陳寅恪沒有死去，只是被困在居處不得動彈，與家人共同承受著戰爭的災難。在整個港島大混亂、大失控的槍砲與硝煙之中，他需要盡快設法找到一條逃亡之路。但此時，香港與中國大陸之間，無論是陸地、海上還是空中，三位一體，所有的交通、書信、電傳、票匯等一切全部斷絕。香港大庫的存糧全部被日軍封存，以供軍需。伴隨而來的是學校停課、商店關門，糧荒四起，大街小巷散落著滿地的垃圾和在寒風中躥動飄舞的疲舊報紙。昔日港島歌舞昇平的繁榮景象，似乎在一夜之間全面崩潰，霎時籠罩在一片蕭條破敗之中，整個香港已成為一座墳墓式的孤城。在這種混亂危局中，要想在短時間內逃出孤島，幾無可能。無奈中的陳寅恪一家老小，只有伴隨著這座孤城和孤城中幾近絕望的人群，開始在日軍的鐵蹄下痛苦地呻吟。陳氏的弟子蔣天樞後來在記述這段“事輯”的按語中寫道：“如非日本挑起太平洋戰爭，（陳寅恪）赴英倫之舉或終能成行。先生離北平時，右眼視網膜已發現剝離現象，若得至英倫，眼疾當可醫治痊复，不致終於失明。”走筆至此，蔣氏慨歎曰：“天歟，際遇之不幸歟？”
陷入港島的陳寅恪確是遭到了天命與際遇雙重的不幸。由於學校關門，糧庫封鎖，錢糧來源皆已斷絕，只靠一點存糧維持一家人的生命。陳氏困坐家中，惶惶不可終日。為節省口糧，唐篔開始強行控製家人進食，孩子們吃到紅薯根、皮，甚覺味美無窮。忽一日，日軍又要徵用陳寅恪家所租住樓房作為軍營，勒令所有住戶限期搬出。然而街上交通封閉，日軍在路口架設鐵絲網，動輒開槍殺人，常有過路者無故中彈倒地而亡。聞知將遭驅逐的消息，全樓人驚慌失措，皆感大禍臨頭又莫不知何應對。陳家女兒流求清楚地記得，“那天早晨母親含著眼淚，拿一塊淡色布，用毛筆寫上家長及孩子的姓名，出生年月日及親友住址，縫在4歲的小妹美延罩衫大襟上，怕萬一被迫出走後失散，盼望有好心人把她收留。如此情景，不僅全家人眼眶濕潤，連正要告辭返鄉的保姆也哭了。”危難之中，陳寅恪決定不再顧及個人安危，豁出性命與日軍一搏，遂毅然下樓與凶悍的日軍交涉，終使對方同意延長時日，以留出居民搬遷的空隙。後因這支軍隊突然奉命開往新的戰場，全樓才得以倖免。陳家那位原本有些牛氣哄哄的房東對這位在日軍面前大義凜然，且能用日語交涉的窮教授自此刮目相看，尊禮有加。
剛剛躲過被驅逐的厄運，夜幕沉沉中，忽又傳來對面樓上爆出陣陣淒慘的哭叫聲與廝打聲，睡夢中的陳家驚恐而起，緊張地聽著外面的動靜，直到天將大亮哭叫聲才漸漸平息。次日有鄰居轉告，說是昨夜前方樓上一家五個花姑娘遭到日本大兵的強姦污辱。此時陳家大女兒流求已上初中，母親唐篔聽罷打了個寒戰，立即從身旁摸過剪刀，一把拉過流求，不由分說，“嘁裡喀喳”發剪掉，又找出陳寅恪的舊衣讓其穿上，女扮男裝，以躲避可能的不測。恰在此時，又傳來蔡元培夫人家中遭劫的消息，陳寅恪急忙跑去一看，蔡家錢物被洗劫一空，據說是當地一夥不法之徒趁亂所為。蔡夫人悲慟不已，幾次昏死，陳寅恪欲助其難，但已是泥菩薩過河——自身不保，只好空言勸慰，以減輕對方精神苦痛。
