就在傅斯年勸說史語所青年人員參軍的時候，在李莊板栗坳大山那邊上壩月亮田中國營造社的土屋裡，身體尚未康復的林徽因正伏案寫著一首叫做《刺耳的悲歌》的詩行，她在詩中以悲愴的筆調抨擊了那些被戰時後方艱苦、暗淡的生活腐蝕了意志，因而動搖、徬徨，看見別人做了高官、發了國難財而眼紅心跳，甚至不惜放棄學術事業，奔走豪門，投機鑽營，溜鬚拍馬，一門心思夢想升官發財的青年人。同時，透過陰濕的格子小窗，林徽因彷彿窺視到在那可見的天際，又飄浮起內戰的烏雲。為此，她強烈地抨擊了國民政府不懷好意，借青年知識分子的愛國熱情，騙取他們去參加所謂的“青年軍”，名義上共赴國難，參加抗日，實則準備暗中對付共產黨，為打內戰積蓄新生力量的卑鄙伎倆。 ——國民政府這一深含不露的陰謀，尚來以眼觀六路，耳聽八方，聰明絕頂如傅斯年者，自然深知個中況味。而他手下的青年學者們，自然也不糊塗，只是在這一陰謀面前各自裝作糊塗地保持了沉默而已。沉默的青年學者們沒有想到，政府這一假公濟私的陰謀，被蟄居在偏僻小鎮中另一個醒著的才女林徽因以詩的形式披露出來，從而給世人留下了一個先知先覺的神奇印象。據梁從誡晚年回憶說：這是林徽因一生中所寫的唯一一首政治詩，“抗戰後國民黨利用'青年軍'鎮壓學生運動，打內戰，證明了母親這個'不問政治'的人政治敏感性”。後來的事實大多證明了林徽因眼光銳利，政治敏感性的正確——當然，真正的悲劇是林徽因此時沒有想到的，有些意外插曲也超出了她想像的範圍，如吳金鼎的參軍即是一例。吳金鼎是在傅斯年開過徵召會議一個星期之後，突然主動提出參軍抗戰的。這一舉動令熟悉他的同事和朋友都大吃一驚，但吳氏還是決意把夫人王介忱留在李莊，獨自一人提著背包悄悄地隨“青年軍”遠去——儘管43歲的他此時已不再是青年。
作為一名留學海外的博士與成就斐然的考古學家，吳金鼎的半路“出家”，給後人特別是研究考古學史的史家留下了一串不解之謎。由於留存的材料稀少，加之吳氏本人離開李莊5年之後便撒手人寰，使他這次投筆從戎的心境和緣由更顯得撲朔迷離。不過，既然他生活在李莊知識分子的群體之間，且本身還是一個頗有些名聲的大字號“海龜”，總要在流逝的歲月中遺下一些稀疏的印痕。
1942年12月23日，傅斯年在李莊致信重慶中央研究院總幹事葉企孫，討論聘請夏鼐由中央博物院轉到史語所工作事宜。當時夏鼐正在家鄉溫州休假，傅斯年曾託中央博物院總幹事曾昭燏致函夏，促其早返。傅在致葉企孫的信中說道：
一、夏鼐之學問前途甚大，本所早有意聘他。但博物院亦重視之（濟之前云，既要我辦博物院，我也要留個好的）。去年（三十年）1月，博物院鬧窮，弟正在李莊（病前），對濟之雲“可拔一位過來，自郭子衡至王孤鉀，隨濟之意，你我看夏鼐最好，不過仍由兄決定”。濟之決定拔吳金鼎過來。
二、為考古組前途人才計，本所目下應該請他。
三、本所經費，用得超過。弟久懷疾戾，此時不敢提請大薪水之人（要來當為副研究員，其薪當在三百以上），而路費浩大，亦一問題也。
有此情形，故乞兄直接與濟之商定，至感！
這封信除說明無論是李濟還是傅斯年，對夏鼐的才學和為人處事能力格外看重，同樣透露出吳金鼎由中央博物院轉到史語所，是李濟的安排，並非傅斯年的本意。儘管吳與傅均是山東老鄉，且吳氏在城子崖的發現、發掘中作出了重大貢獻，但在傅的心中，吳的學問與處事能力依然沒法與江南才子夏鼐相匹敵，多少有些輕視意味。李濟的心思與傅斯年不同，儘管後來李曾不止一次地對人說過：“自己認為生平有兩個在考古學方面最得意的學生，一個是夏鼐，一個是張光直（南按：張乃李濟赴台後台灣大學的學生）。”但此時李濟還是一直把吳氏作為自己學術上的繼承人來看待和栽培的，這從中央博物院在李莊期間共進行了彭山崖墓與後來成都琴台永陵兩次大型田野考古發掘，全為吳金鼎一人所主持即可證明。