史語所與中央博物院籌備處大隊人馬自李莊遷回南京，傅斯年滿懷興奮與歡喜，在中央研究院大樓的演講廳設宴款待。為把宴會辦得紅火熱鬧，也為了讓流離失所九年的故朋新友有個歡聚一堂的高興、傾訴機會，特地邀請胡適自北平來京參加這場具有歷史紀念意義的盛宴，胡氏欣然前往。
參加宴會的史語所研究人員張秉權許多年後還記得胡適初到的場景，只見這位光芒四射的士林盟主步入大廳，與眾人一一握手致意，對於新進後輩，似乎特別客氣。對一些家屬小孩也是談笑風生，親切感人。傅斯年在一旁亦莊亦諧地稱胡為史語所的“姑媽，娘家的人”。一會兒又當著眾人的面大聲呼道：“人說我是胡先生的打手，不對，我是胡先生的鬥士。”此話引得大家一陣哄笑。大廳內主客歡喜，如沐春風中。
席間，最令人難忘的是傅斯年在演說中對史語所歷次搬遷的追憶，當講到抗戰八年顛沛流離，艱苦卓絕的生活時，傅氏動了感情，說到動情處，幾次哽咽淚下，在場的人受其情緒感染而熱淚盈眶。最後，傅斯年端起酒杯，打起精神，滿懷激情與信心地說了一些“慶祝大家都能幸運歸來……從此之後我們可以安心工作，史語所八年的流離可說是告一段落了。搬回來之後永不搬遷”等充溢著溫情與期待的話，眾人的情緒漸漸由悲壯轉為喜悅。這個時候，沒有人想到僅僅是兩年之後，史語所人員又倉皇辭廟，再度踏上了流亡之路。自1946年6月起，美國武裝部隊動用軍艦、飛機協助，把150萬國民黨正規軍調集到長江以北地區，其中有54万精銳為美國動用海空力量直接運送。蔣介石認為一舉殲滅共軍的時機已到，於6月22日，密令劉峙指揮部署在中原地區的國民黨軍隊向各預定進攻地點集結。 26日，開始大舉進攻中原解放區。中共軍隊奮起還擊，血與火交織的內戰在滿目瘡痍的中國大地上拉開了大幕。
同年11月27日，蔣介石在南京召集“國民代表大會”，並發表講話，謂：“這次修改憲法，就是為了打擊共產黨。”又說：“現在是本黨的危急存亡關頭，大家要聽我的話，則有前途，否則完了。”話音剛落，眾人驚駭，蔣氏的這一句“完了”，竟成讖語。
1947年6月，中共軍隊以損失30餘萬兵力的代價，殲滅國民黨正規軍與雜牌軍達112萬人。共產黨所屬部隊由戰略防禦轉入全國范圍的大規模戰略進攻階段。同年12月25至28日，中共中央於陝北米脂縣楊家溝村召開會議，毛澤東在報告中指出：中國人民解放軍的主力已經打到國民黨統治區域裡去了，標誌著中國人民革命戰爭已經達到了一個轉折點，使之走向勝利的道路。同時強調：“這是一個歷史的轉折點，這是蔣介石的二十年反革命統治由發展到消滅的轉折點。這是一百多年以來帝國主義在中國的統治由發展到消滅的轉折點。”這次會議，為中共在新形勢下奪取全國性勝利，從政治、思想、策略上作了充分準備。就在整個中國炮火連天，血肉橫飛，國共兩黨殺得昏天黑地，不辨牛馬之時。與殺人、砍頭關係不大的中央研究院首屆院士評選會議，又在亂象叢生的南京轟轟烈烈地搞了起來。面對這一行動，學術界意見不一，眾說紛紜。 1947年6月20日，傅斯年在致胡適信中道：“話說天下大亂，還要選舉院士，去年我就說，這事問題甚多，弄不好，可把中央研究院弄垮台。大家不聽，今天只有竭力辦得他公正、像樣，不太集中，以免為禍算了。”關於中央研究院院士選舉事宜，早在抗戰勝利初期，學術界高層即開始醞釀並有所行動，因內戰爆發，迫使這一行動延緩下來。按照物理學家吳大猷的說法：“1947年由評議會籌辦院士選舉，先由各大學院校、專門學會、研究機構及學術界有資望人士，分科提名候選人，約四百餘人。1947年由評議會審定候選人一百五十人。”吳氏所言在數字上與事實稍有出入，但大體套路不差。隨著國內政治軍事形勢發展，籌辦事宜在起起伏伏中又拖延了一年，到1948年初，中央研究院評議會評議員再次提出，無論戰爭局勢如何發展，一定要在中央研究院成立20週年之際作最後一輪選舉，評出首屆院士，以為科學、民主爭得地位和榮譽，並為後世開出一條關乎國家民族命運的光明道路。
