但幾天以後，愛德華·加維思就翻供了。他在寫給赦免法庭執行委員會的信中收回了他的證詞，說“那並不是我的觀點，而是別人灌輸給我的印象”。在與小沙繆爾·派克曼博士又一席談話之後，“我相信我確實是弄錯了”。信的末尾，有小沙繆爾·派克曼寫下的一行字：“我認可上述糾正。S·派克曼”不少人認為，這和喬治·派克曼博士生前的那樁“喬斯街監獄地皮交易”一樣，也是“相當可疑”而且“極具醜聞色彩的”。試想，派克曼家族甚至可以以重金聘請公訴方律師，要封掉一個醫生之口還不是易如反掌？
多年後，本案又爆出兩宗與派克曼家族有關的事件，或喬奇·貝密斯所稱之“派克曼計劃”。一是赦免法庭執行委員會的五名成員之一、州議員薩穆爾·伍德在定於1850年7月18日舉行的最後一次聽證會前，給公訴方的另一位律師、州檢察長喬恩·克立夫寫了一張條子：
絕密
議員會議
1850年7月17日
朋友克立夫
委員會將向議會提議，於8月30日，星期五，執行韋斯特教授死刑。
你的忠誠的
S·伍德
也就是說，在聽證尚未結束之前，委員會已經決定否決被告方的申請。這紙短柬被史學家們認為是喬恩·克立夫涉嫌“派克曼計劃”及“策劃陰謀的罪證”。
二是，社會上曾流傳過一份所謂的“由普特南牧師筆錄的韋斯特教授自白”，稱韋斯特教授在“自白”中承認，他於1849年11月23日與派克曼博士在化學實驗室裡因債務發生口角時，失手誤傷了對方，凶器就是那根為實驗課“木材的性質”做準備的木棍。幾乎在《波士頓旅遊者報》登出“自白”的當天，其他報紙便以文中數處明顯的破綻而一口咬定“這是一場騙局”。後來有證據證明，這場“騙局”的導演者正是幾位公訴方的成員和派克曼博士的兒子、律師小喬治·F·派克曼。
1850年8月30日凌晨，夜空剛剛透出一點天光，便有人群開始聚集在列維利街監獄的刑場。到上午9點，刑場上已經人山人海，波士頓警察完全失去了控制。
9點25分，一支小小的隊列從監獄方向緩緩走過來，穿過刑場，登上絞刑台。獄卒安德魯扶住囚犯的胳膊，警官強恩·埃維雷斯伸手整理好罩在囚犯頭上的黑色頭套，這才轉向眾人——
“現在，本人以馬薩諸塞州的名義，奉馬薩諸塞州之命令，對人犯約翰·崴特·韋斯特行刑。願上帝保佑馬薩諸塞州！”
隨著一聲令人直酸到牙根兒的金屬摩擦聲，犯人腳底下的活動踏板被猛地抽掉，身子便鉛錘般地驟然跌落了8英尺半（合26米），又在空中戛然而止。幾秒鐘後，放了一個很響的屁，兩條腿一陣抽搐，而後漸趨筆直。
屍體在風中盪悠了正好半小時，10點零5分，埃維雷斯警官割斷繩索。
據《波士頓旅遊者報》報導：“屍體被裝進一副極粗劣的棺材……全身上下沒有一點走形，看上去與熟睡無異。只有變成醬紫色的肌膚顯示出，韋斯特教授死於非命。”
稍後，哈佛大學圖書管理員兼歷史學家喬恩·思伯黎聽韋斯特教授的好友亨利·隆斐洛教授說起，那天早晨，臨刑之前，他和哈佛大學校長加爾德·斯巴克斯一起到了韋斯特教授那間6乘8英尺的空徒四壁的牢房。整個過程中，教授閉口不談他自己的事，“只滔滔不絕地述說他那位早逝的唯一的兒子”。
隆斐洛教授言畢一聲長嘆：“這是我一生中最痛苦的經歷。”
律師們說，要想了解一個人，最簡單也最可靠的方法，就是看一看這個人的私人物品細目表。
以下便是韋斯特夫人赫麗葉向薩伏克地區遺囑檢驗法庭提交的約翰·韋斯特教授的全部個人財產：化學儀器若干，礦石收藏若干，各類名目書籍幾百冊，科學論文660篇，音樂文獻幾百份，長笛一支，鋼琴曲譜102頁（沒有鋼琴），壇裝酒滿滿一地窖，和與約納斯·崴薩先生簽署的花園街22號住房租賃合同（年租金200美元）一份。
自韋斯特教授被捕之後，儘管他的兩個女兒瑪莉安和赫麗葉分別找了份教授繪畫和音樂的工作，家裡一直是入不敷出，全靠朋友們接濟。教授被處死後，周遭的人們再次慷慨解囊。據主持這項工作的威廉·阿勃頓先生說，替韋斯特家募捐並不難，他曾有一次半天就募到了4000多美元。到1850年9月底，韋斯特母女一共收到各類捐款2萬多美元，相當於教授生前10餘年的工資。據說其中有500美元是派克曼博士的遺孀依麗莎捐贈的。
三年後，1853年10月，教授夫人赫麗葉·韋斯特因積鬱成疾，久病而逝。這時，也叫赫麗葉·韋斯特的三女兒已經出嫁，瑪莉安·韋斯特遂帶著最小的妹妹凱瑟琳遠渡重洋，到亞速爾群島的法雅爾投奔了她們的姐姐莎拉。約翰·韋斯特教授是家中的獨子，從此，韋斯特家族的這一支便從波士頓的版圖上抹掉了。
伊弗任·利托菲爾德如願以償，獲得了派克曼家族的3000美元賞金。
也是在19世紀50年代初期，英國作家查爾斯·狄更斯再次造訪波士頓時，專程前往哈佛大學醫學院查看了本案的“現場”。
時光瀉過100多年。 1961年，位於波士頓以西40余英裡的沃瑟斯特，一幢當地人稱為“霍亞故居”的巨宅中珍藏的大量“歷史文獻”被它的繼承人捐獻給了“馬薩諸塞州州史協會”。一個世紀以前，這棟房子曾經屬於名叫艾伯納·霍亞和喬基·霍亞的兩兄弟。艾伯納是當地有名的律師，後來又做過法官。喬基是“19世紀下半葉馬薩諸塞州傑出的國會參議員”。兄弟倆生前與約翰·韋斯特教授的辯護律師愛德華·索耶爾過往甚密，堪稱至交。