戰事連綿，人心惶惶，日軍飛機對昆明轟炸越來越兇。在這世事紛亂的艱難環境中，無論是吳宓還是陳寅恪，跑過警報還要繼續上課，吳宓仍開設外國文學；陳寅恪除了應付史語所歷史組、西南聯大、北大文科研究所等職責內的各項課業，還拖著病體，靠一隻即將失明的眼睛，硬是完成了奠定其世界級學術大師地位的不朽名篇《隋唐制度淵源略論稿》的寫作。
1939年春，陳寅恪被英國皇家學會授予研究員職稱，並收到牛津大學漢學教授聘書，請其赴牛津主講漢學。校方已安排好該校漢學家休斯副教授充任其副手——這是牛津大學創辦三百餘年來首次聘請一位中國學者為專職教授。面對如此榮光的禮聘，陳寅恪曾兩度辭謝，後考慮夫人唐篔患嚴重的心髒病，不能抵昆團聚，同時藉赴英機會可治療眼疾，遂答應就聘。在得到西南聯大主持校務的梅貽琦同意後，陳寅恪於這年6月下旬乘車由安南轉往香港作赴英的準備。全歐漢學家聞陳氏將來，雲集奧格司佛城，靜坐以待。在重慶的史家、文學家陳衡哲得此消息，曾評論曰：“歐美任何漢學家，除伯希和、斯文赫定、沙畹等極少數人外，鮮有能聽得懂寅恪先生之講者。不過寅公接受牛津特別講座之榮譽聘請，至少可以使今日歐美認識漢學有多麼個深度，亦大有益於世界學術界也。”意想不到的是，抵港未久，歐洲戰火聚起，地中海不能通航，何時能夠起程，沓無可知。陳寅恪茫然四顧，一時不知如何是好，他於港島寫給傅斯年的信中說：“天意、人事、家愁、國難俱如此，真令人憂悶不任，不知兄何以教我。”此時的傅斯年亦無法可想，無奈中的陳寅恪只好於這年9月由香港重新返回昆明西南聯大上課，繼續等待可行的機會。對此遭際，陳氏有《己卯秋發香港重返昆明有作》一詩，藉見其悲感交集之心情：
暫歸匆別意如何，三月昏昏似夢過。
殘剩河山行旅倦，亂離骨肉病愁多。
狐狸狐搰摧亡國，雞犬飛升送逝波。
人事已窮天更遠，只餘未死一悲歌。
1940年暑假，聽說歐洲方面戰況稍有好轉，陳寅恪再返香港等候赴英之機。其理由如致傅斯年函中所言，“英國如能去，則弟必須去，因弟复牛津函言去，故必須踐約也。”想不到這次又出了差錯，剛到香港不久，忽得中國駐英大使郭復初發來電報，謂因時局關係，赴英之事需延期一年。心灰意冷的陳寅恪欲再次孤身一人返回西南聯大，恰在此時，日軍為切斷廣西與越南之間的國際交通線，出兵攻占南寧，陷落崑崙關，滇越交通中斷，致使陳寅恪無法回昆，而夫人唐篔除心髒病外又患子宮病。陳氏走投無路，一面寫信請傅斯年“如本所及聯大有遷地之消息，乞速示知”，一面作攜家眷遷川之打算，並通過許地山在香港大學暫時謀得一客座教授職位，以換取微薄的薪金維持生計。
1941年初，中央研究院史語所已遷往四川南溪李莊，傅斯年致信陳寅恪，告之消息，並云西南聯大也即將遷川，其時已在四川敘永建分校，如在香港不能支撐，可攜家眷由香港直接轉赴四川李莊，專任史語所研究員兼歷史組主任。但此時陳家已一貧如洗，根本無資遷川，處在兩難中的陳氏在走與留問題上搖擺不定，“蓋居港地，進退維谷”。 1941年2月12日晚，幾近陷入絕境的陳寅恪在答傅斯年信中道：