按原定計劃，院士選舉分為數理、生物、人文三個組。由中央研究院代院長朱家驊總負其責，總幹事薩本棟負責數理、生物組；胡適、傅斯年、李濟、陶孟和等人負責人文組並提出候選人名單。最後由中央研究院評議會評議員提出各自的意見並投票選出。
在第一輪正式推舉之前，作為人文組主要決策者胡適，於1947年5月22日發出的“中央研究院第一次院士選舉'人文組'的'人文'部分擬提名單”如下：
哲學：吳敬恆（稚暉）、湯用彤、金岳霖。
中國文學：沈兼士、楊樹達、傅增湘。
史學：張元濟、陳垣、陳寅恪、傅斯年。
語言學：趙元任、李方桂、羅常培。
考古學及藝術史：董作賓、郭沫若、李濟、梁思成。
人文地理民族學｝想不出人名。
1947年6月19日晚，傅斯年於南京寫信致北大校長胡適，謂：“一月多以來，生病，事忙，心緒不佳，等等。未寫信，北望至念也。十五號船擠下來（非我改），現買到二十九號Gor－don票，必行矣。”
傅氏信中所言，是他欲赴美治病一事。經過與孔宋集團幾年的大戰並取得勝利，傅斯年已身心俱疲，心臟不堪重負，無力堅持工作。同時也為躲避孔宋集團可能失去理智而僱凶殺人等血腥報復，在友人勸說下，傅斯年決定拋下各項事務攜家赴美治病療養。就在寫這封信的第二天，即6月20日，傅斯年就院士評選事宜再致胡適一函，並透露了自己推薦的名單，內中說道：“日前開會商量應該在提名中不忘了外（部）名單（不必即是舉出，此會盡力，不能包辦也），想南方人士而不可多得，茲將當日所寫之名單送上一看，但請千萬秘密。”名單如下：
有涉人文組者：
（一）人文與社會科學平等數目，殊不公，因前者在中國比後者發達也。孟和原單標準甚低，減後如引。我看人文方面非二十人不可，分配如下：
中國文學四；史學六；考古及美術史四；語三；哲三。
我個人覺得以上單子，可如下分配：
中國文學：（1）吳。 （2）胡，以上關係文學風氣者。 （3）楊樹達，經籍考定。 （4）張元濟，古本流傳，泛言不能，專就百衲本言，因此者校勘記並未刊行也。
史學：（1）陳；（2）陳；（3）傅；（4）顧頡剛；（5）蔣廷黻，近代史當無第二人；（6）余嘉錫或柳詒徵。柳不如餘，但南方仍不可無一人。
考古及美術史：（1）李濟；（2）董作賓；（3）郭沫若；（4）粱思成。
哲學：湯、馮、金。
語言：趙、李、羅。
傅斯年所列“人文”名單中的候選人姓名，分別是：
中國文學：吳稚暉、胡適、楊樹達、張元濟。
史學：陳寅恪、陳垣、傅斯年、顧頡剛、蔣延黻、余嘉錫或柳詒徵。
考古及美術史：李濟、董作賓、郭沫若、梁思成。
哲學：湯用彤、馮友蘭、金岳霖。
語言：趙元任、李方桂、羅常培。
胡、傅二人擬定的名單，可謂大同小異，或曰英雄所見略同，只是胡適擬定的名單為17人，沒有自己，而傅斯年名單為21人，且當仁不讓地籤上了自己的大名。從名單擬定的視角也可看出，胡、傅二人的性格以及處世方式之大不同。就傅氏性格和為人處世的方式方法而言，絕不是一個腐儒式的書呆子，他之所以能在學術界呼風喚雨，除了緊緊傍住胡適與朱家驊等一流大腕，並巧妙地借用了他們掌控的國內僅有的幾個基金會的勢力之外，自然也有他的過人之處。如此次致胡適的信中，就極其精明和圓滑地叮囑說：
以上陳寅恪、李濟、趙元任、董作賓、傅斯年五人為本所職員，似本所不願（擬）提名，擬請北大提出何如？
（二）其他部門，我們學校人數不多（清華多得多，6月4日其理由），然我們為求公道起見不可不注意，理學院饒、江、吳、楊、孫似不可落選，並乞先生屆時留意。 （三）北大要提出一個名單，不能專寫名字，須照格式填，著作原件附寄。
