就在全國展開“拔白旗”，批判“厚古薄今”運動中，時任中山大學歷史系教授的陳寅恪與吳宓一樣，遭到無情加無理的批判，陳氏遂向學校提出不再教課，以免毒害更多的師生。身處西南一隅之地的吳宓聞訊，對老友陳寅恪的處境十分關切和掛念，遂產生利用暑假赴廣州探望陳氏夫婦的想法。因全國各高校政治運動如火如荼地進行，吳宓不得脫身，這個願望直到兩年之後才得以實現。
1961年7月30日下午，吳宓作長函致陳寅恪，“述一年來宓之情況。告即來粵晉謁，請通知此行應注意之事項”云云。 8月4日，陳寅恪收到吳宓航空信函並作瞭如下回复：
雨僧兄左右：七月卅日來書，頃收到，敬悉。因爭取時間速復此函，諸事條例如下：一、到廣州火車若在日間，可在火車站（東站即廣九站）僱郊區三輪車，直達河南康樂中山大學，可入校門到大鐘樓前東南區一號弟家門口下車。車費大約不超過二元（一元六角以上）。若達（搭）公共汽車，則須在海珠廣場換車，火車站只有七路車，還須換十四路車來中山大學。故搭公路車十分不方便。外來旅客頗難搭也。若搭三輪車，也要排隊，必須排在郊區一行，則較優先搭到。故由武漢搭火車時，應擇日間到達廣州者為便。嶺南大學已改稱中山大學。
二、弟家因人多，難覓下榻處，擬代兄別尋一處。兄帶米票每日七兩，似可供兩餐用，早晨弟當別購雞蛋奉贈，或無問題。冼玉清教授已往遊峨嵋矣。
三、弟及內子近來身體皆多病，照顧亦虛有其名，營養不足，俟面談。
四、若火車在夜間十一點到廣州，則極不便。旅店由組織分配，極苦。又中大校門在下午六點以後，客人通常不能入校門。現在廣州是雨季，請注意。夜間頗涼。敬請行安六一年八月四號下午五點半弟寅恪敬啟吳宓接信，於8月18日復函，告知陳寅恪自己先乘船沿長江下行，抵武漢大學訪友，然後起程赴粵，約於8月26日到廣州，糧票所帶甚多，每日可有一斤，無須另備早餐等。 8月23日清晨，吳宓由重慶碼頭登船赴武漢大學訪問舊友。到武大後，因故舊較多，來訪者絡繹不絕，直到8月29日始由武漢乘火車向廣州駛去。
按原定計劃，吳宓所乘火車到達廣州的時間為白天，但一入廣東境，因洪水氾濫，鐵路多處遭塌阻或淹沒，火車時走時停，直到30日夜晚11點30分才抵車站。時陳家已派出小彭、小彭夫婿林啟漢與陳美延三人前往車站迎候。吳宓出站，“乘中山大學之汽車，過海珠橋，行久久（似甚遠），方到中山大學。即入校，直抵東南區一號（洋樓）樓上陳宅。寅恪兄猶坐待宓來（此時已過夜半12時矣）相見”。只見陳寅恪“雙目全不能見物，在室內摸索，以杖緩步；出外由小彭攙扶而行。面容如昔，發白甚少，惟前頂禿，眉目成八字形，目盲，故目細而更覺兩端向外下垂（八）”。
老友相見，自是一番感慨。儘管陳寅恪目盲病弱，但因吳宓的到來顯得精神興奮，憋在心中的話也如開閘的洪水傾瀉而出。吳宓在日記中敬重地記下了這次相見的場面與陳氏思想志向，謂：“黨國初不知有寅恪，且疑其已居港，而李一平君有接洽龍雲投依人民政府以是和平收取雲南之功，政府詢其所欲得酬，李一平答以二事：（甲）請移吳梅（瞿安）師之柩，歸葬蘇州——立即照辦；（乙）請迎著名學者陳寅恪先生居廬山自由研究、講學——政府亦允行，派李一平來迎。寅恪兄說明寧居中山大學較康樂便適（生活、圖書），政府於是特致尊禮，毫不繫於蘇聯學者之請問也！（宓按：劉文典之為政府禮重，亦必由於李一平之力；典1956對宓所言由於蘇聯學者之曾讀典所著書而追詢及典，乃有政府擬派其赴蘇聯講學之意云雲，恐非事實。又按王德錫之得入科學院文學研究所，似亦出於李一平之推薦）。”
吳宓記述中所說的李一平，雲南大姚人，20年代初肄業於東南大學，是吳梅的得意門生。青年時代曾領導參與南京“五卅運動”，結識陳銘樞、廖仲愷等人，並參加過北伐。後與林森、陳誠、李四光等人交往甚密，無黨派人士。解放戰爭後期，曾策動雲南滇軍倒戈，為中共政權控制西南建過功勳。新中國成立後，任國務院參事室參事，中國佛教協會常務理事等職。因吳梅早年曾拜陳三立為師研習詩詞，李一平繼之與陳氏家族建立了密切關係。從上述事例中可以見出李一平其人高風亮節與對師友的敬重和情意。
吳氏提到的蘇聯學者請問一事，是流傳於學術界的一則逸聞，說的是1949年年底，毛澤東訪問蘇聯，與一代霸主斯大林會晤時，對方突然問起陳寅恪的行踪，毛澤東感到意外，詢問詳情，才知斯大林在寫《中國革命問題》時，曾引用了陳寅恪著作中的很多材料。毛澤東不知陳寅恪是何方人士，當然更不知其踪，但既然世界頭號“大鱷”斯大林如此重視，說明此事非同小可，遂立即表示回國查詢後再呈報。當夜，一份特急密電發往北京，相關人員迅速行動，這才知道陳寅恪沒有去香港，而是流落到了廣州的嶺南大學。自此之後，陳寅恪的身影進入了中共最高當局的視野，後來發生的一切政治、生活優待，都與斯大林這個詢問有關。這個傳聞不知何時何日，又弄到了劉文典身上。不知是別人附會，還是劉氏為了唬住當時沒什麼政治地位的吳宓而故意自吹自擂，但劉文典於50年代確曾被推選為全國政協第一、二屆委員。這一切，隨著陳寅恪自身經歷的釋解，劉文典得之於蘇聯高層重視之說也就不攻自破了。
