就在芮逸夫去李莊考察之際，史語所發生了一件看上去不大，卻令傅斯年大為惱火的窩裡造反事件。
這年8月23日，在昆明龍頭村一間黑屋子整日伏案做甲骨文識別與編纂工作的史語所助理員胡福林（厚宣），突然向傅斯年請假，說是有位叫許心武的好朋友，在重慶北碚替自己的妻子找到了一份工作，因昆明至重慶道路艱難，匪盜眾多，需親自護送家眷赴渝，並說一個月後立即回昆明銷假，需預支九、十兩個月的薪金以作旅費云雲。傅斯年聽罷，感到自己手下弟兄生活艱難，其家眷能在陪都重慶找份工作自是一件好事，只是考慮到史語所馬上就要搬家，勸對方不要此時離開，最好入川後再作打算。若從新的地方——四川乘船沿長江順流而下可直達重慶，此道比從昆明赴渝方便得多。想不到胡福林不以為然，執意要走。傅斯年經過再三躊躇，最終一咬牙答應下來，囑咐對方快去快回，不要誤了所內搬家事宜。胡氏點頭答應，此事算告一段落。
幾個小時後，傅斯年來到李濟住處，把胡福林請假赴渝之事講了一遍，李濟當場表示反對，他認為如果胡福林非要離開，待把家遷到四川後再作行動，這樣於公於私都說得過去。現在全所搬遷在即，許多器物需要整理裝箱，人手本來不足，若小胡此時離開，對史語所工作極其不利。本來就有些不情願的傅斯年經李濟一說，頗為懊悔，立即找到正在工作室整理器物的石璋如，讓他趕快找到胡福林並轉達傅、李二人的意見，希望對方暫且留下，待隨所搬遷後再行赴渝。石璋如得令，急忙跑到胡福林工作的那間小黑屋與宿舍，發現人去屋空。又到史語所駐地和彌勒殿可能匿身的地點搜尋，仍不見胡福林的踪影。難道此人神消了不成？石璋如這樣想著，經多方打聽才得知胡氏已悄然離開昆明遠走高飛了。
胡福林于1928年自河北保定培德中學考入北京大學史學係就讀，1934年畢業。在此期間，中研院史語所由廣州搬到北平北海靜心齋辦公，北大校長蔣夢麟聘請史語所傅斯年、李濟、董作賓、梁思永等大腕前往授課，以壯北大文學院聲威。而自1931年下半年起，顧頡剛除專任燕大教授外，也受聘北大歷史系兼課講師，每個星期講幾點鐘的課。學生胡福林出於對顧氏學問的崇拜，漸漸與顧頡剛建立了較密切的師生關係。胡氏畢業後，因學業尚不算差，被傅斯年、李濟弄進中研院史語所考古組工作。從此之後，胡福林追隨梁思永赴河南安陽殷墟參加了第十、十一次考古工作，並單獨主持了侯家莊西北岡王陵1004號大墓發掘。抗日戰爭爆發後，又追隨董作賓整理殷墟出土甲骨，兼做《殷墟文字甲編》的釋文事宜。據石璋如回憶說：“先前在南京急著將一到九次發掘的甲骨出版《殷墟文字甲編》，所以YH127坑甲骨就只放到架子上，後來裝箱都沒有再動過。”到了1941年的8月，史語所同仁感到“離搬家還有段時間，也不知道搬家地點，不妨趁機開箱編號。三組同仁都可以幫忙開箱，編號就落到胡厚宣、高去尋兩位先生身上……胡厚宣與高去尋一人寫號碼，一個紀錄，若有可以合塊的碎片，也許有兩個編號，便趁機重組。董先生就描寫重要的東西，進行分類……工作從早忙到晚，吃了晚飯之後繼續加班到十點。”就在這項緊張而繁雜的工作進行中，胡福林悄然告辭了。
