1943年秋，在中央研究院總幹事任上的葉企孫，因傅斯年的霸道而不堪忍受有職無權的羞辱，毅然辭職離開重慶回到昆明西南聯大，繼續擔任清華大學“特種研究事業”委員會主任。 1945年8月，因西南聯大理學院院長吳有訓調任重慶中央大學校長，葉繼任聯大理學院長。抗戰勝利後，西南聯大常委梅貽琦、傅斯年，頻繁往來於重慶、南京、北平之間辦理學校復員事宜，葉企孫被國民政府教育部指定代理清華大學校長、聯大常委並主持聯大校務，成為事實上的西南聯大第一把手。期間，國民政府為實施“種子計劃”，在吳大猷推薦下，葉企孫力挺年少聰敏的物理學天才李政道公費出國學習並取得留美成功。許多年後，李政道頗為感激地說道：“葉師不僅是我的啟蒙老師，而且是影響我一生科學成就的恩師。”
1946年秋，清華大學復員回到北平並於清華園復課，葉企孫擔任校務委員兼理學院院長，是除梅貽琦之外清華第二號實力派人物。 1948年年底，梅貽琦倉皇南飛，清華大學很快被中共接管。據葉企孫“文革”期間“交代材料”披露：“清華復員以後，吾曾一度向梅貽琦說：倘有短期出國研究物理學或科學史的機會，吾可以考慮。後來，美國某基金會（我記不清哪一個了）來信，說已給我一個研究科學史的學侶補助金（fellowship stipend），研究地點在麻省理工大學或哈佛大學。吾收到這封信時，人民解放軍已接近北京效區。吾願意留在清華，等候解放。我沒有答復基金會來信，也沒有去領款。”當葉決定放棄這個機會時，梅貽琦想拉葉離開北平，並有了與葉企孫共同到福建省利用海外保存的清華基金，重新建立清華大學基地的打算，但葉經過一番搖擺、觀望，最後“自信作孽無多，共產黨也需要教書匠”，便決定既不出國也不南飛，堅持留下來迎接對他來說並不了解的新政權。
梅貽琦出走後，清華事務暫由以文學院院長馮友蘭為主席的校務委員會維持。 1949年1月10日，中共北平軍事委員會文化接管委員會主任錢俊瑞偕同教育委員會張宗麟等人到清華園正式接收，並由校務委員會主席馮友蘭在大禮堂召集師生，聲明“清華從今日起正式成為人民政府的大學（全體鼓掌一分鐘），並且是人民解放軍第一個解放的大學”。 1月30日，即宣告北平和平解放的前一日，中共所屬解放軍二千餘人以參觀的名義開赴清華園，實際是一個佔領儀式。解放軍官兵與清華學生進城工作隊會集於體育館廣場，一起唱歌、呼口號，從自家居室攜妻帶子跑出來瞧稀奇的清華教授們，第一次聽到“中國共產黨萬歲！”“毛主席萬歲！”等口號。這幾句不同凡響的口號，在清華教授心中形成了很大衝擊，多數人不得不認為，天確實變了，人如何變，恐怕要看天行事了。
1月31日，中共代表錢俊瑞受命赴清華園大禮堂演講新民主主義及共產黨政策，有二千餘名師生聽講。就在錢俊瑞在清華講演的同時，清華教授會也因政府欠薪問題緊急召開會議討論。原解放軍北平軍委會文化接管會答應在1月底前為清華教職工發薪一次，但月底來臨，眾人沒有見到一個銅子。於是，參會的眾多教授認為是以馮友蘭為首的校務委員會不夠努力造成的，讓馮速到中共當局催款。馮在原地轉著圈，以各種理由哼哼唧唧地向諸方辯解開脫，仍得不到眾人諒解，一氣之下說：“我在這里辦學，並不是去討飯。”