吳宓這天的日記還有如下記載：“此後政府雖再三敦請，寅恪兄決計不離中山大學而入京：以義命自持，堅臥不動，不見來訪之賓客，尤堅決不見任何外國人士（港報中仍時有關於寅恪之記載），不談政治，不評時事政策，不臧否人物——然寅恪兄之思想及主張，毫未改變，即仍遵守昔年'中學為體，西學為用'之說（中國文化本位論），而認為共產黨已遭遇甚大之困難，彼之錯誤，在不效唐高祖事突厥，藉以援以成事建國，而唐太宗竟滅突厥，即是中國應走'第三條路線'，與印度、印度尼西亞、埃及等國同列，取雙方之援助，以為吾利，舉足為左右之重輕，獨立自主，自保其民族之道德、精神、文化，而不應'一邊倒'，為C。C。C。P。之附庸。……但在我輩個人如寅恪者，則仍確信中國孔子儒道之正大，有裨於全世界，而佛教亦純正。我輩本此信仰，故雖危行言殆，但屹立不動，決不從時俗為轉移；彼民主黨派及趨時之先進人士，其逢迎貪鄙之情態，殊可鄙也云云。”
陳寅恪說的共產黨遭遇甚大困難，除了政治上在國際上陷入孤立，更大的困難是全國陷入空前的飢荒，人民衣食無著，因飢餓而死人的事時有發生，國家經濟到了崩潰邊緣。而導致這個惡果的一個重要原因，則是當局沒有效法唐初李淵建國時稱臣突厥的做法，保持獨立的文化道德精神。相反的，正是唐初保持了獨立的文化道德與精神，才於十年後的唐太宗時代一舉滅掉了突厥，成為亞洲第一霸主，創造了稱雄於世的皇皇偉業。反之當世中國政府，其政策是全面倒向蘇聯（C。C。C。P。），搬用蘇聯模式，值得懷疑。正是出於這樣一種思想和考慮，才有了陳寅恪“屹立不動，決不從時俗為轉移”的獨立之精神。至於對趨炎附勢的民主黨派，陳寅恪當年就對其主要成員如聞一多、羅隆基，外加一個學生輩人物、且對陳氏恭奉有加的吳晗等輩不屑一顧，至於對章伯鈞等看風使舵，拍馬溜鬚，隨時找機會拖著第三黨“歸宗”等輩更是不放在眼裡。早在1953年7月26日，陳寅恪在答朱師轍詩《癸已六月十六夜月食時廣州苦熱再次前韻》中，曾寫下了這樣的詩句：
墨儒名法道陰陽，閉口休談作啞羊。
屯戌尚聞連浿水，文章唯是頌陶唐。
海天明月傷圓缺，嶺樹重樓困火湯。
一瞬百年強半過，不知何處覓家鄉。
陳詩中的墨儒名法道陰陽“六家”，無疑是暗喻中共之外的八個民主黨派（國民黨、民主同盟、民主建國會、民主促進會、農工民主黨、致公黨、九三學社、台灣民主自治同盟）。啞羊，本是佛教語言，指不知解者。 《大智度論》卷三：“云何名啞羊僧？雖不破戒，鈍根無慧，不別好醜，不知輕重，不知有罪無罪，若有僧事，二人共諍，不能斷決，默然無言，譬如白羊，乃至人殺，不能作聲，是名啞羊僧。”詩中首聯意指中國文化中無論哪門哪派，都在“思想改造運動”中變成了“啞羊”。陳寅恪對此鄙視有加，且耿耿於懷。 1955年，時任中國科學院廣州分院院長的杜國庠請陳寅恪出任全國政協委員，陳氏當場回絕並說道：“我眼睛看不見，耳朵還是能聽得清的，那些個政協委員說的東西，盡是歌功頌德，不講真話，沒有什麼意思，我聽著聽著就氣得把收音機關掉。另外，我自己身體不好，患高血壓，怕冷，不適應北京的寒冷。請你轉告周先生，我還是不擔任政協委員。”陳氏此言，顯然是不樂意與彼輩同流合污的義憤之舉。
陳詩頷聯的前半句似指此時朝鮮戰爭雖處於僵持狀態，但仍未結束。 “沈水”，即朝鮮平壤北的清川江。就在這首詩寫畢的第二天，即7月27日，朝鮮停戰協議正式簽訂，這首詩算是為朝鮮戰爭作了一個小小的註腳。其後的“文章唯是頌陶唐”句，諷喻當時輿論充斥著對當局和毛澤東的頌揚。陶唐，中華民族上古部族時代的古帝名，即唐堯，與舜並稱上古聖明的帝王。 《孔子家語·五帝德》：“宰我曰：'請問帝堯。'孔子曰：'高辛氏之子，曰陶唐，其仁如天，其智如神，就之如日，望之如雲。'”當時有些身患“軟骨症”的知識分子吟詩作賦，把毛澤東與古代的帝王堯舜相提並論，宣傳部門更是藉此大做文章，加以鼓吹，形成了一個“聖人出，黃河清”的輿論大潮。在這股洶湧澎湃的大潮中，終於導致三門峽大壩的出籠，以及該壩建成後至今難以解決的歷史性悲劇的產生。對於當時知識界與宣傳機構聯手打造的“堯舜讚歌”，時在中山大學中文系任教的容庚（南按：抗戰勝利後被傅斯年拒入北大之門的那位），對整日昏天黑地學習毛著，並且還要評選積極分子以作為一種政治榮銜等做法大為不滿，容氏在中文系小組發言中慷慨陳詞，質問負責人：“'言必稱堯舜'，現在大家擁護毛主席跟封建時代擁護堯舜有什麼不同？”