現除飛機外，尚有由廣州灣至桂林一道勉強可通（亦需經過無窮苦難）。內人及小孩等不計其生死存亡，令其遷至廣西居住，通計載運人身及搬運行李，據最近車船夫轎之價，約近四五千元國幣，若此能設法籌出，或者於五六月，敞眷及弟全部可由港至廣西，弟一人赴川而置家於廣西，以免多費川資及免再跋涉之苦。但又不知彼時此道能通與否耳！總之，於今年暑假將屆時，即五月間，能設法為弟借貸國幣五千元或英金百磅（與朱、杭諸公商之如何）以為移家至內地之費，則弟或不致愁憂而死，否則恐與兄無見之機矣！
又近六月來，內子與弟無日不病，只得輪班治療服藥，以二人不能同時治病也，因此病又時發，未能全恢復健康也。所幸近已努力作成《唐代政治史略》一部，約七八萬言，又考證唐人小說二篇（《會真記》、《東城老父傳》）約一二萬言，現因無人謄抄故，尚未能一時寫清寄上求教，約暑假前總可謄清也！
2月28日，陳寅恪再致函傅斯年，作為前封信的補充。
內遷既已決定，則廣州灣亦有製限行李之事，衣被不能多帶，故乘天氣尚寒時，將皮袍棉袍盡量穿在身上帶渝，以為過冬禦寒及當作被蓋之用。如有暇則赴李莊一看情形，以為遷後之準備。大約昆明地太高，心臟不能堪。如不能去李莊，敘永不知如何？
傅斯年接信後，想方設法為陳寅恪籌集川資，但來回奔波幾圈，幾無所獲，最後不得不與西南聯大的楊振聲協商，先從北大文科研究所資助三千元以解燃眉之急。但款尚未寄至香港，通往桂林的路又被日軍截斷，任憑陳寅恪搥胸頓足，仰天大呼自己身家性命如此之苦，但蒼天卻板著面孔，未有半點憐憫之意，陳氏一家只有在水深火熱中倍備煎熬。陳寅恪在給史語所助理研究員鄧廣銘並轉呈傅斯年的信中道：“弟居港下半年，即六月以後便無辦法，行止兩難，進退維谷，頗如待決之死囚，故半年來白髮又添無數莖矣！”同時明確表示：“弟一人至川，而將家眷由廣州灣赴廣西居住，因路短費省，且可略帶行李（運費極昂）”。最後，陳寅恪特地囑鄧廣銘說：
弟到李莊之可能甚多，便中乞告以地方情形，即何物最須帶，何物不必帶之類，以便有所預備也。
當陳寅恪在勢如牢籠的港島左沖右撞，總是突不出重圍之時，震驚世界的珍珠港事件爆發了。
就在珍珠港事件爆發的同日上午8時30分，日軍空襲香港並以第38師團數万人之兵力進攻港島。 13日，九龍半島淪陷，25日港島失守。英國守軍僅經18天抵抗便告崩潰，香港總督楊慕琦打著白旗親到九龍半島酒店向日本派遣軍司令酒井投降，15000名駐港英軍被俘，整個港島為日軍佔領。隨後，日本在香港設立了大本營直轄的佔領地總督，以陸軍中將磯谷為“港督”，受日本“中國派遣軍”總司令節制。
當日軍偷襲珍珠港和繼之空襲港島之日，正是傅斯年從重慶赴李莊的第二天，而到後立即病倒。當傅氏在昏昏沉沉中得知戰火已在太平洋燃起，第二次世界大戰全面爆發的消息後，立即意識到被困在香港的陳寅恪一家性命堪憂，必須立即設法促其離港，於是強撐病體，接連拍發了三封加急電報。
（款）重慶杭立武兄：
務盼設法助陳寅恪兄來渝，電複宜賓轉李莊。
斯年灰三十年十二月十日重慶王毅侯兄：
祈電丁巽甫兄，設法助寅恪離港，先墊款，弟負責料理此事，並陳院長。再此間無存款，前說四千元，均為同仁墊借，乞速匯。
斯年灰香港九龍太子道三六九號三樓陳寅恪：
已電杭及丁巽甫助兄，速飛渝。
斯年灰就在傅斯年為陳寅恪一家命運焦慮不安，拖著病體設法營救之時。鑑於港島已被日軍團團圍住且即將淪陷的危局，重慶國民政府火速派出飛機抵達香港，接應、搶運在戰前滯留在香港的政府要員與著名文化教育界人士。 12月18日，最後一架飛機——中航空中行宮號呼嘯著降落香港啟德機場，此時英港督楊慕琦已經通過廣播公開宣布向日本投降，整個港島事實上已在日軍的控制之下，尚未來得及離港的中國政府要員和文化名人，已是大難臨頭，到了生死攸關的最後一刻。