在不能出門、無法逃亡，只有苦撐待變的日子裡，陳寅恪強支病弱之軀，取一巾箱坊本《建炎以來系年要錄》（十二卷）倚床抱持誦讀。此為宋代史家李心傳所撰，建炎是南宋高宗趙構的年號。自建炎以來，正是強鄰壓境，中國由統一走向分裂的時代。戰與和、忠與姦、愛國與賣國、抗戰與投降的矛盾貫穿著這一時期的進程。當讀到汴京圍困屈降諸卷，淪城之日，謠言與烽火同時流竄。陳氏取當日身歷目睹之事與史實印證，不覺汗流浹背，有切腹之感受。在書的最後一卷，陳寅恪跋曰：“於萬國兵戈飢寒疾病之中，以此書消日，遂匆匆讀一過。昔日家藏殿本及學校所藏之本雖遠勝此本之為訛脫，然當時讀此書猶是太平之世，故不及今日讀此之親切有味也。”建炎以來志士仁人堅守民族氣節的愛國事蹟，激起了陳氏共鳴。未久，駐港日本憲兵首領得知陳寅恪乃世界聞名的學者，便祭出安撫、拉攏之道，欲令其為日本謀事。對此，令幾個憲兵拉兩袋當時在港島已極其緊缺、而陳家又特別急需的大米以示恩賜。陳寅恪夫婦見狀並得知來歷，竭盡力氣把已放於室內的米袋拽了出去，奉令行事的憲兵嗚裡哇啦地說著鬼話又一次搬回，陳氏夫婦再度拽出。如此往復多次，最後陳寅恪面帶怒容用日語高聲斥責憲兵，並告知寧肯一家餓死也不要這來歷不明的大米，憲兵們見狀，知強迫無用了，不再爭持，將米袋拉了回去。
事情並未就此了結，春節過後，忽有一位自稱陳寅恪舊日的學生來訪，謂奉命請其到淪陷區廣州或上海任教，並撥一筆巨款讓陳老師籌建文化學院。陳寅恪聽罷，憤而將對方趕出家門，並謂“你不是我的學生”。待靜下心來一想，感到自己的處境越來越危險，說不定哪一天會被日偽漢奸強行利用，想要不與狼共舞，就必須想方設法逃離港島。而這時，在重慶的朱家驊已拍發密電至澳門，委一國民黨地下人員告知陳寅恪，謂某日將有人攜款由澳門至香港某地等候接應，請陳寅恪設法與其人接頭，並攜家眷按計劃出逃。但這位攜款人由澳門赴香港五次接頭，均因日軍盤查甚嚴，未達到目的。陳寅恪眼見形勢緊迫，知事不可為，遂產生了冒死突圍的想法，經過一番籌劃與化裝打扮，陳氏攜全家老小於1942年5月5日夜，乘一艘運糧的小商船，在夜幕掩護下悄悄逃離了墳墓般的孤島，並在抵達澳門時得以與接應者謀面。對方奉朱家驊之命送來由中央研究院和中英庚款基金會共同拔發的款項一萬九千元，另有部分逃亡的川資。飢寒交迫的陳寅恪得到這筆款子，如得天助，遂攜家踏上了逃往內地的歷程。先是由澳門乘船取道廣州灣（即湛江），再由陸路乘車向內地進發，一路艱苦跋涉，於6月抵達廣西桂林。
關於逃難經過與顛沛流離之苦，陳寅恪在1942年6月19日致傅斯年信中有一段泣淚滴血的敘述：“此次九死一生，攜家返國，其艱苦不可一言盡也，可略述一二，便能推想，即有二個月之久未脫鞋睡覺，因日兵叩門索'花姑娘'之故，又被兵迫遷四次；至於數月食不飽，已不食肉者，歷數月之久，得一鴨蛋五人分食，視為奇珍。此猶物質上之痛苦也。至精神上之苦，則有汪偽之誘迫，陳璧君之凶惡，北平'北京大學'之以偽幣千元月薪來餌，倭督及漢奸以二十萬軍票（港幣四十萬），托辦東亞文化會及審查教科書等，雖均已拒絕，而無旅費可以離港，甚為可憂，當時內地書問（信）斷絕，滬及廣州灣亦不能通匯，幾陷入絕境。忽於四月底始得意外之助，借到數百港元，遂買舟至廣州灣，但尚有必須償還之債務，至以衣鞋抵值始能上船，上船行李皆須自攜，弟與內子俱久患心髒病，三女皆幼小亦均不能持重物，其苦又可想見矣！”
同一日，陳寅恪在致朱家驊、葉企孫、王毅侯和傅斯年等四人的信中補充道：“弟於疾病勞頓九死一生之餘，始於六月十八日攜眷安抵桂林。”又說：“當時實已食粥不飽，臥床難起……其苦悶之情不言可知，至四月底忽奉騮公密電，如死復生感奮至極。”