此話後來成了容氏反黨反社會主義的“鐵證”，被打入另冊。儘管陳寅恪與容氏關係不洽，陳氏退出中文係與二人關係不睦有直接關係，但在這一點上卻是息息相通的。時在重慶的吳宓有“共頌河清未許悲”的詩句，傾訴了與陳寅恪甚至是容庚等知識分子一樣的心理鬱悶。而就在這首詩寫畢四個月後，馬列主義學者汪籛來到了中山大學勸其北返。陳寅恪與其談話中除了對郭沫若等輩表示不滿，盛怒中還捎帶著大罵了一通民主黨派的朋友，稱他們是“自投羅網”、“無氣節”、“可恥”等。無論是詩文還是談話，皆見出鬱結在陳寅恪心中的憂憤之情，而如今一對離別幾十年的衰弱老友重逢嶺南，陳寅恪傾吐的慾望與心中迸發的激情當是比以往更澎湃勇猛的。
吳宓在陳宅一直談到約深夜十二點半，方由小彭送往中山大學招待所休息。第二天上午，吳再到陳宅與陳寅恪敘談，陳氏“專述二十年來身居此校'威武不能屈'之事實，故能始終不入民主黨派，不參加政治學習，不談馬列主義，不經過思想改造，不作'頌聖'詩，不作白話文，不寫簡體字，而能自由研究，隨意研究，縱有攻詆之者，莫能撼動；然寅恪兄自處與發言亦極審慎，即不談政治，不論時事，不臧否人物，不接見任何外國客人，尤以病盲，得免與一切周旋，安居自守，樂其所樂，不降志，不辱身，斯誠為人所難及；彼台灣、香港之報紙時有記載寅恪兄之近況及著作者，此類記載乃使人民政府及共產黨更加意尊禮寅恪兄，以反證彼方報紙傳聞之失實而表示我方之確能尊禮學者云爾。其間宓亦插思想改造、教學改革經歷之困苦及危機，附述若干友好之生死存亡情事”。
當天上午，陳寅恪送吳宓《論再生緣》自費油印稿一冊，同時贈《辛丑七月雨僧老友自重慶來廣州承詢近況賦此答之》一首：
五羊重見九迴腸，雖住羅浮別有鄉。
留命任教加白眼，著書唯剩頌紅裝。近八年來草《論再生緣》及《錢柳因緣釋證》等文凡數十萬言。
鍾君點鬼行將及，湯子拋人轉更忙。
為口東坡還自笑，老來事業未荒唐。
《論再生緣》，是陳寅恪先前完成的一部書稿，緣起於清華國學研究院時代的學生、時任上海復旦大學教授蔣天樞，於1953年給陳氏寄來一部長篇彈詞。此書乃清乾隆年間浙江錢塘才女陳端生所著之長篇彈詞小說，所敘內容為元成宗時尚書之女孟麗君與都督之子皇甫少華的悲歡離合的故事，其中青年女子孟麗君喬扮男裝，一波三折中狀元做宰相，最後在各種陰謀與陽謀的合力夾擊下左沖右突，但總是難以突出男性社會的桎梏與圈套。但陳端生只寫到十七卷，未完成全稿即殞命，後由另一才女梁楚生與其夫許宗彥續作三卷終結，故後世流傳的本子共二十卷。此類彈詞小說，因文字通俗，一向不登大雅之堂，文人學者對此類獨彈詞七字唱之體頗為鄙視。這一好惡在陳寅恪青少年時期同樣有所體現，陳氏說：“寅恪少喜讀小說，雖至鄙陋者亦取寓目。獨彈詞七字唱之體則略知其內容大意後，輒棄去不復觀覽，蓋厭惡其繁複冗長也。”但自“中歲以後，研治元白長慶體詩，窮其流變，廣涉唐五代俗講之文，於彈詞七字唱之體，益復有所心會”。以至到了衰年病目之日，“偶至再生緣一書，深有感於其作者之身世，遂稍稍考證其本末，草成此文。承平豢養，無所用心，忖文章之得失，興窈窕之哀思，聊作無益之事，以遣有涯之生雲而”。此為陳寅恪接觸和決心考證的心曲。
自1953年9月，病弱目盲的陳寅恪在授課之餘，正式開始《論再生緣》的研究與創作。其過程是先由中山大學派來的助手黃萱誦讀，陳氏逐句逐段琢磨思考，每需查找資料，便由黃萱連同陳寅恪的弟子們相助，而後在辨別材料真偽的基礎上構思成文，口述於黃萱。對於這段經歷，黃萱回憶說：“他的文章取材廣闊，每篇都是經過一絲不苟地考慮、慎密精心地結構才口授給我筆錄的。雖然這樣敬重其事，還要屢經修改、補充。他常把自己的著作稱為'稿'，如《元白詩箋證稿》及《錢柳因緣詩釋證稿》（後改為《柳如是別傳》）等，即是其例。他說，這都是未定稿，準備有新材料、新見解，便隨時修改增補。”如此循序漸進，一部六萬多字的書稿於半年的時間撰寫完成。
陳寅恪《論再生緣》，內容主要涉及以下三點：一、考證著者陳端生及續者梁楚生兩位才女的身世、家庭背景、環境及作（續）的年代地點；二、論述的內容思想和藝術價值；三、陳氏本人對的感想。當然，陳寅恪對之論，決不是專作考證家的文章，為考證而考證。他在考證的同時，貫穿著自己的思想和情感，是現代學者對歷史往事的追述，更是對當世環境和民族文化興廢的感痛與哀嘆。對於的價值，陳氏作了這樣的評價：“年來讀史，於知人論事之旨稍有所得，遂取再生緣之書，與陳端生個人身世之可考見者相參會，鉤索乾隆朝史事之沉隱，玩味再生緣文詞之優美，然後恍然知再生緣實彈詞體中空前之作，而陳端生亦當日無數女性中思想最超越之人也。”