按照國民政府教育部和中央研究院提議，“三百年僅此一人”的“教授的教授”、史學大師陳寅恪，當之無愧地被排在“搶運”之列。此前朱家驊已拍發密電通知陳寅恪，令其做好準備，攜家乘機返國，萬勿錯過這最後一線生機。當陳寅恪於兵荒馬亂中攜家帶口匆忙趕到機場時，卻被無情地擋在了圈外。與陳寅恪一道被擋在圈外的還有國民黨元老廖仲凱夫人何香凝、國民政府檢察院副院長許崇智、著名文化人士郭沫若、茅盾，同時還有中央研究院故院長蔡元培的夫人等。阻擋者乃是蔣介石的“老二”、時任國民政府行政院副院長兼財政部長孔祥熙的夫人宋藹齡、女兒、隨從和豢養的一批保鏢守卒。
當時素有“南天王”之稱的國民黨中央常委、一級陸軍上將陳濟棠與夫人莫秀英，已搶先一步登上飛機。然而，孔家的二小姐、時常裝扮成半男不女模樣的孔令俊巡視整個機艙後，發現她心愛的兩隻洋狗“雪兒”與“黃雄”蹲在艙內沒有落座。孔二小姐走向前來，沉著臉對陳濟棠喝道：“你們兩個老東西是怎麼上來的？”
陳濟棠抬頭一看孔令俊不男不女的狗熊樣子和粗魯無禮的舉動，面帶怒色地高聲回道：“我是陳濟棠！是蔣委員長請我上來的。你這渾小子，他媽的是誰家的崽？”
“噢，陳濟棠，蔣委員長請你上來的，很好。只是我的狗還沒有座位，我現在請你下去，把坐位讓給我的狗狗。”孔二小姐面色冷峻，頗為氣惱地說著，極度傲慢和挑釁性地瞥了一眼陳濟棠。
陳濟棠見對方如此無理，竟不把自己這位黨國大員、一級陸軍上將放在眼裡，怒不可遏，忽地從座位上站起來，厲聲喝道：“放你媽的狗屁！你是什麼人，敢在老子麵前撒野施橫？”
“我是孔令俊，孔院長的二小姐！你想怎麼著？”孔令俊擺出一副輕蔑、鄙視的神情應道。陳濟棠聞聽對方來自孔門，知道這就是傳說中的活閻王——孔二小姐，遂強壓怒火，擺出一副老前輩的架式，責怒道：“呵，原來你是庸之先生的女兒，我和庸之在北伐時就相識，還是好友，你做晚輩的，應該照顧我才是，不該如此無禮！”
陳濟棠話音剛落，擁擠混亂的機艙傳出一陣吵嚷聲，孔二小姐意識到時間緊迫，遂不再與對方糾纏，索性從腰間“嗖！”地一下拔出手槍，點著陳濟棠的額頭喝道：“媽啦個巴子的，你少給我囉唆，像你這種反复無常的小人也配當我的前輩？快給我滾下去，否則讓你嚐嚐花生米的滋味，滾！”
“他媽的，還真反天了，難道我陳濟棠還不如你一隻狗值錢？”陳濟棠怒不可遏，欲作拼命狀。
“你是個什麼東西，怎麼能跟我這只德國純種的狗狗比，快滾，快滾，否則斃了你個球的！”孔二小姐晃動手槍，在陳濟棠的額頭上連點了三下，陳氏像公雞吃食且被噎著一樣，前仰後合，嗓子眼發出“嗚嗚”的聲響，額頭上突顯青紫斑塊。
面對眼前的一切，陳濟棠夫人莫秀英早已嚇得面無血色，癱軟在座位上動彈不得，陳的副官見孔二小姐如此兇妄，意識到此時的陳濟棠顯然不再是當年的“南天王”了。落地的鳳凰不如雞，好漢不吃眼前虧，再爭執下去，陳氏的老命可能真的搭在這裡了。想到此處，強按怒火，起身充當調解人，連勸加拉地把陳濟棠夫婦弄下了飛機，孔二小姐的兩隻德國純種洋狗衝主人汪汪地歡叫著跳上空出來的座位。
