“六教授事件”案發，曾昭掄被打成右派分子並遭革職之後，除了被拉上“斗鬼台”接受批鬥，便是貓在自家屋子裡痛苦地“反省”。根據上級指示精神，中國科學院化學研究所批判曾氏“反動言行”的大字報也鋪天蓋地地展開。據胡亞東回憶說：曾昭掄儘管兼任該所所長，但在教育部的工作很忙，很少來化學所，只是每週來一兩次，主持重要會議、決策重大事情，日常工作由副所長柳大綱負責。當批鬥展開後，“誰也說不出曾到底講了些什麼，做了些什麼。他一點分量也沒有，輕輕地被送上了舞台。在化學所因為他是所長，所以必須有鋪天蓋地的大字報，所有大字報的內容都是蒼白的。絕大部分寫大字報的人既未見過曾，也不知道曾為何許人也，更不知他有什麼言論”。這幅圖景恰恰反映了歷史的詭譎和人生命運的不可捉摸。
令曾昭掄最為痛苦的不是丟掉官帽和接受批鬥與凌辱，而是尋找接收工作單位的艱難和不能繼續工作的焦慮。自被逐出高教部大門那一天，他就在心中盤算著回北京大學任教，繼續自己教書匠的生活，因自己原本就是以北京大學教授、化學系主任、教務長的身份轉入政府機關做官的。如今官帽子被咔嚓一下擼掉了，回校當個教書匠總是可以的吧？只是他想得過於簡單，在政治風雲變幻莫測、人人自危的大趨勢中，北大掌權者不敢貿然答應也不可能答應這一要求，曾昭掄在北大校門之外苦苦徘徊而不得入，此為精神上最為沈重的打擊。正所謂“時來天地皆同力，運去英雄不自由”。時運已去，往事已矣，再大的英雄也只能對蒼天叫喊幾聲“奈何！奈何！”而又無可奈何！
曾昭掄的同事兼好友、留美博士，曾擔任過西南聯大化學系主任、聯大教務長，時任南開大學校長的楊石先，對曾氏的處境頗為同情，遂產生了冒險“拉兄弟一把”的念頭。但當時大學的權力控制在黨委手中，並無多少實權的楊石先兩次給學校黨委打報告，提出要曾氏到南開大學任教，皆未得到如願的答复。
面對這一上不著天，下不著地，“閒愁最苦”的艱難處境，得知此情的武漢大學校長李達實在不忍聽聞，便主動出面聘請曾氏到武大化學系任教。李達之所以在狂飆突起的政治風潮中有些不識時務，或者說膽大包天地如此抉擇，與李氏天生具有仗義執言的性格、政治資歷以及與毛澤東本人建立的深厚友誼有著密切關聯。李達是湖南零陵人，與毛澤東同鄉。 1920年8月由日本留學歸國後，至上海與陳獨秀籌建中國共產黨小組，主編《共產黨》月刊，參加《新青年》編輯事務。 1921年與毛澤東一起出席中國共產黨第一次全國代表大會，被選為中央宣傳主任。同年翻譯出版《唯物史觀解說》《馬克思經濟學說》等紅色系列書籍。 1922年秋應毛澤東邀請，任湖南自脩大學校長，並主編《新時代》月刊。原為教務主任的毛澤東因有其他政治使命，只兼任自脩大學的教員，當時的教員還有何叔衡、李維漢、夏明翰等人。因自脩大學設在原曾國藩祠內的船山學社，而船山學社與曾昭掄的堂姐曾寶蓀、堂兄曾約農在曾國藩祠堂內浩園創辦的藝芳學校，因爭佔地盤多次大打出手，雖在當地士紳調解下，船山與藝芳兩校築牆而隔，但以鐵器和梭標械鬥之事還是時有發生。自脩大學進駐後，兩家雖未再大打出手，但無論是教員感情還是學校的教學內容都有很大差異，這才有了毛澤東對曾寶蓀、曾約農講的那句話：“你們兩位曾先生，書讀得好，品德也高尚，可惜我們政見不同。”