所謂“思想最超越”，即陳端生對世俗命運的抗爭，特別是一個弱女子以自尊和強悍的作風，窮盡心力擺脫男權社會強加於自己身上的桎梏，追求人性自由和獨立精神。然“端生此等自由及自尊即獨立之思想，在當日及其後百餘年間，俱足驚世駭俗，自為一般人所非議”。這些非議中夾雜了聲嘶力竭的指斥與詛罵：如“習成驕傲凌夫子，目無姑舅亂胡行”、“竟將那，劬勞天性一時捐。閱當金殿辭朝際，辱父欺君太覺偏”等。對著中人物不見容時代的悲愴命運，陳寅恪以傷感的語調發出了哀惋的慨嘆：“噫！中國當日智識界之女性，大別之，可分為三類。第一類為專職中饋酒食之家主婆。第二類為忙於往來酬酢之交際花。至於第三類，則為端生心中之孟麗君，即其本身之寫照，亦即杜少陵所謂'世人皆欲殺'者。前此二類滔滔皆是，而第三類恐止端生一人或極少數人而已。抱如是之理想，生若彼之時代，其遭逢困厄，聲名湮沒，又何足異哉！又何足異哉！”
此處明白地指出，自由及自尊之思想，不能為世所容。中的主角孟麗君就是作者陳端生本人的寫照。而陳端生的遭際又何嘗不是追求“獨立之精神，自由之思想”的陳寅恪自身的投影？字裡行間顯示著陳寅恪為時代和時人所不容的內心苦痛。撫今追昔，不免悵然，陳寅恪發出瞭如下警世感慨之語：
六朝及天水一代思想最為自由，故文章亦臻上乘，其駢儷之文遂亦無敵於數千年之間矣。 ……再生緣一書，在彈詞體中，所以獨勝者，實由於端生之自由活潑思想，能運用其對偶韻律之詞語，有以致之也。故無自由之思想，則無優美之文學，舉此一例，可概其餘。此易見之真理，世人竟不知之，可謂愚不可及矣。
陳氏強調自由思想的重要乃普世真理，有自由之思想，才能有優美的文學和真正的學術，而世人竟不知，或竟完全拋棄，自是愚不可及。陳寅恪道出這個已被歷史檢驗的事實，顯然有借古諷今的意味，以先賢的才智和創造的燦爛文化成果，諷喻今人的無知和陳氏本人所處的社會政治環境。表面上考證一部古代彈詞，實在是陳寅恪向世人泣訴自己的遭遇。而更令陳氏感慨萬端的是，隨著歷史的演進，世道人心已隨社會環境發生了重大顛覆性變化，民族文化中優秀的懿德敦敏傳統已不復存在。當書中講到端生的妹妹長生不忘懷端生一段時，陳氏更是悲從中來，謂：“觀其於織素圖感傷眷戀，不忘懷端生者如此，可謂非以勢利居心，言行相符者矣。嗚呼！常人在憂患顛沛之中，往往四海無依，六親不認，而繪影閣主人於茫茫天壤之間，得此一妹，亦可稍慰歟？”陳端生本身既無犯罪受過，雖在憂患之中，六親何至不認？這分明是陳寅恪為自己的遭遇傷懷感嘆，心中迸發出的憤懣不平之音。
“文章我自甘淪落，不覓封侯但覓詩。”這是陳寅恪對全篇的總結，也是他晚年心境和志趣、風骨的映射。
1954年2月末，《論再生緣》幾經修改終於定稿，中國文化史上又一座里程碑式的篇章就此奠定。過去的歲月，無論是在清華園還是顛沛流離於西南之地，陳寅恪每完成一部著作，都請自己的夫人題寫封面。 《論再生緣》完成了，封面依然由唐篔題寫。只是在當時的政治環境中，這部閃耀著“獨立之精神，自由之思想”靈光的稀世珍品，當局不予正式出版，陳寅恪只能自己出資請人用蠟版刻印若干冊，分送友人，以示志念。 ——這便是吳宓在日記中記載陳寅恪所贈《論再生緣》的背景。
就在陳寅恪《論再生緣》自費油印後不久，前往探訪的著名民主人士章士釗把一份陳氏贈送的油印稿帶到了香港，後輾轉由香港友聯出版社出版，一時間海外震動，議論紛紜，謂陳寅恪大師在大陸不但生活艱難，心情悲戚，所述著作都不能出版，只好自費油印小冊子分發友朋，此乃實為中共對知識分子迫害的鐵證等。海外的議論與政治和道義上的強烈譴責，立即引起北京高層的關注，有關方面與郭沫若、周揚、齊燕銘等負責宣傳文化界的大佬交換意見，決定在內地出版陳著和郭氏親自校訂的十七卷本，以回應海外學術界與媒體對陳寅恪艱難處境和著述不能出版的同情、議論與譴責之風浪。 ——這便是吳宓日記所言“彼台灣、香港之報紙時有記載寅恪兄之近況及著作者，此類記載乃使人民政府及共產黨更加尊禮寅恪兄”。而這個“尊禮”當然不是出於對一位學術大師真情的尊敬與重視，而是作為政治集團之間相互博弈的一個砝碼，進行鬥爭的權宜之計，以這個舉動來“反證彼方報紙傳聞之失實而表示我方之確能尊禮學者”。 ——歷史的詭譎荒謬就在此處，陳寅恪無意中成為中外政治集團博弈的一枚棋子，一旦這個集團不再需要這枚棋子的時候，必然拋之於桌下或垃圾筒桶。事實上，不但《論再生緣》最終未能出版，陳寅恪本人的悲劇性命運也就注定了。