正當失勢的陳濟棠灰頭土臉地被趕下飛機之時，又一個人斜著身子從舷梯上拱了進來。孔二小姐一見，揮動手槍大聲喊道：“機艙已滿，不能再上，快給我滾下去！”
“孔二小姐，我是大公報的胡政之，我們認識的，是布雷先生來電讓我坐這架飛機的，我有要事，必須趕回重慶。”來人嘟嘟囔囔地說著，側身擠進機艙，接著後面又跟進兩個西裝打扮的人。
“什麼狗屁要事不要事，有要事就讓他們派專機來接，都給我滾下去！”孔二小姐怒吼著，身邊幾個保鏢蜂擁而上，將胡政之等幾人連推加踹，“呼呼隆隆”地轟下了飛機舷梯。一代重量級軍閥陳濟棠與中國新聞界呼風喚雨的《大公報》總經理胡政之在地下大罵不止，其他幾十位黨國大員、文化名流，面對如此驕悍的孔家主奴，更是無力登上飛機舷梯。所有的人只能兩眼冒火，情緒激昂，高聲疾呼“國法何在，黨紀何在，公道何在，天理何在”等口號以示抗議。
此時，從天空落下的炸彈已在機場四周爆炸，濺起的塵土直撲機身，滾滾濃煙伴著火星籠罩了整個機場，所有的人都明白，這是逃離港島的最後一刻了。此時只知有四大家族、蔣家王朝，不知有黨紀國法的活閻王——孔二小姐，從容地指揮她的隨從、保鏢把自家大大小小的家私、洋狗甚至私人用過的馬桶全部裝入機艙，強行下令開拔。飛機舷梯迅速撤除，空中行宮號挪動笨重的軀體緩緩劃過跑道，在眾人痛罵與呼叫聲中騰空而起，直插煙霧瀰漫的天空。身後，甩下了一群站在圈外，於淒雨寒風中悲憤交加、搥胸頓足，徒嘆“奈何！奈何！”的黨國大員與文化名流。
被孔家強佔的飛機剛起飛兩個小時，日軍便進駐了這座當時香港唯一的一座堪能啟用的機場。頗具諷刺意味的是，就在孔家惡少把持的飛機抵達重慶機場時，國民黨中央正在召開五屆九中全會，為了抑制黨內日甚一日的腐敗，迎接世界性的反法西斯戰爭早日取得勝利。會議通過了一個名為《增進行政效能，厲行法制制度以修明政治》的決議案。聽到赴香港飛機返回的消息，參加會議的黨國要員和一批新聞記者按捺不住心中興奮，紛紛趕往機場迎接。然而，從飛機舷梯走下的不是國民黨中央常委、“南天王”陳濟棠，也不是許崇智、何香凝、胡政之，更不是陳寅恪、郭沫若，或蔡元培夫人，而是孔祥熙一家的惡少連同攜帶的老媽子與洋狗、床板、馬桶。見此情景，接機者一個個目瞪口呆，悲憤交集，大有不知今昔何昔之感。
當年著名的“五四”運動爆發時，北洋軍閥及其一幫御用策士於盛怒中，曾指斥新興的士風為“洪水猛獸”。對此，“北大之父”蔡元培曾專門著文反擊道：“不錯，今日之士風，可以算是洪水，而今日之軍閥，正是猛獸，即非用洪水淹此猛獸不可。”傅斯年進一步補充道：“洪水過了，留下些好的肥土，猛獸卻不見了。”此時，躺在李莊板栗坳泥屋土炕上，強撐病體遙望西南雲天的傅斯年沒有想到，當年掀起的那場洪水巨浪早已過了許多年，而猛獸與猛獸的徒子徒孫們卻還依然如故地興風作浪。假使死在港島的蔡元培地下有知，面對孤苦伶仃淪落於港島的夫人與陳寅恪等文化大師們，不知作何感想？
當孔二小姐一行在眾人憤怒的目光逼視下驅車離開機場後，站在清冷的機場上不見自己老闆胡政之的《大公報》接機人員，一路叫罵著回到報館，向總編輯王芸生匯報了事情的大體經過和孔家的惡行，報館同仁深為胡政之的處境擔心，更為孔家的專橫跋扈使大批文化名流淪落港島而痛恨，紛紛表示以手中的筆做武器討伐孔氏家族。盛怒中的王芸生立即拍板定案，奮筆疾書，很快草成一篇題為《擁護修明政治案》社論，於12月22日《大公報》發表。社論借題發揮，巧妙地披露香港淪陷之際，孔氏家族霸占飛機的醜聞，同時揭露了外交部長郭泰祺國難當頭竟以巨額公款買私人豪宅的黑幕。文中說道：
