就在以郭沫若為代表的大陸學術界批董的同時，跑到台灣“準備殉葬”的董作賓卻沒有馬上要死的準備，而是思慮起改變生活窘境，繼續活下去、且活得好一點的辦法。董作賓自大陸攜家赴台不久，在朱家驊與傅斯年等人支持鼓動下，創辦了學術性刊物《大陸雜誌》，並擔任發行人。傅斯年臨死前急著寫文章拿稿費，讓其妻俞大綵買棉花做一條禦寒的棉褲，就是為董辦的這份《大陸雜誌》投稿。只是當傅的文章發表，董作賓眼含熱淚捧著稿費到傅宅奉送時，傅斯年已撒手人寰。作為史語所所長兼台大校長的傅斯年，僅與其妻俞大綵組成了一個小家庭，生活境況尚且如此窮蹇糟糕。而有10個孩子的董作賓，一家生活遭際自是可想而知。胡適出任“中央研究院”院長後，江冬秀由美到台，得知胡氏早餐只吃一點稀飯，一點南瓜，覺得吃得太苦，要另外加點主食和菜餚，被胡適阻止。胡談到史語所同仁住在楊梅時代，有幾家每月到了二十日之後，就用南瓜加鹽煮稀飯過日子，一直熬到下個月發薪水，然後到了下個月二十左右還得靠南瓜加鹽煮稀飯過下去。胡適所說“有幾家”中的第一號人家，就是董作賓。
儘管靠南瓜加鹽煮稀飯過日子，但不能趴在床上等死或蹲在屋簷上整天大罵蔣氏父子失察民情與缺少憐憫之心，生活還要繼續，各項工作也得琢磨著幹起來。因而董作賓繼傅斯年出任史語所所長不久，便拿出主要精力主持史語所在南港建造辦公大樓和宿舍工程。當時建築行業與學術機關的知識分子，對搞建築拿回扣，還不像幾十年後台灣或大陸那般火熱，並有“站起一座樓，富起一群狗”的說法和做法（南按：也有倒下一群狗之說，即貪污者被抓進監獄），即使有，憑董作賓接受的教育和為人處世的準則，以權牟利，從中撈取油水的空間也較小。一晃幾年過去了，眼看一座座樓舍立起，而董家生活依然極其艱難，許多時候連吃飽肚子都不太容易。董作賓在台大考古人類學系兼課後，有幾位要好的同事經常看到他每次下課回家，都從校內的小賣部買一包花生米邊吃邊走，且吃得很香甜的樣子，就問他為何總是買花生米吃？
董說講完課後肚子就有點餓，吃幾個花生米充飢，別的買不起，花生米便宜些。對方不解地問，為何不拿到家中再吃？董一邊用手指捏著花生米往嘴里送，一邊不好意思地笑笑說：“我家食指浩繁，拿回去，這包花生米就不是我的了。”
許多年後，董作賓的兒子董敏證實了此事，並認為是董作賓在李莊時代的助手屈萬里最先傳播出來的，但屈氏傳播這個故事，原本想證明董作賓是一河南老土和生活上的小氣鬼。按屈萬里的設想，一個大學教授，還是中央研究院院士，怎麼能在校園裡吃零食呢，這樣做不是很丟人的事嗎？除了老土誰還會這麼個樣子？因而，董敏認為屈萬里傳播此事是不懷好意，只是沒有達到預期的詆毀效果罷了。因為凡聽到這個故事者，都為董家生活的艱難而感動，沒有人去考慮董作賓是否河南老土或小氣不小氣的事，且在台大校園當著師生的面吃幾個花生米，也沒有什麼大不了，更不是什麼丟人現眼的事。對此，董敏補充說：“事實上當時的董家確實窮困得很，我爸爸有開夜車搞研究寫文章的習慣，他的桌子下面有個小鐵筒，裡面裝了一點餅乾糕點什麼的，晚上熬夜餓了的時候，就從鐵筒裡掏出一點點墊活墊活。開始孩子們不知道，等發現這個秘密後，就趁他不在家的時候偷偷給吃掉了，結果有一個晚上，我爸爸到半夜又從小鐵筒裡找東西吃，一看是空的了，很懊喪，起身在屋裡轉了幾圈，長吁短嘆。我媽媽熊海萍起床看到爸爸愁苦悲戚的樣子，又看到那個空鐵筒，心領神會，當場流下了熱淚。”