繼《論再生緣》之後，陳寅恪又強撐病體，開始撰寫晚年最重要的一部大作《錢柳因緣釋證稿》，也就是後來轟動海內外的皇皇大著《柳如是別傳》。
《柳如是別傳》堪稱陳寅恪學術生涯中“發覆”的“典範”之作。如陳氏所言，對於“才學智俠”俱全的柳如是這樣一位民間奇女子，其身世之所以不彰，正是因為“當時迂腐者”和“後世輕薄者”的諱飾詆誣與虛妄揣測，導致人事全非，聲名湮沒。因此，陳寅恪發出了“明清痛史新兼舊，好事何人共討論”的感嘆，立志“推尋衰柳枯蘭意，刻畫殘山剩水情”。陳氏對著述結構和內容如此安排，除了柳如是本身有“待發之覆”的材料之多，以及陳寅恪對柳氏“情有獨鍾”，認為是可以與自己在心靈深處對話交流之人外，還有為錢、柳二人翻案的意圖。
在以往的歷史敘述中，柳如是不過是明末清初一個倚門賣笑的煙花女子，錢牧齋更是卑鄙無恥的下流人物。 1931年5月，傅斯年在錢謙益《牧齋有學集》封面上題瞭如下的幾句話：“此老行事奇醜，斯文之恥辱，人倫之敗類也。然三十載風流，數朝掌故，其書固不可刪，存之益彰其醜焉。”陳寅恪在對錢柳著述“發覆”之後，肯定了柳如是乃一位具有民族大義，有氣節、有主見的忠烈才女。而柳如是被厚誣、封殺、訛傳、扭曲的生命形態，十分類似於現代中國翻天覆地的歷史進程中，中國文化自身的命運。因而陳氏的發覆祛疑工作，透過為錢、柳二人辨誣洗冤的表象，暗含為中國文化現代歷史命運清洗煩冤、發覆祛疑的深意。只是限於當時的環境，陳寅恪不得不隱晦地表明錢氏同樣是一個“反清復明”運動的中堅人物，而把主角和表彰的光亮更多地移於柳如是身上。
從《柳如是別傳》這部傳記大作中不難看到，陳寅恪把西方學術手法運用於研究之中的同時，特別注重首倡於清初顧炎武，而為後世樸學家奉若圭臬的“實事求是”精神。凡立一言，必不拘煩瑣地進行大量考證，甚至逐字逐句地排比考辨，而後歸納分析，得出結論。因了陳氏對西方學術研究方法的掌握和運用，比之於清代的傳統樸學更高一籌，也更具創新性和突破性。此種長處從兩個方面可以明顯地看出：一是以詩證史，突破了傳統訓詁學沉溺於文字音韻的陋習；二是將具體的人與事的“發覆”，以宏觀的文化視野放在歷史長河大背景下縱橫考察對比，藉此洞悉“大歷史”下人物活動與思想情感變化的幽微，而後從不易察覺或容易被人忽略的情感與事件中，反觀在歷史進程中所起的積極或消極的作用。在錢、柳二人身上，陳寅恪面對的是“衰柳枯蘭”、“殘山剩水”，生髮出一股惜舊懷春的傷逝之情自屬當然。但這只是漂蕩於微波之上的浮萍，在浮萍掩映下，則湧動著浩瀚壯闊的急流，只有細讀陳氏全文並加以思考探究，方知作者立意深焉。
雖然，披尋錢柳之篇什於殘缺毀禁之餘，往往窺見其孤懷遺恨，有可以令人感泣不能自己者焉。夫三戶亡秦之志，九章哀郢之辭，即發自當日之士大夫，猶應珍惜引申，以表彰我民族獨立之精神，自由之思想。何況出於婉孌倚門之少女，綢繆鼓瑟之小婦，而又為當時迂腐者所深詆，後世輕薄者所厚誣之人哉！
寅恪以衰廢餘年，鉤索沉隱，延歷歲時，久未能就，觀下列諸詩，可以見暮齒著書之難有如此者。斯乃效再生緣之例，非仿花月痕之體也。
一個倚門賣笑的弱女子，在明清易鼎之際，竟比五尺男兒更看重家國、民族大義，並具有堅持獨立思考、拒絕曲學阿世的凜然正氣。正是這種將生命體驗內化於史料的“心通意會”，才使身處風雨如晦的年代裡的陳寅恪發思古之幽情，探文化之良知，求天道之轉還；才促使一位目盲病弱的老人，於暮齒之年窮竭心力，為這個被士大夫輕蔑的奇女子立傳，以彰顯我民族“獨立之精神，自由之思想”。通過這樣一個易鼎時代中的特殊人物，把明末清初那段波瀾壯闊的歷史，以百科全書式的視野展現於世人。這部“痛哭古人，留贈來者”的大書，以其豐富的史料和精密的排比、考據，“忽莊忽諧，亦文亦史”（陳寅恪語）與穿插其間的陳寅恪天才的感悟融為一體，濃縮了陳氏一生的學養和志趣，無疑是百年中國一位大學者奉獻給人類的創世紀之作。
正當陳氏於錢、柳內心世界跋涉追索，藉此抒發心誌之時，吳宓到訪並有了陳寅恪《辛丑七月雨僧老友自重慶來廣州承詢近況賦此答之》贈詩。吳宓不愧是陳氏的知己，對於這首詩的喻意，自是心領神會。詩中的“五羊重見”，自是指廣州中山大學康樂園陳、吳重逢。第二句似謂陳寅恪雖身在嶺南，而心靈的寄託實在別處。頷聯的第一句，自是指一次次政治運動，使得陳氏教學徒遭白眼、嘲諷與批判，甚至性命堪憂。而“著書唯剩頌紅妝”，是此詩情感思想最為關鍵所在，可視為該詩的詩眼。就淺顯的喻意而言，儘管此時陳寅恪教書和撰著都不合時宜，但堅守民族文化巋然不動，繼絕扶衰，為這一文化命脈的延續苦心孤詣，尋覓精研，以澤被儒林，傳香火於後契。此舉正應了明末清初一代大儒顧炎武“人間尚有遺民在，大節難隨九鼎淪”之精神風骨與文化血脈湧動不息的預言。 《柳如是別傳》通過一代奇女子柳如是的縮影，既是表彰我民族獨立之精神，自由之思想的光榮歷史，更是陳寅恪人生追求與思想信念的光輝寫照。
