卻說老金來到李莊梁家，無論是林徽因的病情還是梁家的生活環境，都比他想像的還要糟糕。林徽因之所以舊病復發，與當地的氣候、環境有極大關係。
抗戰時期曾在重慶工作、生活的德國人王安娜博士，在她的回憶錄中，對重慶一帶的環境曾作過這樣的描述：“從飛機上俯瞰重慶，但見迷茫一片。每年十月至第二年四月末，全市都覆罩著濃霧。風平浪靜時，長江及其支流嘉陵江這兩條大川的水蒸氣，與含硫量很高的煤塊燒出來的煤煙混在一起，便成了煙霧。無數的煙囪冒出滾滾濃煙，使得重慶到處都瀰漫著硫磺的氣味。因此，重慶自不待說，河岸的各個村莊的空氣對健康都很有損害，肺結核病蔓延得很廣。”儘管李莊離重慶幾百公里，但上游的瀘州、宜賓等中等城市的情形與重慶極為相近，硫黃的氣味並未消減，林徽因與後來梁思永，還有陶孟和的夫人——民國時期一代名媛沈性仁相繼發病——且皆是肺病，第一禍首就是當地氣候和環境被硫黃毒素污染的環境。
老金看到，梁家唯一能給林徽因養病用的“軟床”，是一張搖搖晃晃的帆布行軍床，這張床已跟隨梁家轉了大半個中國。自晚清至抗戰前的幾十年，川南軍閥混戰不斷，戰禍連綿，此時的李莊已衰落凋零，整個鎮子沒有一所醫院，也沒有一位正式醫生，更沒有任何藥品。林徽因告訴老金，家中唯一的一支體溫計已被兒子從誡失手摔碎，搞得她大半年竟無法測量體溫，只有靠自己的感覺來估計發燒的度數。在這種條件下，林的病情漸漸沉重，眼窩深陷，面色蒼白，晶瑩的雙眸也失去了往日的神采，成了一個憔悴、蒼老、不停咳喘的衰弱病人。此前林徽因在寫給西南聯大沈從文的一封信中，曾這樣表露過自己的痛苦、無奈心情：“如果有天，天又有旨意，我真想他明白點告訴我一點事，好比說我這種人需不需要活著，不需要的話，這種懸著的日子也不都是奢侈？好比說一個非常有精神喜歡掙扎著生存的人，為什麼需要肺病，如果是需要，許多希望著健康的想念在我也就很奢侈，是不是最好沒有？”每當看到愛妻躺在病床上痛苦地掙扎時，束手無策的梁思成便在心底呼喊著：“神啊！假使你真的存在，請把我的生命給她吧！”
好在隨著天氣轉暖，林徽因發了幾個月的高燒有點消退，但還是時退時燒，無法穩定，身體仍然十分虛弱，大多數時間都躺在行軍床上，不能隨意行動。這樣的束縛對好動慣了的林徽因而言，無疑是一件莫大的痛苦。自從林徽因病倒後，家中一切事務自然要靠梁思成承擔。由於李莊沒有任何醫療條件，梁思成只好自己學著給林徽因打針，並學會了肌肉注射和靜脈注射。經過大半年的治療和靜養，人總算掙扎著活過來了，梁思成對妻子的堅強和上帝的惠顧心懷感激。
除疾病折磨和生活艱難，對林徽因另一個重大打擊就是她弟弟林恆與其他飛行員朋友們的不斷罹難。
林徽因與梁思成結婚後，因父親林長民已去世，林徽因的母親與三弟林恆便跟梁家一起生活。七七盧溝橋事變時，已考取清華的林恆受抗日愛國風潮影響，毅然決定退學，轉而報考了空軍軍官學校，成為中國空軍航空學校第十期學員。
當梁家遷到李莊時，從航校畢業不久的飛行員林恆卻不幸在成都上空與日機作戰時陣亡。