繼毛澤東之後主持自脩大學的李達，與藝芳學校的兩位掌門人儘管“道不同”，但私人關係還算和睦，當1923年底，自脩大學被湖南軍閥趙恆惕查封並強行解散，李達離開船山學社時，已與曾寶蓀、曾約農已建立了個人友誼。北伐戰爭時期，李達出任國民革命軍總政治部編審委員會主席。新中國成立後，李達以馬列主義哲學家的名頭出任湖南大學校長，此後與自北大教務長調任教育部副部長的曾昭掄建立了業務上的關係和個人友誼。這一友誼的建立，除了二人皆為湖南同鄉，更重要的還是20年代李與曾氏家族結下的因緣。所謂故交情深，在關鍵時候便體現了出來。
1952年，隨著全國院系調整，湖南大學曾先後更名為中南土木建築學院和湖南工學院。翌年，63歲的李達調任武漢大學校長。此時的李達與毛澤東仍保持著良好的私人關係，也正因了這層關係，李氏沒有把其他的高官大員，特別是中南局、湖北省和武大黨委領導班子放在眼裡。而除毛澤東之外，其他的一切高官大員暫時對李達也無可奈何。正是李與毛這種特殊的背景和關係，才使李達在故交曾昭掄倒霉，人人避之唯恐不及之時，敢於頂風排浪，不顧“六教授事件”的影響和從上到下掀起的喊打之聲，力邀曾氏到武大任教。
1958年4月，在得到中央有關部門批准後，曾昭掄告別愛妻俞大絪，懷著沉重的心情隻身一人赴武漢大學化學系報到。按上邊要求，曾昭掄由一級教授降為二級，並根據“政治上改造，工作上使用”的原則，武漢大學由一名副校長分工管理曾的工作，每月談話一次，聽取匯報，並明確告訴曾昭掄“只許老老實實接受改造，不許亂說亂動”，否則，黨紀國法伺候。
來到武大的曾昭掄自是知道自己的處境和身份，再次顯示了湘鄉蠻子“埋著腦袋絆犁”的“黃牛性格”，而祖上“好漢打脫牙和血吞”的家訓，使他於痛苦中更加省悟了忍韌的重要，自此閉上了嘴巴（當然，也不允許他開口），將自己後半生的全部心血傾注於業務上。因幾年沒有參與教學工作，曾氏一頭扎入圖書館和資料室，開始查閱文獻資料，了解最新的前沿科學知識，以便盡快進入已有些陌生的教書先生的角色。對於這一時期的情形，曾昭掄的助手劉基萬許多年後仍記憶猶深：“他高度近視，但查資料的速度卻十分驚人。只見他小跑一樣在書架中穿梭，很快抱出一摞書，摘完後又快速歸還原處，馬上又抱出一摞。蠅頭小字在卡片和筆記本上記得密密麻麻，不少地方還貼上小紙條，精心寫著補充或註釋。無論是刮風或下雨，嚴冬或酷暑，總見他穿得比常人少，戴頂褪色的舊帽，腳指頭露在鞋外，斜扣著衣扣，提著個舊書包，專心致志地做學問。一天深夜，他提書包回家的路上，不小心撞在樹上，碰得滿臉是血，跌倒在東山頭山坡下，路過的工人聽到哼聲，才將他扶回家去，第二天他照樣上班。”眾人皆知，武漢大學校園在著名的珞珈山上，以其地形地物和曾氏的壓抑鬱悶心情，出現深夜回家撞到樹上的情景應是真實的。
1959年底，因曾昭掄確實做到了“老老實實”，沒有“亂說亂動”，同時出於業務上需要，被校方任命為化學系元素有機教研室主任。當了主任的曾昭掄除給學生上課和指導教師的教學研究工作，仍是圖書館和閱覽室的常客，並以驚人的毅力查閱了近1500篇次文獻資料，在兩年左右的時間裡寫出了140萬字左右的《元素有機化學》教材，由武漢大學出版社作為內部參考資料出版。這是中國第一部該專業方面的參考書，儘管當時紙張奇缺，印刷水平不高，但該書甫一問世，即在國內化學界產生巨大影響，並受到有關研究單位和高等院校的高度評價，紛紛要求正式出版。未久，中國科學院所屬科學出版社派出編輯部負責人專程赴武漢大學找到曾，欲把這部書稿作為國際交流圖書由該社作為特約書稿出版。後經曾昭掄帶病修改，全稿分為六冊交由科學出版社出版。不幸的是，這部叢書只出版兩冊，“文革”爆發，後四冊就此夭折，原稿在“革命”風暴中散失，由此成為曾昭掄死前最大的憾事。
