關於抗戰成敗的爭論還在繼續，眾師生翹首北望，以復雜、悲愴的心境，關注著這場決定民族興亡的戰事。
1938年7月7日，蔣介石發表《告全國軍民書》、《告世界友邦書》和《告日本國民書》，以紀念中國軍民抗戰一周年。在《告全國軍民書》中，蔣氏要求全國軍民以“軍事第一，勝利第一”為目標，全力促成武漢會戰的勝利。
就在這一天，聯大蒙自分校全體師生在舊海關曠地舉行抗戰週年紀念禮。由樊際昌任主席並致辭，文學院長馮友蘭演講。馮氏語氣平和，謂“一年來中國之勝而非敗，語極樂觀”。想不到演講中突有一意外插曲，把會場攪亂。一個戰前受聘於清華歷史系、名字叫噶邦福的俄籍老教授，亦隨校南來並參加了本次活動。當馮友蘭演講到一半時，只見這位白須飄動的俄國教授號叫一聲撲地不起。身邊的師生見狀，以為是這位俄國佬因高呼口號未能呼出憋氣倒地，或者是故意耍什麼布袋戲，以活躍演講的氣氛。待細看之後，只見這位教授臉色發青，熱淚橫流，滿面呈悲淒之狀，方感另有隱情。眾人手忙腳亂將噶邦福抬出會場請醫生急救，半個小時後方緩過神來。原來這噶邦福當教授前曾做過俄國軍官並參加了第一次世界大戰。在西線戰役中，作為下級指揮官的噶邦福奉命率部衝鋒，突遭敵機關槍掃射，乃緊急下令臥避。當槍聲停止，噶邦福揮槍喝令前進，起來的只有他一個人，其他官兵全部陣亡。此段酷烈往事隨著馮友蘭抗戰演講再度被憶起，遂有這位噶教授突發悲聲，昏厥倒地的一幕。眾師生聞知內情，受其感染，無不淒然，幾個女生掩面而泣。
好在噶邦福教授引發的這段悲情插曲很快過去，禮畢，“是日上課如恆，並舉行獻金救國”等活動。本次獻金活動，全體師生在物價上漲、生活困頓的情形下踴躍捐款。最初以陳岱孫教授的二十五元為首，隨後學生中出現了捐獻三十元者，有的女生無錢，而將手上的金戒指捐出，眾人大受感動。在葉公超、金岳霖等各方慫恿下，教授們捐款數目開始增加，由四十元增至五十而六十五元，直到馮友蘭攀升至七十五元，獨占鰲頭方止。本次捐款共得獻金二千餘元，超過了蒙自全城捐款的一半以上。
7月底，聯大蒙自分校考試完畢，本學期的學業就此結束。此前，因蒙自地處西南邊陲，交通、生活方面多有不便，西南聯大在昆明校舍陸續建造並有了一定規模，校委會決定分校遷回昆明，蒙自校舍讓於即將由廣西柳州遷往該地的中央航空學校。聯大校委會同時決定，自8月1日起放暑假，至11月底止，假日期間陸續完成師生向昆明的遷移工作。
因西南聯大成立未久，本屆畢業生均用原校名義發給文憑。清華畢業生專門編纂了一本“清華第十級年刊”紀念冊，請朱自清寫幾句話以示紀念。朱欣然慨允並寫道：“向來批評清華畢業生的人，都說他們在做人方面太雅氣、太驕氣。但是今年的畢業同學，一年來播盪在這嚴重的國難中間，相信一定是不同了。這一年是抗戰建國開始的一年，是民族復興開始的一年。千千萬萬的戰士英勇地犧牲了，千千萬萬的同胞慘苦地犧牲了。而諸君還能完成自己的學業，可見國家社會待諸君是很厚的。諸君又走了這麼多路，更多地認識了我們的內地，我們的農村，我們的國家。諸君一定會不負所學，各盡所能，來報效我們的民族，以完成抗戰建國的大業的。”
