光秀的首級被掛到了本能寺的廢墟上。淡藍色桔梗紋樣的九桿大旗在此僅僅飄了半個月。由於可以任意觀看，從早到晚這裡都聚集著市民。單憑這一點這件事就具有充分的政治性。曾經將光秀的反叛與道義對照而罵他的人，如今也在念佛之後回去了。偶爾也有往腐屍下投擲鮮花的人，那些擔任警衛的武士看到後也沒有呵斥他們。對以京都為中心的殘黨的審問也在極短時間內結束了，這是為了在更大意義上實現人心的轉變。
吉田兼和、里村紹巴等人在光秀生前與他交好，受到召喚，讓老百姓緊張了一下，不過他們當天就被放回來了，說是既往不咎。
秀吉的軍令簡單明了，只有三條：努力工作，不要幹壞事，擾亂秩序者斬。和光秀不同的是，雖然進入了京都，他卻沒有馬上公佈免去地稅，也沒有向五大寺廟、公卿捐錢，沒有一點兒媚態。不，他還沒有正式為信長操辦葬禮。這個大葬不能只靠兵力完成，也不能以他一個人的名義去做。也許他是想一切都要等葬禮結束之後吧。
尤其是眼下中央的大火終於撲滅了，飛濺的火星已經波及到各州的小國。柴田、佐久間、前田、德川、瀧川、毛利、長曾我部的態度，還有信長的兒子北畠信雄、神戶信孝等家屬的意向，再加上諸多武門的心態，都要一一詳細思考，只能說一眼望去都是波浪重重，根本無從下手。
天下的形勢遠遠還沒有從一朝狂瀾恢復到原本的平靜，豈止如此，信長去世，光秀也不在了，人們甚至覺得會再次帶來三足鼎立的大分裂，也許會像室町中期最黑暗的時代那樣，再現同族抗爭、群雄割據的局面。
在這種狀況下，秀吉好幾天都沒有離開三井寺。十七日，明智方的老臣齋藤內藏助利三被抓捕後送到了這裡。秀吉看著這位老俘虜的白髮感到同情，於是問道：“你有什麼心願？”
利三回答說：“唯願一死。”
通過審問，他僅僅得知了這些情況：內藏助利三於十三日在山崎戰敗後與其子利光和三存走散，躲在江州堅田的民房中，結果被抓了。他身上有幾處箭傷和槍傷，白髮像亂麻一樣，一看就很可憐。十八日，他被拉著在京中游街示眾，隨後他的首級被掛在了粟田的城門上。
此時市井之中發生了一件小事，那就是首級的遺失。齋藤利三的首級被掛在粟田的城門口，和從本能寺移來的光秀的首級掛在一起示眾，僅過了半天，就被人偷走了。
“估計是明智餘黨幹的。”
“原來還有餘黨啊！”
京中的人們預想會有嚴厲的搜查，個個心中不安。不過出乎意料的是，這件事過後並沒有多大影響。然而，正當人們開始安心的時候，也不知是誰先傳出來，有流言說：“偷走首級的好像是畫家海北友松。”
友松當時住在京城北部的一座寺廟裡，據探訪的人說，他依然謹慎地安於貧窮的作畫生活，問及此事，他既不說是自己做的，也不說不是自己，只是笑而不答。友松很早以前就跟光秀有神交，與內藏助利三更是特別親密。因此才會有人理所當然地認定是他，這才出現了這樣的謠言吧。
不過，也有人說，他本人似乎也同意了這一說法，這樣想來，也許世人的想法是對的。但是，守護京都的軍隊並未傳訊友松，這事就這麼過去了。因此，京城內外不久就恢復了比原來還要安穩的生活。
這已經是後話了，齋藤利三的小女兒名叫阿福，後來嫁給了稻葉正成。稻葉正成本來侍奉小早川秀秋，關原之戰戰敗後便四處流浪，他的妻子阿福則成為了二代將軍秀忠的兒子竹千代的乳母，進入將軍府中。
著名的女官春日局就是她。有一年，她進京，有幸在近處得見天顏。其時，海北友松已經不在人世，春日局尋訪到他的遺族，對其說道：“天正十年六月是家父的祭日，每次祭奠，都會想起您的先人友松大人的恩情，至今沒有忘記他的好意。”據說她留下一筆錢就回東國了。由此可見，海北友松笑而不答的態度越發證實了背後有那樣的事實。
明智一族雖然滅亡了，桔梗的根卻分佈到各個家族中。其中最奇妙的便是後來被稱為伽羅沙的細川忠興的夫人。從父親光秀舉起叛旗的那天到他滅亡為止，不，一直到後來，這位夫人站在世人的批判和家庭之間，曾有過多少不為人知的苦惱，這是超乎想像的，必須寫一部戰國女性史才能講述清楚，在此就不再贅述了。