梁思成得知噩耗，沒敢立刻告訴病中的愛妻，自己借到重慶出差的機會，先悄悄拐往成都，匆匆收殮了林恆的遺體，掩埋在一處無名墓地裡。為了向林徽因的母親（南按：抗戰爆發後，一直隨梁家流亡）隱瞞這一不幸的消息，梁思成歸來，把林恆的遺物——一套軍禮服，一把畢業時由部隊配發的“中正劍”，小心翼翼地包在一個黑色包袱裡，悄悄藏到衣箱最底層。後來老人還是從別人口中得知了真情，悲痛欲絕，當場昏厥。與自己的母親相比，林徽因得此消息，尚能直面慘淡的人生，承受住了感情打擊。據說，梁思成還專門在林恆的遇難地找到了一塊飛機殘骸，帶回了李莊。後來，林徽因把這一塊殘骸掛在自己的床頭，以示緬懷。
林徽因以驚人的毅力強抑住內心的悲慟，但相當長一段時間，梁家仍沒有完全從林恆陣亡的陰影中擺脫出來。老金的到來，使林徽因又想起了林恆，想起了與老金交情極好的年輕的“三爺”（在家中排行第三）。遙想當年北總布胡同時代，林恆還是個蹦來跳去的頑皮孩子，其志向與才識深得老金讚賞，二人經常開一些頗為幽默的玩笑，而老金有時稱呼他為“三爺”。如今“三爺”駕鶴西去，再也無緣相見了。林徽因躺在病床上敘述弟弟的往事與陣亡經過，不覺悲從中來，幾度泣不成聲。坐在一旁靜心聆聽，極富理性的老金，也禁不住為失去這位年輕的朋友而潸然淚下。
災難和痛苦形影相隨，但生活還要繼續，梁、林夫婦“直面慘淡的人生，正視淋漓的鮮血”，拼上性命，繼續堅持著自己為之追求的學術事業。自離開北平南下，輾轉近萬里逃難，梁家幾乎把全部“細軟”都丟光了，戰前梁思成和營造學社同仁調查古建築的原始資料——數以千計的照片、實測草圖、記錄等，卻被緊緊地帶在身邊，完整地保留了下來——這是他們生命中被視為最寶貴的財富。而那些無法攜帶的照相底版，還有一些珍貴文獻，在離開北平前，經老社長朱啟鈐同意，梁思成經手，存進了天津英租界的英資銀行地下保險庫，就當時的情形論，這是最安全的一種方法。意想不到的是，1939年夏季，天津暴雨成災，整個市區呈水漫金山之勢，那家銀行的地下室傾刻間變成了一座水庫，營造學社所存資料幾乎全部被毀。消息兩年後才傳到李莊。此時，老金正在梁家，當聽到這個不幸的消息時，林徽因傷心欲絕，梁思成與老金也流下了悲傷的眼淚。
失去的永不再來，劫後餘存的資料使營造學社同仁倍加珍惜。在李莊上壩月亮田幾間四面透風的農舍裡，梁思成與劉敦楨、莫宗江、劉致平、陳明達等幾位共患難的同事，在幾張簡易木桌上，攤開他們隨身攜帶的資料，著手系統地總結整理營造學社戰前的調查成果。為實現多年的夙願，梁、林決定用英文撰寫並繪製一部《圖像中國建築史》，以便向西方世界科學地介紹中國古代建築的奧秘和成就，同時草擬《中國建築史》寫作提綱，欲完成一部積聚在心中多年的皇皇大著。淒風苦雨中，夫婦二人一面討論，一面用一台古老的、劈啪震響的打字機打出草稿，又和他們親密的助手莫宗江一道，處心積慮地繪製了大量英漢對照註釋的精美插圖。此時，梁思成的頸椎灰質化病再度發作（南按：留學前在長安街騎摩托車被撞的後遺症），常常折磨得抬不起頭來，他只好在畫板上放一個小花瓶撐住下巴，以便繼續工作。林徽因只要身體稍感舒適，就半躺半坐地在床上翻閱《二十四史》和各種資料典籍，為書稿做種種補充、修改、潤色工作。床邊那一張又一張粗糙發黃的土紙上，留下了病中林徽因用心血凝成的斑斑字跡。