那麼，吳離開中央博物院籌備處又作何解釋？據說，李濟當時之所以推薦吳金鼎人主史語所，並不是對吳的看輕，相反則是寄予了一片希望的。由於李濟擔任中央博物院籌備處主任兼史語所考古組主任職，身心俱疲，研究工作大受影響。自云南昆明時代起，李就把主要精力放到研究殷墟出土的陶片上，且有過多次實驗並小有斬獲。而吳金鼎正是研究陶片的專家，對城子崖與殷墟出土物非常熟悉，此去史語所考古組，正好接替李濟難以顧及的一攤兒，把研究工作繼續做下去。至於彭山發掘的器物，已有中央博物院的曾昭燏、趙青芳等青年才俊予以整理。而繼彭山漢墓之後發掘的震動中外的中國首座帝王陵墓——成都琴台永陵之器物，則大部分留在了四川省博物館，運到李莊的只是一小部分［南按：1943年春，中央研究院歷史語言研究所吳金鼎、王文林，與中央博物院籌備處王天木（振鐸）以及中國營造學社的莫宗江、盧繩等專家學者，與四川博物館馮漢驥等人合作，對成都市內傳說的“撫琴台”進行了第二期考古發掘，至9月方告結束。發掘出土的王建石像、諡寶、玉大帶、玉冊等稀世文物證明，“撫琴台”正是令歷代古物學家與考古學家苦苦追尋而不得的五代前蜀皇帝王建的永陵］。如此安排，吳金鼎雖以史語所人員的名義工作，但可兼顧兩邊，共同作為課題研究。可惜事情沒有李濟想的那麼簡單。
夏鼐接受召喚，匆匆結束了休假生活，自溫州老家返回李莊，協助李濟為即將開幕的中央博物院籌備處首次在重慶公開展覽會撰寫的《遠古石器淺說》初稿做進一步的加工潤色工作。其間，夏鼐“毫不客氣地對原稿提出了近四十處大小修改意見。李濟在該稿付印前曾參考夏的意見，並接受了其中多處意見對原稿作了修改。由此也可以看出他們師生之間的學術情誼是不一般的”。從李濟之子李光謨這段記述中可以看出，除了夏與李不一般的師生情誼外，亦可見夏“該出手時就出手”的老練、成熟、雷厲風行的工作作風和高超的處事能力。正是這種別人難以企及的特點，才得到了李濟與傅斯年的共同賞識。而夏鼐本人也在1948年那個風雨飄搖的年代裡，當傅斯年赴美治病時，以年輕的身軀挑起了代理史語所所長的重擔。
1942年10月，夏鼐受傅斯年之聘由中央博物院轉入史語所考古組工作，職銜為副研究員。 1944年2月，夏鼐代表中央研究院史語所參加了與中央博物院籌備處、北大文科研究所等單位合組的西北科學考察團離開李莊，對河西走廊和敦煌附近進行將近兩年的科學考察。吳金鼎因其間代表中央博物院籌備處主持發掘成都琴台永陵王建墓，一直延續到1944年年初才正式由中央博物院籌備處轉入史語所考古組工作。非常不幸的是，由於傅斯年對其輕視，加之各方面複雜的人際關係，吳沒能像他的學弟夏鼐一樣被冠以副研究員的職位，只弄了一個“技正”的帽子戴在頭上，而在科研機構，研究人員屬於正牌，“技正”卻是技術人員與管理人員同類，幾近於最為低級的勤雜人員。 1942年10月21日，傅斯年在向中央研究院提交的《工作報告》中就明確註明“本所設所長一人，研究員、副研究員各若干人，研究員及副研究員分專任與兼任。另設通信研究員若干人……此外，並設助理研究員及助理員各若干人，其不屬於研究人員者，則有技正、技士、技佐、管理員、事務員及書記。”
當時整個史語所屬於正式的研究人員總數達30人，除陳寅恪屬於兼任外，其他29人全為專任。而堂堂的留英博士吳金鼎卻不在此列，只能與戴著非研究人員所有的一頂號曰“技正”的白皮小帽，混跡於二、三流的勤雜人員行列。在一貫重視儒家所謂“勞心者治人，勞力者治於人”的傳統中國知識分子看來，這個“技正”的頭銜，無論怎樣掩飾和打扮，內在的含金量與外部的光芒，都無法與研究員這一“頂戴”相提並論。
