：“端愍之端，即是定評。至於民間好奇的流言，事定自然平息，此時倒不必亟亟於去闢它！等定讞以後，我自然要替馬端愍表揚。”
鄭、曾二人作此表示，使得孫衣言的氣平了些。當時決定正月初七開審，照例由首縣辦差，定制了簇新的刑具，送到欽差行轅，就在二廳上佈置公堂，一共設了五個座位，除去鄭敦謹和隨帶的兩名司員以外，另外兩個座位是孫衣言和袁保慶的。
這是那兩名司員想出來的主意，因為此案的結果，已經可以預見，怕他們兩人將來不服，會說閒話，甚至策動言官奏劾，別生枝節，所以建議鄭敦謹用欽差大臣的身分，委札孫衣言、袁保慶參與會審。
接到委札，孫衣言特為去看袁保慶，要商量如何利用這個機會，追出實情。袁保慶因為曾國藩接任後，仍舊被委為營務處總辦，公事極忙，經常在各營視察。替他料理門戶的是他過繼的一個兒子，名叫世凱，字慰庭。袁世凱這時才十三歲，矮矮胖胖，因為常騎馬的緣故，長了一雙“里八字”的羅圈腿，貌雖不揚，腦筋極好，已脫盡童騃之態，很整個成年的樣子，凡有客來，如果袁保慶不在家，都歸他接待。 “慰庭！”孫衣言把手裡的公事揚了揚，“令尊也接到委札了吧？”
“是！今天一早到的。”袁世凱答道：“家父昨天下午到六合查案去了，委札還不曾過目。”
“你拆開看了沒有？”
“看了。怕是緊要公事，好專差禀告家父。”
“令尊什麼時候回來？”
“臨走交代，今天下午一定回來，正趕得上明天開審。”
“我要跟令尊好好談一談。奉委會審的，就是我們兩個人。”
孫衣言說，“此案不平的人極多，無奈不在其位，不謀其政，要想講話也無從講起。所以我們兩個人的責任特重，等於要為所有不平的人代言。等令尊回府，請你先把我的意思轉達，今天晚上我在舍間專候，或是令尊見訪，或是給我一個信，我再來。無論如何要見一面。”
“是！老伯的吩咐，我一定告訴家父。不過……，”袁世凱笑了笑又說，“我想放肆說一句，不曉得老伯容不容我說？”
“說！說！你常多妙悟，我要請教。”
“不敢當！”袁世凱從容答道，“我勸老伯不必重視其事，更不必有所期望。照我看，鄭欽差不過拿這委札塞人的嘴巴而已！”
幾句話把孫衣言說得愣在那裡，作聲不得。好半晌才用無窮感慨的聲音說道：“我的見識竟不如你！不過……。”他把下面的那句話咽住了，原來是想說：欽差的用心，連個童子都欺不住，何能欺天下人？
“老伯是當局者迷，總之，是太熱心的緣故。”袁世凱老氣橫秋地說，“我勸老伯大可辭掉這個差使。”
“這也是一法，但不免示弱。”孫衣言很堅決地說：“明知其不可為而為之，我不辭，我要爭！”
這種擇善固執的態度，袁世凱再聰明亦不能了解，而袁保慶是了解的，當夜去回拜孫衣言，表示也要據理力爭。
第二天一早，欽差行轅外，聚集了好些百姓，有些純然是來看熱鬧，有些則是來替張文祥“助威”的。當然，欽差大臣奉旨審問如同大逆的要犯，跟地方官審理案件不同，警戒嚴密，不得觀審，百姓只能在一府兩縣差役的彈壓之下，遠遠站在照牆邊張望。
此外從欽差行轅到上元縣衙門，一路也有百姓在等著張文祥。他一直被寄押在上元縣監獄，獨住一間死刑重犯的牢房，但睡的高鋪，吃的葷腥，有個相好，釣魚巷的土娼小金子，偶爾還能進去“探探監”，所以養得白白胖胖，氣色很好。這天一早，扎束停當，飽餐一頓，然後上了手銬，在重重警戒之下，被押到欽差行轅。看到夾道圍觀的人群，不由得滿臉得意，看的人也很過癮，覺得張文祥為兄報仇，不但義氣，而且視死如歸，頗有英雄氣概，恰恰符合想像中的俠義男兒的模樣。