（四）提名不可太少，亦不可太多。北大可先由各學院自推，最後先生審定寄所也。
顯然，在傅與胡的心目中，史語所與北京大學已成兵合一處，將歸一家之勢。如此幕後操作和交易，儘管沒有不檢點和明顯違規之處，但可以相見，這兩家一旦變為情同手足式的一家，對院士選舉評委會將會有如何強大的控制與要挾能力。 ——這就是傅斯年之所以成為傅斯年的根本所在。
6月29日，傅斯年攜夫人俞大綵與兒子傅仁軌由上海乘船，前往美國波士頓伯利罕醫院醫療。四個月後移居美國康乃提克州紐黑文休養。傅離開南京赴美之前，董作賓也應美國芝加哥大學之邀赴美講學。經過一番考慮，傅斯年沒有把史語所的所務交給當時所裡的其他年長的研究員，而是讓年輕有為的夏鼐代理所長。這一決定既出乎眾人意外，又實在情理之中，以傅斯年精明老辣的識人能力，這個選擇很快就證明是恰當和明智的。此時的夏鼐與幾年前的一介書生不可同日而語了。他自1944年2月離開李莊，與向達率領西北科學考察團，歷史組於4月份到達蘭州，進行河西走廊和敦煌附近考察，在敦煌小方盤域遺址的發掘中，發現了埋藏於沙漠深處書寫著“玉門都尉”的漢代木簡，從而為確定湮沒達兩千年的漢代玉門關確切位置找到了極其重要的物證。幾年之後，當出任文化部文物局局長的鄭振鐸在談到西北科學考察時，曾以讚歎的口氣說道：“很奇怪，玉門關舊址，好多人找了多次找不到，夏鼐一去就找到了。”言語中透著對夏鼐的敬佩，同時也可看出夏鼐高人一籌的智慧與科學素養。 1946年春天，夏鼐於甘肅寧定縣陽窪灣的考古發掘中，在墓坑填土層發現了仰韶文化的彩陶片，從而在地層學上找到了仰韶文化早於齊家文化的有力證據，糾正了瑞典學者安特生氏此前在甘肅新石器時代文化分期上的錯誤論斷，為建立黃河流域新石器時代的正確年代序列打下了堅實的基礎。 ——這一發現與研究成果，令年輕的夏鼐聲名大振，受到了同事和學術界普遍尊敬。當傅斯年、董作賓相繼離開南京後，由他主持史語所的工作當是一件自然的事情。
1947年9月下旬，中央研究院院士選舉籌備委員會發出通知，召集散佈在全國各地的評議員赴南京開會選舉。 25日，當北大校長胡適接到通知時，仍處於心煩意亂之中，並為學潮餘波發怵、發愁。此前，隨著內戰擴大，國共雙方不斷擴兵收編，軍費開支浩大，造成物價虎跑狼竄，教育經費則成了兔子尾巴，師生日常生活難以維持。在人心即將動搖的關鍵時刻，中共不失時機地派員潛伏於大專院校，暗中策動學生造反起事。 5月4日，上海學生風潮爆發，繼之全國高校遙相呼應。 5月15日，清華、北大學生喊出了“反飢餓、反內戰”等口號，向政府當局示威。鑑於外出宣傳叫喊的男生遭到軍警槍托拍、刺刀穿，女生被扇耳光、扯丰乳、踹美臀等群毆與污辱現像不斷發生，中共地下黨又指使扯旗造反的學運頭目們在運動中增加了一個“反迫害”的口號和內容，並指使平津等地大學部分學生成立了一個“華北學生反飢餓反內戰聯合會”。 5月20日，在月黑風高的黎明時分，北大學運頭目以摔杯為號，聯合其他學校學生共幾萬人，一起扯著旗子走出校園，在街頭巷尾遊行示威。一大批群眾、三輪車夫與燒火做飯的廚師，外加一群群街頭流浪和不明身份者見狀大為興奮，紛紛加入遊行的隊伍，場面更加浩瀚壯觀。如此這般鬧鬧停停、停停鬧鬧持續了一個多月，流風所及遍布全國60多個城市，近百所大專院校、數十萬學生捲入其中，許多學運頭目被捕，僅北大就有幾十名學生被當局以反革命煽動罪和破壞社會秩序的罪名，拿入大牢以老虎凳與辣椒湯伺候……鑑於此種情形，作為北大校長的胡適自然像他的前任校長蔣夢麟所說的那樣，要在當局、學校、教授、學生等幾個方面奔波、斡旋、調解，特別是要說服當局釋放被捕的學生，恢復學校正常秩序。但幾個月的奔波忙碌，上下打點，費盡口舌。仍有幾名學生被認為是共產黨骨幹分子，關在大牢未能放回，而師生的生活不但沒有好轉，反而越來越糟。據胡適日記載，此前的9月23日，胡氏還在緊鑼密鼓地召集北大同仁開會，商討應付辦法，到會教授約百人。胡適做會議主席，眾人爭論不休，指責甚至叫罵之聲不斷，持續三個多小時沒有結果。目睹現場的胡氏極其鬱悶悲觀，心情怨憤，認為：“這樣的校長真不值得做！大家談的，想的，都是吃飯！向達先生說的更使我生氣。他說：我們今天愁的是明天的生活，哪有工夫去想十年二十年的計劃？十年二十年後，我們這些人都死完了！”
