佛教在西藏地區經過很長時間的發展，到11世紀中葉以後，逐漸形成，相繼出現寧瑪、噶當、薩迎、噶舉、格魯、希解、覺宇、覺囊、郭扎、夏魯等教派。有些教派由於無政治勢力作靠山，勢小力弱，先後融於其它教派或被迫改宗，均消失於歷史長河之中。影響較大的只有５個教派。
寧瑪派（紅教），形成於公元11世紀，是藏傳佛教中最早產生的一個教派。由於該教派吸收和保留了大量本教色彩，重視尋找和挖掘古代朗達瑪滅佛時佛教徒藏匿的經典，並認為自己弘揚的佛教是公元８世紀吐蕃時代傳下來的，比較古舊，所以稱寧瑪（寧瑪，藏語意為古、舊）。加上該教派僧人只戴紅色僧帽，因而又稱紅教。紅教以密宗修習為主，其思想受漢語系佛教影響，與內地禪宗“明心見性”說法相似。今天，紅教不僅在中國藏區傳播，在印度、不丹、尼泊爾、比利時、希臘、法國、美國也有踪跡。
噶當派，創建於1056年。藏語“噶”指佛語，“當”指教授。 “噶當”意為用佛的教誨來指導凡人接受佛教道理的意思。該教派以修習顯宗為主，主張先學顯宗，後學密宗，其教法傳播甚廣，藏傳佛教各教派均受其影響。 15世紀格魯派興起，原噶當派僧人和寺院，都改宗格魯派，噶當派從此在西藏社會上消失。
薩迦派（花教），創始於1073年，因該教派主寺薩迦寺所在地呈灰白色，故得名薩迦（藏語意為白土）。由於該教派寺院圍牆塗有像徵文殊、觀音和金剛手菩薩的紅、白、黑三色花條，故又稱花教。花教在形成教派體系、擴大宗教影響、拓展封建勢力過程中，出現過歷史上著名的“薩迦五祖”。其中，薩迦四祖薩班貢噶堅贊，1247年被元朝統治者召於涼州，商洽西藏的歸屬。之後，薩班聯絡西藏各個封建勢力歸順蒙古。薩班去世後，薩迦五祖八思巴又成為元朝中央的高級官員，受到元朝皇帝極大的恩寵，被封為“國師”、“帝師”、“大寶法王”，薩迦派也由此成為元朝在西藏統治的代表。明朝，薩迦派高僧貢噶扎西前往南京朝見永樂皇帝，受封為明朝三大法王之一的“大乘法王”。
噶舉派（白教）創始於11世紀，重視密宗學習，而密宗學習又必須通過口耳相傳，故名噶舉（藏語口傳之意）。因該教派創始人瑪爾巴和米拉日巴在修法時都穿白色僧裙，故噶舉派又稱白教。白教最初分香巴噶舉和塔布噶舉。香巴噶舉在14、15世紀衰落，現在談到噶舉派，一般就是塔布噶舉。塔布噶舉實力雄厚，支系最多，其中一些不是直接控製過西藏地方政權，就是獨占一方的封建勢力。
格魯派（黃教），創建於1409年，是15世紀西藏佛教史上的著名的宗教改革家宗喀巴在推行宗教改革過程中形成的，也是藏傳佛教中形成最晚的一個教派。宗喀巴生在西藏帕竹政權取代薩迦政權之時，上層僧人不僅直接參與政治、經濟權力的角逐，而且生活日趨腐朽，在社會上逐漸失去民心。針對這一情況，宗喀巴以重視戒律為號召，到處講經說法，著書立說，抨擊僧人不守戒律，積極推進西藏佛教改革。 1409年藏歷正月，他在拉薩大昭寺發起祈願大法會，這就是流傳至今的傳召大法會。法會後，宗喀巴建起著名的甘丹寺，創建起嚴守戒律的格魯派（格魯，藏語意為善律）。由於宗喀巴及其追隨者戴黃色僧帽，故又俗稱黃教。黃教創建後，相繼又建立起哲蚌寺、色拉寺、扎什倫布寺、塔爾寺、拉卜楞寺，它們與甘丹寺一起並稱為格魯派的六大寺院。此外，黃教還創建了達賴、班禪兩個最大的活佛轉世系統。