生物系一個叫吳征鎰的“先進教員”立即站起來指責道：“這是個思想問題。”據馮友蘭許多年之後反思說：“我當時心裡想，我搞了幾十年哲學，還不知道什麼思想？後來才知道，解放以後所謂的思想，和以前所謂的思想並不完全一樣。”馮支吾不能言，且在會場多次失態。據浦江清當天的日記載：“清華各團體自解放後，盛行檢討之風，而檢討之習慣未養成，所以多意氣和裂痕。馮公說了一舊話，說清華原有一句成語：'教授是神仙，學生是老虎，辦事人是狗！'校務會議在此刻無論怎樣總是錯的，希望不久新政府派校長來也！”
浦江清日記透露了兩個事實：一是此時的馮友蘭已不被眾教授，特別是新派教員們所接受和放在眼裡；另一個則是檢討之風興起之迅猛，令老牌教授們感到措手不及，而隨著政治局勢的變易，這股新風很快掀起滔天巨浪，將涉世未深的書生們淹沒於茫茫大海之中。未久，主持清華校務的馮友蘭被踹到了一邊，另以吳晗為軍代表，接管全盤事務。
對於自己馬失前蹄，丟掉了清華“一把手”的紙糊官帽，馮友蘭認為有兩個原因：一是自己在政治上不能與時俱進，甚至糊塗透頂；二是與吳晗在背後搗鬼下絆子有關。對此，馮氏列舉兩例：一是在國民黨軍撤退，中共軍管會尚未進入清華園接管的“真空時期”，有一天，國民黨軍飛機突臨清華園上空扔炸彈，其中一顆爆炸聲響之大，把坐在家中沙發上的馮友蘭給摔了出來。馮於驚恐中急忙爬起來從窗戶向外觀看，只見有些教職工家屬披著被子，尖叫著在路上狂奔亂竄，場面十分恐怖混亂。馮友蘭出門察看，方知剛才的炸彈落在了工字廳後面滑冰場旁邊的樹林裡，有兩棵樹被炸飛，遺留一個很大的彈坑。當時有許多大人小孩在滑冰場溜冰，倘若炸彈落入滑冰場，後果將不堪設想。馮友蘭懷著驚悸不安之心找了幾個人一起調查，發現清華園一共落了十二枚炸彈，其他的十一枚都落在園內邊角的空地上，只有滑冰場旁邊的一枚離人群較近，但沒有一人受傷，也沒有什麼財物受損失。第二天國民黨報紙有消息說，南京的空軍在西郊轟炸解放軍砲兵陣地，使解放軍受到不少損失云云。既然在西郊轟炸解放軍砲兵，為何又到清華園投彈？馮友蘭與教授們如墮霧中。據幾個號稱“臥龍”、“鳳雛”的教授分析，國民黨軍此次行動顯然有備而來，並有詳細的轟炸計劃，其目的可能有二：一是防止清華園進駐解放軍，如果有解放軍暗中進駐，這種打草驚蛇之法將追其退出，否則清華師生出於自身安全考慮會群起攻之，主動將其驅逐出園；二是對清華師生以震懾，表明國民黨軍尚有作戰的實力，鹿死誰手殊難預料，你們不要太輕薄了，心中沒有個死數，像一堆腹中空空根底淺、懸空飄蕩的牆頭之草，東風來了向東倒，西風來了向西歪，平時滿口的仁義道德、禮義廉恥，外加一堆春秋大義、民族氣節等。一旦強勢壓境，這些大義和氣節全部打發到他老娘家去了，或者直接送給了西天老佛爺。剩下的只有茫然四顧，或山呼萬歲，或磕頭作揖，耷拉著睡眼惺忪的眼皮迷迷糊糊地轉著圈尋找新的主子罷了。
