各機構與所屬人員在李莊古鎮內安頓下來後，開始各行其是。史語所的日常工作由李方桂主持。未久，李方桂因史語所待遇微薄，入不敷出，索性辭職離開李莊到成都，進入以美鈔作後盾的燕京大學任教，史語所代所長一職由董作賓出任。
按照工作計劃，史語所考古組人員開箱整理安陽殷墟出土的甲骨。李濟指導人員整理殷墟出土的陶器；梁思永做侯家莊大墓出土資料研究。後來增加的四組吳定良等人整理殷墟出土的人頭骨；凌純聲、芮逸夫等則籌劃做少數民族風土人情的調查。一、二組人員繼續研究自己的課業，各項工作逐漸步入正軌，李莊板栗坳（栗峰山莊）不時閃動著學者們忙碌的身影。當大家在這個新環境中漸漸適應並略感寂寞之時，有客人自遠方而來。
1941年6月27日，西南聯合大學常委梅貽琦、總務長鄭天挺、中文系主任羅常培，自四川瀘州碼頭乘船，溯江而上，朝萬里長江第一古鎮——李莊進發。
梅氏一行自5月中旬陸續從昆明飛到戰時陪都重慶，在處理了一堆繁雜公務後，向國民政府教育部匯報並商談解決敘永分校回遷事宜。
敘永小城坐落在川江以南，位於瀘州的正南方，屬於川、黔、滇邊境之地，素有“雞鳴三省”之稱。此處有永寧河通往長江，往南可入雲、貴高原，與西邊的南溪李莊雖有一段距離，但同屬於川南地區，兩地在各方面多有聯繫。中央研究院史語所、同濟大學等機構從昆明遷李莊時，敘永是必經之地。史語所的石璋如在押運物資從昆明遷往李莊的途中，曾在敘永附近翻車於河中，晚年他對敘永及西南聯大分校的情況曾有片斷回憶：“敘永算是一個關口，也不算小地方，不過查得沒有藍田壩厲害……當時很多搬遷的機構來到敘永附近，像西南聯大就把招考的新生搬到敘永上課，結果有很多在昆明考上的學生，千里迢迢來到敘永上課，但是在敘永上課的地方很小，是藉用一間小廟來用。我們在敘永的時候，聯大正準備教室的佈置，尚未正式上課。”
梅貽琦一行於6月9日由重慶到達敘永分校，因交通閉塞，地理位置偏僻，分校師生整日窩在破舊荒涼的野廟中上課，條件簡陋，生活極端困苦，女生宿舍設在帝王宮，食堂設在城隍廟，更是多有不便。因是在小廟及周邊安置課堂與宿舍，城內的電燈不能接通，晚上只有用一隻小碗或小碟，灌上桐油或菜籽油，點燃燈芯照明。時間不長，埋頭學習的學生眼毛、鼻孔已被熏得烏黑，倘不小心用手一抹，便成了戲曲中的黑臉包公。師生們整日伴著一堆黑乎乎的泥菩薩上課下課，文化生活幾乎為零，不但青年學生難以忍受，即是隨來的教授也覺得不好。梅貽琦等到來後，“助教多願回昆，學生聞返昆訊皆大高興”。對於戰爭局勢的判斷，敘水分校教授們的看法儘管有所不同，但又多傾向於“昆明敵所必取，而我方自亦必據守，但昆明如失則敘府（宜賓）繼陷，而川南川東亦必不穩定矣。此種推測數月之後或能證明”。
鑑於師生返昆心切和前途未卜的情形，梅貽琦等三人返回瀘州後，於6月19日分別緻信昆明西南聯大主持日常事務的常委蔣夢麟、教務長潘光旦等人，謂“詳告敘永分校諸君對於取消分校之意見，正反各列五條，末附本人意見……總之無論如何以早決定為宜。如敘校遷回，同仁及眷屬旅費應酌予增加”。
蔣夢麟等接信後，同意敘永回遷昆明，並上報教育部，著手籌措旅費等事宜。梅貽琦一行得知蔣的意見，頗感欣慰，表示在四川多待些時日，自瀘州溯江而上，對抗戰期間遷往樂山、成都的學術、教育機構作一番考察。
因瀘州方面一時無船上行，梅貽琦等人只好坐地苦等，9天之後，總算於6月27日登上長豐輪，一路顛簸動盪來到李莊。此行的目的除了看望遷往該地的老朋友，還有一項任務必須完成，那便是由昆明遷往李莊的北大文科研究所部分青年學子的論文需要答辯，鄭天挺作為該所的副所長，羅常培身為直接授業的導師，需完成各自應負的責任。李莊古鎮在瀘州去樂山一線的長江邊上，此行正可一舉兩得。