脫離虎口，流亡到桂林後，陳寅恪的心情如同久霾的天空忽然晴朗，正如給好友劉永濟的信中所言：“弟前居香港半年，每食不飽，後得接濟，始扶病就道，一時脫離淪陷區域，獲返故國，精神興奮。”而當遠在樂山武漢大學任教的其兄陳隆恪得知乃弟尚活在人間，且在港島被困期間不食敵粟，設法擺脫倭督及汪偽漢奸的糾纏，攜家安全脫險，慶幸之餘又越加敬佩，即寫《聞六弟攜眷自香港脫險至桂林》詩一首作為紀念，內中有“辛苦識君來”“正氣吞狂賊”兩句，以示對這位富有民族氣節的胞弟的稱讚與嘉賞。
抵達桂林的陳寅恪一家，最初落腳於中央研究院物理研究所。 1938年初，長沙臨時大學與中研院史語所、社會科學研究所等機構撤離長沙遷往昆明時，物理所、地質所、心理學所等三個研究所也隨之撤離。鑑於各方面原因，三個所抵達桂林後不再前行，索性在離桂林市40華里外的良豐鎮郊外山腳下安營扎寨住了下來。陳寅恪一家到達桂林，根據朱家驊電示，中研院物理研究所所長丁西林專程派車把陳氏一家接到所內暫住。歷盡千險萬難，死裡逃生的陳家，對這一歷史性的會面，自是百感交集，愴然難忘。
按照陳寅恪女兒流求的說法，“父親原打算繼續上路赴四川李莊歷史語言研究所”，而史語所的同仁也翹首以待，渴盼著大師的到來，為這座萬里長江第一古鎮增添新的活力與砝碼。遺憾的是，陳寅恪夫婦身體狀況均不允許繼續前行，使這一計劃隨著歲月流逝而漸漸偏離了前行的軌道，終致大師的身影與李莊擦肩而過。
1942年8月1日，陳寅恪給傅斯年信中道出了自己不能繼續前行的詳情：“然二月之久，舟車勞頓，旅舍喧呼，俟到山中，稍獲休息。豈知久勞之後，少息之餘，忽覺疲倦不堪，舊病如心跳不眠之症，漸次復發。蓋神經興奮既已平靜，大病又將到而尚未到矣，此時必須再長期休息，方可漸復健康。若短期內再旅行，重受舟車勞頓之苦（旅費亦將無所出，此姑不論），必到目的地，恐將一病不起矣！前上一書言，欲與中英庚款會商量，設一講座於廣西大學，即是此旨，想蒙諒解。”信中可見，身心俱疲的陳寅恪很有些打退堂鼓的意思，並極想在桂林這個山青水秀的古城小憩一陣，等身體復原後再作他圖。
此前，陳寅恪已致信中英庚款負責人杭立武，商量設講座事，已蒙同意，所聘薪金由中英庚款與廣西大學合出，為兩家合聘之局，每週開課三小時，只是“月薪則不多”。但慮及“半年或數月之內，弟個人及全家皆不能旅行，又不可無收入以維持日食，授課之時既少，可整理年來在港大講授舊稿，藉此暫為休息過渡之計，作漸次內遷之準備”。
陳氏對自己面臨的窘境和日後打算說得極為清楚，但此信尚未發出，重慶方面的中央研究院總幹事葉企孫，已命人於前一日將聘書匆匆發往桂林，請陳寅恪出任“中央研究院歷史語言研究所專任研究員”。而這一切，正在李莊主持工作的史語所所長傅斯年卻蒙在鼓裡。當得知葉企孫竟瞞著鍋台上了炕，置自己這位史語所掌門人於不顧，膽大妄為，擅自聘陳寅恪為“專職”之後，傅斯年怒火頓起，立即以筆當炮向葉企孫討伐起來。
葉企孫，1898年生於上海一個知識分子家庭。據葉後來自述：“父親是科舉出身，研究古書的經史部分。”又說“吾從十幾歲起，讀了相當多的古書，例如曾讀完詩經，禮記和左傳。這些古書使吾有正統思想。1931年入清華學校，又學了一些歐美資產階級思想。”