暑期開始，學生們背著行囊，告別師友，自碧色寨上車。在送行的隊伍中，除了朱自清等教授，還夾雜著50多名當地青少年，即聯大學生的學生。在蒙自不長的時間內，聯大學生埋頭讀書，成立“南湖詩社”，還創辦了一所平民夜校，從當地招收失學的青少年學生50餘人，為其補習文化知識，講解時事，教唱抗日歌曲等等。夜校設在歌臚士洋行一層兩房間大房內，學生們熱情高漲，當地群眾極其滿意，與聯大師生感情得到了進一步溝通和昇華，也播下了進步思想的種子，時間雖短，影響至深。當這50多名夜校學員聞聽他們的老師——聯大學生赴昆陽的消息後，自發組織起來到車站送行。有的為聯大學生提包，有的握著對方的雙手久久不願放下，依依惜別之情催人淚下。據“南湖詩社”社員周定一說，學員中有一位年齡較大的跛子，只見他在車窗跑前跑後，腦袋一點一點地，滿臉汗水為聯大學生們遞行李，和學生們一一握手告別，臉上淌著淚水。望著他那真誠、憨厚和戀戀不捨的樣子，聯大學生也流下了熱淚。後來這個青年學員還率領幾個代表，專門到昆明看過他們教師。
長鳴聲中，聯大師生隨車啟程，美麗的蒙自與南湖漸漸遠去。
對於蒙自這段特殊的生活，許多年後，馮友蘭回憶說：“梅貽琦說過，好比一個戲班，有一個班底子。聯合大學的班底子是清華、北大、南開派出些名角共同演出。但是步驟都很協調，演出也很成功。當時還有一個西北聯合大學，也是從北京遷去的幾個學校聯合起來而成的，設在陝西城固。但是它們內部經常有矛盾，鬧彆扭。蔣夢麟說，它們好比三個人穿兩條褲子，互相牽扯，誰也走不動。”這個說法和比喻得到了西南聯大師生認同，鄭天挺在回憶中特別提到這種合作精神的開端始於蒙自：“西南聯大的八年，最可貴的是敬業和團結精神。教師之間、師生之間、西南聯大三校之間均如此。在蒙自的半年，已有良好的開端。同學初到蒙自時，我與其他教授每次都親到車站迎接，悉心照料，協助搬運行李。北大考慮幹部時，也以敬業、勤奮、團結為出發點，避免不必要之誤會。”
這段話在讚譽的背後又另有深意，而最有研究價值的是“不必要之誤會”一句，此句到底何所指，鄭氏沒有明確所指，或者不便提出，但從清華教授浦薛鳳回憶中可以略知一二。當初以蔣夢麟為首的籌備班子力主西南聯大文學院遷蒙自，包括浦薛鳳在內的清華部分教授並不認同，浦氏說：“予與寅恪未離香港時，早聞蒙自有飛機場，且緊貼校址附近，當即詫異聯合大學當局何以糊塗至此地步。原所以由湘移滇者，純為安全起見，俾教員學生得長期各事所業。今不於昆明郊外或西山一帶，因陋就簡，改作黌舍，又不聽雲南省政府之示意，到大理一勞永逸，而必貪便苟安暫遷蒙自，其故何在。”當浦薛鳳與陳寅恪等抵達蒙自後，見機場與校址幾乎相連，且均在一塊廣闊的平地間，若敵機飛至，必玉石俱焚，“於是私心更以為遷到蒙自殊不甚妥當”。當時北大部分教授認為浦氏的看法是杞人憂天，敵機不會光顧如此偏遠的蒙自。其結果是徐州失陷不久，政府即開始擴建整修蒙自飛機場，柳州航空學校將遷蒙自，以迎戰即將前往西南地區轟炸的敵機。在這種情況下，置於險境中的聯大不得不被迫遷移。 “然而眷屬初來，喘息甫定者，聞之殊甚怏怏……及七月中旬，知已定奪，遷往昆明。異哉明知昆明而可設法，何不早在一處。若係敷衍一時，則曷不乘此時機徹底打打算盤。總之數位校長之委員制，自不能迅捷處理校務。”
由浦氏的說辭可知，當時雲南政府曾有讓文學院遷大理之意。大理是滇西著名的城邦重地，不但有著名的蒼山洱海，依山傍水，風景優美，且寺院林立，空閑房舍尤多，當是辦學讀書的好去處。 1939年，武漢華中師範大學從桂林遷入該地喜州小鎮，借用當地的文廟、大慈寺、張氏宗祠及部分民居開堂授課，平安地度過了抗戰歲月。不知為何，西南聯大的代表蔣夢麟等人卻拒絕了雲南當局的示意，舍大理和昆明西山等處不就，匆忙定於偏僻閉塞又潛伏著戰爭危險的蒙自，未幾又在倉皇中撤離。這一番顛來倒去的折騰，實在令人鬱悶，此舉因是以蔣夢麟為主的代表促成，引起部分教授、特別是清華教授不滿和非議也就不足為奇了。