最要緊的一點，就是肅官箴，儆官邪。譬如最近太平洋戰事爆發，逃難的飛機竟裝來了箱籠、老媽與洋狗，而多少應該內渡的人尚危懸海外。善於持盈保泰者，本應該斂鋒謙退，現竟這樣不識大體。又如某部長在重慶已有幾處住宅，最近竟用六十五萬元公款買了一所公館……社評一經發表，輿論大嘩，各地報紙相繼轉載，社會各界正義之士紛紛譴責孔氏家族用飛機裝洋狗行徑。 12月24日，昆明《朝報》以《從修明政治說到飛機運洋狗》為標題，轉載了《大公報》社評並對孔家的劣跡給予了尖銳抨擊，文中指出：“香港戰事爆發，有人把飛機裝運沙發和洋狗到重慶，大公報前幾天以社論原題為《擁護修明政治案》，痛砭此事，今將原文介紹如下……”
隨著《朝報》對大公報社評的轉載，立即引起了西南聯大與昆明各校師生的義憤，校園內外沸騰起來。未久，當西南聯大師生們得知教育部與中央研究院圈定的陳寅恪本該在“搶運”之列，而由於“飛狗院長”家中的主子與奴才從中作梗而未返回，悲憤交加。許多師生都以為陳寅恪此次在劫難逃，已經在亂槍流彈中死去了。於是幾位歷史系學生在一個名叫《論壇》的壁報上，發表了一篇題為《悼陳師寅恪》的文章，以哀婉、悲憤的語調追懷香港淪陷後，生死與下落皆不明的陳寅恪教授及其家人，文中以悲愴的語氣說道：“著名的史學教授陳寅恪導師，不能乘政府派去香港的飛機離港，命運似不如一條洋狗……”
文章刊出，整個西南聯大師生沉浸在莫大的悲痛與激憤中，積壓在心中的怒火如電石碰撞，瞬間爆發。時在西南聯大任教的歷史系教授吳晗在課堂上對學生們說：“南宋亡國前有個蟋蟀宰相（按：指賈似道），今天又出了一個飛狗院長，真是無獨有偶呵！”
力主師生起來反抗。置於義憤，聯大學生鄒文靖等26人立即用毛筆大字起草了“討孔宣言”，張貼在校門口的牆壁上。宣言雲：“國家之敗，多由官邪。……今日，我國貪污官吏有如恒河沙數，而其罪大惡極者莫如國賊孔祥熙。孔賊貪污中飽，驕奢恣睢，已為國人所共憤，為法理所難容，而此次風聞由香港以飛機運狗者，又係孔賊之婦！致使抗戰物資、國家碩老，困於港九，淪於敵手而不得救。嗟夫！銅臭沖天，阿堵通神，用全一己之私，足貽舉國之害。此賊不除，貽害無窮；國事危急，奚容緘默！……呼籲我校學生自治會立即召開全校同學大會，群策群力，共商大計，並通電全國，同聲誅討。通過學運，掀起高潮，期樹討賊之大纛，倡除奸之首義。剪彼凶頑，以維國本。是為國民之天職，尤為我輩之責。”
在學生自治會組織下，全校師生立即響應，於校本部廣場組成了聲勢浩大的“討孔”隊伍。隊伍的前鋒是一幅用床單製成，上畫脖頸上套一巨大銅錢作枷的孔祥熙頭像。學生們在短暫集會後，高呼“打倒孔祥熙，剷除貪官污吏”的口號，浩浩蕩盪地走出校園示威遊行。沿途有云南大學、昆華師範學院、南菁中學等十多所大中學校師生陸續加入，匯合成數千人的遊行隊伍。西南聯大當時在校主持工作的蔣夢麟、梅貽琦二常委處於對孔氏一家惡行的義憤，不但對學生的義舉未予勸阻，還暗中準備了應變措施，並乘車尾隨遊行隊伍之後，以備萬一學生與軍警發生衝突，好及時出面加以調解。
