明太祖一面殺了一些權位很高的大臣，一面把他的二十四個兒子分封到各地為王。其中一部分藩王還擁有軍隊。明太祖認為這樣做，可以鞏固他建立的明王朝的統治，哪料到後來反引起了一場大亂。
明太祖六十多歲的時候，太子朱標死了，朱標的兒子朱允炆（音ｗeｎ）以長孫的地位，被立為皇太孫。各地的藩王大都是朱允炆的叔父，眼看皇位的繼承權落到侄兒手裡，心裡不舒服。特別是明太祖的第四個兒子——燕王朱棣（音ｄi）一向帶兵駐守北平（今北京市），多次立過戰功，對朱允炆更不服氣。
朱棣在明太祖的兒子中是比較精明能幹的。據說有一次，明太祖叫朱允炆對對子，出的上聯是“風吹馬尾千條線”，朱允炆對的下聯是“雨打羊毛一片羶（音ｓｈaｎ）。”明太祖嫌他對的不好，馬上沉下了臉。朱棣正好在旁邊，就接嘴說：“孩兒倒也想了一個下聯。”明太祖叫他說來聽聽。朱棣說：“日照龍鱗萬點金。”原來龍是皇帝的象徵。朱棣的對語，無非是想討明太祖的歡心。明太祖聽了，連聲誇獎朱棣對得好。朱棣也就更不把朱允炆放在眼裡了。
朱允炆雖然老實，對朱棣瞧不起他，畢竟還看得出來。皇太孫的東宮裡，有個官員叫黃子澄，是朱允炆的伴讀老師。有一次，朱允炆一個人坐在東角門口，皺起眉頭長嘆氣。黃子澄見他心事重重，問太孫為什麼發愁。朱允炆說：“現在幾個叔父手裡都有兵權，將來怎麼管得了他們。”
黃子澄跟朱允炆講了一個西漢平定七國之亂的故事，接著說：“當時吳楚七國諸侯這樣強大，但是到他們發動叛亂，漢景帝一出兵，他們就垮了。殿下是皇上嫡孫，將來也不怕他們造反。”朱允炆聽了，心總算放寬了一點。
公元１３９８年，明太祖死去，皇太孫朱允炆即位，這就是明惠帝，歷史上又叫建文帝（建文是年號）。當時京城裡就听到謠傳，說幾位藩王正在互相串聯，準備謀反。建文帝聽了這消息害怕起來，把黃子澄找來說：“先生可記得那次在東角門說的話嗎？”
黃子澄說：“陛下放心，我怎麼會忘記呢！”
黃子澄退出宮門，就找建文帝另一個親信大臣齊泰一起商量。齊泰認為諸王之中，燕王兵力最強，野心又大，應該首先削除燕王的權力。黃子澄不贊成這個做法，他認為燕王早有準備，先從他下手，容易打草驚蛇，不如先向燕王周圍的藩王下手。周王朱棣（音ｘｉaｏ）是燕王的弟弟，他的封地在開封。如果先把周王除掉，就好比砍掉燕王的翅膀，下一步再除掉燕王就不難了。兩人商量停當，就向建文帝回奏。建文帝聽了很高興，就找個由頭派兵到河南把周王朱棣抓起來押到南京，削去王位，充軍到雲南。接著，又查出三個藩王有不法行為，把他們一個個削去王位。
燕王早就暗中練兵，準備謀反。為了麻痺建文帝，他假裝發了精神病，成天胡言亂語，有時候還躺在地上，幾天不起來。建文帝派使臣去探病，那時候正是大熱天，燕王卻坐在火爐邊烤火，嘴裡還不停地叫冷。使臣一回報，建文帝也相信燕王真的病了。
但是齊泰、黃子澄卻懷疑燕王裝病，他們一面派人到北平把燕王的家屬抓起來，一面又秘密命令北平都指揮使張信帶兵逮捕燕王，還約定燕王府的一些官員當內應。不料張信是站在燕王一邊的，反向燕王告密。
燕王得到消息，就把王府裡充當建文帝內應的官員全抓起來，宣布起兵。燕王是個精明人，知道建文帝畢竟是法定的皇帝，公開反叛，對自己不利，就找個起兵的理由，說要幫助建文帝除掉奸臣黃子澄、齊泰。歷史上把這場內戰叫做“靖難之變”（靖難是平定內亂的意思）。
燕王本來有帶兵打仗的經驗，手下有一支經過訓練的精兵。他起兵南下，很快攻下了一些據點，許多州縣的官員紛紛投降。建文帝害怕起來，撤了齊泰、黃子澄的職，想要燕王退兵。燕王哪肯罷休。
這場內戰，差不多打了三年，到了公元１４０２年，燕軍在淮北遇到朝廷派出的南軍的抵抗，打得十分激烈。有些燕軍將領主張暫時撤兵，燕王說：“這次進軍，只能進，不能退！”
沒多久，燕軍截斷南軍運糧的通道，發起突然襲擊。南軍就一敗塗地了。
燕軍勢如破竹，進兵到應天城下。建文帝見形勢緊急，一面要將士拼死守城，一面派人向燕王求和，願意割讓土地，請求燕王退兵，又遭到燕王的拒絕。
過了幾天，守衛京城的大將李景隆打開城門投降，京城終於被燕軍攻破。
燕王帶兵進城，只見皇宮大火熊熊，正在燃燒。燕王趕快派兵把大火撲滅，已經燒死了不少人。他查問建文帝的下落，有人報告說，燕兵進城之前，建文帝下命令放火燒宮，建文帝和皇后都跳到大火裡自殺了。
燕王朱棣即位，這就是明成祖。到了公元１４２１年，明成祖遷都北京。打那時候起，北京一直成為明朝的京城。