當時整個中研院史語所大師如林，將星雲集，一個小小的助理員如胡福林者要休一個月的假，本不足掛齒。而此事的非同尋常之處就在於，當石璋如奉命搜尋胡福林踪跡時，突然發現胡氏的一切書籍文件、生活用品等器物，隨著本人的消失也一道無影無踪。石璋如深感蹺蹊，覺得其中有詐，立即向傅斯年和李濟作了匯報。傅、李二人一聽，亦覺不可思議，遂帶著疑問與不解在史語所與周邊學術機關展開調查。第二天，得知胡厚宣確已追隨顧頡剛跑往成都齊魯大學辦研究所去了。傅斯年聽到這個切實的消息，大為震怒，認為這個小胡把自己當猴耍了，遂在彌勒殿幾個泥塑金剛面前晃動肥胖的身子，不時跳動腳跟兒，對胡福林以及齊魯大學連同顧頡剛、錢穆等人罵將起來。罵過之後乃展紙修書一封致胡福林，說：“頃聞兄就齊魯大學事，為之愕然。如有此事，務乞打消；如無此事，亦乞示知。”隨後又命史語所考古組發出一函：“奉傅所長囑，請將《武丁多妻多子》及《殷代農業》兩文留下，交汪和宗先生帶來，以便編入集刊。”
兩函寫就，傅斯年覺得併沒有解除心頭之恨，於是再修書一封，把窩在肚子中的虛火狂洩到齊魯大學主事者身上，其書云：
本所職員胡福林君請假離所一日後，本所即得到若干口頭報告，謂，貴校之國學研究所一年前即已聘定正在本所任職之胡福林君為教授，資以薪給。其本年之職務則為：（一）在雲南為貴校購買書籍。 （二）在本所抄錄影拓一切本所正在研究尚未出版之材料，以備將來貴校國學研究所之用等語。事涉離奇，殊難置信……據負責人報告，近一年來，該員將本所所藏重要史料謄錄甚多。本所之正式工作［資料］，該員亦全數攜走，其目的為何？實難揣測……傅斯年在函中強烈要求齊魯大學立即“查復上述傳言是否屬實”，並給史語所一個說法。齊魯大學為英美長老會傳教士於1917年在濟南聯合創辦，但長時間未能正式立案，後在號稱基督徒、蔣介石“老二”孔祥熙的暗中關照下，於1931年12月，南京國民政府教育部批轉山東省教育廳准予在濟南立案，承認其合法地位。因孔氏對此出力甚大，按中國特色的處事哲學，齊魯大學主動聘請孔祥熙擔任了該校的名譽校長。
抗戰爆發後，濟南淪陷，齊魯大學流落到四川成都，寄居於華西壩華西協和大學校園內。此時，顧頡剛已辭去燕大教職，先是組織一個西北考察團對西北邊疆展開調查，後受雲南大學校長熊慶來聘請，於1938年10月抵達昆明任雲大教授。未久，北平研究院（南按：非中央研究院）遷至昆明，顧頡剛兼任該院史學研究所歷史組主任。 1939年春，齊魯大學校長劉世傳邀顧頡剛到該校出任國學研究所主任，顧氏認為齊大開列的條件對自己的生活與學術研究較為有利，慨然應允，並悄悄拉上正在西南聯大任教的錢穆一道入夥。
錢穆出生於江蘇無錫，幼年讀過家鄉私塾，及長，為蘇州中學教師，雖滿肚子學問，卻一直默默無聞。直到顧頡剛自北平回老家探親，經人介紹，偶然發現這位鄉村才子學識淵博，對歷史文化有獨到見地，言談舉止非一般“土鱉”甚至放洋的“海龜”可以匹敵，稱得上是中國鄉村自學成才的標本式人物，不覺心生惜才之心。顧頡剛一回到北平，便竭力向學術界薦錢並得到回應。 1930年秋，36歲的錢穆離開蘇州至北平，先是隨顧頡剛在燕京大學任教，後由顧氏推薦執教於北京大學。錢氏自此鯉魚跳龍門，一躍進入全國頂尖級的高等學府，迅速成為史學界一顆亮麗的明星。
因個人成長經歷、學術觀點以及性格等差異，錢穆與傅斯年、胡適等團體中人的關係由表面的客氣逐漸變為不再客氣，感情裂隙越來越大。究其內情固然複雜，但大體的脈絡還能看出，按錢穆本人的說法，當時的史學界有兩大派系，一是“革新派”，一是“科學派”。錢氏對所謂“以科學方法整理國故”的代表人物胡適、傅斯年輩頗不以為然。在錢穆眼裡，這一學派價值並不大，無非是“震於'科學方法'之美名，往往割裂史實，為局部窄狹之追究。以活的人事，換為死的材料”而已。就胡與傅相較，錢穆更看不上眼的是傅斯年，因為胡適當時尚有一部《中國哲學史大綱》上卷問世。傅斯年一直反對“著史”，倡導以專題研究為重，崇尚德國郎克學派的實證、客觀等理論衣缽，此點與錢穆心中那帶有蘇州甜米糕和鹹魚味的史學觀相抵牾，言談交往中互不服氣，終致個人關係惡化。據錢穆自己回憶說，他與傅斯年只有在批判康有為今文家疑古之說這一點上是同志，過此以往，則涇渭分明。傅斯年赴台去世後，史語所研究員王汎森奉命檢查整理傅氏攜台的全部檔案資料，發現傅與錢之間只有兩封通信，且都是為公家之事，其中一封信是錢穆為學生爭取獎學金而與姚從吾聯名寫信給傅斯年的，可見二人關係之薄。