孫衣言和袁保慶是早就到了，在花廳裡陪著鄭敦謹閒談，談的是天津教案。正在相與感嘆，國勢太弱，難禦外侮之際，督署派來當差的武巡捕來報，說張文祥已經解到，請欽差升堂。
等坐了堂把張文祥帶了上來，鄭敦謹看他一臉既兇且狡的神色，心里便有警惕，所以問話極其謹慎，而張文祥其滑無比，遇到緊要關頭，總是閃避不答。那兩名司員因為已經得到指示，也是採取敷衍的態度，一句來一句去，問是問得很熱鬧，卻非問在要害上面。
於是袁保慶開口了，他是問起一通奇異的文件。在馬新貽被刺以前幾天，督署接到一封標明緊急機密的公事，封套上自然蓋著大印，但印文模糊，不知是那個衙門所發？打開來一看，裡面是一張畫，畫的一匹死馬，文案上趕緊叫人逮捕那投文的人，卻已不知去向。這張意示警告的畫，究竟是誰弄的玄虛？袁保慶要問的就是這一點。
照袁保慶想，如果張文祥真的為了私仇，處心積慮，非置馬新貽於死地而後快，則行踪愈隱密愈好，豈能事先寄這麼一張畫，讓馬新貽好加意防備？這是情理極不通之處。
而且，反過來看，果真馬新貽有過那種不義的行為，則此畫的涵意，在他是“啞子吃扁食，肚裡有數”，也會特加防範，何致漫不經心，自取其禍？
“王書辦！”袁保慶說：“把那張畫取來！”
王書辦是上元縣的刑房書辦，張文祥一案的捲牘證據，都歸他保管，知道他指的是那張“死馬”的畫，當即取來呈堂。
“張文祥！”袁保慶把那張畫提示犯人：“這張畫你以前見過沒有？”
他問得很詭譎，因為這張畫以前沒有提出來問過，是最近欽差到了江寧，有人突然想起，這張畫來路可疑，特為檢了出來歸案。袁保慶疑心張文祥根本不知其事，但如說了緣由，他必定一口承認，真相就難明了。所以故意這樣套他一句，如果張文祥不知就裡，一口回答“不曾見過”，則送畫的自另有人，追出這個人來，就可以知道指使的是誰。
然而他失望了，張文祥看了看答道：“見過的。”
“你在那裡見過？”
“是我送給老馬的。”
“咄！”有個司官拍案叱斥：“豈有此理！你對馬制台，怎麼能用這樣無禮的稱呼？”
張文祥把雙三角眼翻了翻，什麼表示也沒有。
“我問你，這張畫是你親自送到總督衙門的嗎？”袁保慶又問。
“是我自己送的。”
“你為什麼要這麼辦？你不想想，這一下有了防備，你還能有僥倖一逞的機會？”
“明人不做暗事！先給他個信，教他小心！”張文祥答非所問地，但彷彿強詞奪理，很難駁詰。
袁保慶也感覺到了，張文祥實在難對付！凡是犯人，或者想脫罪，或者想避重就輕，企求著堂上筆下超生，決不敢胡扯惹問官生氣。而張文祥不同，本性既兇狡，又根本沒有打算活命，若說他有些微畏懼之心，無非怕吃眼前虧，可是堂上定了決不用刑的宗旨，那就連這一絲忌憚都沒有了！因此信口雌黃，想怎麼說就怎麼說，拿他毫無辦法。
好在目的是要追指使的人，袁保慶便不理他那套大言不慚的話，仍舊在那幅畫上追根。
“那麼，這張畫，是你自己畫的？”
“這也沒有了不起，反正一匹'死馬'！”
“哼！”袁保慶冷笑一聲：又喊：“王書辦！”
“喳！”王書辦趨前聽命。
“拿紙筆給他，開去手銬，叫他照樣畫一張！”
王書辦依言照辦，把那張畫鋪在張文祥面前，再取一副筆硯，一張白紙，一一擺好，然後指揮差役開去手銬，把枝筆遞到張文祥手裡。
就在提筆要畫的那一刻，他忽然將筆一丟，搖搖頭說：
“我畫它不像！”
袁保慶一聽這話，立即拍案喝道：“說！這張畫是誰畫的？”
突如其來地這一聲，大家都嚇一跳，張文祥彷彿也是一驚，愣了一下，立即恢復正常，很隨便地答道：“我也不知道是誰畫的。”