1961年暑假，處於政治旋渦中的曾昭掄仍擺脫不了心中的壓抑與苦悶，加之過度勞累，住進北京阜外醫院，確診為淋巴癌，不得不住院通過採取化學療法控制病情發展。曾氏的愛妻俞大絪聞訊心如刀絞，一方面竭力為曾提供必要的醫療條件；另一方面，千方百計向病人封鎖病情消息。經過一個多月的精心治療，病情得到控制，曾昭掄又回到武大任教，從教師和學生中挑選了7名助手研究有機化學的相關課題。 1964年，曾昭掄按慣例向學校黨委寫的一份思想匯報中稱：“我雖年老有病，但精神未衰，自信在黨的領導下，還能繼續為人民服務10年、20年，以至更長的時間，爭取為國家做出更多的貢獻。”
曾氏理想雖高，只是命運之神不會遂他之願了，隨著“文革”爆發，他的愛妻俞大絪在不堪凌辱折磨中自殺，而武大黨委以“參加武大文化大革命”為由，拒絕曾昭掄赴京辦理喪事的請求，一對天作之合的恩愛夫妻，在生命的盡頭未能見上最後一面。躺在北大燕園的俞大絪屍體被造反派找人拉於火葬廠火化，骨灰被拋入荒野。曾家的財物全部被造反派沒收拉走，住房被他人佔領。曾昭掄獨自於荒野中翹首北望，含淚祈禱妻子在天堂安息的同時，心中明白，隨著妻子撒手歸天，自己算是徹底被掃地出門，要做異鄉之鬼了。
事實上，就在北京大學進入瘋狂“革命”的時候，武漢大學也開始了大規模革命行動。此前，因毛澤東提出“人有多大膽，地有多高產”的口號，身為武漢大學校長的李達認為不合實際，以老同志的資格曾與前往武昌視察的毛澤東當面爭論起來，結果是兩人爭得臉紅脖子粗，不歡而散。再後來又由於林彪提出的“天才”、“頂峰”等高帽子問題，李達心中不服，又與前往武漢觀察的毛澤東發生了爭執。兩次爭執，使李達在毛澤東心目中的地位一落千丈，並為李的慘死埋下了伏筆。 “文革”爆發後，中南局與湖北省委一些平時與李達關係不睦的當權者，見時機已到，開始藉機發難，欲置李氏於死地。湖北省委一位當權者公開放言道：“1958、1959年以前咱們對他還有點怕。……我所說的怕，把話說透了，就是因為我們知道李達和毛主席有關係，主席很器重他，表揚過他，主席還叫他編書嘛！後來我們決定打倒他，就不許他走。怕就怕他去北京向毛主席告狀。”對方的奇招秘訣果然奏效，再大的英雄身陷紲縲也無計可施，結果是湖北省委發動群眾把李達揪出來公開批鬥，並以種種方法加以折磨，意在盡快將其置於死地。李達在被鬥得奄奄一息之際，偶爾得知毛澤東正在武漢視察的音訊，遂打起精神，想方設法向毛澤東秘密發出了一封簡短的求救信：
主席，請救我一命！我寫有坦白書，請向武大教育革命工作隊取閱為感。
此致最高的敬禮！
李達七月十九遺憾的是，這封求救信被湖北省委某領導截獲扣押，鑑於私拆國家領導人的信件屬一種犯罪行為，武漢方面的主政者在不敢燒掉，又不敢長期扣押的兩難抉擇中，終於想出一條妙計，以平信郵寄的形式發往北京。據他們估計，當毛主席看到這封信的時候，李達應該是一命嗚呼了。
8月10日，已回到北京的毛澤東看到了這封信，此時李達尚存一息之氣。可惜的是毛澤東只提筆冷冷地批了“陶鑄閱後轉任重同志酌處”幾個字了事。
8月16日，湖北省方面已得知毛主席的態度，一位掌權者率領隨員迅速來到武漢大學，召開了師生員工3萬人大會。這位掌權者以少見的威風和趾高氣揚的口氣講道：“李達，過去我們叫他李老，現在我們叫他老不死。他現在已經搞臭了，你們再用不著鬥他了。你們一定要相信省委，把他交給我們處理。讓他進博物館，吃飯、睡覺、拉邑邑！”
