皇帝趙頊對於呂惠卿返京，非常高興。接見的當日就授天章閣侍講、同判司農寺，兼知軍器監事。且留他賜宴，詢問他對朝廷政事的看法，了解地方民情，一直到天色作晚，才放他出宮。如此恩寵，當世罕有。
第二日，呂惠卿又拜會了王安石等諸宰相，然後就正式走馬上任了。與此同時，趙頊認為石越應當主要在中書省學習公務，便解了他權知兵器研究院事的差使，改由呂惠卿推薦的陳元鳳權知兵器研究院，這樣，不過兩天的時間，呂惠卿在形式上便把軍器監牢牢地掌握在自己手中了。
因為兵器研究院無疑是軍器監的重點部門，而那裡又是石越白水潭系的老巢，最初幾日，呂惠卿只要有空就會親自去兵器研究院視察，幫助陳元鳳了解各個部門研究的課題以及意義，一方面試圖盡快淡化石越的影響，一方面也希望能夠做出一點成績來。
認真看過石越和沈括定下的兵器研究院管理規則與獎懲條例之後，呂惠卿望著陳元鳳，溫聲問道：“履善對此有何看法？”
陳元鳳一怔，隨即答道：“學生以為不過如此。”
“嗯？”呂惠卿臉色一沉，“履善，聽說你和石越也是舊識？”
陳元鳳點點頭，道：“雖是如此，不過學生與石越卻談不上什麼交情。”
“嗯，你和石越之間有什麼恩怨我不管，但是做大事的人，要明白事理，懂得敵我的優劣，這樣才會有成功的希望。”呂惠卿不緊不慢地說道，“我看石越此人，計慮深遠，處事謹慎，你若想有一天能壓倒他，就要承認他的優點，做出點成績來，讓皇上承認你的能力。當今皇上，勇於有為，沒有政績，是不能打動聖心的。”
陳元鳳低著頭道：“恩師教誨的是，學生記住了。”
呂惠卿點點頭，繼續說道：“你看石越在兵器研究院制訂的種種條例，都是相當的精細，可以說面面俱到，他有沈括等人幫忙，自己在虞部和冑案積累了大量的經驗，加上才華出眾，所以才能製定出這些細則來，我們奉聖命來接掌此處，凡是好的，都要因襲，所以石氏成規，就不要輕易改動，否則鬧出笑話，反會被人看輕，讓御史知道，必有話說。”
陳元鳳佩服地點了點頭。只聽呂惠卿繼續說道：“兵器研究院的人，都是白水潭出身，對石越必有好感，若要得到他們的支持，你平時不可以對白水潭學院表現輕慢之意，對桑充國與石越，也要有一份尊敬的樣子，這樣才不至於激起反感，像石越留下的計劃，就要全力支持，這樣是告訴大家你的胸襟寬廣，來這裡也不是和石越為敵。這樣才能使兵器研究院為我所用。這個道理你可明白？”
“學生明白。”
“你能明白就好。”呂惠卿笑了笑，又說道：“不過這樣消極的因勢利導，也只是一個方面，你平時要多觀察，盡量提拔一些不是白水潭出身的人來主持新的研究，軍器監能工巧匠甚多，市井中多有奇人，你能加以提拔，他們必定感激你的知遇之恩，竭心盡力為你做事。你再用這些人在兵器研究院樹立威信，這才是上策。”
陳元鳳聽得頻頻點頭，對呂惠卿佩服得五體投地。
呂惠卿輕輕拍了拍他的肩膀，溫聲說道：“履善，記住，小不忍則亂大謀，軍器監和兵器研究院，是最容易建立功勞的地方，你不會因此而得罪人，卻可以立下極大的功勞。震天雷就是一個極好的例子，若不是沈括等人行事不謹，讓人有機可乘，現在我們哪裡有這個機會？你好自為之。白水潭，桑充國和石越也有矛盾，桑充國在野，不足為懼，所以白水潭出身的研究員，你也可以多加交往，凡是傾向桑充國的，不妨加以引導，許以重用，把他們爭取過來。”
“學生明白，恩師放心，我一定在這裡做出點兒成績來。”陳元鳳認真地答道。
“好，好，年輕人就要有這個氣度。”呂惠卿哈哈笑道，“聽說四大學院在白水潭講演，我準備順路去聽聽，你要不要一起去？”
陳元鳳遲疑了一下，說道：“學生就不去了，我再多了解一下兵器研究院吧。”他心裡卻是不願意去看到桑充國名滿天下春風得意的樣子。
呂惠卿也不勉強，從小廝手裡接過馬鞭，縱身上馬，直奔白水潭學院而去。