“這一說，是個什麼人交給你的。是不是？”
旁敲側擊地套了半天，終於把意向說明白了，袁保慶是在套問指使的人。張文祥卻是彷彿早就看出他的用意，不慌不忙地答道：“也沒有什麼人交給我。”
“那麼，這張畫難道是天上掉下來的不成？”袁保慶連連擊桌：“說，說！”
張文祥絲毫不為所動，“倒不是天上掉下來的。”他說，“是我在地上撿到的，想起正好寄給他，當個口信，便這麼做了！”
這樣回答，跡近戲侮，袁保慶大怒，“好刁惡的東西，真正十惡不赦！”急怒之下，不暇考慮地下令：“看大刑！”
大刑就是夾棍，看看三根木梃，幾條繩子，卻不知多少好漢過不了這一關。鄭敦謹也是不主張對張文祥用刑的，此時便想開口阻止，卻讓一名司官用眼色阻止住了。鄭敦謹也明白，一說阻攔的話，便是當眾糾正了袁保慶，逢他盛怒之際，說不定拂袖而起，甚至即時出言頂撞，豈非大失體統？好在那司官既有眼色遞過來，自然必有打消他這個命令的辦法，且等著看！
上元縣的差役無不明白，張文祥決不會上刑，簇新的刑具是欽差審問，照例定制，不過擺擺樣子而已。此時看見欽差不作聲，而袁道台的面子不能不顧，於是響亮地應一聲：
“喳！”身子卻站在那裡不動。
袁保慶越發惱怒，剛要出言責備，只聽一名司官——是向鄭敦謹使眼色的那個人，拉開嗓子喊道：“來啊！拉下去打！”
“喳！”差役們又是響亮地答應。
“問得太久了，”那人趕緊轉臉向鄭敦謹說，“請大人暫且退堂休息吧！”
鄭敦謹出了翰林院就當刑部主事，這些問案的“過門”，無不深悉，因而一面起身，一面向袁保慶和孫衣言看了看說：
“兩位老兄請花廳坐吧，這裡讓他們去料理。”
經過這一番周折，袁保慶怒氣稍平，方始領悟到那司官是替他圓面子的手法，可想而知的，張文祥也決不會“拉下去打”。
等他們回到花廳，兩名司官接著也到了，擦臉喝茶抽水煙，亂過一陣，在等候開飯的那段休息的時間內，少不得又要談到案情。
“鄭大人！”這回是孫衣言先說話，“今日一審，洞若觀火。張文祥雖奸狡無比，但別有所恃者在，倘無所倚恃，就不致於如此頑惡！”
“喔，倒要請教，所恃者何？”
“所恃者，堂上不用刑！”孫衣言說，“鄭大人兩綰秋曹，律例自然精通，倒要請教鄭大人，如何才能教張文祥吐實？”
“說起來我是三進刑部，不止兩綰秋曹。”鄭敦謹說：“大清律例嘛，如今年紀大了，只怕記不周全，三十年前剛分部的時候，背得極熟。教犯人吐實，自然也有辦法，無奈不能用！”
“想來鄭大人是指的刑訊之製。”孫衣言特為搶在他前面說：“凡命案重案，男子許用夾棍，女子許用拶指，這是律有明文的。”
“不錯，律有明文。”鄭敦謹答道，“然而仍舊不能用。這個犯人在堂上的情形，老兄已經親見，刑用得輕了，熬刑不供，無濟於事，用得重了，怕有瘐斃的情事出現，那時我擔處分是小事，不能明正典刑，豈非更對不起馬端愍？”
“在法言法。”袁保慶幫著爭辯，“夾棍既為律之所許，自然應當用，用過了無濟於事，事後就無遺憾了。”
“老兄只知其一，不知其二。”鄭敦謹搖著頭說：“'三木之下，何求不得'？倘或誣服，隨意供出幾個人來，說是幕後指使，請問，又將為之何？”
“自然依法傳訊。”
“傳訊不承，難道又用刑求？”
“未曾傳訊，安知其不承？”
兩個人針鋒相對，展開激辯，一場舌戰無結果而散，反倒耽誤了這天的審問。到第二天，接得消息，說有一營新兵，因為長官苛虐，有譁變之虞，袁保慶不能不親自去料理，剩下孫衣言一個人參加會審，自更不發生作用。而從這天審過以後，鄭敦謹又鬧病，中間停了幾天。事實上審與不審，幾無區別，孫、袁二人，爭既爭不過，鬧亦鬧不起來，照例陪坐而一籌莫展，以致變得視會審為一大苦事。