不管屈萬里傳播董作賓於台大校園吃花生米之事真實動機如何，董家貧困是個不爭的事實，這個事實也是導致董作賓出走香港的重要原因。
1955年初，香港大學東方文化研究院有意聘請董作賓赴港任教授，薪水高於董在台灣幾個機構服務收入總和約二倍。由於連日勞累和窮愁，此時的董作賓身體狀況極為虛弱，很希望找個清閒地方好好休息一段時日。加之南港的工程已經完成並交付使用，董覺得無愧上司與同仁之託，便答應了港大聘請，並於這年8月辭卻史語所所長職，向台大請假，赴香港就任。董走後，由李濟接任所長，屈萬里為所務秘書。
赴香港的董作賓儘管得到了較高的薪水和休息空閒，畢竟港島的學術氛圍無法與台灣比擬，且作為立志以研究甲骨文為終身職業的學者，離開了由大陸運往台灣的殷墟出土甲骨，如同魚兒離開了大海。學術生命受到嚴峻挑戰，其內心的孤獨與焦躁不安難以向外人道及。 1956年，董作賓在香港發表了《甲骨學前途之展望》一文，以憂傷的筆觸寫道：“去年曾訪韓、日，前年曾遊菲律賓，此來香港得接洽學術界人士，兼可以見到大陸上的許多學人發表的甲骨文論著。至於歐美漢學家的動態，也在通訊中略見一斑。展望世界，甲骨學的前途，甚是暗淡。甲骨學的沉悶，也就是中國古史研究之消極停滯，茫無端緒了”。
1958年，胡適由美抵台出任“中央研究院”院長，力邀董作賓返台繼續從事以前的教學與研究工作。已感鬱悶至極的董作賓聽從了胡氏召喚，於當年秋辭卻港大職位重返台北。返回史語所的董作賓已無職務可言，亦無組可歸，只好專任台大教授，處境很是尷尬。作為院長的胡適深感過意不去，經過一番苦心孤詣的琢磨權衡，終於想出了一個令各方面都能接受的兩全辦法，即在史語所成立一個甲骨學研究室，由董作賓擔當主任主持工作。當時史語所內的考古館已落成，正好讓此研究室進駐並有充足空間來做甲骨文研究。對於這個微妙的方案，董作賓自己說：“這是我可以竭其殘年，再報效於甲骨學的一個機會。”按石璋如的說法：“就編制而言，成立'室'而非'組'，是因為在組織規程中，室可大可小，大者可與所平等，小者可附屬於所。不過這時我們也沒有想太多。”甲骨學研究室就在這樣的背景下，於1958年11月鳴鑼開張，抗戰時期在李莊招來的人員屈萬里、張秉權、劉淵臨等繼續協助董作賓工作。
胡適弄出的這個方案，由於內含不足為外人道的微妙關係，自然引起了外界議論與猜忌。如有李敖者就曾對此放言道：“董作賓丟掉史語所所長以後，無組可歸，於是專門成立了一個'甲骨學研究室'，這是為了脫離李濟的壓力、挽回自己面子的一個伏筆——他也預備有朝一日脫組而出，另成立'甲骨學研究所'。可是所未成而身先歿。”事情就這樣泡了湯。李敖所說有無道理尚可討論，但謂董作賓“身先歿”，則是1963年的事了。這一年的台灣學界不止董作賓一人去世，走在他前面的重量級人物還有兩位，一是朱家驊，另一位就是董同龢。
對於董作賓等三人的死，石璋如在晚年曾以哀惋的心情說：“五十二年真是不幸的一年，有好幾位同仁過世。1月3日晚，王志維電告朱前院長於當日下午去世。朱先生是研究院奠基南港的重要人物，任期也長，對研究院有所貢獻，老同仁對他都有感情，聽說了訊息都非常難過。”朱家驊去世後，於5月15日安葬於陽明山。按石璋如的說法，“由於上山耗時較久，十點鐘始舉行安葬式，稍微公祭一下十點半即結束，比起胡先生簡單得多”。