如此這般吵吵鬧鬧地挨到了10月12日，胡適按中央研究院院士籌備委員會要求即將南飛。學生們得到消息，認為校長在如此非常時刻離平赴京，肯定有不可告人的目的。校中壁報很快出現胡適南飛，是奸人鬼計，為的是調胡（虎）離山，軍警趁機入校大規模逮捕學生等宣傳言論。於是，在幾個學運領袖的操縱下，幾百名學生呼嘯而至，將校長住宅包圍起來，不准其出城南飛。胡適於焦急中向學生解釋自己此次南飛的使命，並指天戳地發誓保證當局不會與學生為難，兩個多小時後，經學校幾名教授聞訊趕來對學生勸說，胡適方突破重圍，匆匆趕往機場登上了即將起飛的航班。
當日，胡適飛往上海，幾小時後轉赴南京，於13日與北平輔仁大學校長陳垣等人來到中央研究院出席會議。其間，胡氏向史語所代理所長夏鼐介紹了此次北平突出重圍得以南飛的緊張場面，並敘述北大學生被捕經過和保釋情形。 《夏鼐日記》載其所述：“未能保釋之學生二人，其共產入黨證，一為100餘號，一為300餘號，皆為加入有年，在黨中佔重要地位，陳布雷之女兒及女婿亦以黨事在平被捕。聞軍隊中少將、中將皆有加入共黨為秘密工作者”。第二天，史語所同仁為歡迎胡、陳等人到來，由夏鼐主持，專門舉辦了由全體人員參加的茶話會。會上，夏鼐機智得體的表現，給胡適留下了深刻印象，胡在當天日記中以讚美的語氣寫道：“史語所中很有人才。孟真確是一個好導師。”
10月15日上午，由評議員組成的院士選舉委員會第四次會議在中央研究院北極閣大廈二層開始。朱家驊為當然的會議主席，另有黨國大員吳達銓文官長代表蔣介石、李石曾代表中央黨部，司法院長居正與行政院副院長王雲五作為來賓分別緻辭。因前來的黨國大員魚龍混雜，對院士選舉議程不甚了了，乃就教育是否獨立與派遣留學生問題鬥起嘴來。王雲五首先提及中國高等教育要走上獨立，以後少派留學生出國。胡適代表評議員致辭，贊成王氏之說，並主張修改博士學位選舉法，大學辦理研究所五年以上有成績者得授予學位，不必依舊法由政府贈與云云。對於王、胡之說，翁文灝起立反對，主張仍繼續派留學生，唯須取嚴格主義。李石曾繼之起立，謂吳稚暉以近來身體易感疲勞，故未來參加，囑代致意。緊接著介紹吳氏主張派遣留學生之說法，謂留學生能輸入抽水馬桶，改良茅廁，即已是大貢獻，若謂外匯消耗過多，殊不經濟，則只要有利益，經濟考慮亦屬相對的，如男女交媾每次所耗精蟲數百萬，只有一條精蟲過五關斬萬將，最後突出重圍成為一個人，經濟雲乎哉？言罷，全場轟笑。一上午的會議就在政客們相互鬥嘴與爭論中結束。
當天下午，由本次評議會秘書翁文灝，中央研究院總幹事薩本棟及各所負責人報告工作情形，討論院士候選人名單審查辦法。夏鼐向評議會秘書處提交了由自己主持召開的史語所所務會議通過的“推薦院士候選人”名單：
哲學：吳敬恆、湯用彤、馮友蘭、金岳霖。
史學：陳寅恪、陳垣、傅斯年、顧頡剛、蔣延黻、余嘉錫、柳詒徵、徐中舒、陳受頤。中國文學：胡適、張元濟、楊樹達、沈兼士。
考古及美術史：李濟、董作賓、郭沫若、梁思永（以上考古）；徐鴻寶、梁思成（以上美術史）。
語言：趙元任、李方桂、羅常培、王力。
民族：凌純聲評議會幾經討論，決定院士候選人不得超過正額（88至100人）之一倍，明日上午分組審查。