在此期間，有好些人來游說解勸，多雲張文祥死既不怕，便無所畏，刑訊之下，倘或任意胡攀，使得案子拖下來不能早結，則各種離奇的謠言，將會層出不窮，愈傳愈盛，使得馬新貽的清譽，更受玷辱。倘或張文祥竟死在獄中，則成千古疑案，越發對馬新貽的聲名不利。
還有一些人則比較說得坦率，而話愈坦率，愈見得此案難辦。他們向孫衣言、袁保慶提出一個難題：張文祥在刑訊之下，據實招供，是湘軍某某人、某某人所指使，說不定還會扯上江南水師提督黃翼升的名字，請問辦是不辦？到時候說不定軍機處會來一道廷寄，轉述密旨，以大局為重，不了了之，則欲求此刻所得的結果，將張文祥比照大逆治罪，或許亦不可得。再有少數人的措詞，更玄妙得叫人無法置答，說是倘或因嚴追指使而激出變故，地方受害，只怕反令公忠體國的馬新貽，在九泉之下不安。這樣，孫、袁二人的執持，反倒是違反死者的本意了。
就這樣川流不息地爭辯著，搞得孫衣言和袁保慶筋疲力竭，六神不安。最後有了結果，認為張文祥的行凶原因，與魁玉、張之萬的審問所得，完全一樣。
供詞已經全部整理好，即將出奏，會審的人照例都該“閱供”具名，表示負責。孫衣言和袁保慶，使出最後一項法寶，拒絕具名。
“這是無法勉強的事。”鄭敦謹苦笑著說，“案子總得要結，只好我跟滌相會銜出奏。反正兇手是張文祥，定擬了'比照謀反叛逆，凌遲處死，並摘心致祭'的罪，對馬端愍也算有了交代了。”
在會銜復奏時，曾國藩特別附了一個夾片，陳明“實無主使別情”。他是個重實踐的人，與那些三天一奏、五天一折，喜歡發議論以見其能的督撫，純然兩路，無事不上奏，所以上奏格外有力，附這樣一個夾片，雖不免“此地無銀三百兩”的痕跡，但確有用處，意思是知會軍機，此案到此就算結束，再也問不出別的來了。這樣，倘或還有言官不服，要想翻案，軍機處就會替他擋在前面，設法消弭，不致再別生枝節。
當然，馬新貽的家屬、舊部，還有些秉性正直的人，心有不甘，但也只能發發牢騷，無可作為。朝廷重視此案，兩派欽使，而且對馬新貽的卹典甚厚，總算仁至義盡，這口氣還能叫人咽得下去。至於案子的辦得不徹底，細細想去，也實在有些難處，再加上曾國藩的“面子”，就只有忍氣吞聲。不過孫衣言是個讀書人，有筆在手，可以不爭一時爭千秋，他為馬新貽所撰的墓誌銘，秉筆直書：
“賊悍且狡，非酷刑不能得實，而叛逆遺孽刺殺我大臣，非律所有，宜以經斷用重典，使天下有所畏懼，而獄已具且奏！衣言遂不書'諾'。嗚呼！衣言之所以力爭，亦豈獨為公一人也哉？”
這篇文章一出，外界才知別有隱情，對鄭敦謹的聲名，是個很大的打擊。他本來就有難言的委屈，從結案以後，就杜門不出，欽差在辦案期間，關防是要嚴密的，一到結案，便不妨會客應酬。而魁玉邀遊清涼山，曾國藩約在後湖泛舟，鄭敦謹一概辭謝，只傳諭首縣辦差僱船，定在二月初回京復命。
※ ※ ※
於是曾國藩派了一名戈什哈，去送程儀，兩名司官每人一百兩，這在“曾中堂”，出手已經算很闊的了。送鄭敦謹的是二百兩，附了一封曾國藩親筆寫的信，說這筆程儀，是致送同年，不是饋贈欽差，同時表明，絕非公款，是從他個人的薪給中分出來的，請鄭敦謹無論如何不可推卻，否則就是不念交情。