創立於1918年的北京大學文科研究所，是以培養文、史、哲等學科研究生為主的學術機構。 1921年稱北京大學研究所國學門，後改稱北京大學研究院文史部，由沈兼士、劉半農擔任正副主任，當年顧頡剛、羅爾綱等人曾在該機構擔任編輯員。 1934年始稱北京大學文科研究所，由北大文學院院長胡適兼任所長，傅斯年為副所長。該研究所自組建之初，就具有學術資料豐富、工作範圍廣泛等與眾不同的特點，且在不同階段的工作重點也不盡相同。如在歷史、考古、整理編纂清朝內閣大庫檔案、參加1928－1929年西北科學考察團考古調查並整理所獲居延漢簡等學術活動，都取得過舉世矚目的業績。抗日戰爭爆發後，北大文科研究所停辦。 1939年春，西南聯大在昆明穩住陣腳，北大文學院一些大牌教授，深感一個具有光輝人文傳統的研究所中斷數載而未恢復，實有負創立者、特別是胡適所長的心願，應藉聯大成立之機，在昆明重新鳴鑼開張，以展示國人不屈之意志，並培養一批學術種子。這一想法得到了傅斯年的大力擁護與支持。在徵得北大校長蔣夢麟同意後，於這年5月在昆明再度恢復。
由於胡適此時正在美國辦外交，所長一職暫由傅斯年代理，原北大秘書長鄭天挺擔任副所長。文科研究所下設語言、文字、文學、哲學、史學等組，各組導師分工如下：
文字組導師：唐蘭：
文學組導師：羅庸、楊振聲等；哲學組導師：湯用彤；史學組導師：陳寅恪、姚從吾、向達、鄭天挺等；語言組導師：羅常培、李方桂、丁聲樹等。
據說語言組導師本來還有魏建功，因魏和羅常培鬧彆扭，不久離開北大，赴四川白沙女子師範學院等院任教，其導師之職自然化為烏有。
恢復後的北大文科研究所導師陣容之強大，遠過於國內任何一所大學，師生暫借住中研院史語所在昆明靛花巷三號租來的房子學習與生活，形成了一個特殊的學術小圈子。第一屆招收學生實到者十人（語言組招收的女生陳三蘇未曾報到），分為文學、哲學、史學、語言四組。因後來移居昆明郊外龍泉鎮龍頭村寶台山響應寺彌勒殿，很有點中國古代書院的味道，而書院的總負責人稱山長，因而羅常培戲稱鄭天挺為“山長”，十名弟子號稱“寶台山北大十翰林”。第一屆研究生名單與專業分別是：
文學組：逯欽立、陰法魯；哲學組：任繼愈、王明；史學組：楊志玖、汪籛、閻文儒；語言組：馬學良、周法高、劉念和；文字組：第一屆未招生。
第二屆與下一屆的研究生有：王玉哲、殷煥先、高華年、董澍、王永興、李孝定、王叔岷、王利器等，前後幾屆加在一起約20人。
對於昆明寶台山的這段生活，第二屆文字組研究生王玉哲有過這樣一段回憶：“北大文科研究所的導師，如羅常培先生、湯用彤先生、鄭天挺先生，大部分時間和我們住在這裡。他們除了到聯大上課時進城外，一般都和我們共同生活，朝夕相處。所居鄉村，僅數十戶，平時荒僻清冷，幾不聞人聲。研究所坐落在龍頭村旁的寶台山上，設備簡陋，我們住的幾間小土房既是宿舍，又是圖書室，連作［做］飯、吃飯也在裡面。隔壁是只住有一兩個老僧的破落寺院，從不見他們拜佛、誦經，而外面香客亦復鮮過。這也增加了我們似乎舊式書院的清靜生活。幾十個師生除了每天讀書之外，便促膝縱談學問，別無他事。由於鄉下沒有電燈，晚上我們是在菜油燈下攻讀的……那時我們研究所的所長是傅斯年先生，但是真正關心我們學習和生活的，卻是作副所長的鄭先生。”
因傅斯年並不常在龍頭村或寶台山，所內事務大都由鄭天挺主持，才有這樣一個笑話傳出。說的是：“每當有人來文科所訪問，守門的那位老司閽就一定會問：您是找正所長，還是找副所長？接著解釋說：正所長是傅（副）所長，副所長是鄭（正）所長。”有一天，一位少壯軍官模樣的人來到昆明拜訪傅斯年，當他費盡力氣一路打聽摸到龍頭村寶台山文科研究所，那位忠於職責的守門老司閽擋住去路，開始用昆明土話沒完沒了地解釋起正所長與副所長的關係來。時正值盛暑溽熱，來者越聽越糊塗，以為眼前這個老傢伙裝瘋賣傻，原地兜圈兒故意與自己為難，遂抬手抹了一把臉上的汗水，不耐煩地用山東話道：“你就不要給我瞎雞巴胡扯蛋了，我要見的是傅所長，你裝什麼孫子？”言畢，順手賞給了對方一個響亮的嘴巴。