遊行過後，聯大與昆明市眾多大、中學校學生紛紛宣布罷課，並向全國各地高校拍發討孔通電，以期通過這一運動，給國民黨政府和孔祥熙之流的貪官污吏予以警告和懲戒。流落到西南各地的大學如貴州遵義的浙江大學、四川樂山的武漢大學陝西漢中城固的西北聯大等師生接到通電後，紛紛響應，相機而動，高舉旗幟和標語，湧向大街小巷，高喊“打倒孔賊祥熙”，“懲治貪官污吏”與“剷除禍國殃民的豪門家族”等口號。遠在四川李莊的同濟大學師生接到通電，迅速集聚學生走向街頭遊行示威，因李莊是個小鎮，師生們轉了幾圈覺得不過癮，便挑著大旗、標語特地來中央博物院借住的張家祠門前、史語所居住的板栗坳、中國營造學社所在的上壩月亮田等地，高呼口號，背誦詩詞，悼念被“飛狗院長孔祥熙的狗崽子害死的陳寅恪教授”。在李莊的陶孟和、李濟、董作賓、梁思成、林徽因及其所屬機構的同事，聽到陳寅恪“死去”的消息，大為震驚，紛紛派人向傅斯年詢問詳情。傅斯年聞聽更是驚恐萬狀，立即急電重慶中央研究院總辦事處，探詢實情。重慶方面的回電稱同樣聽到瞭如此不幸的消息，卻無法確定真偽。於是，整個李莊的科研人員與同濟大學師生，沉浸在一片巨大的激憤與憂傷之中。盛怒中的傅斯年暴跳如雷，直呼要“殺飛狗院長孔祥熙以謝天下”。
全國興起的反孔倒孔熱潮隨著明暗兩條渠道很快傳到重慶，平時養尊處優，自恃有強權巨資撐腰的孔祥熙與夫人宋藹齡還是感到了驚恐，這種恐懼或心理壓力主要來自國際大環境和政治氣候。此時國際反法西斯聯盟已初步形成，12月22日，國民黨第五軍、第六軍已走出國門入緬甸對日作戰。 23日，蔣介石在重慶官邸召集中、美、英等國軍事代表會議，會議通過了《遠東聯合軍事行動初步計劃》等決議案。 24日，蔣介石約請美國代表勃蘭德向羅斯福總統轉達：“遠東地區對日作戰，端賴中國之陸軍與英美海空軍協同一致為一體。務望美國有一中、美聯合作戰計劃。”30日，國民黨五屆九中全會決定授予蔣介石：“全權處理國事，以駁萬變而赴事機”相當於國家元首的大權。 1942年1月3日，由美國總統羅斯福提議，蔣介石被正式推舉為中國戰區最高統帥，負責中國、泰國及越南地區聯軍部隊的總指揮任務……就在這樣一種國際背景下，作為老大的蔣介石自然意氣風發，並想方設法在國際上樹立自己作為一個大國領袖的良好形象。而在這個節骨眼兒上，卻突然爆出他的胯下“老二”連同周邊荒蕪地區的歪瓜裂棗們，不識大體，招搖惹事，弄出了天下皆怨，學潮洶湧，輿論沸騰的局面。面對此局，蔣介石自是對孔氏一家怒其不爭大為惱火。而孔氏一家，特別是官場老手孔祥熙，深知自己那不成器的老婆孩子給老大捅了婁子，且通過此次事件，自己平時的惡行與醜行得以廣泛地暴露於天下，並引起國內外輿論強烈關注，不但損壞了自己多年苦心孤詣偽裝而成的黨國“幹才”與“善人”形象，對蔣委員長的形像也是個致命打擊，一旦老大感到扛不過去這個門檻，很可能就要拿手術刀把自己這個胯下“活寶貝”一刀切掉，到那時自己將血染灰土，成為人人可以輾踩的一塊臭肉蛋了。