對於陳寅恪的贈詩與談話，9月1日，吳宓在日記中作瞭如下紀述：“堅信並力持：必須保有中華民族之獨立與自由，而後可言政治與文化。若印尼、印度、埃及之所行，不失為計之得者。反是，則他人之奴僕耳。”又“細述其對柳如是研究之大綱，柳心愛陳子龍，即其嫁牧齋，亦終始不離其民族氣節之立場，贊助光復之活動，不僅其才之高、學之博，足以壓倒時輩也。又及卞玉京、陳圓圓等與柳之關係，侯朝宗之應試，以父在，不得已而敷衍耳。總之，寅恪之研究'紅裝'之身世與著作，蓋藉此以察出當時政治（夷夏）、道德（氣節）之真實情況，蓋有深意存焉，絕非消閒、風流之行事……”
因環境和時間限制，此時的吳宓只能記述大概，對陳氏的思想情感及其詩文和寫作《柳如是別傳》更深層的用意，不可能全面深刻理解，何況當時沒有時間詳細翻閱陳氏這部大著。其中一個明顯的隱喻，吳氏似沒有意會。就在吳、陳相會的半年前，即1961年2月，毛澤東發表了他那首一夜之間傳遍大江南北的《為女民兵題照》七絕詩：“颯爽英姿五尺槍，曙光初照演兵場。中華兒女多奇志，不愛紅妝愛武裝。”
面對中華大地一片喧騰，喊殺之聲此起彼伏，刀光劍影中紅妝盡退，綠裝叢生，開創了千年未有之一大變局，雙目失明但心靈敏感的陳寅恪已經預感到了什麼。幾年之後“文革”爆發，五尺之槍的子彈不是射向美帝蘇修，而是瞄向了從各行各業、特別是文化教育界拖出來的知識分子的頭顱。那捆紮於綠色軍裝中間寬大厚重的銅頭皮帶，所抽向的目標正是陳寅恪、吳宓之類千萬教授和自由知識分子那薄薄的腦殼。面對即將到來的“摧枯拉朽”的革命風暴，陳寅恪企圖在歷史文化進程的險絕處，以“頌紅妝”的獨特方式，提示世人挽狂瀾於既倒，扶大廈之將傾。只是山河已改，大勢已去，他所有的用心和努力，只能落得個“衰淚已因家國盡，人亡學廢更如何”了。
9月3日早晨，原嶺南大學校長，時從中大普通教授晉升為中山大學副校長的陳序經，請吳宓到家中共進早餐。席間，陳氏談到在西南聯大任教時與吳宓的友誼，以及南開大學的張伯苓、張仲述兄弟、經濟學家何廉等故舊好友。在談到陳寅恪時，陳序經特別提及陳氏由北平南飛轉至上海後，給時任嶺南大學校長的陳序經發電，有南來之意。陳序經表示“竭誠歡迎”，陳寅恪一家始往廣州。又談到“解放後寅恪兄壁立千仞之態度：人民政府先後派汪籛、章士釗、陳毅等來見，勸請移京居住，寅恪不從，且痛斥周揚（週在小組談話中，自責，謂不應激怒寅恪先生雲雲），今寅恪兄在此已習慣且安定矣”。
當天晚上，吳宓往陳宅辭謝並晚餐，決定於第二日告別陳寅恪一家北返。此為吳宓與陳寅恪自哈佛同窗以來五十年中所見的最後一面。臨走，陳寅恪有《贈吳雨僧》詩：
問疾寧辭蜀道難，相逢握手淚汍瀾。
暮年一晤非容易，應作生離死別看。
因緣新舊意誰知，滄海栽桑事已遲。
幸有人間佳耦在，杜蘭香去未移時，玉谿生重過聖女祠詩原句。
圍城玉貌還家恨，桴鼓金山報國心。
孫盛陽秋存異本，遼東江左費搜尋。
弦箭文章那日休，蓬萊清淺水西流。
鉅公漫詡飛騰筆，不出卑田院裡游。
陳詩前四句自是抒發兩位老友相隔千里，道難路險，相見時難別亦難的感慨。接下來則暗含吳宓的愛情姻緣。
吳於1929年與結髮之妻陳心一離婚，此後開始了漫長而又徒勞無功的追逐心中的“聖女”毛彥文的生涯。當追毛的單相思大夢徹底告破後，於1953年在西南師院與鄒蘭芳結婚，未及生兒育女，鄒又因體弱多病而病逝。鄒的去世，給剛剛嚐到一點愛情滋味的吳宓又是一個沉重打擊。因而每到吃飯之時，再次淪為單身漢的吳宓必放置兩雙碗筷，以為去世的鄒妻留有位置，藉此表示思念之情。幾年之後，寂寞難耐又無處尋覓女性以結百年之好的吳宓，復又生出與前妻陳心一複婚的念頭，並於1959年1月29日致函陳寅恪夫婦請其參謀。函中大意說：“心一素健，而近者屢病，憂其將先宓而逝。昔讀顧亭林晚年《悼亡詩》，嘗生感而思及心一，以心一昔曾為宓鈔寫之《學衡》文稿，又寄發外人訂閱之《學衡》各期，助成宓之理想事業，亦猶如亭林夫人之'北府曾縫戰士衣，酒漿賓客各無違虛堂一夕琴先斷，華表千年鶴未歸。'云云。”
陳寅恪夫婦接信後，很快复函，對吳與髮妻复婚之事極表贊同。吳宓接信後做瞭如下記錄：“正午，接陳寅恪兄一九五九年二月十日復函。極贊宓與陳心一複合。錄去年夫人唐篔稚瑩六十生日，寅恪撰贈聯雲：'烏絲寫韻能偕老，紅豆生春共卜居。''（寅恪）自謂此聯可代表十年生活情況也'。宓按，上句敘寅恪目盲，夫人為作書記。下句指人民時代紅色政權同屈子之安命居南國也。”