蒙自開學後，梅貽琦與蔣夢麟均分別來此地視察和小住。梅的到來與回返甚為低調，但蔣夢麟攜帶善於交際的夫人陶增榖到來，則不斷招集北大師生開茶話會，引起清華部分師生的猜忌與不滿。對此，浦薛鳳說：“聞北大與清華學生方面，有些意見。據云起源於步行入滇團。蓋彼此各自團結，曾到處互爭臥地，而發生小衝突。南開學生甚少，固無所謂。北大自蔣校長到後，屢開會談。聞錢賓士曾獨排眾議，謂此刻無所謂北大精神。清華則仍然個人主義，例如梅先生來，同仁絕未想到，設宴開會。”
浦氏所聞旅行團中的北大與清華學生在宿營地發生一些小衝突，不難理解，但似不是主要矛盾。而後面所說的“北大精神”與“個人主義”則是關涉這個群體團結與分裂的要害處。只是浦氏所說語焉不詳，不知內情者難得要領，只有參考錢穆的回憶方才明白大體脈絡。浦氏所說“力排眾議”的錢賓四，就是此次事件的參與者、北大教授錢穆（字賓四）。錢氏說：“一日，北大校長蔣夢麟自昆明來（蒙自）。入夜，北大師生集會歡迎，有學生來餘室邀餘出席。兩邀皆婉拒。嗣念室中枯坐亦無聊，乃姑去。諸教授方連續登台竟言聯大種種不公平。其時南開校長張伯苓及北大校長均留重慶，惟清華校長梅貽琦常川駐昆明。所派各學院院長，各學系主任，皆有偏。如文學院院長常由清華馮芝生連任，何不輪及北大，如湯錫予，豈不堪當一上選。其他率如此，列舉不已。一時師生群議分校，爭主獨立。余聞之，不禁起坐求發言。主席請余登台。餘言，此乃何時，他日勝利還歸，豈不各校仍自獨立。今乃在蒙自爭獨立，不知夢麟校長返重慶將從何發言。餘言至此，夢麟校長即起立羼言，今夕錢先生一番話已成定論，可弗再在此題上起爭議，當另商他事。群無言。不久會散。”
這個插曲，就是對浦薛鳳上述含糊其辭的釋解。蔣夢麟召開會議遇到的問題，不僅涉及北大本身，更關係到西南聯大的興衰存亡。而西南聯大之所以沒有像西北聯大一樣“三個人穿兩條褲子”，由不可避免的摩擦、矛盾，導致互相扯皮，各自為政，甚至拉桿子搞獨立，最終以輝煌的成果昭示於世，除了蔣夢麟是一位“有魄力，有擔當”的校長（南按胡適在北大五十週年紀念會上語），還與像錢穆這樣識大體、顧大局的教授共同努力不可分割，如果沒有這一團結謙讓精神，西南聯大、特別是後期的聯大，極有可能要鬧到三個人穿一條或者爭奪一條褲子，直至大打出手，落個三敗俱傷的的結局。此可謂不幸中的大幸。
蒙自分校學生走後，教授們陸續撤往昆明，有幾人準備暑假後再返昆，期間或處理未盡事宜，或埋頭讀書。陳寅恪因身兼中央研究院史語所歷史組主任一職，比之好友吳宓等提前返昆，臨走時，有《別蒙自》一詩贈吳宓：
我昔來時春水荒，我今去時秋草長。
來去匆匆數月耳，湖山一解已滄桑。
隨著大批學生與教授離去，蒙自校園內外頓顯冷落寂寞，令人悵然。吳宓1938年8月29日《雨僧日記》載：“是日下午，宓自城中西門步歸。街中及城邊，均不見諸多黃色軍服之男生，與藍袍或花衫之女生行聚，更不聞純正爽利之北平官話。於是蒙自全城立成寂寞空虛，館肆中尤闐其無人。而宓行過桂林街女生宿舍及早街之轉角宅樓，不見倚窗人語，又有人面桃花之感矣！及出城，步繞南湖一周，風景依然，荷花正好，而寅恪詩中所謂'橋邊鬢影、樓外歌聲'者，渺不可見聞。即Kalos教授學生所居之樓上下，亦門窗嚴扃，欄柱塵封焉。”