很顯然，與胡適比起來，朱氏的葬禮“簡單得多”的根本原因恐怕不是一個上山費力耗時可以解釋的，其背後深層的原因一言難盡——儘管死後蔣介石親臨弔唁，並特贈“愴懷勳碩”挽額，其間的裂隙和隱情又令旁邊者看得分明。無論如何，朱家驊作為在中國政壇、學界曾呼風喚雨、威震朝野、縱橫三十餘年的重量級“大鱷”，就這樣從芸芸眾生的視線中消失了。
朱家驊入葬33天后，即6月18日，董同龢隨之而去。石璋如說：“董同龢先生是我們同輩之中最聰明能幹，也最用功的人，常有自己的主張，連傅先生也說服不了他。在抗戰大後方，他還是副研究員的時候就獲得過楊銓獎學金，可見才氣之高。”石氏所說的董獲獎金之事，是在四川的李莊。那時的董同龢可謂風華正茂、意氣風發、心高氣傲，大有緊隨傅斯年“目空天下士”的氣勢。可惜天妒英才，不幸患了肝癌，未能掙脫死神的召喚，至堪扼腕。
董同龢走後5個月的11月23日，董作賓先生也過世了。石璋如說：“恰逢美國總統甘乃迪（肯尼迪）遇刺身亡日，我們說董先生是大人物，能與甘乃迪同日過世。董先生的身體底子並不壞，只是不愛運動，而且董先生既忙著《大陸雜誌》社的事，又擔任所長，去香港任教回台又擔任甲骨文研究室主任，事情非常忙，因此同仁曾勸他裝假牙，但他忙到沒有空去。牙齒不好就吃不好，連帶消化不好影響健康。董先生要是早日治好牙齒的問題，身體就容易養好了。”
作為同鄉兼同事，一起共事幾十年的石璋如，可謂對董作賓有深透的了解。但世間的事往往旁觀者清，當局者迷，董作賓可能意識不到一個牙齒的問題竟引來這麼多麻煩，且引得死神找上門來糾纏不休，最後竟把命丟掉。不過，石氏之說也只是一家之言。據董作賓的兒子、曾給蔣介石當了幾十年御醫的董玉京說，董作賓在此前許多年就已患有高血壓、心絞痛、心肌梗死症和有家族性遺傳的糖尿病等，正是這成堆的疾病綜合徵，導致其在不該中風的年紀就已得過一次輕癱，而且一直未能複原。
從董玉京後來編寫的年表可知，1959年，也就是董作賓從香港返台8個月後的5月10日，就“忽膺中風，不能言語，入台大醫院治療三月而愈，然自後語言即告蹇澀”。之後，董氏的身體每況愈下，直至再度心髒病復發和中風不治。前往醫院探視的石璋如等人看到：“董先生嘴巴歪了，也無法言語，當時大家醫學知識有限，均不知是何毛病，後來才曉得是中風（腦溢血）。董先生住院期間，女兒常在旁照顧，董先生經常昏迷，神誌不清，連拉出屎都渾然不覺，吃得也很少，偶而才神智清醒，還能說笑，這時症狀應該是稍有改善了，吃得也比較多。特別是11月22日，董先生清醒過來，交代了一些話，我們都稍微安了些心。沒想到23日董先生就過世了。像他平常是這麼痛快的一個人，身體要是不好，也不能拖這麼長時間，在臥病住院近八個月期間，想必受了不少罪，難受之至。”