老閽身子一歪差點倒地，待站穩腳跟，一看對方黑塔一樣的塊頭，面露慍色，眼角有凶光透出，不敢再行多言，急忙轉身跑到所內一間小黑屋，把鄭天挺叫了出來，結果雙方大眼瞪小眼，並不認識。因了這次尷尬事件，寶台上的研究生們在竊笑的同時，又戲編一副對聯，曰：
鄭所長是副所長，傅所長是正所長，鄭、傅所長掌研所。
甄寶玉是假寶玉，賈寶玉是真寶玉，甄、賈寶玉共紅樓。
晚年的鄭天挺在教育界人士的慫恿下，曾想把這段特殊而有意義的生活寫一長文留世，且把當時的學生名之為“寶台山子”，惜文未成而身已歿，令人扼腕。
儘管傅斯年因兼職過多，對研究所事務和學生學業管理、指導較少，但也傾注了大量心血，特別是在導師的聘任和處理各方關係方面著力甚多。 1940年8月26日，傅在寫給駐美大使胡適的信中曾這樣道及：
北大事，我這一年亦頗盡力，近則焦頭爛額矣。北大文科研究所去年恢復，向中英庚款會捐了點小款，除教授兼導師外，請了向覺明（南按：向達）作專任導師，鄧廣銘作助教，考了十個學生，皆極用功，有絕佳者，以學生論，前無如此之盛。湯公公道盡職，指導有方，莘田大賣氣力，知無不為，皆極可佩。此外如毅生、公超、膺中皆熱心，只有從吾胡鬧。此人近辦青年團，自以為得意。其人外似忠厚，實多忌猜，絕不肯請勝己之教員，寅恪斷為'愚而詐'，蓋知人之言也。近彼大罵受頤無學問，我真不能忍耐，即與之絕交。我自求代理此事，一年中為此進城不少，又由史語所借了一大批書，弄得史語所中頗有怨言，真不值得。
傅斯年提到的受頤即陳受頤，原是留美畢業生，歸國後辭卻境外大學聘請，受胡適之聘到北大歷史系任教，並做過一段時間的系主任，深得胡適與傅斯年尊敬。此時在昆明，受到正擔任北大歷史系主任姚從吾的排擠，傅斯年為之大鳴不平。傅在信中提到的“從吾胡鬧”之從吾，即姚士鰲，號從吾，河南襄城人，1920年畢業於北大史學系，留學德國柏林大學，其間結識了傅斯年、陳寅恪、毛子水、俞大維、羅家倫、何思源等人，算是歐美派的一個人物。 1934年歸國後出任北京大學史學系教授，兩年後出任系主任，抗戰時期任西南聯大史學系教授，但其為人為學一直不為傅、陳等歐美派重量級學者所重。由於這種關係，抗戰勝利各校復員後，姚從吾沒有再進北大，而是跑到他的老家河南大學做了校長。 1948年6月，解放軍圍攻開封的戰役打響，姚從吾負隅頑抗，最後見開封陷落，大勢已去，便混於百姓中逃出城外。後企圖在蘇州恢復河南大學，剛及成形，便在解放戰爭隆隆炮火中倉皇逃往台灣，不久在台灣大學謀得了一份教職，得以繼續從事教書匠生活。姚在台大的一個名叫李敖的學生，曾對其形像作過這樣的描述：“大二時候，我選了姚從吾老師的'遼金元史'。此公挺著一個大肚皮，講課時最喜歡用手去揉搓，滿頭白髮，造型厚實樸拙，他一大把年紀，卻對我們滿口自稱'兄弟'。第一堂課下來，班上女生眾口紛紛，笑謂他怎麼跟我們稱兄道弟呀？他那麼老，被他稱'兄弟'，多倒霉呀！姚從吾老師有滿口亂牙，我從沒見過一個人有那樣亂的牙。他的牙，每顆都很大，並且N多，我始終懷疑他不是'重瞳'而是'重牙'，牙齒比一般人要多。當然我這樣說，毫無根據，但從亞里士多德把他老婆的牙齒數目搞錯一點上看，這種牙多之感，可見也不唯我獨有也！姚從吾老師長得一副中原老農相，這副相其實救了他。他在河南大學校長任上，共產黨打開封，他在亂軍之中，能夠逃出，吉人農夫相之故也！吳組湘老師在《姚從吾師盡瘁史學》中回憶，說姚老師當時'化裝為一老農'得以逃出，我看了，一直暗笑。——姚者造型原裝即一老農，又何須化裝啊！姚從吾老師學名姚士鰲，從德國留學回來，做北京大學歷史系主任。他雖喝過洋墨水，但是出身河南襄城，人還是土土的。學生們乃把'姚士鰲'戲呼為'姚土鱉'，深為他所忌，乃用姚從吾之名代之。有一次同我兩人照相，洗好後，我送他一張，背面題'士鰲老師惠存'等字樣。後來一個偶然機會，又看到這張照片，背後'士鰲'兩字已被他偷偷塗去，自改為'從吾'矣！”