事實上，就當時的薪水論，史語所的研究員月薪500元。而“技正”是技術人員中最高的職銜，月薪只有400元，這就是說，吳金鼎的晉升之路已被堵死，一輩子不可能拿到與研究員同樣的薪水了。於是，吳把這一待遇自然地看做傅斯年故意對自己的污辱與輕慢，從而對傅大為不滿並滋生了怨恨之情。山東人固有的倔犟、偏執性格與心中的鬱悶，使吳金鼎漸漸產生了拋下自己的研究事業，離開這塊令人不快的是非之地，索性一走了之的念頭。當時吳金鼎正整理編寫成都琴台永陵發掘報告，經過反复思考，借政府決定招收知識青年入伍抗日的契機，終於作出了令傅斯年、李濟以及所有相識者都始料不及的抉擇，並不顧眾人一再勸說挽留，懷著“此處不留爺，自有留爺處”的悲憤心情，於這年年底背著正在編寫的半部成都琴台永陵王建墓發掘報告草稿，在黎明的蒼茫夜色中，頂著漫天風雪孤獨而淒涼地踏上了前途未卜的旅程。
1945年年初，按照蔣介石指令，號稱由10萬知識分子組成的青年軍，在短暫集中後編成9個師，以原緬甸遠征軍總司令羅卓英擔任訓練總監，蔣經國為軍政治部主任，負責行政上的實際領導職責。青年軍的組建，為蔣經國步入軍隊高層系統並執掌軍權打開了一條寬敞的通道。
按照國防委員會頒布的命令，徵召的青年軍各師、團分別在四川、陝西、貴州、雲南、江西、福建等6個不同地區整訓。自1945年1月1日起，四川省從軍的知識青年陸續集中，分批乘專車赴瀘縣軍營整編。直到8月初，同濟大學參軍的300多人，才開赴瀘縣203師受訓。此時，中國軍隊的人格教育和兵制教育，依舊沿襲清末新軍的老套路，即靠湘勇起家的曾國藩外加“軍閥王國的始祖”、日本山縣有朋的訓導模式。而這個時候的中國文人教育，特別是高等教育，繼五四運動之後已發生了巨大變革，民主、自由等思想已融入青年學生的血液之中，並成為學子們為之追求的理想和人生行動的目標。兩種截然不同的思想文化和教育方式，在舊式軍人與新生代學生軍之間產生了劇烈碰撞與對立，這種隔膜與對立，就不可避免地為從軍學生的個人悲劇埋下了伏筆。
早在1940年，一些滿懷愛國熱情投筆從戎的青年學生，加入了國民黨在重慶綦江舉辦的戰時干部訓練團。其間，有學生兵開始公開傳閱有共產傾向的另類書籍，鼓吹聯合抗日，並與一些舊式軍官在思想和行為方式上發生了衝突。面對這一情形，黃埔一期生、時任戰幹團教育長的桂永清大為震怒，強行下令逮捕了上百名“造反”與“滋事”的學生兵，除了拉到郊外槍殺外，對幾名帶頭滋事的所謂頭頭，分別挖坑活埋，這一殘酷的殺戮釀成了震驚全國的“綦江慘案”。雖然在全國民眾一片憤怒聲討中，桂永清遭到了革職處分，但不久即轉赴德國出任武官。再之後，又相繼獲得了國民黨海軍總司令、陸海空三軍總參謀長、一級上將等高職顯爵。
1944年夏秋徵召的所謂10萬青年軍，同樣免不了這一悲慘的厄運。同濟出身的學生兵有一位名黃克魯者，在瀘州整訓期間，親眼目睹了通訊營營長貪污腐敗的行徑，大感不平，以傅斯年經常掛在嘴邊的名言“讀聖賢書，所學何事”，以及范仲淹老先生“先天下之憂而憂”的士大夫姿態出面製止，竟被對方當場扇了兩個耳光，然後命人一頓拳腳打翻在地，拖進一間黑屋子關了禁閉。另一位同濟出身的學生兵名藍文正，在集訓時不服從長官的口令，並以“位卑未敢忘憂國”之類的豪言壯語予以頂撞。長官怒不可遏，當場下令將其拉出訓練場，就地槍決了事。同濟醫學院出身的學生兵許耀祖，因受不了法西斯式的軍事專制和特務統治，幾次逃跑未果，在一次次響亮的耳光與槍托敲打的哀號聲中，最終導致精神失常，整日叫喊不止。有一天，許祖耀大腦突然清醒過來，回想往事使他備感苦痛，於是悄悄來到訓練場，撿起一支步槍，口含槍筒，手扣扳機，飲彈自盡。至於那位在徵召運動中名噪一時的“海龜”楊寶琳，因有西洋博士與名校教授的雙簧重量級頭銜，被長官破例任命為青年軍203師工兵二連少校指導員。