胡適在上海稍事停留即轉赴南京述職，7月29日晨乘機飛往北平。為表示對這位儒林盟主的敬重之情，在北平的黨國大員李宗仁、蕭一山、吳鑄人，以及北京大學的傅斯年、鄭天挺、湯用彤、鄭華熾等名流大腕專程到機場迎接。略顯蒼老、疲憊的胡適在眾人簇擁下，驅車進入城中，透過車窗看到久違的北平城，胡氏感慨萬千，在當天的日記中記載道：“九年前今晨，二十九軍退出北平。九年前昨日，我從廬山飛到南京。次日始知平津皆失陷了。”想不到九年後的今天，驕狂的日軍早已無影無踪，歷盡劫難的北平重新回到中國人的懷抱，而胡適又以北大校長的身份重回故園，只是與9年前相比，自己兩鬢斑白，已不再年輕。而此時的北大，也不再是當年的北大了。
此前的一年裡，儘管傅斯年出於義氣與對母校北大的愛護加責任，以自己的大砲性格與超人的處事能力，替胡適“打平天下”，讓歸國的胡校長坐享其成。但傅也清醒地認識到問題的複雜與現實的殘酷。抗戰勝利之後最初階段，傅斯年曾多次致電在美國的胡適，匯報學校復員情形，力促胡氏早日歸校執政，並謂“此時關鍵甚大，斯年冒病勉強維持一時，恐不能過三個月”。但胡適卻滯留美國遲遲不肯露面，傅斯年大感棘手與苦惱，1945年10月17日，傅斯年致長信於胡適，匯報北大復員事並催其速歸，信中道：“一般社會，未嘗沒有人以為來勢兇猛（宋江出馬，李逵打先鋒），因而疑慮。最苦的是我，孟鄰先生未盡諒解，又替騮先惹事，所以只有請先生早些回來，然後可以一切照常。我這些天精神在極度的不安與緊張之下。出席聯合國教育會議，又出了事。李石曾以未派他，大攻擊騮先，宋子文於是不使騮先去，騮先與子文共事更難，又介公支持騮先，故騮先辭也辭不掉，只是活受罪而已。介公對李印像極惡，故李似乎做不出大事來，但今日教育界復員，極其困難，騮先性情倔強（犟），能支持到何時，全不可定。北大事騮先絕對支持的，然前途既如此，只有堅忍做去，無論前途如何，我們抖起精神去幹，總可以比得過（outlive）這些妄人。”又說“北大回後，大家也要復原。北平師範大學，騮先允其重設北平師範學院，他們還爭'大學'，這我看實無關係。而北平大學也鬧復原（李五支持），簡直是與我們搗亂。騮先決不放鬆，介公也不要他回复，但是還未了。……為我們北大事，弄出這些糾紛，以至李五要打倒騮先，以後此公的事，子文與騮先之不易合作（他們原是好朋友），恐怕還多著呢！”
除了涉及、解決這些狗扯羊皮的人事糾紛，傅斯年還以極大的熱情，向胡適談了他的辦學計劃、院系設置以及人事聘用等敏感問題，如：
哲學（湯）：此系中堅分子為湯、陳康（治希臘哲學）及約定之王君（維也納學派邏輯家），另有賀、鄭。
國文系：二羅皆愈來愈糟，孫子書、孫蜀丞、俞平伯在北平苦苦守節（三人似可擇聘），語言學亦有很好的人。此系絕對有辦法，但主任無人。
史學系：從吾、毅生、子水、向達。非大充實不可。受頤必須拉回，愈早愈好。此系，史語所可以有人補充，週一良、王毓銓、胡先晉，乞先生一斟酌，就地決定。
理學院各系：算學充實，可惜多在國外。物理很好，也可添人。化學，曾昭掄極熱心，目下人太少。物［地］質空空如也了，但有辦法，因北大當年早有此系，此系第二輩多是北大出身，易拉。 （北大出身，不可多拉，以免門戶，但國文、史學有學風關係，地質有特殊情形，難避。）法學院最糟，政治係不成樣子，經濟空虛，法律則幾都是律師。