1963年11月13日，董作賓於台大醫院病逝。舉殯日，即以台灣大學、“中央研究院”、“教育部”、親朋故舊等組成治喪委員會，其規格與胡適喪事基本相同，治喪主委同為“教育部”部長黃季陸。因“中央研究院”的學人在兩年中就失去了胡、朱、翁、董四位重量級大腕儿，治喪委員會決定把這四位學者安葬的墓地正式命名為“南港學人山”。當天公祭時，黃季陸、錢思亮、王世傑、孔德成、李濟等為主祭，蔣介石親自書寫挽額“績學貽微”致賜。國民黨大佬於右任、莫德惠、葉公超以及“副總統”陳誠等高官大員與席，學術文化界同仁哀悼，執紼者千餘人。有20餘家機構，6輛小車，4輛大車，一路浩浩蕩盪，從殯儀館送到南港，葬於“中央研究院”高山之陽，與胡適墓為鄰。一代甲骨學大師就此告別人間。董作賓的去世，標誌著史語所一根堅實的宏大支柱轟然倒塌，而與董氏匹敵者只有李濟與石璋如和稍年輕一點的高去尋等幾人，尚在暮年的風雨黃昏中苦苦支撐。整個史語所也進入了拉幫結派，爭權奪利，人員進出紛亂的迷濛歲月。因為組建“中央研究院”民族所的緣故，原本由鐵哥們逐漸產生間隙的凌純聲與芮逸夫兩員大將公開決裂，各自拉桿子鬧獨立。李濟如同控制一艘在巨大風浪中搖晃得厲害的輪船，不得不全力以赴為之掌舵，其間雖有許多國外大學邀請其前往任職，均遭拒絕。為此，一直對恩師這一做法不太理解的張光直認為李是戀棧，不願捨棄自己到手的地位而放手讓給別人來做，直到晚年才有所頓悟：“我強烈地意識到，李濟一生之所以一再拒絕美國一些大學提供職位的邀請，沒有移民過去，最根本的原因是他感到自己必須留在國內看到安陽研究的全過程。到了李濟先生逝世前，殷墟發掘出來的大部分資料均已公諸於世。為此我們不能不感謝李先生數十年如一日盡守他領導殷墟發掘的職責。”
張光直的悟性在同代人中堪稱一流，對李濟內心的了解也遠遠超出一般的同學故舊，不能說當年李濟堅定地押運國之重器遠赴台灣，像胡適使美、梅貽琦保管清華基金一樣，也是為了一件“大事因緣”而來，但內中也確實含有這一層成分，至少是為了一種責任和一個學者的文化良知而來。既然國之重寶已運抵台島，作為這批寶藏的發掘者與保護、研究者，就理應負起相應的責任，並把這種責任與國家民族的學術命脈聯繫起來。正是為了這一責無旁貸的歷史使命，當李濟進入80歲高齡生命的後期，用英文寫成了一部全方位總結安陽殷墟發掘的具有經典意義的劃時代著作《安陽》，先後在美國和日本先後出版。李氏這個做法的目的，就是要把殷墟的研究成果和中華民族的光榮歷史展示於東西方學術界，為悠久輝煌的中國文化和這個文化孕育出的中國學者爭得一世界性名譽。遙想當年烽火連天的抗戰歲月，李濟攜家帶口自南京而長沙，由長沙而桂林、越南、昆明直到四川南溪李莊，一路顛沛流離，歷盡艱難困苦。好容易盼到抗戰復員回京，內戰又起，在山搖地動的1948年底，李濟攜妻與唯一的兒子、時正在上海同濟大學讀書的李光謨登上“中鼎”號軍艦，押運一批重寶渡過波濤洶湧的台灣海峽，抵達基隆再轉赴台北。按照李濟的計劃，其子到台後可進入台大讀書，繼續完成學業。但年輕的兒子李光謨在台北住了三個月後，覺得此地人多嘈雜，社會治安混亂不堪，沒有什麼可看、可玩的地方，一度心情比較鬱悶。正在這時，李光謨收到了上海同濟大學幾個同學的書信，希望他回到大陸，一起學習。年輕的李光謨為同學們的友情所吸引，徵求父母同意後，隻身一人重返大陸，繼續在上海同濟大學讀書。令一家人意想不到的是，隨著戰爭形勢急轉直下，李光謨再也沒有回台灣的可能了，這一別竟成永訣。此後的歲月，李濟夫婦在台北，李光謨在北京，雖父（母）子情深，但海峽阻隔，信息斷絕，只有依依思念之情牽動著三顆跳動的心相互碰撞纏繞，遙遙祝福。