鄭敦謹還是“不念交情”，斷然謝絕。到了二月初六，攜帶隨從，上船回京，一路悶悶不樂，每每終宵長吁短嘆。這樣到了清江浦，便得起旱換車北上，新任漕運總督張兆棟把他接到衙門裡去住，留他盤桓數日，鄭敦謹無可無不可地答應了。
不久，從江寧來的消息，鄭敦謹和曾國藩會銜的奏摺，已奉上諭批准，馬新貽“著再加恩，照陣亡例賜卹，並於江寧省城建立專祠，用示篤念藎臣，有加無已至意。”而張文祥也就在上諭到達的第二天伏法，行刑的地點在江寧城北小營，曾國藩親臨監視。兩江總督親蒞刑場，監視正法，是從未有過的事，因而引起許多揣測，說倘非如此，或者會有意想不到的變故，唯有曾國藩親臨坐鎮，才得安然無事。
鄭敦謹又聽到消息，說馬家的報復甚酷，定制了一把刀、一把鉤，交給劊子手作行刑之用。凌遲重刑，數十年難得一見，有人說只“扎八刀”，有點臠割的意思就行了，有人說要用“魚鱗剮”，一片片細切。而張文祥則是介乎其間，用定制的鉤子紮住皮肉往上一拉，快刀割切，鉤一下，割一下，自辰至未，方始完事，張文祥始終不曾出聲。
於是鄭敦謹以一種奇怪的、豁達的聲音對張兆棟說：“我的責任已了！該回去了。”
“春寒料峭，起旱苦得很，何不再玩些日子？”張兆棟說，“反正案子已了，回京復命就晚些也不要緊。”
“我不回京。”鄭敦謹搖搖頭說，“我回家。”
張兆棟愕然，想了一下說道：“想來老前輩出京時就已請了假，順道回籍掃墓？”
“'田園將蕪胡不歸'！”鄭敦謹朗聲念了這一句，又黯然搖頭：“九陌紅塵，目迷五色，我真的厭倦了。”
張兆棟大為詫異：“老前輩聖眷優隆，老當益壯，著實還有一番桑榆晚景，何以忽有浩然歸去之志？”
“早歸早好。”鄭敦謹說：“滌相是抽身不得，以致於不能克保全名。像我，駑馬戀棧，只恐真如滌相所說的，'名既裂矣，身敗在即！'歸去，歸去！岳麓山下，白頭弟兄，負暄閒話，強似千里奔波來審無頭命案！”
這一說張兆棟才知是為馬新貽一案，受了委屈，先還當他是發發牢騷，解勸了一番，也就丟開了。誰知第二天一早，鄭敦謹親自來跟張兆棟要求，派一名專差為他遞告病的奏摺，同時請張兆棟替他僱一隻官船到長沙，竟真個要辭官回裡了。 “老前輩何必？”張兆棟說，“就要告病，等回京復了命再奏請開缺，也還不遲。”
“那就辭不成功了。”鄭敦謹說，“士各有志，老兄成全了我吧！”
說到這話，張兆棟不便再勸，當天就派了專差，為他遞折，接著又傳淮安府首縣的山陽知縣辦差，派了一隻大號官船，床帳衾褥，動用器具，一律新置，作為對這位刑部尚書的敬意。
那兩名司官，自然也要苦勸，而鄭敦謹執意不聽。問他辭官的原因，他答了八個字：“外慚清議，內疚神明。”說唯有辭了官，才能消除對馬新貽和他的家屬，以及孫衣言、袁保慶等人的疚歉之感。
“此案外界閒言閒語很多。大人這樣子一辦，見得朝廷屈法，恐怕上頭會不高興。”
“那也是沒法子的事，”鄭敦謹說，“只怕不高興的不是朝廷，是我們湖南同鄉。然而我也顧不得了！屈法是無奈之事。若以為屈法是顧全大局，以此自寬自解，恬然竊位，豈不愧對職守？”
說到這話，那兩名司官心裡也很難過。原來是打算著辦這件名案可以出一出風頭，就像總理衙門的章京陳欽辦天津教案那樣，雖然費心費力，到底名利雙收。誰知年前衝寒冒雪，吃盡辛苦到江寧，落得這麼個窩囊的結果，除了曾國藩的一百兩程儀以外，什麼也沒有撈到！
於是吃了一頓張兆棟特備的，索然寡味的離筵，水陸異途，各奔前程。鄭敦謹趁一帆東風，過洞庭湖回長沙，兩名司官走旱路回京復命。一到部就為同事包圍，都要知道鄭尚書辭官的真相。