16日，會議繼續進行，評議會分為數理組、生物組、人文組等三個小組審查，其中人文組由胡適召集。因夏鼐僅為副研究員職稱，不是正式評議員，不能參加評議。但胡適以人文組傅斯年、陶孟和二人缺席，只剩胡適、李濟、週鯁生等三人為名，硬拉夏鼐與社會科學研究所的巫寶三列席。
會上，眾評議員對推薦機構和評議員分別提名的候選人進行資格初步審查，審查的內容主要看被提名人是否在抗戰期間淪陷區的偽大學等學術、教育機構任職。審查中，著名化學家趙承嘏、薩本鐵，以及參加偽北大的容庚被刪除。據夏鼐日記載：文史方面選出31人，濫居其列者，至社會科學，尤其是經濟及法律部門，前者幾無其人，因巫君在座，故仍提出7人（馬寅初、劉大鈞、何廉、方顯廷、楊西孟、巫寶三、吳大業）。法律方面提出王寵惠、王世傑，以後勉強列入燕樹棠、郭雲觀、李浩口。討論至12時始散。下午開大會審查，化學組加入數人（孫學悟、朱汝華、黃子卿、紀育經）。物理組加入桂賀廷。生物科學、農學刪去陳宗一及侯□□。礦物學加入陳克恢。醫學原擬加入李卓浩，後以其未曾返國工作故未能通過。
10月17日上午，評議會繼續審查入選人員名單，而被審查的第一位就是郭沫若。有評議員認為郭是站在共產黨一邊的人，其罪過遠遠大於趙、薩、容等幾人，前者不可留，後者更該殺。胡適以和事老的身份出面問朱家驊，假如朱不是今日會議之主席當如何看待？朱家驊旗幟鮮明地表示郭某人“參加內亂，與漢奸罪等，似不宜列入”。薩本棟起而和之，謂：“恐刺激政府，對於將來經費有影響。”評議員吳正之幫腔道：“恐其將來以院士地位，在外面亂發言論。”此時陶孟和已來到會場，對於這一連串反對人選意見，起而反擊道：“若以政府意志為標準，不如請政府指派。”陶氏手下大將、會議列席者巫寶三見陶如是說，亦站起來表示擁護陶說，謂：“不應以政黨關係，影響及其學術之貢獻。”胡適見狀，思慮再三，決定附和陶說，謂“應以學術立場為主”云云。
鑑於雙方意見各不相讓，最後決定以不記名投票的方式決定郭氏是留是除。在這一關鍵時刻，夏鼐認為“此事關係頗為重大”，乃不顧自己作為列席者不能參加表決的身份和規矩，起立為郭沫若辯護，據夏鼐日記載：“會中有人以異黨與漢奸等齊而論，但中央研究院為AcademiaSinica（中國的科學院），除學術貢獻外，唯一條件為中國人，若漢奸則根本不能算中國人，若反對政府則與漢奸有異，不能相提並論。在未有國民政府以前即有中國，（國民政府傾覆以後，亦仍有中國），此句想到而不須說出口，中途截止。故對漢奸不妨從嚴，對政黨不同者不妨從寬。”夏鼐的斗膽進言得到了李濟等部分與會者的支持，李濟進而言道：“郭是一個多學科有才華的學者，在考古學與古文字學領域造詣很高，雖其人沒有直接參加田野考古發掘，也不屬於中央研究院各所，但作為體制外的人士，我們應該給他保留一個位子。”經此一說，作為中間派的態度有所改變，最後投票表決，郭沫若以14票對7票的差額，被決定保留在候選人名單之內。當這個結果拍板定案後，胡適、李濟、夏鼐等人都長吁了一口氣。
關於此次選舉詳情，夏鼐於10月20日向遠在美國的傅斯年作了詳細匯報，除了郭沫若是留還是砍的問題，評議會在討論各方推薦名單誰有資格列名為院士候選人的過程中，更是意見紛紛，各有所見。如胡適在評選中於哲學領域又比提交的名單多推薦了一位陳康，理由是“陳氏希臘哲學造詣頗深”；週鯁生則認為李劍農“對於中國經濟史及近代政治史皆有成績”，故予以推薦；另“有人提出何以不列入熊十力、朱起鳳、向達三先生。經胡適之先生解釋後，亦無異議”。至於不是評議員的史語所助理研究員王叔岷聞聽劉文典也被推薦後，在評議會外揚言，謂“劉文典先生之《淮南子》及，校勘考據皆甚糟糕，並云傅先生如出席，必不推薦為候選人”等。經過兩天激烈討論，院士候選人由最初列入的402人減至150人，分別是：數理組49人；生物組46人；人文組55人。具體名單在17日晚7時公佈，初選會議就此結束。