……以上諸事儘管紛亂，但總算有線索人頭可尋，最令傅斯年頭疼的是增設的幾個學院，按照此前“復興北大”的指導方針，朱家驊、蔣夢麟等政學兩界大佬，積極主張復員後的北大增設工、農、醫三個學院，以增加綜合性大學的法碼與氣勢。而傅斯年認為，工、醫學院費錢太多，出力難以討好，最看好的則是創辦農學院，在致胡適的信中，傅氏以憂國憂民的情懷說道：“農學院甚有意思，在華北之將來，其用無窮，我們不能老坐而論道，我們總當與人民接近，總當負起改造社會的責任來，而且我們學校最大的毛病，是：學生一入學，便走大街，英文永遠學不好。我想大可把一年級搬到城外去受嚴格訓練，有個農學院，可以開這個端。……不過清華也要同時辦，正商量中，或者出於'分工合作'。”又說：“如果清華也堅持三十五年度辦，教育部為難。但我們這些年與清華合作，清華得到安定，我們得到卑視——孟鄰先生之情感，關於聯大者，並非無其理由——所以我想這一點是不讓他的。”傅氏決意不讓對方，但清華也不是省油的燈，想方設法予以反擊。傅斯年在接下來致胡適的信中說“追加複員費，此事曾引起清華、南開之衝動，鬧得教育部甚為煩惱。”又說：“在教育部領到二百時，有我們五；四百時，有我們十；六百時，有我們十五；八百時，有我們二十。此已與騮先原則說好，他並無難色，因他人更凶也。週鯁生來信要三十，兼大罵。”
就北大而言，抗戰時期與清華、南開共同創業的近9年，不能說所得到的只有被“卑視”，當然有他光榮與輝煌的一面，但傅斯年信中所述也不是信口開河，或者說空穴來風。事實上，清華憑藉美國庚款的後盾、紮實的學風，以及幾十年形成的一整套組織系統，在許多方面，其強勁的風頭均蓋過了北大與南開，這一狀況令號稱老子天下第一的北大同仁深感受失落，並產生受對方“卑視”，進而滋生了一些不便為外人道的芥蒂與怨憤心理。錢穆晚年在他的《八十憶雙親·師友雜憶》中提到的北大同仁在雲南蒙自聯大分校，為文學院長由清華的馮友蘭擔任而不讓北大的湯用彤沾邊之事發生爭吵，並向前往視察的蔣夢麟建議北大獨立之事即屬此類。儘管最後經錢穆解釋，同仁們以抗戰大局為重，“不再言”，但不等於說北大教授們心中就不再有芥蒂和情緒。此時傅斯年對胡適所發的牢騷，在某種程度上道出了北大同仁憋在心中積悶日久的怨氣。既然聯大已經解體，北大復員獨立，當然也就有了重整旗鼓，與清華爭個高下的新機緣。因而傅斯年在致胡適的信中要求胡借留美之機，設法為北大新開辦的幾個學院募集書籍、儀器及款項，一旦就緒，便趕緊歸國。因為“我這幾個月必然鬧得空氣緊張，非先生早回來，有出大岔子之可能，那才糟呢！先生回來後，我當留校二三月協助，然後赴美治病……”
傅斯年踐約了當初的承諾，胡適一到北大，他就主動把自己坐得溫熱的校長椅子用毛巾擦了擦，搬到胡老師屁股下連扶加抬地將其請了上去，笑逐顏開的胡適儘管有點不好意思，還是打著哈哈當仁不讓地坐穩了。傅斯年不但要把胡老師扶上北大第一把交椅，還要按中國特色的“扶上馬，送一程”的老規矩，再送夫子一程，至少在一段時間內仍留在北平，把一切敵對勢力和半敵對勢力蕩平剷除之後方可卸職。
胡適坐上北大第一把交椅，顯然與1937去美國前的北大教授兼文學院長大不同了，儘管孔宋之流一再打壓排擠，由於胡適在美經年，尤其是一手把日本拖入太平洋戰爭的空前傑作，一時聲光四射，世界矚目，身價倍增。而他輕柔的腳步一旦踏進北大校園，如同潛龍歸淵，虎入深山，再度嘯傲士林，俯瞰政壇。歷史的風雲聚會把胡氏推向了一個新的高度，世俗地位和聲名也隨之達到了登峰造極的境界，其巨大影響不但成為中華大地教育、文化、學術界的“帥”字號人物，而且一舉成為政壇象徵性盟主——儘管虛幻多於實際（後來蔣介石曾有意讓胡當總統，自己掌行政院實權，就是這一虛幻影像中的一個插曲）。