1918年，清華學校畢業後，葉企孫入美國芝加哥大學物理係就讀。 1920年獲碩士學位，轉赴哈佛大學研究院攻讀實驗物理，1923年獲哲學博士學位，旋即旅遊考察歐洲各國的著名大學，與國際一流大師交流。 1924年回國，應東南大學之聘擔任物理學副教授。 1925年8月應清華大學之聘，擔任物理學副教授，同時開始了理學方面的畢生創業。 1929年出任清華大學理學院院長、校務委員會主席兼代理校長。抗戰爆發後隨校南遷，出任西南聯合大學物理系教授、清華大學特種研究委員會主席、校務委員。
1940年，隨著蔡元培在香港去世，朱家驊經過激烈角逐如願以償登上中央研究院代院長的寶座，傅斯年出任總幹事，後傅氏體力漸漸不支，不得不重新考慮找人頂替此職。朱家驊與翁文灝、傅斯年反复商量權衡，決定請葉企孫出山。經過一番周折，葉企孫與梅貽琦終於答應了朱家驊的要求。 1941年9月11日，梅貽琦致信葉企孫“足下之去中研院，在清華為一重大損失，在琦個人尤感悵悵，但為顧國內一重要學術機關之發展起見，不應自吝，乃不得不允君請假，暫就該院職務。”9月底，葉企孫離開昆明飛赴重慶，正式接替傅斯年出任中央研究院總幹事職。傅則於同年12月初，攜妻帶子離開重慶，遷往李莊。
葉企孫與陳寅恪在北平清華園時期就來往密切，堪稱摯友。盧溝橋事變前後，葉與陳曾就戰爭局勢與南遷之事多有商談，直到隨校遷往長沙、昆明，二人仍保持深厚的友誼。當陳氏攜家由港抵達桂林的消息報告到中央研究院總辦事處，葉企孫遙望東南，以極大的熱情和愛心關注著這位三百年才出一人的史學大師的命運。未等陳寅恪伏筆作書報告詳情經過，葉以上海人特有的細膩與精明，開始為陳氏未來的生活打起了算盤。 1942年6月9日，葉致書李莊的傅斯年，大意說：陳寅恪已到桂林，史語所是否有聘其為專任研究員的打算？月薪多少？又說：“薪似可從一月份支起，但從六月起實付寅恪，以前五月薪抵消旅費之一部分。以寅恪夫婦之身體論，住昆明及李莊均非所宜，最好辦法，似為請彼專任所職，而允其在桂林工作，不知尊意如何？”
傅斯年接信看罷，心想這個葉企孫在雜事紛繁中還惦念著寅恪的工作和一家的生計，其心可感，其情可佳，實乃寅恪不幸之中的大幸。但有一點是傅斯年斷然不能同意的，這便是專職與兼職之區別，他在隨後復葉企孫信中說：陳寅恪來史語所任專職，則是傅氏本人及全所同仁渴望日久之事，但由於中央研究院和本所有嚴格的製度和服務規程，故陳寅恪不能常住在桂林而遙領本所專任研究員薪水，必須來李莊住在史語所租賃的房中辦公，才可以拿專任之薪。如果陳果能來李莊，其薪金自應為六百元又臨時加薪四十元。否則，不能為之。傅斯年再度搬出為梁思永治病，把史語所醫務室弄得完全破產的尷尬之事以說明自己是個“於人情之可以通融者無不竭力”之人，而如今“寅恪兄自港返，弟主張本院應竭力努力，弟固以為應該，然於章制之有限制者，則絲毫不通融。蓋凡事一有例外，即有援例者也”。此信寫罷，傅斯年似覺仍有話沒有解釋清楚，又在信箋上端一空白處特地註明寅恪何以歷來稱為“專任研究員暫支兼任薪”之故云雲。
葉企孫接信後，覺得傅斯年所言有理，於是在6月30日回信說“關於寅恪事，尊見甚是，請兄電彼徵詢其意見，徜彼決定在李莊工作，清華方面諒可容許其續假也。寅恪身體太弱，李莊昆明兩地中究以何處為宜，應由彼自定。”
傅斯年接信，沒有按葉企孫所言去做，理由是：“以前此已兩函與之商榷此事，而電文又不能明也。然寅恪來信，未提及弟信，來信囑弟托杭立武兄設法在廣西大學為彼設一講座云云。”