作為清華校務委員會主席的馮友蘭，自然顧不得這些猜測和議論，趕緊做一些安撫性的宣傳和疏散工作。就在這時，毛澤東主席給清華髮來了慰問電以示關心和安撫。這封發於一個偉大歷史轉折時期的電報，同歷史上任何一次鼎革時期一樣，都是一件特別值得重視的大事、要事與非凡之事。可惜號稱研究了大半輩子哲學，又每以“帝王師”自居、且自負的馮友蘭，並沒有把統率百萬雄師的毛澤東放在眼裡，竟不識抬舉地仍然按舊觀點、舊規矩，當做原北大一個小小的圖書館管理員寄來的信函予以處理，這無疑是對毛澤東與所代表黨派的一種羞辱。馮氏不懂政治、不識時務和人情世故的做法，正如他自己後來痛心疾首的懺悔：“在清華遭到國民黨空襲以後，黨中央、毛主席打來慰問的電報，這是對清華的關心，應該大張旗鼓地宣傳，可是我是照舊辦法，把來電在學校佈告欄內一公佈，就算完事。”此事在當時的馮友蘭看來無足稱道，但在即將推翻國民黨政權，準備來一個魷魚大翻身的一方看來則是大逆不道。因大局尚未明了，中共一方暫時忍而不發。未久，吳晗事件發生。
北平和平解放後，馮友蘭主持的校務會議，作出了願留清華者需要簽名登記的決定。此時吳晗正作為中共一方的“托命之人”，豪氣沖天地從中共解放區河北一帶回到北平，並作為接收大員隨解放軍浩浩蕩盪地開進北平接收人、財、物。有一天，吳晗突發奇想，採取打槍的不要，悄悄地進園的方式，獨自溜進清華，向會計科領工資。吳氏搞這一手，可能不願意在舊同事面前聲張，給人一種小人得勢，或唯利是圖的印象，更怕別的教授當面或背後指斥自己作為中共麾下的一名先進分子、中共接受大員，何必計較這份少得可憐的薪水？況且，自己置清華師生與所授課程而不顧，偷偷溜掉已有幾個月了，既沒上課又沒有為嗷嗷待哺的教職員工和窮得像叫花子一樣的學生，拉回一個盧布的讚助費，可謂寸功未立，反而給校務委員會添了不少麻煩，如今領的是哪門子薪水？依據何在？若熟人問及，情何以堪？
吳晗的擔心很快成為事實，因校委會出台的規定，同樣牛氣烘烘，自認為校長是老大、自己是老二，甚至與老大平起平坐的清華會計科科長，一查登記簿，沒有吳晗的大名，於是斷然決定不發給工資。吳晗解釋說自己原是清華的教授，幾個月前才竄出清華溜到了解放區，為革命拋頭顱，灑熱血，很不容易，沒有功勞也有苦勞，沒有苦勞也有疲勞，清華應該發給自己離校期間的工資作為苦勞或者疲勞的報酬和獎賞云云。但會計科長堅持讓吳去找主持清華校務的馮友蘭，只要馮簽字認可，會計科就照辦，否則，說你曾受到列寧、斯大林接見，於蘇聯莫斯科紅場那旮旯溜回來也沒用。吳晗對馮友蘭自是露出不屑一顧的態度，表示堅決不理那塊洋鹹菜。如此這般，雙方你來我往地較起勁兒來。任憑吳晗如何搖頭晃腦地來回比畫，唾液飛濺地加以解釋，那位牛氣沖天的會計科長心中只有馮友蘭而沒有吳晗，其態度咬鋼嚼鐵般生硬，毫無通融的餘地。爭得急了，會計科長嘴里大聲叫嚷道：“原來是什麼，不見得現在是什麼，原來蔣介石還是總統，現在不是下野了嗎？原來汪精衛是國民黨領袖，現在不成為漢奸了嗎？”吳晗聞聽，知道這位會計科長壓根就沒有把自己這位即將登上政治舞台的紅色人物放在眼裡，盛怒中臉漲成紫黑色，嘴裡嘟囔著別人聽不清楚的狠話，揚長而去。