到了四十年代，傅斯年公開對外宣稱他從來不讀錢某人的書，而錢穆對傅也已明顯地表露出厭惡之情，二人積怨漸深，幾乎到了見面開打找練的地步，這一情結和怨仇畢生都未能化解。據一位知情者回憶，錢穆嘗謂傅斯年霸氣十足，是水泊梁山忠義堂裡的山大王一類人物，就是一個造反起事的土匪頭頭。而傅斯年則罵錢穆屬於狗頭貓腦的鼠輩，充其量是一個南方小裁縫，根底膚淺，不足為謀。抗戰之後，錢穆的《國史大綱》出版，一度出任浙江大學史地系教授兼主任，時為中國地理學會總幹事的張其昀（字曉峰），在重慶中央研究院總辦事處見到傅斯年，詢問對此書的看法。張某人明知錢、傅二人不合，故意詢問，無非是一種陰暗的心理在作祟，挑撥是非，看個熱鬧。傅斯年當然不傻，知道對方之意但又不把對方與錢穆等他心目中的鼠輩人物放在眼裡，遂高聲回答道：“我從來不讀錢某人的書文一個字。錢某人屢談西方歐美學術如何如何，那些知識其實都是從《東方雜誌》轉抄而來的，沒有什麼自己的發明創造。”
張其昀聽罷，立即瞪圓了蠶豆狀的眼睛，老鼠一樣齜牙咧嘴地“吱吱”怪叫著回敬道：“你既然號稱不讀錢某人書文一字，又如何知道得這麼詳細？”
傅氏漲紅著臉“吭”了一聲，爾後憤然罵道：“他媽的，不讀他的書就不知道其淺薄可笑了？你見過你老爺爺，也就是你爺爺的老爸沒有？”
對方不知何意，搖著頭道：“沒有，早死個球的了。”
“你有沒有老爺爺？”傅斯年快速問著，晃動著小山包一樣的身軀，急步向前，擺出要以體積乘速度，給對方致命一擊的架式。
“我當然有老爺爺！”對方見勢態不好，後退幾步，囁嚅著說。
傅斯年突然仰天哈哈大笑，繼而又面色嚴肅地說道：“此謂我不讀錢某人書文一字，乃知其荒唐之故也！”
張其昀愣了一會兒，終於醒悟，深為傅斯年的嬉笑怒罵所懼，怕再爭執下去不但看不到對方的熱鬧，弄不好會被眼前這位活閻王暴打一頓，乃縮頭勾背，老鼠一樣一步三回頭，連蹦加跳地溜走了。
從錢穆晚年的回憶文章可知，他在北大和西南聯大時，交往最密切的是湯用彤、蒙文通和熊十力等輩。這些人都不是“新文化運動”中人，唯有例外的是顧頡剛——儘管顧在這個運動中沒有多少可圈可點的功績可言。錢穆對顧一直抱有知遇之恩，他之所以離開西南聯大赴成都協助顧，與顧頡剛的邀約有關，但也與那時校園的政治空氣有聯繫。據錢穆自述：“自餘離開聯大以後，左傾思想日益囂張，師生互為唱和。聞一多尤為跋扈，公開在報紙罵餘為冥頑不靈。……凡聯大左傾諸教授，幾無不視餘為公敵。”聞一多跳著腳尖大罵錢穆不是個東西的情形，雖然發生在錢氏離開聯大以後，可以想見，在他未離開以前，已經有了不少反對者，對立面仍在不斷擴大增長中。就當時錢穆的為人處事而言，也並不是如傅斯年所說的臭狗屎一堆，一無是處，對其深表同情和支持者還是大有人在，如後來在成都燕大任教的史學大師陳寅恪就對錢氏說，倘若在昆明，當“可以誹謗罪將聞一多等人訟之法庭”。正是由於派系傾軋與各方面錯綜複雜的緣由，錢穆接受了顧頡剛的建議，辭去西南聯大教職，於1939年9月先回蘇州老家探親，爾後赴四川成都齊魯大學研究所任職。而這個時候，中研院史語所幾乎沒有人知道，顧頡剛已秘密和胡福林建立了聯繫，並拉胡氏一同入夥齊大研究所了。