楊在軍中雖感大不適應，身心俱受折磨，但總算熬了下來，既未遭到被拖出操場就地正法的厄運，亦未導致精神失常的惡果。後來，楊寶琳隨軍渡海去了台灣，任職於裝甲兵戰車工廠，在同是留德的學長蔣緯國將軍麾下效勞。未久，楊突然宣布自己看破紅塵，生死兩忘，遁跡空門，自冠法號“釋自渡”，以他的專業強項——工程力學原理闡釋佛理法道。 20世紀80年代，著名的釋自渡法師怀揣著當年壯志未酬的理想與抗日興國的陳年大夢，在一片“阿彌陀佛”梵語聖歌聲中於巴西圓寂。據說，原楊寶琳教授，後釋自渡法師歸天之時，沒有像他的前輩弘一法師李叔同那樣留下“一事無成身漸老，一錢不值何銷說”的詩名，或“悲欣交集”的四字真經，而是道出了一段對自己人生歷程經年思索的佛理：“心無掛礙。無掛礙，故無有恐怖。遠離顛倒夢想，究竟涅槃。”
比之藍文正、許耀祖以及楊寶琳等同濟大學的學生與教授，吳金鼎可謂幸運至極。他從軍之後，憑著在倫敦大學苦心修煉的嫻熟英語和外人很難弄懂的“技正”的頭銜，很快被分配到四川新津盟軍設立的第二招待所，當了一名招待主任，專門負責為美國在華空軍提供翻譯、娛樂、導遊、兌換外幣等吃喝拉撒事宜，有時還可免費陪著美國大兵吃幾塊無論是李莊的林徽因還是成都的陳寅恪之類病中學者，都難得一見的帶有香辣味的燒烤肉，喝幾杯泡沫四濺、酣水奔流的上等啤酒，日子看上去頗為瀟灑自在。只是吳金鼎總覺得心緒難平，且感到“手忙腳亂，體力日衰”，每當陪美國大兵喝得酒醉時，便搖晃著五短身材獨自回到宿舍，從枕頭下抽出那半部既未考證，也沒來得及配圖的《成都前蜀王建墓發掘報告》，抱在懷裡，痛哭流涕，悲慟不已。
戰爭的腳步依然向前猛進，只是日本人越來越感覺舉步維艱，中華民族的地平線再度亮出了希望的曙光。誠如傅斯年預料的那樣，日軍為完成“一號作戰計劃”，在長達半年的連續作戰中損耗巨大，國際戰場形勢變化迅速，日軍在太平洋戰場連連失利，帝國海軍受到重創。護衛日本本土的外圍島鏈基地，被美國譽為“漂浮的陸地”之航空母艦陸海空力量“五馬分屍”，日本四島危機突顯，不得不倉皇調整戰略，把主要精力用於局勢更加緊迫的太平洋戰場，以對付美軍對本土要害的致命打擊。佔領中國西南地區獨山的日軍，遂成為一支流浪於異域的孤軍，不得不放棄獨山，撤出黔東南，固守中國東南沿海和南洋，勉力支撐岌岌可危的海上戰局。正如日本戰史在總結“一號作戰計劃”最終失敗所發的慨嘆：“決心之下，雖移山填海之難，亦有成功之日。惜我軍已成強弩之末，終致功敗垂成。”中國抗日戰爭勝利的信息接踵而至，號稱10萬之眾的青年軍在一片混亂和嘯叫聲中，以虎頭蛇尾的形態宣布解散，在抗日戰爭歷史上沒有留下任何值得一提的戰績。而蔣經國卻藉此機會一躍殺入國民黨軍隊的高級領導層，為日後榮登“大位”奠定了堅實的基礎。隨著青年軍的解體，大批有志愛國青年，避免了到剿共戰場上充當炮灰的厄運，幸運地躲過了一劫。有道是，天機可測，命運不可測，既然茫茫史河中風雲激盪、天崩地裂的大時代已經來臨，內戰不可避免，總會有人要為此埋單，或以鮮血，或以生命。正如魯迅所說的大時代之“所謂大，並不一定指可以由此得生，而也可以由此得死……不是死，就是生，這才是大時代”。當10萬青年軍於1946年作鳥獸散後，國民政府在原軍事框架的基礎上，著手徵召第二期青年軍，把原9個師的兵力縮編為7個正規師。這些新徵召的學生兵經過短期訓練，隨著天空翻騰的烏雲最終交織成鋪天蓋地的內戰風雨，隸屬於國民政府的青年軍立即被投入山崩海嘯、人頭亂滾的戰場，與中共軍隊在城市鄉村、荒野草莽中展開了一場又一場血與火的爭奪戰。 ——最終的結果是：青年軍有6個整編師相繼被共產黨軍隊殲滅，數千人陣亡，數万人被俘。當年林徽因那一首《刺耳的悲歌》，不幸竟成為青年軍孤魂怨鬼的一曲輓歌。