按傅斯年的意思，既然我兩次寫信問陳氏來不來李莊，何時來李莊，並把李莊的地域特點、風土人情都作了詳細介紹，但陳氏回信除了說自己“正在著作，九月可完”外，“絕未談及到李莊事”。這讓傅斯年深感不解又有點窩火，心想你到底是來還是不來，總該有個說法，如此裝聾作啞是何道理？在此種心情驅使下，索性把葉信扔到一邊不再搭理。
7月下旬，中央研究院總辦事處辦事員劉次簫在致傅斯年的信中附一消息說：“葉先生函商院長聘陳寅恪先生為專任研究員，月薪六百元外加薪四十元，院長已批准照辦。俟葉先生將起薪月日函復核，聘書即當寄貴所轉寄桂林也。”
這一突然而至的消息，令傅斯年“甚為詫異”，心想自己並沒有收到陳寅恪馬上來李莊的信函，又沒有變更此前的意見，“何以忽然有此？”儘管傅心中不甚痛快，但想到信中有“寄貴所轉寄桂林”一語，稍感釋然。按傅的打算，待聘書一到李莊，即將其壓下，爾後再修書與葉企孫理論不遲。大出傅氏意料的是，7月31日又突然接到中研院辦事處職員王毅侯信，告之曰：“發寅恪兄聘書已辦好，企孫兄函囑徑寄桂林，免得轉遞之煩。並云一月至五月領薪由院保留作抵消旅費之一部，弟本日寄寅恪一函，徵其同意（函稿另紙抄奉）。”又說：“自6月份起全部寄交先生應用”云云。
傅斯年看罷此信，如同平空挨了一記悶棍，當場把信摔在地下，大喊一聲“他憑什麼！”跳將起來，對葉企孫表示極大不滿。 8月6日，傅斯年向葉企孫發出了一陣連珠炮式的“聲明”：
一、弟絕不承認領專任薪者可在所外工作。在寅恪未表示到李莊之前，遽發聘書，而6月份薪起，即由寅恪自用，無異許其在桂林住而領專任薪。此與兄复弟之信大相背謬。
二、自杏佛、在君以來，總幹事未曾略過所長直接處理一所之事。所長不好，盡可免之；其意見不對，理當駁之。若商量不同意，最後自當以總幹事之意見為正。但不可跳過直接處理。在寅恪未表示到李莊之前，固不應發專任聘書，即發亦不應直接寄去（以未得弟同意也），此乃違反本院十餘年來一個良好Tradition之舉也。
三、為彌補寅恪旅費，為寅恪之著作給獎（或日後有之，彼雲即有著作寄來），院方無法報銷，以專任薪為名，弟可承認。在此以外，即為住桂林領專任薪，弟不能承認。此事幸寅恪為明白之人，否則無異使人為“作梗之人”。尊處如此辦法，恐所長甚難做矣。弟近日深感力有不逮，為思永病費，已受同仁責言。今如再添一個破壞組織通則第十條之例，援例者起，何以應付。此弟至感惶恐者也。
如此言詞激烈的戰鬥檄文作完後，傅斯年仍覺尚有千頭萬緒的複雜言語沒有盡情說出，於是繼續揮動大筆，以家長對孩子、老師對學生、長輩對晚生的口氣教訓、指導起來：
即令弟同意此事，手續上亦須先經過本所所務會議通過，本所提請總處核辦。總處照章則辦理。亦一長手續也。又及與此事有關院章各條文：
組織通則第十條，專任研究員及專任副研究員應常在研究所從事研究。
服務通則第二條，本院各處所及事務人員之服務均須遵守本通則之規定。
此外，間接有關者尚多，故領專任研究員薪而在所外工作，大悖院章也。
8月14日，傅斯年的激憤心情已趨平和，怕陳寅恪接到電報後產生誤會，“此固以寅恪就廣西大學之聘已解決，然或有得罪寅恪太太之可能”。於是又即刻修書一封，先是促其儘速遷川，“瞻念前途，廣西似非我兄久居之地”，“若不早作決意，則將來更因難矣”。爾後對自己不滿葉企孫發聘書之事，又向陳寅恪作了詳細說明和解釋：“此事在生人，或可以為系弟作梗。蓋兄以本院薪住桂，原甚便也。但兄向為重視法規之人，企孫所提辦法在本所之辦不通，兄知之必詳。本所諸君子皆自命為大賢，一有例外，即為常例矣。如思永大病一事，醫費甚多，弟初亦料不到，輿論之不謂弟然也。此事兄必洞達此中情況。今此事以兄就廣西大學之聘而過去，然此事原委就不可不說也。”