很快，吳晗在中共接收委員會上就清華的登記問題作了慷慨激昂的發言，大意是：“清華規定，凡是從解放區回來的都得登記。我不了解'登記'這個名詞的新的含義，大概新的含義是對於有問題的人才稱為'登記'。”吳晗的發言引起了中共接收大員的高度重視，認為清華校方主持者對到解放區的革命師生不懷好意，甚至產生敵意，遂拿出對付敵人的辦法對付這些先進的革命者，這成何體統？於是，中共文管會派出大員到清華追查責任，作為校委會主席的馮友蘭自是首當其衝，成為追查和斥責的對象。向來口吃的馮友蘭依舊是支支吾吾說不清楚，弄了個灰頭土臉，最後懵懵懂懂地挨了一頓警告和拐彎抹角的敲打。
未久，隨著解放軍入主北平並穩住陣腳，中共文管會負責人錢俊瑞到清華宣布：派吳晗為軍代表，主持清華校務。
待南京被解放軍佔領之後，清華大學校務委員會奉命改組，由葉企孫出任主任委員，吳晗為副主任委員兼文學院長兼歷史系主任。馮友蘭被一腳踢出領導者圈外，免去本兼各職，專任哲學系教授，一下便垮了下來。待馮氏東山再起，並緊跟高舉，擠入“四皓”之列，成為江青卵翼下名震海內的“梁效”一員，則是十七年之後的事了。那時的吳晗不鬥自垮，最後被弄上了絞刑架。這個結局，算是為馮友蘭出了一口埋藏在心中發酵得太久且有些酸臭的惡氣。
1949年11月，時任清華大學軍管會副代表、文學院院長兼歷史系主任吳晗受中共高層之命到蘇聯訪問。回國途中，聽到無線電台廣播自己當選為北京市副市長的消息。吳在丁零噹啷的火車上沒事偷著樂的同時，按照官場老規矩，立即給周恩來總理髮了一封電報表示婉拒，謂自己想“繼續從事史學研究和教育工作”云云。周恩來接電，也按照老規矩，以“勸進”的方式出面與吳談話。吳晗經過三天三夜的思考（如果是3個小時，顯然是少了，不成體統），懷著救斯民於水火的信念和“為顧大局”的胸懷，答應就職。 ——這種古代留傳下來的“勸進”方式，在吳晗身上，頗有點《聖經》上說的猶太教徒掃羅（保羅）最後歸教的故事。而日後的吳晗對中共的狂熱追求，以及“加入黨組織”的堅忍不拔之志，可謂比掃羅還掃羅。
自出任北京市副市長之後，吳晗搬到市政府高大威嚴的樓宇和寬敞明亮的辦公室辦公，一直被吳晗架空、名義上的清華校委會主任葉企孫，這時才算正式成為清華園的一把手。不過，明眼人心中明白，儘管葉企孫暫時坐上了清華園“忠義堂”中的第一把交椅，但這把椅子並不穩當安定，而是在吱吱咯咯地發著悶響。據與葉共事幾十年的一位清華老教授說：就葉的性格和思想而言，屬於敦厚學者型人物，性溫口訥，“似不能言者”，且有牢固的自由思想和獨立精神，並不適於跡身“仕”位。雖曾幾次代理校務，但那隻是他很少有人與之匹敵的聲名與學術地位使然，而且多屬維持和留守性質，真正長期搞行政工作，既不是他的特長，也不是他的願望。至於政治，更是他一向唯恐避之不及的。當年在重慶任中央研究院總幹事時，身為國民黨中央組織部長的朱家驊不止一次拉他入國民黨，都為其所拒，一直作為無黨派人士立足學界。不僅如此，他獨善其身，終身不娶，視學生為兒女，度過了悲欣交集的一生。 ——這個說法基本符合事實與情理，也有一點較為模糊，比如葉的婚姻問題。據《吳宓日記》透露的信息，葉在清華時似乎談過戀愛，如1937年7月2日條下有：“K之美日增。二年中，變化增長，幾於每見不同。然宓對K，譬如鮮花美物古玩珍品，可以把玩鑑賞，而精神則無深契，情感亦不易交流。此宓之所感也。K是晨收拾諸物，將歸香山。……又謂已決定今晚住宿陳慈家。陳慈且將伴送伊至漪瀾堂雲。旋閒談，談及葉企孫愛賀恩慈；宓謂未嘗不可，而K則力言絕對不可。夫以此二人猶絕對不可，則宓對K不能有絲毫之希望可知。K以此示意，使宓對K之情冷如冰矣。”