為了給林徽因積弱的身體增加一點營養，老金從自己微薄的薪水中拿出一部分，到集鎮上買來十幾隻雞飼養，盼望著雞們早日生蛋。老金是圈內知名的養雞能手，早在北平北總布胡同居住時代，就養著幾隻大斗雞，並有同桌就餐的經歷。 ——當然也有請楊步偉醫生“助產”的笑話。據梁從誡說，大家住昆明的時候，“金爸在的時候老是坐在屋裡寫呵寫的。不寫的時候就在院子裡用玉米餵他養的一大群雞。有一次說是雞鬧病了，他就把大蒜整瓣地塞進雞口裡，它們吞的時候總是伸長了脖子，眼睛瞪得老大，我覺得很可憐。”正是老金具有豐富的養雞和取蛋經驗，在李莊集鎮上買來的十幾隻雞長勢很快，不但沒生病，後來還開始下蛋了，這讓所有的人都為之開心。
至於老金自己，他對生活的艱難與當時的通貨膨脹總是用哲學家的觀點加以對待，他對梁、林夫婦和營造學社同仁們說：在這艱難的歲月裡，最重要的是，要想一想自己擁有的東西，它們是多麼有價值，這時你就會覺得自己很富有。同時，人最好盡可能不要去想那些非買不可的東西。 ”老金的“金口玉言”，使正處在艱難困苦中的巖穴寒士們精神上獲得了一絲慰藉。
就在梁思成緊鑼密鼓地準備《中國建築史》的寫作之時，老金也藉營造學社一張白木桌子，開始了他那部多災多難的《知識論》的寫作。按老金晚年的說法，他一生共寫了三本書。比較滿意的是《論道》，寫得最糟的是大學《邏輯》，花時間最長、災難最多的是《知識論》。此書之所以花時間最長，其中有一段頗為離奇的插曲。 1939年，老金剛到昆明不久，洋洋六七十萬言的《知識論》已基本殺青。有一天，敵機忽來轟炸，整個昆明警報大作，老金正伏案趕寫他那視若生命的《知識論》，且靈感大發，沉醉其中欲罷不能。遲疑間，突然幾聲巨響，房屋晃動，桌椅跳騰，碎片紛飛，塵土飛揚。痴迷的老金晃晃腦袋，抖抖手稿繼續沉浸在忘我的寫作中。待警報解除，師生歸來把他叫出，才看到前房後屋皆被炸彈擊毀，老金於驚恐中喊了聲“幸哉！”，自此再也不敢只管書本不管炸彈了。每逢日機轟炸昆明，他便攜帶一隻書箱跑到郊外，一邊躲避，一邊埋頭修改書稿。
每次老金跑警報，手提箱裡除了視若生命的《知識論》，還裝著視為自己靈魂的林徽因寫給他的信函。對這一情狀，西南聯大學生汪曾祺在後來撰定的《跑警報》一文中說：聯大師生跑警報時沒有什麼可帶，因為身無長物，一般大都是帶兩本書或一冊論文的草稿。但“有一位研究印度哲學的金先生每次跑警報總要提了一隻很小的手提箱。箱子裡不是什麼別的東西，是一個女朋友寫給他的信——情書。他把這些情書視如性命，有時也會拿出一兩封來給別人看。沒有什麼不能看的，因為沒有卿卿我我的肉麻的話，只是一個聰明女人對生活的感受，文字很俏皮，充滿了英國式的機智，是一些很漂亮的Essay，字也很秀氣。這些信實在是可以拿來出版的。金先生辛辛苦苦地保存了多年，現在大概也不知去向了，可惜。我看過這個女人的照片，人長得就像她寫的那些信”。汪後來曾對人明確表示，文中所說的金先生即金岳霖，那位“女朋友”就是林徽因，他對金、林的愛情和愛戀方式十分尊崇和敬仰。
當時昆明人跑警報，大都要把一點值錢的東西帶在身邊。最方便的是金子，最普遍的是金戒指。老金提著林徽因的情書跑了幾次警報後，忽然靈感迸發，非同常人的頭腦立即意識到這樣一個常識性問題：既然有人帶金子逃跑，必有人會丟掉金子；有人丟金子，就會有人撿到金子；我是人，故我可以撿到金子。 ——有了這個邏輯推理之後，便把這個發財的門道悄悄告訴了幾個學生，讓其如法試行。跑警報時，特別是解除警報以後，幾個學生每次回歸都很留心巡視路面。果真有同學兩次撿到過金戒指，老金聞訊甚為得意。邏輯推理有此妙用，是教這門課的金岳霖此前未曾料到的。