無論是北大時代還是抗戰之後，胡與顧的關係較為隱秘，對於二人的交往外界熟知者不多。而一直對顧頡剛心懷不滿的傅斯年始終蒙在鼓裡。如果傅氏知道胡與顧的密切關係，胡不可能進入史語所工作，即使陰差陽錯進了史語所，也會被傅斯年踹出門外。胡福林與顧頡剛一直隱而不宣，自是胡氏的聰明之處。按照石璋如推斷，當在昆明龍頭村的胡福林得知中研院可能還要遷徙的消息後，“覺得未來難料，就與以前的老師顧頡剛聯繫……顧的兼職很多，表面上不活動，可是實際上很活躍。北平研究院當時在黑龍潭，顧頡剛住在龍頭村西北邊、隔金汁河就到黑龍潭的浪口村。……既然浪口村與龍頭村不遠，可能顧就與胡厚宣有聯繫。”
石氏的猜測確實不錯，許多年後，胡福林對這段經歷交代說：“正在雲南任教的顧頡剛先生，時居鄉下離我處不遠的浪口村，先生時常遣師母於去'街子'（集市）時，帶字條給我，命查找資料。而錢穆先生亦隨聯大來西南，只播遷途中，家人皆留蘇州，先生即東歸探母。此時顧先生已與哈佛燕京學社商得專款，於遷校成都之齊魯大學創國學研究所，他邀請教書於西南聯大的錢先生和我任研究員。顧先生告，齊魯大學有明義士所藏甲骨需要整理，故約我同往。這樣，在史語所即由昆明遷往四川時，我於1940年轉往成都來到齊魯大學。而錢穆先生亦於同年在返鄉侍親一年後，經重慶抵蓉。”
胡福林所說的這位明義士，原是加拿大教會中人，英文名James Mellon，曾受教會派遣來中國安陽一帶傳教，見當地的甲骨具有文物和學術價值，趁機收購保存了一批有文字甲骨。 1932年，明義士攜這批甲骨入齊魯大學任考古教授，並在校中辦了一個博物館收藏自己的部分甲骨。抗戰爆發後，齊大遷入成都華西壩，部分甲骨也隨之同遷。可以想像的是，欲棄昆明赴成都的顧頡剛正需要人手以壯聲威，且齊魯大學又有明義士收藏的大批甲骨需要整理研究，胡福林在甲骨整理方面受過專門訓練，算是內行，顧氏乃暗中拉胡氏入夥。胡出於個人利益考慮，認為另立山頭的機會來臨，遂與顧一拍即合，這才有了後來胡福林離奇出走的事發生。
傅斯年的霸氣以及在學界政壇的身份和地位，齊魯大學當權者自然深知，接到質詢函不敢怠慢小視，於1940年9月20日復函傅斯年，解釋說：“敝校三年前，曾購置明義士所藏甲骨，以整理需人，夙聞胡福林先生精於是學，遂行奉聘，此議雖係發於去年，但當時胡先生以貴所工作一時未能結束，辭謝不來，並將原聘函退還，此為去歲十月中事。至本年四月胡先生來函謂貴所工作再有三四月可了，敝校因再寄出聘書，訂明自本年九月一日起薪，惟因道途艱阻，特發給旅費國幣一千元正”云云。
這封信函，明白無誤地證實了傅斯年聽到的消息，儘管此前傅認為“事涉離奇，殊難置信”，但此次卻不得不予以置信了。為此，傅斯年更加惱怒，認為這是顧頡剛、錢穆者流另立山頭，與史語所分庭抗禮，向自己挑戰的不祥之舉。李濟、董作賓、梁思永等諸學術大腕聞訊，皆對此表示憤慨，並鼓動傅斯年對齊魯大學校方（實則是對顧、錢、胡等人）來一番口誅筆伐，以正視聽。於是，傅斯年捲袖揮臂，再度奮筆疾書向齊魯大學開起炮來，書曰：