在“帥旗”飄蕩中，同樣沉浸在虛幻迷惘中的各色人等從四面八方雲集而來，於亂世蒼茫中企圖求得一方良藥，以壯行色。而此時的胡適端坐在北大校長的交椅上，一掃9年來在美受的委屈，特別是孔宋集團施加的窩囊氣，野心頓發，開始搖動大旗呼風喚雨起來。按當時出任北大校長室秘書鄧廣銘的說法，頭頂五彩光環，身配盟主“帥印”的胡適，不但“立志要把北大辦好，也不但以華北地區教育界的重鎮自任，而是放眼於全中國的高等教育事業，是以振興中國的高等教育為己任的”。按胡適的構想，國家與其每年花費幾百萬美元送學生到外國留學，不如省出一部分錢來在國內建設少數世界水平的大學，只有如此，中國才有學術獨立的希望。本著這一構想，胡適提出了一個“爭取學術獨立的十年計劃”，即在十年之內先集中資源，經營五所基礎最好的大學——北大、清華、武大、浙大、中央大學。十年之後再陸續擴充其他大學，逐步在整體上達到世界先進教育水平——如此強勁的勢頭與大膽構想，在教育和新聞界引起強烈反響的同時，也令一些政客很感難堪。當初傅斯年薦胡出任北大校長時，作為教育部長的朱家驊漠然處之，或許對這種情形已經料到。只是書呆子氣仍未完全脫盡的胡適，沒有意識到星轉鬥移、今非昔比的政治形勢。令他沒有想到的是，這一“宏大敘事”式的光輝藍圖，很快就像他歸國時遭遇的西天彩虹，瞬間化為泡影。在急劇動蕩的時代潮流中，政治腐敗，經濟崩潰，教授與學生皆陷入生存的困境而難以自拔，地下中共組織開始行動，發動學潮，展開與國民黨政權的爭奪戰。如果說抗戰前中共潛伏於各大學的地下組織尚屬零散、隱蔽、小規模的鬧騰，如今幾乎已是公開的大規模的策反運動了。在“動地走雷霆”（郭沫若詩句）的滾滾學潮湧動中，胡適的大旗很快就被淹沒在一片浩瀚急蕩的急流赤水之中。
此前的5月4日，傅斯年由南京抵平，正式籌備北大復校事宜。 21日，針對西南聯大學潮的吵鬧不息與聯大教授聞一多、吳晗等人的嚷嚷不止，傅氏極為憤慨地發表公開宣言，謁“關於學生運動，今日學生水準，不夠為末來之建國人才，甚望能安心讀書，專門作學問，學術絕對自由，惟不可作為政治鬥爭之工具。”這年7月底，復員的北大、清華、南開三校聯合招考先修班學生，考生被錄取後可自由選擇學校與專業，根據國內情形，共分七個考區，分別為上海、北平、昆明、廣州、重慶、武漢及天津。成績出來後，七區成績以上海考生為最佳，而昆明考生最差。為此，傅斯年對記者發表談話，頗為感慨地說：“昆明區成績最差，因高中學生從事政治活動，而疏忽功課所致。”因而“奉勸昆明同學今後為自己前途著想，努力學業，何必替人家做墊腳石”。
同年8月4日，精疲力竭的傅斯年在北平《經世日報》發表了《漫談辦學》一文，提請政府與學校當局應負起應有的責任。面對啼飢號寒的師生，政府必須提高其待遇，“不要視之如草芥，這道理尤其應該請行政院院長宋公明白。……我們北京大學的教授，自國民政府成立以來，從來沒有為鬧待遇而罷課、而發宣言，這是我們的自尊處。但若宋公或他人以為這樣便算無事，可就全不了解政治意義了”。傅斯年明確表示，在風起雲湧的社會大動盪中，各校皆是面黃肌瘦的教員與衣食無著的學生，形同難民丐幫，希望他們不鬧事生非，實在是不近情理的事。但就校長與教授們一方，必須打起精神，拿出為青年、為人類的赤膽忠心。如其不然，學校是假的，不如不辦，免得誤人子弟。