8月30日，陳寅恪复信傅斯年：“弟尚未得尊電之前，已接到總辦事處寄來專任研究員聘書，即於兩小時內冒暑下山，將其寄回。當時不知何故，亦不知葉企孫兄有此提議。（此事今日得尊函始知也，企孫只有一書致弟，言到重慶晤談而已。）弟當時之意，雖欲暫留桂，而不願在桂遙領專任之職。院章有專任駐所之規定，弟所素知，豈有故違之理？今日我輩尚不守法，何人更肯守法耶？此點正與兄同意也……以大局趨勢、個人興趣言之，遲早必須入蜀，惟恐在半年以後也。總之，平生學道，垂死無聞，而周妻何肉，世累尤重，致負並世親朋之厚意，唏已。”
在信的附言中，陳寅恪補充道：“所中諸友乞均道念，如欲知弟近況者，即求以此函與之一閱也。中山、貴大、武大皆致聘書，而中央大學已辭了，而又送來並代為請假（怪極）。弟於此可見教書一行，今成末路，蓋已不能為生，皆半年紛紛改行，致空位如此之多，從未見銀行或稅關之急急求人也。庾子山詩云：'何處覓泉刀，求為洛陽賈。'此暮年之句也。”
陳氏不愧是傅斯年的莫逆之交，他已從傅信中解讀出“本所諸君子皆自命為大賢”的個中況味，為了不致引起諸位“大賢”的誤會，陳寅恪特以這種一切盡在不言中的方式，為傅斯年不動聲色地予以解困。陳氏出身家業正值興旺的名門望族，沒有破落大戶傅斯年那種自喻為“吾少也賤”的人生背景和復雜經歷，有人云：“陳寅恪只是一位兩耳不聞窗外事的書呆子式大師爾！”但通過此次對自己潔身自律，對世事的洞達明晰，以及為傅斯年巧妙解脫史語所同仁可能產生誤會所獻的移花接木之術，可見此言大謬。此舉正應了吳宓當年讚譽陳寅恪之語：“不但學問淵博，且深悉中西政治、社會之內幕。”通觀陳寅恪一生為人處世的態度和方式方法，不但不是埋頭書齋的考據家或“書呆子”，而是一個洞察幽微知曉天下事理的臥龍式人物。
陳寅恪這邊已得到安撫，重慶方面的葉企孫迫於壓力，亦來信向傅斯年做了道歉式解釋，但傅斯年仍不依不饒，复函中明確表示“為國家保存此一讀書種子”，還是要聘請陳寅恪就任史語所職，並以長者或老子輩對待孫子的架式，指令葉企孫再給陳寅恪發一聘書，傅在信中親自列出了聘書的文字格式：
“專任研究員暫適用兼任研究員之待遇”月薪一百元外暫加薪四十元注：此為十年相沿之公式（最初“為適用特約待遇”）。有換文，兩方輪轉，後來不轉了。如改此式，恐須先在本所所務會議中一談，弟覺此式似可不必改也。
葉企孫接到傅斯年的指令，甚感不快，回想自己在清華的地位與勢力，曾幾度出任代理校長，掌管清華一切事務，就連德高望重的梅貽琦也讓著七分。而今身為中央研究院一人之下的總幹事，居然連發個兼職人員聘書這種小事也要由“太上總幹事”親自授命，真是莫大的恥辱。想到此處，葉企孫臉呈紫紅色，憤怒地當著總辦事處工作人員的面大聲說道：“傅斯年此人太過於high－handed（霸道）了！”遂把傅信棄之一邊不再理會。儘管傅斯年“氣魄大，要錢、花錢，都有本領”，且在別人看來“歷來的總幹事，都敬重他而又多怕他”（董作賓語）。但葉企孫卻不吃這一套，他敬傅而不懼傅，心中有自己的主張。見傅斯年來勢兇猛，大有不依不饒之勢，於心灰意冷中理智地採取了敵進我退，惹不起躲得起的戰略戰術，萌生了掛起烏紗帽一走了之的打算。儘管在傅斯年的遙控、指揮、施壓下，葉企孫最終還是給陳寅恪寄發了“兼任”的聘書，但從此不再過問此事，至於陳寅恪是走是留，是死是活，一切都與他無關了。