陳寅恪之詩，除了敘述自己的境遇，顯然是想勾起吳宓對往昔時光的回憶，並將這份溫情投射到與陳心一破鏡重圓的美好現實中。想不到吳宓前瞻後顧，左右搖擺了兩年，與陳心一複婚之事仍無結果。因而，當他此次拜訪陳寅恪夫婦即將離別的時候，唐篔專門讓小彭把在廣州的吳宓與陳心一所生長女吳學淑召到家中，與吳見面並共餐，以讓吳宓真切感知兒女親情，重溫與髮妻陳心一共度時光的舊夢。因吳宓已明確離廣州後將重遊北京並會見時在北京定居的陳心一，唐篔除了复勸吳抓住機會與原妻和好外，還敬重其事地贈陳心一方糖一包，強行讓吳宓轉贈。同時贈詩二首，其中末首為：
送雨僧先生重遊北京北望長安本有家，雙星銀漢映秋華。
神仙眷屬須珍重，天上人間總未差。 ”
唐篔之詩，明確表達了期盼吳、陳復婚的良好祝愿。遺憾的是，吳宓北返，仍在合與分之間反复無常，終於無果而終。
9月4日晨，吳宓自中山大學招待所出發，乘車趕奔火車站，登上了開往北方的火車。陳寅恪詩中一句“暮年一晤非容易，應作生離死別看”，竟一語成讖。
9月6日晨，吳宓抵達北京。先後會見了賀麟、李賦寧、金岳霖、錢鍾書、楊絳等昔日清華同事、弟子。賀麟對吳宓任教西南師院頗為惋惜，認為是虎落平川，難有容身和發揮才學之處，日後必然遭到犬欺。同時賀告訴吳一個消息，中共掌管宣傳和文化的大員周揚“嘗公開主張，應調取宓為中央文史館研究員，命宓住居北京，專力續譯沙克雷之小說。賀麟欲陪導宓往謁周揚，宓懼禍，辭未往。惟此事而論，周揚實際上宓之真知己，亦'可人'哉！”據吳宓在《自編年譜》中所說，早年創辦《學衡》時，曾翻譯過英國小說家沙克雷的小說《鈕康氏家傳》（W。M。Thackeray “The Newcomes”），並在《學衡》連載，每期登一回。此為吳宓一生中最得意之譯作，也受到外界廣泛關注和好評，周揚當時應為關注者和好評者之一，因而幾十年後產生了想調吳宓入京繼續從事這項翻譯工作的想法。當賀麟對吳宓透露這一消息並欲拉吳順杆往上爬時，已對政治有了警覺的吳宓沒有響應，內中原因，許多年後吳宓在校訂《自編年譜》時作了這樣的解釋“若竟從之，後來周揚得罪，宓必致牽連。然謹慎不往，伏處西師，1968年以後仍受種種之懲罰與鬥爭，則何如其往耶。”
縱觀吳宓一生為人處事，憨厚有餘而精明不足，結識的敵人與仇家自不必說，往往在許多時候被不懷好意的同事、朋友，甚至弟子引入早已挖好的坑中，上當受騙，落入無妄的屈辱與災禍之中難以自拔。但這一次卻是少有的異數，吳清醒而自尊地作了拒絕，在當時看來，這個抉擇是明智的。至於日後於西師遭受的侮辱與肉體折磨，就不是吳宓的心智所能控制的了。
1961年9月13日早晨，吳宓在元配夫人陳心一住處檢視從昆明運回、存放於此處的兩箱書籍，作了妥善安排，準備離開北京。早餐時，吳宓面對陳心一賢慧的性格和殷勤伺候，想起陳寅恪夫婦、特別是唐篔再三讓自己與陳氏复婚的殷切叮囑，有些動情，但仍心神不定，無法下定決心剖白心事。聯想到自己年已六十七歲高齡，陳心一也衰老了，此次分別，未必再能相見。想到此處，“忽覺悲從中來，幾於食不下嚥”。餐畢，吳宓在陳心一和友人陪同下於北京火車站登上了西去的列車，吳、陳這對恩怨夫妻就此永訣。
吳宓此次西行，除應陝西師範大學之邀前往講學，還在妹妹吳須曼陪同下由西安返回家鄉涇陽安吳堡探親訪友，此為吳宓離開安吳堡五十一年後首次返回故土，自是感慨良多。吳在安吳堡住一宿，於9月17日返西安，旋回重慶西南師院。此次重返，等待他的自然不是鮮花美酒，而是陷阱和地獄。
吳宓先是被內部監控使用，繼之作為“資產階級教育思想腐蝕青年”的典型受到一次次批判。到了1964年，吳宓原擬在暑假、十月上半、十二月下半請假再度南下，探望他一直掛念於心的陳寅恪夫婦，並打算在中山大學“住半年，為寅恪兄編述一生之行誼、感情及著作，寫訂年譜、詩集等”。但三次出訪計劃和努力均告落空。隨著最後一次南渡化為泡影，吳宓悲劇命運的高潮大幕隨之開啟。 1965年初，“四清”運動全面展開，吳宓被革出教師隊伍，不准再授課，屬他所做的是接受師生批判與校內組織的勞動改造。
1966年，“文革”風潮突起，吳宓被打成“牛鬼蛇神”和“反動學術權威”關進“牛棚”，成為重點批鬥對象。除了站“斗鬼台”接受批鬥，還要戴白紙高帽遊街示眾，接受眾人的打罵與人格侮辱。其間，大量日記、文稿、藏書遭到洗劫，落入學校造反派手中的一部分，則一一審查，看是否能從字縫裡找出反黨反社會主義的罪證。吳宓早年以“學衡派”代表聞名學界，一生提倡國學，無論是板書、鋼筆字，幾十年來一直為直行書寫，正體字。當文稿、日記被查抄後，紅衛兵從字縫裡沒有找到反革命吃人的罪證，卻從書寫格式和字體本身找到了“罪證”，遂進行大肆批鬥。生性耿直、倔犟的吳宓內心不服，說毛主席詩詞也有繁（正）體字，難道他老人家也反黨反社會主義？話剛一出口，就挨了兩個大嘴巴，接著被紅衛兵卡住脖子按倒在地，拳腳相加，揍了個鼻青臉腫。最後拖下去的時候，一紅衛兵頭目喝了一句：“毛主席寫繁體字是革命的藝術，你吳宓寫繁體字就是反革命的禍水。”言畢，朝已呈麵條狀的吳宓臀部猛踹一腳，吳立撲，躺在地下半天動彈不得。