賀恩慈乃廣東番禺人，清華大學外語系1936年畢業，在北平圖書館工作。而K是當時吳宓熱戀的一位清華女生，此時吳宓已從對方的態度中得知兩對姻緣將無果而終，事實上也是雞飛蛋打，夢想成空。另據清華大學物理系教授昊虞說，葉企孫之所以不娶，是由於暗戀著一直孀居的寡嫂之故。這個說法後來遭到了葉的侄子葉銘漢的否定，謂葉與其嫂沒有感情糾葛云云。但無論有無情緣，葉終身未娶卻是事實。
既然政治不是葉企孫這位“不諳新事理、新邏輯”的人所能玩得了的，被人稀里糊塗地扶上牆後，不知道看風視水、左右施展鉤鉗與轉圜之術，悲劇性的命運也就不可避免。早在1949年1月19日，中共北平軍管會文化接管委員會代表錢俊瑞、張宗麟，在零星的槍砲聲中率部赴清華園正式接管時，站在院門外靜靜觀看的葉企孫不禁浮想聯翩，曾對他的一位知近友生說：“國民黨在1927年，也有一些如張道藩那樣的人，和今天的錢俊瑞這些人一樣，朝氣蓬勃，也像年輕有為的樣子，但後來變壞了。”
張道藩就是那位青年時代在法國學繪畫，狂追蔡威廉未成功，後以國民黨中央宣傳部長的身份和地位暗中報復。再後來以有婦之夫的身份，懷抱徐悲鴻原夫人蔣碧微跑到台灣的那位官僚。葉企孫如此作比，可見他對眼前接收大員們是一種怎樣的心理和印象。也就在這一年，清華一些學生被迫作自我檢查，以消除家庭對自己的影響。葉企孫頗為不滿，說道：“共產黨的自我檢查，很有點像基督教、天主教的懺悔，如果讓清華的教授也這樣做，可能有好些人會自殺。”葉的言論，不幸在幾年後竟成讖語。
1950年，朝鮮戰爭爆發後，葉企孫認為這是“美國的一種戰略考慮，是針對蘇聯極權主義陰謀的”戰爭，並且斷言“戰爭永不會消除，帝國主義消滅後，共產黨內部又要打了，南斯拉夫就是一例”。又說：“共產黨的報紙太刻薄，如'美國娼妓'等這些用詞是不應該寫的。”與此同時，他針對馮友蘭發表的《美國法西斯化》一文，批評馮是政治投機分子，並指責馮“寫得太過分了”。隨著1951年秋展開的“思想改造運動”以及對胡適思想批判運動，作為清華大學名義上最高領導人的葉企孫，其表現令當局“大為失望”。他不但不按當局的意圖改造自己的思想和大罵胡適、傅斯年等“反動文人”，還不知趣地在師生中間倡導“高校教學與科研要自由、民主”等與時興的“階級鬥爭”、“集體主義”等政治口號相對立的思想。當中國科學院院長、副院長名單發表後，葉企孫對他的一位同事說：“陳伯達當副院長，表明共產黨對科學院的工作是要管的。”在他的思想意識裡，學術是獨立的，不應摻雜黨派成分。與此同時，葉還不知輕重地提倡“凡事都要獨立思考”一番，並謂對學術如此，對政治問題也是如此等等。