面對蕭條落寂的景色，多愁善感的吳宓倍感淒涼，為排除瀰漫心頭的憂傷，吳氏想起仍居住在“天南精舍”尚未離去的湯用彤、賀麟二教授，於是在8月30日，索性打起鋪蓋移於“精舍”，與湯、賀二人一起居住。 9月7日，暫留蒙自的錢穆、姚從吾、容肇祖、沈有鼎四人也從校舍移於“天南精舍”，與湯、賀、吳三人共同居於精舍上下樓。在同住的七人中，多數埋頭讀書和研討學問，吳宓除研讀業務書籍，還弄來湯用彤的《印度哲學講義》、《漢魏西晉南北朝佛教史》，以及謝佐禹的《人生哲學講義》加以研讀。唯年輕的沈有鼎不肯讀書，經常弄出一些反常舉動，令其他教授特別是吳宓大為惱火和反感。
生於上海的沈有鼎，1929年畢業於清華大學哲學系，同年考取公費赴哈佛大學就讀，1931年獲碩士學位，同年至1934年留學德國，先後在海德堡和弗賴堡大學傑浦斯和海德格爾指導下從事哲學研究。 1934年回國，任教於清華大學，次年任教授。早在清華讀書時，沈有鼎就以才華出眾令師生刮目相看，他的業師金岳霖與“哈佛三傑”之一的哲學家湯用彤都認為沈生才氣非凡，日後堪當大任。而沈氏自己也感覺良好，且不免自負。金岳霖的得意門生王浩曾有這樣一段回憶：台灣出了一本金岳霖在西南聯大的學生殷海光（福生）臨終話語的書《春蠶吐絲》（陳鼓應編），書中多處談到殷海光與金岳霖交往的經歷及對老金的評價，其中有一段講到抗戰前北平邏輯研究會。說的是在一次聚會上，有人提起果德爾工作的重要，“金岳霖說要買他一本書看看，他的學生沈有鼎對金先生說'老實說，你看不懂的'。金先生聞言，先是：哦，哦！哦了兩聲，然後說：'那就算了。'”殷海光在一邊看到他們師生兩人的對話大為吃驚。學生不客氣地批評，老師立刻接受他的建議，這在內地是從來沒有的。時在美國的王浩讀罷這段記載，認為此事“大致不假”。而且覺得“大家都該有金先生這種'雅量'，如果在一個社會裡，這樣合理的反應被認為是奇蹟，才真是可悲的。”
金岳霖的雅量令後人肅然起敬，但沈有鼎在日常生活中一些不拘形蹟的做法與口無遮攔的說法，並不能令所有的人都有如此雅量來對待。長沙臨時大學南嶽分校時期，文學院的錢穆、吳宓、聞一多三教授與沈有鼎合住一室。據錢穆回憶：“室中一長桌，入夜，一多自燃一燈置其座位前。時一多方勤讀《楚辭》，遇新見解，分撰成篇。一人在燈下默坐撰寫。雨生（南按：即吳宓）則為預備明日上課抄筆記寫綱要，逐條書之，有合併，有增加，寫定則於逐條下加以紅筆勾勒。雨生在清華教書至少已逾十年，在此流寓中上課，其嚴謹不苟有如此。沈有鼎則喃喃自語，如此良夜，盡可閒談，各自埋頭，所為何來。雨生加以申斥，汝喜閒談，不妨去別室自找談友。否則早自上床，可勿在此妨礙人。有鼎只得默然。雨生又言，限十時熄燈，勿得逾時，妨他人之睡眠。翌晨，雨生先起，一人獨自出門，在室外晨曦微露中，出其昨夜所寫各條，反复循誦。俟諸人盡起，始重返室中。餘與雨生相交有年，亦時聞他人道其平日之言行，然至是乃始深識其人，誠有卓絕處。非日常相處，則亦不易知也。”