不只台灣學生稱姚士鰲為“姚土鱉”，即在昆明時的研究生們也在背後偷偷地稱為“姚土鱉”。而作為極其重視家庭門弟、家學淵源的陳寅恪、傅斯年等破落貴族子弟，平時待人接物最反感的就是一種唯唯諾諾、鬼頭倒把的“土鱉”相。試想姚從吾如此一副嫉賢妒能、刁鑽刻薄的中原“土鱉”做派，怎能贏得同仁的敬重。姚士鰲不幸，竟陰陽差錯地與陳寅恪、傅斯年兩隻光芒四射的重量級“海龜”共為同學兼同事，因而被得出一個“外似忠厚，實多猜忌”“愚而詐”的結論，也就不能怪對方刻薄寡恩了。
史語所遷往四川李莊，北大文科研究所的研究生本可繼續留昆明，因西南聯大幾乎沒有圖書可藉閱，而史語所藏書豐厚，研究生們不得不像梁思成主持的中國營造學社一樣隨史語所遷川。 1940年9月7日，鄭天挺致信在重慶的傅斯年，專門談及此事。信中說道：
此外尚有一事，即北大研究所址，非追隨史語所不可。此事已數向兄言之，而兄皆似不以為然。但細想之，北大無一本書，聯大無一本書，若與史語所分離，其結果必致養成一班淺陋的學者。千百年後探究學術史者若發現此輩淺陋學者，蓋我曹之高徒，而此淺陋學風為北大所軔始，豈不大糟！弟亦知若此十餘人追隨史語所離開聯大，在史語所，在吾兄均增加無窮麻煩，但此外實無他策。弟意：萬一史語所與聯大不能在一地，而研究生必須隨史語所者，北大可每年或每學期，請一位教授隨同前往，俾稍減史語所之麻煩，並負其他事務責任。兄意如何？如兄意以為可行，則此時即可準備起來也！
此事涉及問題較為複雜，史語所遷川已有中央博物院籌備處、中國營造學社兩個機構相依附，如今再加上一個北大文科研究所，實在令傅斯年頭痛，但考慮到手心手背都是自己身上的肉，或者“肉爛在鍋裡”等事理，在鄭天挺一再勸說下，傅斯年終於答應下來。據史語所檔案顯示，北大文科研究所研究生隨同史語所先後入川駐李莊者有：馬學良、劉念和、任繼愈、李孝定、逯欽立、楊志玖等。作為助教的鄧廣銘和他在北大的同班同學、進所不久的助理研究員、傅斯年的侄子傅樂煥等，也相繼遷來李莊。有幾位同學因各種情況留在了昆明，如周法高就因為車況問題未能成行。據周回憶說：“語言組的馬學良、劉念和都隨車去了李莊，而我卻在停車場停留了好幾天沒有去得成。三十餘年後，在台灣，當時的總提調石璋如先生曾經對我表示過歉意。後來在1941年秋天，我得到傅所長的同意，命我乘車赴李莊，由公家出路費。當時通常都是坐在卡車司機旁邊的空位上，出一筆錢給司機，這樣夾帶的客人就叫做'黃魚'。我就是作為'黃魚'被帶到四川的。”與周法高命運基本相同的另外幾個研究生，也是以此種方法被當做“黃魚”由卡車司機陸續帶到了李莊。
既然史語所所長傅斯年仍為北大研究所代理所長，在李莊為學生們適當安置一個讀書的環境是義不容辭的責任。況且，傅斯年辦這個研究所的主要目的，就是把畢業生招到史語所留用，北大文科研究所，實際上成了中央研究院史語所的一個預備培訓班。當研究生們到達李莊後，全部被安排在板栗坳與史語所同仁一起居住、生活，平時則各人在圖書館看書學習，著手撰寫論文。為了顯示這股力量的存在，傅斯年還專門讓研究生們在居住的門口掛起了一塊“北大文科研究所辦事處”的牌子，作為一個相對獨立的單位彰顯於世。若干年之後，當地政府在統計李莊外來學術機構時，北大文科研究所也理所當然地被列入其中了。