1943年1月16日，借梅貽琦赴重慶辦理公務之機，葉企孫與之進行了密談，二人商定葉可於夏秋離渝返昆，重操舊業。同年8月，葉企孫不顧朱家驊再三挽留，堅決辭去中央研究院總幹事職，返昆任教。辭卻的公開理由是葉“覺得長期脫離教書，不合適”，“當初離開昆明時，是向聯大請的假，按當時規定不能超過兩年”云云。但據葉的家人（侄女）說，其叔父在中研院的同事曾向她透露，最主要的一個原因則是“跟傅斯年合不來”。葉在中研院的助手何成鈞（按：後為清華物理系教授，仍健在）證實了這一說法，並謂：“葉企孫有東南大學（後並為中央大學）、清華大學與美國學術機構的人脈背景，當時的中央研究院十幾個研究所，人員大多都是這個系統的。葉人緣好，處事公道，很得這些所長與研究人員的歡心。而傅斯年是北大與歐洲系統的人物，這個系統在中研院的人數並不多，傅之所以能在此立腳，還有些作為，就是靠他性格中具有的山東響馬與水泊梁山好漢們那股敢打硬衝的狠勁。但他那一套不是很受人歡迎，葉先生就曾親自跟我講過傅斯年太過於high－handed（霸道），不能跟他共事等話。據說傅斯年到了台灣也還是很high-handed，這是他本人性格決定的，是沒辦法改變的事。”葉辭職後，由物理學家李書華出任中研院總幹事兼物理所所長，未久，李辭職，由物理學家薩本棟繼任。
1943年夏，日軍為殲滅國民黨中央軍主力，由湖北向常德進攻，戰火逼近長沙，桂林吃緊。迫於形勢，陳寅恪只好再度攜家踏上艱難而漫長的逃亡之路，向四川境內進發。一路經宜山、金城江進入貴州境，再過獨山到都勻。原本就有病的唐篔不幸又染上了痢疾，艱難支撐到貴陽後，病情更加嚴重，腹瀉膿血，經月餘調養，復重新上路。此時陳寅恪又身染沈痾，只得咬著牙關繼續奔波，一家人沿川黔公路又經過一個多月的跋涉，總算於11月底到達重慶，住進了姻親俞大維、陳新午夫婦家中。原清華研究院畢業生蔣天樞、藍文徵當時正在重慶夏壩復旦大學任教，聽說陳寅恪一家至渝，相約前往拜謁。陳氏夫婦皆重病在身，臥床不起，見弟子到來，強撐身體倚被而坐。藍文徵來時在街上僅買到三罐奶粉，陳寅恪見後愛不釋手，歎曰：“我就是缺乏這個，才會病成這個樣子呵！”
由於李莊地處偏僻，缺醫少藥，生活艱苦異常，對患病在身，雙目即將全部失明的陳寅恪而言，幾乎無法生存。此前陳寅恪已接到燕京大學聘書，在同俞大維夫婦協商後，陳氏決定赴條件稍好的成都燕京大學任教。於是，在1943年歲暮，身體稍有好轉的陳寅恪夫婦，攜家離開重慶，乘汽車沿川渝公路趕赴成都。許多年後，據李濟之子李光謨說：陳寅恪之女陳流求在給他的一封信中說，“寅恪先生全家由香港返回內地時，他原打算回到史語所工作（去李莊），後因得知李濟兩個愛女不幸夭折，說明當地醫療條件很差，陳先生擔心自己和家人身體無法適應，乃應燕京大學之聘去了成都。”
陳寅恪原是奔李莊而來，最終卻舍李莊而去。自此，一代史學大師失去了李莊，李莊失去了這位三百年才得一見的大師。而史語所同仁與陳寅恪之間的交往也如滾滾長江中游走的魚，漸行漸遠，直至衝出三峽匯入大海的那一刻分道揚鑣，相忘於江湖。