所謂有福必有禍，即福兮，禍之所倚也。金岳霖不但沒有料到他的學生撿到金子小發一筆，同樣沒有料到自己那比金子還要寶貴的手稿竟會黃鶴一去不復返。
卻說有一次敵機突至，警報響起，老金同往常一樣挾起藏有林徽因情書與《知識論》手稿的小箱子向郊外逃奔。當趕到城北蛇山安全地帶後，日本飛機在城內轟炸，他坐在山中一塊石頭上，打開箱子取出書稿埋頭修改。想不到這次日機轟炸的時間比往日長了許多，老金又飢又困，疲憊至極，以書稿當枕頭躺著休息，竟一覺睡過去了。當老金醒來時，天就要黑了。老金坐起身，揉揉眼睛，提起箱子就走，恍惚中書稿被遺忘在山上。等回到宿舍忽然想起時，急忙提了燈籠趕回去尋找，憑著記憶找到白天躲警報的大體方位，怎麼也找不到那塊石頭。待第二天再去找，方位是找到了，但只有幾塊石頭和飄蕩的野草在林中閃現，書稿卻踪跡絕無。這部書稿到底是被風捲走，還是被人撿去保存，或當做垃圾隨手扔掉，或者是老金誤記了方位？等等，一切皆不得而知。回到宿舍，在一陣搥胸頓足之後，老金從巨大的懊喪與悲苦中逐漸恢復平靜，痛下決心來個“重開窯子另燒磚”，一切從頭再來。於是，這部後來在學術界影響巨大的哲學巨著於昆明創作了一部分，借休假的空隙，又攜來李莊繼續寫作。老金之“痴”與“倔”，由於這一離奇事件的發生而傳誦一時。
不過此稿最終完成時，已是七年之後的1948年年底了（南按：據老金回憶可能是12月12日或14日）。書成之後，老金曾送給大名鼎鼎的哲學家馮友蘭審閱。只是像這樣的專業性特強的書稿，不是一般的人能看得懂的，即是哲學家而不研究這個哲學分支的學者讀起來也感到吃力，有時甚至不知所云，馮友蘭也深有同感。據馮在20世紀80年代發表的一篇回憶文章中說“他（老金）把定稿送給我看，我看了兩個多月才看完。我覺得很吃力，可是看不懂，只能在文字上提了一些意見。美國的哲學界認為有一種技術性高的專業哲學，一個講哲學的人必須能講這樣的哲學，才能算是一個真正的哲學專家。一個大學的哲學系，必須有這樣的專家，才能算是像樣的哲學系。這種看法對不對，我們暫時不論。無論如何金先生的《知識論》，可以算是一部技術性高的哲學專業著作。可惜，能看懂的人很少，知道有這部著作的人也不多。我認為，哲學研究所可以組織一個班子，把這部書翻譯成英文，在國外出版，使國外知道，中國也有技術性很高的專業哲學家。”
馮友蘭如是說，不排除有自謙和耍一點布袋戲的成分，但細考究起來恐怕多數還是真話，只是以馮當時的地位和名聲，不足以令人、特別是當政者聽從，對這部著作的出版與翻譯等建議亦不可能有人理會。事實呈現給世人的是，老金從馮友蘭手中接過《知識論》手稿，稍作修改即寄給商務印書館，時中共軍隊正在圍阻北平城，炮火硝煙中，印書館的職員已是人心惶惶，各自顧命，沒有人再去顧及這部天書一樣的書稿了。直到三十年後的1983底，由於政治大氣候的需要，商務印書館才把傾盡了老金這部前後兩次共十餘年心血的結晶——《知識論》印了出來。此時老金已重病在身，和梁思成、林徽因之子梁從誡住在一起，並由梁從誡家人負責照顧這位“金爸爸”的日常生活。當老金病情好轉開始翻看這部大著並回憶寫作的坎坷歲月時，已是1984年春天。這年10月，90歲的老金與世長辭，這部大著遂成哲學家金岳霖學術生涯的一曲絕響。