錢氏所言，顯然有褒宓厭沈之意，對沈的言行，只是沒有露骨地貶斥而已。但類似事情到了吳宓眼中就大不同了。在吳氏眼中，沈有鼎雖聰明，且甚用功，“然其為人極可鄙。毫無情感，不講禮貌。衣污且破，服裝如工人。飯時則急食搶菜，醜態畢宣。置父與妻於不顧，而惟事積錢。銀行所儲而外，小箱中存七八百元，一文不肯動用，而惟恐遺失。又或深夜扃戶啟箱，將銀幣一再清數，排列展覽以為樂。彤謂其似織工馬南Milas Marner（注：1861年出版的英國女小說家喬治·艾略特所著小說《織工馬南》中之主人公）。眾於會食或遊談時，恆以沈君種種為笑謔之資。宓有時不能忍，或且面斥沈君之非。沈君則夷然自適，不怒不慊。幾不知人間有羞恥事，噫，此又聰明自私之另一格耳。”在嘲諷責備一番過後，吳宓又頗為感慨地說：“平心而論，諸君皆難得之好人，待宓亦甚厚，然不免為普通中國式之君子，而宓重感情而好負責整飭，本末兼治，群己並顧，時乃感其不足之處。”
吳宓觀察人物心理行為之細緻，描述之生動傳神，幾令人拍案叫絕。但在略顯刻薄的指斥之後，又不失寬宏大量的摯誠以待。儘管學人之間各自家庭、教育背景不同，性格迥異，且有這樣或那樣在別人看來足以笑謔或詬病的地方，但畢竟“同是天涯淪落人”，為保存國家民族的讀書種子而流亡西南邊陲，日子還得過下去，團結互助不只是個人問題，更是民族大義之所需。因而，留住在“天南精舍”的七教授，在相互體諒包容中友好地度過了蒙自的最後一段歲月。而這段最後歲月，在諸位教授的記憶裡，也自有跌宕起伏的情趣所在。按照錢穆所言，七人同住一處後，未久就听移駐蒙自的空軍基地人員漏出音訊，說是日軍很可能要來空襲，當然這個空襲是針對空軍不是平民，但七教授住的地方與空軍基地很近，一旦敵機投彈，難免會發生基地起火，殃及池魚，諸位的性命堪憂。正在眾位焦慮而又不知如何應對之時，沈有鼎發揮了他的特長，謂自己是《周易》研究專家，甚得卜筮之道，可以用八卦之佔以卜吉凶。眾人一聽甚是歡喜，乃於月黑風清之夜請其占卜。沈有鼎挽起衣袖，施展法術，一番神秘兮兮的擺弄，得節之九二，驗之以書，竟是“不出門庭兇”五字。眾人大駭，遂召開集體會議，決定自明天起，每日早餐後，攜帶乾糧、水壺與所讀之書，立即出門，到蒙自郊外荒野偏僻之處各自讀書，下午四點之後歸宿。為了做到言而有信，行之有效，會議決定推選吳宓為本次行動的前敵總指揮。每至清晨，由吳宓挨室叩門呼喚督促，遲到者則遭批評。早餐後由吳宓率隊至郊外躲避空襲，一連數日皆由吳總指揮發號施令，其狀“儼如在軍遇敵，眾莫敢違”。
如此這般度過數日，10月17日，馮友蘭從昆明致信湯用彤、吳宓等人，謂聯大各院均定於11月15日提前在昆明開課。於是，“天南精舍”七位教授議定於10月29日集體離蒙自赴昆明，並推舉湯用彤為赴昆明旅行團團長，吳宓為會計，總籌赴昆事宜。
10月27日，吳宓偕錢穆、沈有鼎二人至南湖、軍山一帶散步，遊覽蒙自秋景。傍晚返回，閱報得知武漢已於前二日失守，眾皆悲戚。 28日傍晚，吳宓獨自來到南湖，在堤上佇立良久，作詩一首：
離蒙自赴昆明半載安居又上車，青山綠水點紅花。
群飛漫道三遷苦，苟活終知百願賒。
坐看西南天地窄，顧亭林詩云：“西南天地窄，零桂山水深”。心傷宇宙毒魔加。
死生小已遵天命，翻笑庸愚作計差。日前《雲南日報》所登沈從文君《知識階級反省》一文，愚甚贊同。
第二天，湯用彤率領吳宓等人打點行裝離開“天南精舍”，由碧色寨踏上了開往昆明的火車。至此，聯大最後一批人員告別了蒙自。曾經留下了聯大師生歡聲笑語和精神慰藉的南湖，連同一幢幢鐫刻著歲月烙印的優美建築，構成一道永恆的風景，長久地留在了師生的記憶之中。