但是，孔氏家族畢竟不是等閒之輩，廣博的人脈與強大的財力背景，令蔣介石不易、也不敢輕舉妄動。蔣氏在深知暫時不能對這個胯下“老二”實施外科手術的情況下，憑藉手中權力，聯合各方勢力共同消除影響，壓制學潮與輿論就成為一種必然。於是，蔣介石與孔派人員開始向1938年1月出任教育部部長的陳立夫和各地軍政大員施壓，要他們以抗戰建國為重，設法壓制和阻止學潮。陳立夫與各地軍政大員不敢抗拒，只得向各學校校長施壓，令其設法予以阻止。各校校長為保全學校與保護學生計，不得不進行配合，消解學潮。按西南聯大學生何兆武的說法：“校長總是比較難做，特別是學生運動，校長總是被夾在中間最不好受。一方面，做校長的跟學生對立好像說不過去，但另一方面，校長是政府當局任命的，大學的牌子上都寫著'國立清華大學''國立北京大學'，所以凡是鬧學潮，校長總是非常為難。”
就在倒孔學潮爆發後的第二天，西南聯大常委會突然召開全校師生大會，梅貽琦與蔣夢麟皆到場講話。梅貽琦說：“昨天，我和蔣先生一直都在跟著你們，唯恐你們出事。幸虧沒出什麼事。事情弄得很嚴重，現在是戰爭時期，你們不能老是這樣。”又說“這次'討孔'運動已經夠了，不要再繼續下去了。這樣下去對我們學校不利，對你們求學不利，希望你們立即復課，不要再鬧了。我認為這樣已經夠了。”梅貽琦講畢，由常委蔣夢麟發表演講，蔣氏說了一些與梅貽琦大致相同的話，最後幾句頗為動容，竟至聲淚俱下，說道：“你們再鬧下去，學校就要關門了！”在一旁就座的昆明警備區司令宋希濂見蔣夢麟哽咽不能語，接著發表了自己的意見，大意是說：“孔祥熙也確實有問題，但要通過合法手續揭發檢舉。這樣停課搞學生運動對學校工作不利，對社會治安不利，對抗日戰爭不利，希望同學們冷靜一下，不要再繼續搞了。”經此一會，學潮的熱情被消解，昆明各校的“討孔”運動陸續收場。儘管此次行動沒有引發更大規模的學潮，使“討孔”運動形成全國各階層波瀾壯闊的局面，但對國民黨統治集團的貪污腐化，倒行逆施，也算是掄了幾棍子，給予迎頭痛擊。
在重慶的蔣介石與孔氏家族並未因學潮暫時平息而彈冠相慶，喜形於色，當他們從C。 C。頭目、教育部長陳立夫處得知，西南聯大學潮竟有三青團團員鼓動和參加時，甚為惱怒與驚恐，為防死灰復燃和發生更大的變故，蔣介石親命黃埔系“十三太保”之一、原“別動總隊”特務頭子，時任三青團中央團部組織處長的康澤飛赴昆明徹查此事。由於當時與蔣介石有隙的“雲南王”龍雲予以抵制，加上聯大校方保護，以及西南聯大教授陳雪屏等三青團骨干人員從中周旋，另有康澤本人與孔祥熙及其派係人員平時關係不睦等複雜的糾葛，康澤行前原打算逮捕學生的計劃未能實施，只是對學生特別是參與“討孔”的三青團成員集中起來訓斥一通了事。 1942年3月3日，隨蔣介石從印度歸國的宋美齡在雲南大學講演《訪印歸來及其他》，這位第一夫人對昆明學生的“討孔”活動仍耿耿於懷，詭稱洋狗乃飛機機師所帶，箱籠等物資也不是孔家的財產，並以“我阿姐（宋藹齡）是最怕狗的”等謊言為之辯護。此舉正應了陳寅恪“狐狸狐搰摧亡國”的預言詩，入會師生非但不為其言所惑，反而從這位婆姨的狡辯與放浪姿態中，更加堅信孔氏家族與國民黨政府崩潰垮掉的一天確是不遠了。
此次規模浩大的學生民主運動以倒孔遊行揭開序幕，儘管很快歸於沉寂，但它的潛流卻一直在校園和民眾之間湧動不息，成為日後聲勢浩大、席捲全國的學生運動正式登場的第一聲驚雷。就陳寅恪而言，畢生從未直接參與現實的政治活動，此次卻無意之中以自身的不幸遭遇成為“討孔”活動的導火索之一。饒有意味的是，發生於國內這一場轟轟烈烈的行動，身陷孤島的陳寅恪並不知曉。