隨著南燕北來，雲卷雲舒，悠忽幾十個春秋過去，李濟已進入垂垂老矣的暮年。而隨著一批親朋故舊的先後離世，李濟思念故土的心越加強烈，他深情地懷念著留在大陸的朋友梁思成、梁思永兄弟，當然更思念自己的兒子李光謨，以及在昆明與李莊相繼駕鶴西去的鶴徵、鳳徵兩個愛女。對親人故舊的思念之情，於李濟的心中漸漸鬱結成一枚堅硬的化石而揮之不去，在寫給費慰梅的信中，李濟傷感地說道“和我有著同樣觀點和感情的老朋友們一個個地逝去，無疑削弱了我對周圍事物的親密感”。這是李濟一生中親筆書寫的最後一封個人信函，此時的他已是油乾薪盡，即將帶著欣慰與遺憾告別人世。
1979年8月1日，李濟因心髒病猝發在台北溫州街寓所逝世，是日恰為他親手創建的台灣大學考古人類學系成立30週年。
人生有限，文章千秋，薪盡火傳。李濟走了，其精神思想卻伴著他留下的皇皇著作注入後來者的血液，化為一種新的精神力量，激勵後學繼續在科學的蜿蜒小徑上奮力前行。正如張光直所言：“對於任何一個願意研究中國考古學即願意研究中國古代器物的人而言，李濟的考古學著作都是必讀的，直到可以預見的未來仍將是這樣……很可能有人會批評他沒能顯示出理論上的全能本領，指責他在晚年沒能夠甚或不願意更多重視瓦爾特·泰勒的'結合法'。但是迄今為止，在中國考古學這塊廣袤的土地上，在達到最高學術典範這一點上，還沒有一個人能超越他。隨著他的過世，一個巨人消失了。”
就在李濟去世24年後，台灣島內傳出了有關石璋如病逝的消息。據《聯合報》2004年3月19日報導：
被譽為“考古人瑞”的第一代中國考古學者和中國考古學泰斗、現任台灣“中央研究院”院士石璋如，3月18日上午10時52分因心臟衰竭，在台灣國泰醫院病逝，享壽104歲。
石璋如不但是中國考古學的奠基者之一和中國考古學泰斗，也是台灣當代考古工作的奠基者，他的逝世為中國現代考古學第一代畫上了一個徹底的句號。
石璋如一生展現了一個學者的“韌性”，他在70歲以前發表的著作都是單篇的研究，但在70歲以後卻開始發表著作，愈老愈努力，愈有成就。據說，石璋如在生命晚期仍對大陸充滿眷戀，對學術充滿雄心，他在病中的夢話常是安陽、小屯等地名，或是與考古夥伴在田野工作的情形。在後輩學人的眼中，石璋如是一位“一生唯一念”的學者。
在人生的晚年，躺在病榻上的石璋如，夢中經常回到安陽小屯繼續他的發掘工作，於清醒時分也經常憶起他在大陸走過的山山水水，特別是抗戰八年萬里流徙越過的高山大川。他沒有忘記四季如春、花鮮果豔的春城昆明，還有那敵機轟炸的淒慘情景；更沒有忘記避住了六年之久的四川李莊板栗坳那留下了他生命印記和溫情的山間民居；沒有忘記揚子江盡頭那滔滔江水和滾滾波浪給他帶來的澎湃激情——當然還有那融入他血液中的山野田疇與鄉土人情。就在去世的前三天，石璋如托台灣“中央研究院”近代史研究所的研究員陳存恭，把最新出版的《石璋如先生訪問錄》（南按：陳為訪問者之一）拿到醫院的病床前，用顫抖的手親筆簽名後，叮囑陳氏把這部有大量篇幅記載抗戰時期史語所與自己在長沙、昆明、李莊居住、生活、工作內容的回憶錄，寄往四川省宜賓市李莊鎮人民政府，以示對這塊土地與人民的感激、懷念之情——這是石璋如在臨終前所留下的最後筆跡，也是與祖國大陸最後一次交往，而聯結的終點，則是承載了他青春和夢想、永生難忘的——中國李莊。