葉企孫的言論和表現終於激怒了當局，中共高層下令發動清華師生對其展開“狂風暴雨式的批評”。
葉一看勢頭不對，略有省悟，被迫在大會上作“深刻檢討”。在“精神洗澡”中獲得頓悟的一批清華“進步”師生，以“深厚的無產階級感情”，紛紛指責葉是“以資產階級觀點辦清華，是繼承梅貽琦的腐朽傳統和遺毒”。在一片喊打聲中，葉企孫被趕下台來。
就在批葉的同時，由於中共主張學習蘇聯的教育模式，教育部開始對全國高校進行大調整。 1952年6月27日，京津高等學校院系調整清華大學籌備委員會成立，劉仙洲任主任委員，錢偉長、陳士驊任副主任委員。原出身機械科的工學院教授劉仙洲榮登大位後，第一件事就是勒令葉企孫“應向教育部自請處分”。
已經倒台的葉企孫在三番五次檢討之後，最後由“組織”出面作了結論性的調子：“他現在已在清華失去了威信。故擬不再採取群眾大會方式對之進行批評，打算找一些人幫助他一下，如沒有什麼變化，就拖著尾巴過關，以後再耐心地在長期中給以教育……”這個結論，實際上是一個不動聲色、暗含殺機的隱語。自此之後，葉企孫踏上了一條危急四伏、命懸一線的孤獨之旅。
1952年10月，院校調整基本完成。根據教育部指令，天津南開大學由私立改為國立，屬教育部直屬院校。由美帝國主義庚款起家的清華大學，自然屬於重點調整與“清算”的對象，為減少美帝在清華留下的印痕和毒素，清華大學被五馬分屍，從整體上被肢解和“清算”，其文學院、法學院、理學院三個學院被割掉，併入北大，清華得到的只是北大一個小小的工學院。清華只能作為一個工科大學，於風雨飄搖中單腿獨立，嘯傲寒秋，孤獨地存活下來。而作為“五四運動”策源地和“革命搖籃”的北大，則成為最大的受益者，不僅兼併了清華的三個學院，還兼併了赫赫有名的燕京大學的校產與全部教職員工與學生。自此，北京大學陸續撤出城中心以沙灘紅樓為主要根據地的一、二、三院，盡數遷到城郊海淀鎮原燕京大學校園開課，與清華大學成為間隔一條馬路的近鄰。據說20世紀80年代末，一位國際知名的華裔學者，因慕蔡元培、傅斯年等前輩的大名，曾專門前往坐落在海淀鎮的北京大學憑弔“五四搖籃”，一時傳為笑談（南按：從這則笑話可看出，為何原燕京大學與原北京大學鬧校產糾紛，官司一直打到21世紀都未見分曉的個中原因）。當然，北大也有損失的地方，比如上層決策者假以調整的名義，把過去屬於胡適派的教授藉機調出北京大學，有的調往別的機關，有的干脆發配或充邊，如羅常培調中國科學院語言研究所，鄭天挺到天津南開大學，楊振聲到東北人民大學等，在最大範圍內消除胡適的影響。
按照當時教育部調整方針，清華把三個學院交出的同時，必須把館藏的全部文、法圖書一同交於北大。清華同仁認為自己並無大錯，只因與美國的關係較其他國立學校走得更近，在這場調整中受傷最大，可謂賠了夫人又折兵，一個繁盛的清華大學頓時坍塌衰落，成為半截破廟，而廟裡的和尚也幾無藏身念經作法之地，遂開始把滿腔怨氣與激憤之言撒到教育部，特別是清華主事者劉仙洲身上。一時間，劉頓成過街老鼠，人人喊打，整日灰頭土臉，工作大受影響。在這種情形下，12月4日，經中央人民政府委員會批准，任命38歲的原清華學生、中共地下黨員蔣南翔為清華大學校長，劉仙洲為副校長。