1969年4月27日，吳宓與中文系“牛鬼蛇神”教師七人，被學校工宣隊、專政隊押解到離重慶七百里外的梁平縣鄉間的西南師範學院分院勞動改造。在一次批斗大會開始前，專政隊派出一群革命小將拖著吳宓向會場狂奔，接近食堂時，身體虛弱的吳宓已跟不上小將們的步伐，身體下墜，高呼饒命。專政人員見狀，怒火頓起，幾個小將把吳宓身體架入空中，像投擲麻袋一樣猛地向前推出，吳宓從空中落下一個踉蹌撲倒在堅硬的鋪磚地上，當場左腿骨折，痛得在地下打滾兒。少頃，小將們把吳宓架上一張桌子做成的“斗鬼台”開始批鬥。吳宓站在台上，疼痛難忍，汗如雨下，未鬥幾個回合就從台上滾落下來昏死過去。專政組人員見狀，認為吳宓以裝死的手法抗拒革命行動，罪加一等，於是令人將其拖到一間密不透風的小黑屋關了起來。半夜時分，吳宓從昏迷中醒來，面對漆黑的四壁，不知身在何處，疼痛與飢餓使他難以忍受，遂趴在堅硬的地上，抬起浮腫的手拍打著上鎖的木門喊道：“我是吳宓教授，給我開燈……我餓得很呵，給我一碗稀飯吃吧……我是吳宓教授，給我水喝……”
斷斷續續的聲音在暗夜中傳出，哀惋淒厲，撕人心肺。只是任其如何拍打叫喊，不見一個人影前來探望，直至吳宓力盡泣血，聲音由沙啞轉為全啞的三天之後才被放出。經此一番折騰，吳宓左腿致殘，膝關節脫臼，多日尿血不止，全身浮腫疼痛，只有拄杖才可站立。儘管如此，專政人員還要強令其早晚架拐在廣場“練習行走”，稍一停留即遭到拳打腳踢和幾個響亮的耳光。 6月21日，在專政組人員押送下，吳宓得由梁平回到重慶西南師範學院，經人背負回宅。對於這段經歷，《吳宓日記》有載：“宓受一生未經歷之苦，凡五十七日。”
1971年，因戰備原因，西南師範學院被強令遷往梁平縣、忠縣農村辦學。吳宓向校黨委寫報告請求“年老衰弱留校勞動”，未被批准，仍以戴罪之身被遣送到梁平縣屏錦區七間橋農場勞動改造。其間獨住一無頂、席牆，逢雨即漏水的工棚內，睡的是重疊的馬槽式床板，生活困頓。 1月29日上午，身在校舍的吳宓突然感到身體不適，一種錐刺般的隱痛與不祥預感在心中瀰漫，心坎裡生出一股從未有過的蒼涼與悲哀。在極度的苦痛、憂傷中，吳氏隱約感到了什麼，他身披大衣臥床朗誦王國維《頤和園詞》，繼之默吟陳寅恪《王觀堂先生挽詞》，直至“涕淚橫流，久之乃舒”。
自這天起，陳寅恪的身影不斷在吳宓睡夢中出現，且經常夢到二人在一個世外桃源秉燭長談，直到洞外出現狼嗥虎嘯或令人恐怖的巨蟒盤亙在洞壁上，吐著長舌發出“滋滋”瘆人之聲，驚醒的吳宓抹著滿頭汗水，才知是南柯一夢。如此這般，吳宓於恍惚中度過半年，陳寅恪仍是音信全無。痛苦與思念皆達到極致的吳宓於同年9月8日，提筆給中山大學革命委員會寫去一信，以老友的身份詢問陳寅恪狀況。信曰：
廣州國立中山大學革命委員會賜鑑：
在國內及國際久負盛名之學者陳寅恪教授，年壽已高（1890光緒十六年庚寅出生）。且身體素弱，多病，又目已久盲。 ——不知現今是否仍康健生存，抑已身故（逝世）？其夫人唐稚瑩女士，現居住何處？此間宓及陳寅恪先生之朋友、學生多人，對陳先生十分關懷、繫念，極欲知其確實消息，並欲與其夫人唐稚瑩女士通信，詳詢一切。故特上此函，敬求貴校（一）覆函示知陳寅恪教授之現況、實情。 （二）將此函交付陳夫人唐稚瑩女士手收。請其覆函與宓。不勝盼感。附言：宓1894年出生，在美國哈佛大學與陳寅恪先生同學，又在國內清華大學及西南聯合大學與陳先生同任教授多年。 1961年宓曾親到廣州貴校，訪陳先生及夫人（時住居嶺南大學舊校舍內）。自1950以來，宓為重慶市西南師範學院教授（1958以後，在中文系）但自1965年起，已不授課。現隨學校遷來梁平新建校舍。覆函請寫寄“四川省萬縣專區，粱平縣，屏錦鎮、七一房郵局，交：西南師範學院中文系教師，吳宓先生收啟”。即致敬禮。
1971九月八日吳宓上吳宓的信發出後如泥牛入海，始終未得到回音，在焦灼等待中，只有默默吟誦陳氏詩文以舒解心中積塞的鬱懣與思念之情，心中渴盼與老友再次相聚的日子。但這一切，只能成為一個佈滿塵土的殘夢縈繞於心間。其時正在勞改的吳宓自然不會知道，當他伏案寫這封信的時候，陳寅恪已去世一年零三個月了。