8月13日黎明，李達在臥室裡突然暈倒，仰臥在地，臉色慘白，口吐鮮血，但校中掌權者不許送醫院搶救。直到8月22日，奄奄一息的李達才被送往醫院，以“李三”的侮辱性名字（南按：意為李達是武大的“三家村”黑店老闆）住院救治。延至8月24日，也就是曾昭掄夫人俞大絪遇難的這一天，李達撒手人寰，含冤死去。李達命赴黃泉，確切地說自李達被揪出批鬥之時，就意味著曾昭掄在武漢大學失去了一直庇護、照顧、支持自己的參天大樹。當大樹摧折，哲人其萎之時，便是曾昭掄死到臨頭之日。他很快被隔離審查，並在審查中不時被揪上“斗鬼台”，以“全國大右派”、“資產階級反動學術權威”、“漢奸、劊子手曾國藩的孝子賢孫”等罪名接受批鬥與羞辱。每聽到高音喇叭廣播，曾昭掄便心驚肉跳，隨之被拉出去站台批鬥並等待棍棒與銅頭皮帶的伺候。如此反复折磨迫害，曾昭掄體內的癌細胞開始大面積擴散轉移，死神已經逼近。在越來越瘋狂慘烈的批鬥與棍棒、皮帶錘擊抽打中，曾昭掄幾次昏倒，從“斗鬼台”上滾下來。每當醒來，批鬥仍按既定計劃進行。在一次批鬥中，造反派指著曾氏的鼻子惡毒咒罵一陣後，當面揭開了各方人士對本人保密了五年多的“癌症秘密”。站在台上的曾昭掄突聞這一兇訊，全身顫抖，當場小便失禁，從“斗鬼台”滾下來昏死過去。此次重擊，曾氏一病不起，大小便亦不自知。延至1967年12月8日，曾昭掄在精神苦痛與病魔雙重摧殘夾擊下悄然死去，終年68歲。
因當時最有可能暗中給予曾昭掄一點照顧的助手已被隔離審查，曾昭掄死後，無人收屍，任其在床上慢慢變質腐臭。多虧未久曾氏有一侄子從外地前來探望叔父，看到了這悲慘的一幕。這位侄兒找了一輛平板車，含淚將曾昭掄已變質的屍體拉到火葬場火化，而後將骨灰撒入長江，隨水漂走。
曾昭掄命赴黃泉，對於留在大陸的曾氏家族而言，故事並未結束。 “文革”開始不久，南京博物院揭竿而起的造反派在一位司機出身的首領指揮下，浩浩蕩盪地來到幾十公里之外的南唐二陵所在地——祖堂山下，找到已故院長曾昭燏的埋葬處，欲刨墳掘墓，拋骨揚灰。只是剛動手不久，突然天昏地暗，狂風大作，山谷溝壑飛沙走石，將揮鎬弄鍬的造反派擊打得東倒西歪，睜不開眼睛。少頃，大雨傾盆而下，天地一片混沌。已被風雨跐巴得呈泥猴狀的造反派，在急促中集中力量把立於荒草中的曾昭燏墓碑砸毀，四散奔逃。回到博物院的造反派帶著惱怒開始抄家，曾昭燏集畢生心血所購置的藏書，一夜之間被抄沒，凡稍微值錢的家具與生活用具也一掃而光。曾昭燏身死靈谷寺的前兩年，她的二妹、時任北京第三醫院院長兼北京市衛生學校校長的曾昭懿，因身體不好和一直未婚，調往南京鼓樓醫院工作，每天門診半日，吃住則和姐姐曾昭燏在一起。對於這位妹妹，曾昭燏有一段深情的回憶：“昭懿在小的時候，因為生的不好看，父母不鍾愛，只有我袒護她，所以她和我友誼最深。”正是這段深摯的情感，曾昭懿在生命的晚年來到姐姐身邊相依為命。想不到好日子僅過了兩年餘，隨著曾昭燏家被抄，其妹曾昭懿被掃地出門，先是流浪街頭，後被安排到寧海路鼓樓醫院一間破舊的職工宿舍居住。到了1969年，曾昭懿因家庭出身和年輕時在重慶中央醫院工作的經歷，被紅衛兵拖出來逼迫交代和認罪，折騰了幾個星期，又被造反派關在宿舍中反思，因門被從外面鎖死，造反派又忙於批鬥其他的牛鬼蛇神，曾昭懿於這年7月被活活餓死於狹小簡陋的宿舍中。曾經盛極一時，詩書傳家延綿五代之久的湘鄉荷葉塘曾氏家族，隨著曾昭掄、曾昭燏兄妹這兩顆耀眼明星的隕落，其家族成員在大陸的聲名漸漸淡出了人們的視線——聲播四方、名揚天下的豪門世家，連同這個世家的文化遺存，在精神層面上已香銷玉殞，消散殆盡，於日後的神州大地不復見矣。