按原定計劃，最後一次院士選舉定於1948年春天舉行，至時必須再砍掉50人，只有100人當選。有了這個既定數字，最後的角逐就顯得更趨激烈與異乎尋常起來。各不同派勢自是要為本系統以及與自己關係密切者力爭。掌握生殺大權的評議員們在場上的唇槍舌劍不可避免，而各色人等在台下的小動作也連綿不斷，如北大中文系教授唐蘭就暗中請胡適為自己幫忙助力，結果是不了了之，後胡、唐二人反目成敵，胡把此事揭出並對唐氏加以嘲弄和諷刺。當時正在美國講學的董作賓聞知音訊，於1948年2月2日由芝加哥致信胡適，特意談到了他對此次選舉的關注與態度，信中說：“春間中央研究院選院士，您必出席，關於考古學方面，希望您選（梁）思永或（郭）沫若，我願放棄。因為思永在病中，應給他一點安慰；沫若是外人，以昭大公，這是早想托您的。”此時的董作賓對郭沫若仍一往情深，為了郭的緣故，自己可捨身相讓，敢落下風。不知同樣的信是否還寄給傅斯年，但從胡與傅推薦的名單看，郭氏始終在二人的推薦名單中一路過關斬將殺入150強，而梁思永由於夏鼐主持的史語所所務會議的推薦，也一直在人選名單內並有最後取勝的可能。
時仍在美國養病的傅斯年也密切關注著即將到來的最後一次角逐。當他得知將在本年3月中旬開會一決雌雄時，於3月9日致快信於朱家驊、翁文灝、胡適、薩本棟、李濟並轉各評議員，對候選人名單毫不含糊地提出了自己的意見。信中說道：“自斯年出國就醫以後，曾接到幾次關於院士選舉之文件，其候選人名單，雖斯年仍不無意見，然大體上細心公正，至佩諸先生之勞苦，至此地步，大是不易。斯年因病在國外就醫，雖在委員會內，未能盡力，既慚且感，深喜諸事賴諸先生之勞苦，得以順利進行。”
待這番客套話說過之後，傅開始對“候選人名單之意見”直述心胸，所談到的第一個人物就是號稱“國寶”的劉文典。傅說：“候選人中確有應刪除者，如劉文典君，劉君以前之《三馀札記》差是佳作，然其貢獻絕不能與餘、胡、唐、張、楊並舉（南按：所列五人當是余嘉錫、胡適、唐蘭、張元濟、楊樹達）。凡一學人，論其貢獻，其最後著作最為重要。劉君校，甚自負，不意歷史語言研究所之助理研究員王叔岷君曾加檢視（王君亦治此學）發現其無窮錯誤，校勘之學如此，實不可為訓，劉君列入，青年學子，當以為異。更有甚者，劉君在昆明自稱'二雲居士'，謂是雲腿與雲土。彼曾為土司之賓，土司贈以大量煙土，歸來後，既吸之，又賣之，於是清華及聯大將其解聘，此為當時在昆明人人所知者。斯年既寫於此信上，當然對此說負法律責任，今列入候選人名單，如經選出，豈非笑話？學問如彼，行為如此，故斯年敢提議將其自名單除去。”
傅斯年與聞一多在政治上各有自己的立場，且呈水火不容之勢，未承想在對待劉文典“為土司之賓”的看法上卻出奇的一致。看來劉文典這位頗為自負的“國寶”在西南邊陲的所作所為，的確惹惱了不少人，最後落得個被聞一多藉機踢出圈外的悲涼結局。至於劉文典學問之差，當時傅斯年在國內時聽弟子王叔岷念道過，或是直接來源於夏鼐給他的信中，說到王叔岷在評議會場之外的那通議論不得而知。而劉文典的學問到底如何？是吳宓所說的“高見甚是”，還是王叔岷檢視的“無窮錯誤”？實在是一個仁者見仁，智者見智，尚可討論的學術範疇。
傅斯年如此直言不諱，很容易讓人想起當年吳宓在西南聯大的時候，論陳寅恪和錢鍾書老少兩代在學界地位的那段話：“當今文史方面的傑出人才，在老一輩中要推陳寅恪先生，在年輕一輩中要推錢鍾書，他們都是人中之龍，其餘如你我，不過爾爾！”這一評價自有其精妙之處，從中可以看出，當年在吳宓的眼裡，大名鼎鼎的劉文典也並不是什麼所謂的大師或“國寶”，亦當屬於“爾爾”一類的普通之輩。吳氏說這句話的時候，心高氣傲的劉文典或許尚不服氣，其他人或許還稀里糊塗地蒙在鼓裡不置可否，如今傅斯年作如是說，劉文典就真的成為“爾爾”了。