最後連恭王也知道了，特地傳諭，叫那兩名司官到軍機處去見他，詢向鄭敦謹倦勤的原因，那兩名司官不敢隱瞞，照實答复。於是恭王也就據實陳奏兩宮太后，因為兩宮太后也覺得事出突然，頗為懷疑，曾經一再問起，恭王不能不奏。
“我說呢，鄭敦謹年紀雖大，精神一向很好，怎麼一下子就告了病。原來其中還有這麼多隱情！”慈禧太后停了一下又說：“不過他就是告病，也該回京復了命再說，就這麼擅自回籍，也太說不過去了。”
聽她的語意不滿，恭王怕惹出“交部議處”的話來，會引起各方的揣測，又生是非，因而趕緊為鄭敦謹進言：“這一案，鄭敦謹勞而無功，不免覺得委屈。臣等叫人寫信勸他銷假，請兩位皇太后，暫時不必追究了。”
既然恭王為他乞情，慈禧太后也就算了，“最好讓他銷假。”她說，“不然，面子上不好看。”
這話就算說得很重了，恭王不敢再多說什麼，只答應一聲：“是！”
“倭仁的病，怎麼樣了？”慈安太后問。
“不行了！”恭王微微搖頭，“不過拖日子罷了。”
“那是先帝敬重的人。”慈安太后看著右面，用徵詢的語氣說，“給他一個什麼恩典，沖沖喜吧！”
“也好！”慈禧太后看著恭王問：“你們倒看看，怎麼辦才合適？”
問到這一層，恭王恰好可以陳奏擬議中的辦法。大學士本以官文為首，他已在正月裡病故，這是個滿缺，該由瑞常以協辦大學士坐升，瑞常空出來的一個缺，照例由六部之首的吏部尚書升任，而文祥是在同治六年就已調任吏部，等著拜相，此時順理成章地得了協辦。但是四位大學士，兩殿兩閣，需要重新安排，官文所遺的文華殿大學士，為殿閣之首，依慣例應該由曾國藩以武英殿大學士改授，但入閣是倭仁在先，科名亦是倭仁早，因此，倭仁以文淵閣改為文華殿，亦未始不可。
等恭王把這番周折奏明以後，兩宮太后一致認可，以倭仁為文華殿大學士。這是名義上的“首輔”，說到做官，算是“一人之下，萬人之上”，無以復加的高官。但是沖喜沒有能把倭仁衝好，到四月裡假滿，再賞假兩個月，並頒賜人參，這就再無銷假之期了。師傅的卹典，一向優厚，加贈太保，入祀賢良祠，賜諡第一個字自是“文”字，第二個不出大家所料，是理學大臣專享的“端”字。
這一下又出一個大學士缺，應該由文祥坐升，以他的聖眷，兩宮太后應該早有交代，但一直不提，就知道事情有變化了。
一打聽，是兩廣總督瑞麟的兒子，刑部主事懷塔佈在替他父親活動入閣。瑞麟是內務府管銀庫出身，家資豪富，兩廣總督又是有名的肥缺，加以瑞麟於慈禧太后娘家有恩，文祥已知道爭他不過。果然，等瑞麟為大婚進貢的珍品一到，兩宮太后親臨檢視以後，慈禧太后有話下來了。
“倭仁的遺缺，該誰補啊？”她這樣問。
問到這話，即是不願讓文祥升任的明確表示，好在恭王已跟文祥商量過，所以答奏得很漂亮。
“照規矩，該由文祥升補。”恭王手指著說，“不過文祥已經跟臣說了，受恩深重，不敢再邀非分之榮，而且剛得協辦不久，資望還淺，應該多歷練歷練。倭仁病故，空出來的大學士一缺，請兩位皇太后另簡資深望重的大臣接補。”
“嗯，嗯！”慈禧太后深為滿意，轉臉向慈安太后問道，“你看，叫瑞麟補，怎麼樣？”
慈安太后因為瑞麟對“大婚傳辦事件”，相當巴結，表示同意：“講資望，瑞麟也夠了。他是那一年進的軍機？我記得是鹹豐三年。”
“是！”恭王是跟瑞麟一起進軍機的，記得很清楚：“咸豐三年十月裡。”
“那就叫瑞麟補！”慈禧太后覺得對文祥有疚歉，便看看他說：“你就讓他一步吧！”