話是如此說，但實行起來卻是極大的困難，特別是吃飯問題，這是一個令各方都感到棘手和頭痛且必須亟待解決的大事、要事。 1945年初冬，受傅斯年和鄭天挺指派，聯大化學系教授曾昭掄，由昆明飛北平察看北大校園設施與化學系實驗室及圖書儀器設備是否尚存。就在這次北飛中，曾昭掄最初的感覺是“故國河山，依然如舊”，但只要待下兩三天，便發現經過八年的敵偽壓榨，北平乃至整個華北確實是變了，北平已不是原來的北平，其變不在物質或表面現像上，而在內容或人民生活與思想上，人民變得很窮，有的已是衣不遮體，與之相伴的是一種文化上的空虛。清華大學的房子外面大體完整，裡面卻一無所有。燕京大學的同學，依然是住在華麗的、貴族式的宿舍，可是吃的全是窩窩頭，許多同學難得一飽，營養更是談不到了。昆明、重慶的學生，儘管大多數瀕於赤貧，但是每個大學的大門附近，總擺著有許多攤子，開著有若干小販鋪賣食品，生意大都不錯。相反地，北平馬神廟北大理學院前面，僅有一家小麵館在慘淡經營，光顧者幾乎看不到北大的學生。有了二者的對比，曾昭掄深有感慨地認識到，後方民眾幾年來飽嚐通貨膨脹、物價飛漲的影響，十倍於今日之北平。不過在那些地方，苦雖說苦，開源多少還有辦法，不像北方這樣枯窘。那麼，到底誰使華北和北平變得如此貧困？曾昭掄認為：“當然主要是萬惡的敵人與偽組織造下的孽，但是收復以後，這種情形未見改善，反而變本加厲，則此刻當局，不能辭其咎。”面對經濟崩潰，人民生活極端貧困，北平學潮興起並呈四面開花狀向全國各地輻射似是一種必然。作為北大代理校長的傅斯年以教育界大佬的身份，面對頹局，咬緊牙關，為維護他心目中的教育秩序和風雨飄搖的國民政府作最後的努力。傅氏以嚴肅的態度和鮮明的政治立場指出：“學校必須有合理的紀律。這些年來，學校紀律蕩然，不知多少青年為其所誤，風潮鬧到極小的事，學生成了學校的統治者。這樣的學校，只可以關門，因為學校本來是教育青年的，不是毀壞青年的。大凡學生鬧事可分兩類，一、非政治性的，非政治的風潮，每最為無聊，北大向無此風。二、政治性的風潮，政治性的必須要問是內動的或外動的。某處（南按：指延安）廣播一下，說要美軍撤退，過了幾天，學生便要求美軍撤退，請問這是'為誰辛苦為誰忙'？這樣的學生運動，我是很不願意它和五四相提並論的。學校……若弄成了政治鬥爭的工具，豈不失了學校存在的意義？青年人多是不成年的人，利用他們，豈不等於利用童工？”最後，傅斯年以總結性的口吻說道：“我這幾個月負北京大學的責任，實在一無貢獻，所做都是些雜務的事，只是一條頗為自負的，便是'分別涇渭'，為北京大學保持一個乾淨的紀錄。為這事，我曾對人說，'要命有命，要更改這辦法決不可能'。”
這是傅斯年首次坦率直白地向社會各界公開自己的政治觀點，也是正式抽身北大的告別演說，內中不無對這所風雨急驟的著名學府和北平學界未來的焦急與憂慮。當然，日後的北大校園是江水滔滔，還是洪流滾滾，或者在洶湧澎湃的學潮與社會鼓盪中走向復興還是衰落，他這位被蔣廷黻所譏諷的“太上校長”就顧不得許多了。此時傅氏的大本營兼老巢——四川李莊郊外山頂上的板栗坳，蟄居於山野草莽中的史語所同仁，已連連拍發電報催其火速回返，以處理日積月累的複雜事務、人際關係與回遷首都等一連串棘手事宜。代理所長董作賓在電報中稱：“同濟大學已開始回遷上海，所內人心浮動，惶惶不安，皆盼早日返京。請兄勿於百忙之中回所視事，以定具體復員計劃，穩定局面。”對於李莊方面急切的呼喚與期盼，傅斯年不能聽而不聞而留在北平繼續拖延下去，手心手背皆是自己的心頭肉，且李莊的老巢遠勝過北大的臨時帳篷——史語所才是自己名正言順的職責所在，也是立身處世的最大本錢。於是，滿頭大汗的傅斯年不得不撂下協助胡適“復興北大”的挑子，搓搓雙手，捲起那張一直隨身攜帶、已有幾個補丁、且狗毛幾乎被揉搓淨了的狗皮褥子，搖晃著肥胖的身軀離開故都北平，氣喘吁籲地登上飛機向南飛去。