就劉文典個人的命運而言，抗戰勝利後，滯留偏遠的雲南昆明，未能回到北平這一文化、學術中心，對他事業的發展、學術的定位、名聲的傳播，皆是一個不可估量的損失。當年清華中文系的幾位大牌教授，其璀璨的光芒經久不衰，凡稍讀過書的人幾乎皆聞其名。而劉文典的光芒卻很快暗淡下去，在文學上的貢獻與聲名，除了幾個專業研究人士外，再難為世人所知。身處如此不幸中的劉文典，假如在此次首屆院士評選中能得以勝出，或可藉此挽回頹局，重整旗鼓，在學術上作出新的貢獻並留下不朽的聲名。可惜的是，在這關鍵的歷史轉折點上，又遭到了力大威猛，從梁山上走出來的好漢傅斯年當頭一棒。若劉文典真如傅斯年，或傅的門生王叔岷說的那樣在學問上有“無窮錯誤”，那麼“國”將不“國”，劉文典這件號稱價值連城的“國寶”，也就自然成為一件假冒偽劣產品，或一堆廢銅爛鐵——或許還不如。
無論如何，經在萬里之外的傅斯年如此一記殺威棒，站在雲南大學講台上的劉文典轟然倒下，屬於他的時代算是徹底終結了。世事無常，或許一切皆是命中註定。哀哉，劉文典！身在國外，但對國內學術界特別是本次院士人文組選舉具有超強控制能力的傅斯年，在候選人名單中第二個拖出來開刀問斬者便是清華教務長、獨腿教授潘光旦。傅直言不諱地表示：“社會學一項，有潘光旦君。潘君自是聰明人，然其治譜牒學之結論，實不能成立。彼以科舉之名，證明蘇州人天資優越，然此說實不足以成之，蓋科舉之業亦有風氣，且可揣摩，主考與人選者每為一調，忽略此歷史事實，乃潘君之說，故潘君之工夫似未可與陳達君同列也。治學不可以報紙文字定其高下，此學在中國既不發達，如求其次，則孫本文君似應列入。此君之書，甚有理解，其工夫非作二三小文之比，故敢提議將其列入候選名單。”
潘光旦所搞的那一套社會學不為傅斯年所重，這自是與潘氏的著述不周或觀點偏頗有關，但這似不是主要的癥結，因為潘除了研究譜牒，還有其他大量社會學著作如人口學論文行世，此著述傅並未提及，抓住一點而攻其全身，自是於情於理皆說不過去，更不能令人信服。傅斯年之所以抓其一點就敢於把潘光旦即將戴上的院士帽子革掉，恐怕與他對潘的政治傾向和思想作風大不感冒更有乾系。傅向來不把潘光旦，或與潘氏相近的吳文藻、費孝通等一派人物視為同志、同類或同族，又因潘光旦等人在抗戰後期經常於報紙上發表攻擊國民政府的言論，還不自量力地以“我們人民”的名義，向正在交火開戰的國共雙方進行勸阻、威脅，招致傅氏更大的不滿，這一點從傅斯年此前寫的文章和書信，以及此次所暗含譏諷的“治學不可以報紙文字定其高下”中即可見到。政見不同，自然就不屬於一股道上跑的馬。按照“非我族類，其心必異”的處世哲學，潘光旦此次也只有被傅斯年踢出門檻之外靠邊架著拐杖看熱鬧的份了。
1948年3月25日至27日，中央研究院代院長兼評議會議長朱家驊在南京主持召開了最後一輪院士選舉會。經過人會者五輪無記名投票，原定要選出的100名院士，因許多名流大腕在投票中紛紛落馬，導致69人票數未能過半，最後只有81人被通過。按既定規矩，凡通過者即正式成為國民政府中央研究院第一屆院士。名單如下：
數理組（28人）姜立夫許寶騄陳省身華羅庚蘇步青吳大猷吳有訓李書華葉企孫趙忠堯嚴濟慈饒毓泰吳憲吳學周莊長恭曾昭掄朱家驊李四光翁文灝黃汲清楊鍾健謝家榮竺可楨周仁侯德榜茅以升凌鴻勛薩本棟生物組（25人）王家楫伍獻文貝時章秉志陳楨童第週胡先驌殷宏章張景鉞錢崇澍戴芳瀾羅宗洛李宗恩袁眙瑾張孝騫陳克恢吳定良汪敬熙林可勝湯佩松馮德培蔡翹李先聞俞大紱鄧叔群人文組（28人）吳敬恆金岳霖湯用彤馮友蘭余嘉錫胡適張元濟楊樹達柳詒徵陳垣陳寅恪傅斯年顧頡剛李方桂趙元任李濟梁思永郭沫若董作賓梁思成王世傑王寵惠週鯁生錢端升蕭公權馬寅初陳達陶孟和隨著名單公佈，折騰了幾年的中國有史以來的首屆院士選舉塵埃落定。