查本所助理員胡福林于本年八月廿三日請假一月送眷赴渝，言明一月後即返滇銷假，並預支九、十兩月薪金，以作旅費。行前並未表示辭職之意，且謂其妻由許心武君介紹在北碚工作，言之鑿鑿。該員領有本所任書，任期至本年度年底截止。但據貴校來函，該員又已接受貴校聘書，並訂自本年九月一日起薪，此種矛盾事實，究應由貴校解釋，抑由胡福林本人解釋，無關重輕，惟有不能不向貴校正告者：本所歷來對於服務人員，除契約中所規定雙方必須遵守之少數條件以及一切文化國家學術機關共認之原則外，無任何其它約束，但在規定中者，則雙方均有嚴格遵守之義務。十餘年來，本所同仁之聘任、續約、解約、去職，各隨意志，照章而行，來去均極光明。曾有其它學術機關借用本所專門學者，先例甚多，大抵均在約滿以後行之，或由請求機關徵得本所同意，本所亦樂為贊助。如胡福林之未向本所辭職，即接受貴校聘書，並領雙方薪金者，尚為初見。該員在本所工作有年，尚屬勤謹，向無外務，不意貴校利用美金收入，外匯高漲，由滇赴川旅費一項，即支一千元，使一青年學者背其契約上之義務及作人之道，且事前並未與本所有商洽，此等辦法，是否基於貴校所謂'基督教之精神'，自應仍請貴校思之。本所以為此類舉動，似與學術機關之身份不合，且易在青年學者之心術上生不良之影響，實不勝遺憾。
在指責教訓了一番後，傅斯年又以凌厲的姿態和攻勢向齊魯大學發出警告：
至此後關於胡福林個人之行動，自與本所無涉，但在該員服務於貴校期間，若在貴校任何刊物內，載有本所未經發表之任何材料，自應由貴校負責，本所當採取適當辦法辦理。又，貴校來函，如昆明“購書之困難”等語，不知胡福林在此，乃向北平、上海購書，由此轉寄貴校，積之已久，人所共見。諸如此類，以無大情，不暇細論，一切統希照查為荷。
當傅斯年發出這篇言辭激烈的討伐檄文時，已是1940年11月1日，其時，胡福林已悄然轉道趕赴成都齊魯大學，與顧頡剛等人勝利會師於成都北郊崇義橋賴家院研究所住地了。對於傅斯年的憤怒與指責，齊魯大學校方與顧頡剛、胡福林等商討後，認為傅氏儘管霸氣沖天，但畢竟鞭長莫及，對齊魯大學構不成巨大威脅，且齊魯大學的名譽校長是重權在握的孔祥熙，有這位孔大人罩著，諒傅斯年也不敢，或者說不能在太歲頭上動土，做出不利於齊大的事來。於是，校方當局與顧、胡等人以勝利者的姿態會心一笑，不再理睬。只是令顧頡剛與胡福林沒有想到的是，早在抗戰前的1936年，明義士回加拿大休假，行前將收藏甲骨的大部分珍品悄悄打包，秘密轉移到外籍好友麥克盧醫生住房地下室中，這個詭秘的行動沒有一個中國人知曉。抗戰爆發，齊魯大學南遷，這批最具學術研究價值的甲骨並未隨校遷到成都，學校於兵荒馬亂中帶走的只是一少部分零散甲骨。因而胡福林到了研究所之後並沒有多大的空間可供發揮，頗為窩火（南按：直到1951年夏，時任齊魯大學文學院院長林仰山，才向當局交出了一份明義士埋藏地點的秘密地圖，這批甲骨珍寶才從地下室挖出，得以重新面世）。 1941年5月19日，胡福林致函傅斯年，詢問可否援引史語所“集刊十本一分附錄淪陷文稿辦理之例”，用於自己最新撰寫的《甲骨學商史論叢初集》中。傅斯年與李濟、董作賓商量後，李、董二人皆認為不可，於是傅回信予以拒絕。想不到胡福林並不罷休，來信提出抗議，指責史語所幾位巨頭不通人情世故。李濟得知此情，勃然大怒，在7月30日致傅斯年的信中毫不客氣地說道：“弟對於胡福林實在厭惡。他所抗議的幾條是否可作有效答复這要問彥老了。士林多此一人即多一敗類，未議尊意如何？”8月3日，傅斯年回复李濟：“關於胡福林事，如就其引彥老之文與之辯，轉不易說，只能就他末了'不得已'一節，罵他一頓。弟覺應復一信，尊意如何，乞示知。”
傅斯年與李濟對胡福林的抗議有無反擊，如何開罵，不得而知。但自此之後，史語所算是與胡福林徹底脫離了關係，雖胡氏日後還有主動示好的信函致傅、李、董幾位大腕，幾人皆漠然處之。