年輕氣盛的蔣南翔一上任，就以凌厲的作風和初生牛犢不怕虎的威勢，立即下令截留了正準備向北大搬運的館藏文、法圖書。正是這批寶貴書籍未能流走，為30多年後清華順利恢復文科埋下一條暗道。稍後，蔣南翔以深遠的眼光和宏大的氣魄再顯神通，於清華園基礎上奮力向南、向東兩個方向極度拓展，並以驚人的處事能力把東部的鐵路推出新規劃的校園之外。由此，清華園佔地面積巨增，成為中國大陸無一可與之匹敵的面積最大的園林式校園。這一決策與成果，為40年後清華的全面復興埋下了伏筆。
隨著院系調整結束，整個清華園被高鼻深目、周身呈酒囊飯袋狀的蘇聯專家，以及一色中山裝的革命家所領導，維繫了幾十年的校務委員會與“教授治校”等一切規矩被拋棄，清華師生開始了馬列主義路線治校的新時代。
當這個新時代到來之際，葉企孫已被調入北大物理係作為一名普通教授開始登台講授《光學》等基礎課程。此時，已沒有多少人把他放在眼裡，更忘卻了這位華髮漸白的老人乃是中國物理學界的一代宗師。直到許多年後，人們才忽然憶起，墓木已拱的葉企孫原來是中國“兩彈一星”的元勳和老祖，才曉得新中國建政五十週年之際，在23位獲得“兩彈一星功勳獎章”的科學家中，有9位是他的學生，2位是他學生的學生，還有另外2位院士級（學部委員）的事業與他有著密切的關係。
葉企孫在一系列政治思想“改造”與“洗澡”中，雖有無數次被迫彎腰低頭向革命群眾檢討認罪的羞辱，總算突出重圍，僥倖活了下來並開始了他心愛的事業。隨著“文革”爆發以及鐵道部部長呂正操遭到關押，中央軍委成立專案組審查呂的問題，一個不為世人所知的“神秘人物”被牽涉進來，又由於這個“神秘人物”的株連，潛禍爆發，葉企孫的厄運從天而降。
這個神秘人物，便是葉企孫的學生熊大縝。
熊大縝於1913年生於上海新閘路，1931年由北師大附中考入清華大學，次年入物理系開始聽葉企孫的課程。熊的英俊、聰明與善解人意，很快受到葉的注意，因熊與葉同操滬語，相互間又增添了幾分親密感。從1933年到1936年的四年間，每年暑假，葉都帶熊到外地“遊歷山水”。 1935年夏，熊從清華物理系畢業，其畢業論文是葉指導的《紅外光照相術》。在葉的推薦下，熊於同年秋留校任助教，並作為葉的助手住進尚是獨身的葉企孫家中，師生情誼甚篤。
1937年盧溝橋事變爆發，平津淪陷，葉企孫於8月中旬隨清華大學師生秘密赴天津準備轉道南下。就在等船的時候，葉得了副傷寒症，不得不住進天津醫院治療。在治療期間，他得到了梅貽琦從南京拍來的密電，令他在天津留守，組織部分人員負責接待經天津轉赴南方的清華大學教職員工，葉服從了這一決定，並於10月初出院後移住在天津成立的清華同學會辦公處，一邊療養，一邊主持接待事宜。熊大縝作為葉的助手隨侍左右，並出面處理食宿接待、買船票、送站等煩瑣事務。舊曆年過後，清華教職工大部分已經南下，葉的留守已無必要，遂準備南行。正在這時，又聽到已遷到長沙的清華大學與北大等校欲自長沙再遷昆明，葉決定稍緩行動，以便不經長沙而直達昆明。就在滯留的空隙，一件決定葉、熊師徒命運的意外事件發生了。