由名單可以看出，史語所相當多的研究人員當選本屆院士。其中專任研究員有傅斯年、陳寅恪、趙元任、李方桂、李濟、梁思永、董作賓、吳定良。兼任研究員有馮友蘭、湯用彤。通訊研究員有胡適、陳垣、梁思成、顧頡剛、翁文灝。整個人文組差不多有一半院士與史語所有關。後經夏鼐列表分析，本次當選院士，中央研究院有21人，北京大學10人，清華大學9人，技術機關6人，其他如中央大學、浙江大學、文化機關及行政長官各有4名，另外的機構、大學都在4名以下，如復旦大學僅童第週1人。中央研究院所佔比例為26％。消息傳出，反響不一，有的認為本次選舉公平合理，有的則認為“遺珠甚多”，北大教授向達公開批評，謂：“本院的所長，大部分的專任研究員，幾乎都是當然院士。”“令人有一種諸子出於王官之感。”胡適事後對院士籍貫分佈專門列表分析，並在1948年9月24日的日記中寫道：“此次院士八十一人，安徽只有我一人。”是否暗含著一絲同鄉太少並為劉文典的出局惋惜之情？後人則難以考證猜測了。
當然，這個時候也有對此頗不在乎者，如經胡適、傅斯年、董作賓、李濟、夏鼐等人竭力爭取，並終於成為院士的郭沫若，因郭氏此時已受到中共方面的重用，並開始在政治文化界大出風頭，對這個國民黨政府贈與的學術頭銜早已不屑一顧了。
1948年夏天，在美國的傅斯年突然提出回國，夫人俞大綵勸他再靜養些時日，但傅執意欲歸，且慷慨陳詞：“國內要做的事太多，豈能偷閒而安居異國乎？”俞大綵不好阻攔，只把兒子傅仁軌留在美國一個親友家中繼續讀書，夫婦二人回歸祖國。抵達南京後，傅斯年重新執掌史語所所務，夏鼐的代理所長就此告一段落。
1948年6月9日，中央研究院在京人員搞了一個慶祝成立二十週年紀念活動。據參加活動的石璋如回憶：“上午開會，晚上就請吃飯，從總辦事處到地質研究所前頭的空曠處，桌子一路排開，放上酒跟點心，夜裡燈火通明，稱做遊園會。剛開始的時候人很多，愛去哪桌吃、喝酒都可以，可是天氣不巧，打了響雷下起陣雨，大家就集中到總辦事處的演講大廳去。我記得研究所內還有楊希枚領頭唱平劇，非常熱鬧。”同年9月23日至24日，“國立中央研究院成立第二十週年紀念會暨第一次院士會議”在南京北極閣舉行，與會者有朱家驊等51人。為表示對學術事業與知識分子的尊重，蔣介石撇下前線十萬火急的戰事，親自出席會議並致訓辭，場面隆重熱烈。蔣退席後，分別由朱家驊、胡適、張元濟三位院士代表致辭，而以商務印書館掌門人張元濟痛斥內戰的講話最為沈痛動人。張說：“抗戰勝利，我們以為這遭可以和平，可以好好地改造我們的國家了。誰知道又發生了不斷的內戰，這不是外御其侮，竟是兄弟鬩於牆。我以為這戰爭實在是可以不必的……但是戰端一開，完全是意氣用事，非拼個你死我活不可，這是多麼痛心的事情。打的時候並沒有多久，已經鬧到所謂四海困窮。人民有些受不住了。報紙所載，那邊的佔領了東九省，圍攻了太原，打破了開封，現在又進逼濟南。關外、山西流亡的學生，成千成萬的到了平津武漢和南京，吃沒有好好的吃，住沒有好好的住，哪裡還說什麼入校求學呢？前幾天我聽李潤章先生說，他原籍昌黎縣，一年之內兩方的軍隊一出一入共有三次，地方的蹂躪也可想而知了。”又說：“戰事不到兩年，已經成了這個現象，倘若再打下去，別的不用說，我恐怕這個中央研究院也就免不了要關門。”張元濟一語成讖，這次院士會議，成為國民黨統治時期中國知識分子群體在苦難中深受矚目和備感榮光的絕響。未久，中央研究院關門上鎖，81名院士在戰爭的硝煙炮火中分道揚鑣，踏上了不同的人生之路。