聽得這話，文祥趕緊跪下答道：“聖母皇太后的話說重了，奴才惶恐之至。奴才自覺蒙天恩補了協辦，受恩已經逾分，實在不敢再作非分之想。目前大婚費用浩繁，除了戶部的正項以外，全靠各省督撫感恩圖報，共襄大典。瑞麟時傳諭交辦的活計、洋貨，都能敬慎將事，如期辦妥，為昭激勵，應該讓他補這個缺，兩位皇太后的聖裁極是！”
“話雖如此，瑞麟到底太便宜了一點。”慈禧太后停了一下又問，“你今年五十幾？”
“奴才今年五十四。”
“喔！”慈禧太后點點頭說：“那總還可以替朝廷辦二十年的事。”
這意思是來日方長，不必爭在一時。文祥便又磕頭謝恩。接著慈禧太后談起洋務，連恭王在內，軍機五大臣，倒有四個兼了總理衙門的差使，而事無鉅細，盡皆參與的是沈桂芬。文祥是他的薦主，寶鋆在辦理教案那一段期間，深得他的助力，而恭王雖以軍機領袖，照規在御前召對，只有他一個人發言，但近年來凡屬於照例的陳述，都讓他人奏對，所以此時為了培植沈桂芬，不約而同給了他一個在兩宮太后面前顯露才具的機會。
沈桂芬跟李鴻藻一樣，說話都極有條理，但李鴻藻還不免有正色立朝，直顏犯諫的味道。而沈桂芬則是煦煦然，娓娓然，如巨族管家對女主人回話的那種神態，所以慈禧太后覺得格外動聽。
首先談教案，他說崇厚到了巴黎，因為法國“內亂”，法皇拿破崙第三為普魯士皇威廉第二所俘虜，竟找不到一個可以接受大清國修好致意的君主。而“法相”仍舊堅持羅叔亞所提出來的要求，由張光藻、劉傑為豐大業及被殺教士、修女抵命，同時要崇厚就在巴黎定議。
“崇厚告以無權開議。這個答复很妥當，不過崇厚寫信回來，要總理衙門奏請兩位皇太后准他回國。臣等以為斷斷不可。”沈桂芬接著又說：“法國現已戰敗，自顧不暇，此是國家之福，這一案正好趁此了結。臣等以為崇厚必得在巴黎撐著，一回來就會別生枝節，說不定前功盡棄。”
“對啊！該這麼辦！”慈禧太后深為滿意。
接著沈桂芬又面奏直隸總督李鴻章主持交涉的中日商約辦理情形，以及曾國藩與李鴻章會奏的，選取聰穎子弟赴泰西“肄習技藝”一案。依照中美商約，招選幼童，委派刑部主事陳蘭彬和江蘇同知容閎帶領赴美，學習軍政船政。原奏的辦法是由陳、容二人“酌議章程”，經費由江海關洋稅項下，按年指撥，經總理衙門核議章程，請旨辦理。沈桂芬此刻便是面奏章程大要，聽候裁斷。
“發憤圖強是要緊的，就怕把子弟教壞了！不過，美國總算還好，天津教案沒有夾在裡頭起哄。”慈禧太后想了想又說，“這件案子是早就談過的，曾國藩、李鴻章在洋務上經驗得多，他們這麼提議，總理衙門又說該這麼辦，我們姐妹倆，自然得依。就怕事情還沒有辦，先就自己鬧意氣，像那一年開同文館，惹出多少無謂的是非！現在倭仁也故世了，我不願意再說他什麼，只望大家體諒朝廷，自己委屈一點兒！別盡顧著自己掙名聲，教朝廷為難。”
這話在李鴻藻聽來，很不是味道，他也像倭仁一樣，絕口不談洋務。 ”洋務不是不可談，但內如董恂，外如崇厚，彷彿以為中國人生來就該怕洋人，只好把洋人敷衍得不找麻煩，便已盡其辦洋務的能事。而凡有保舉，總理衙門的人，總是優先，各地的海關道，總理衙門更視為禁臠，好像除了他們，就沒有人懂得如何跟洋商收稅？其實不過藉機把持而已。這些為清議所不齒的行為，使得李鴻藻看不起辦洋務的人，因而抱定有所不為的宗旨，不沾洋務。當然也就對在洋務上特別巴結的沈桂芬，懷有反感了。
因此，這天君臣們談得越投機，李鴻藻越如芒刺在背。等退了朝，卻又不得休息，有個應酬非去不可。上年慈禧太后老母，承恩公惠澂夫人病故，開吊那天，方家園車馬喧闐，只有李鴻藻沒有理這回事，慈禧太后為此大不高興。前車之鑑，這一次可不能疏忽了。