1644年，明朝山海關總兵吳三桂投降清國，引兵入關，清兵佔領北京。同年十月，福臨在北京即皇帝位，以次年為順治元年。清兵入關以後，遭到漢族軍民的強烈抵抗，清兵惱羞成怒，展開了殘酷的屠殺，以“揚州十日”、“江陰三日”、“嘉定三屠”三役最為慘烈。
1644年5月，明福王朱由崧於南京即帝位，建立南明弘光政權。史可法任武英殿大學士、兵部尚書，督師江北，鎮守揚州。 1645年3月，清軍抵達揚州，集結了大批軍隊，形成重重包圍。史可法上書南京請求派兵支援，又飛檄各鎮召集援兵，但南明權臣馬士英不加理會，各鎮總兵僅劉肇基自高郵來援。
清軍包圍揚州後連連向史可法招降，均遭史可法嚴詞拒絕。史可法面對來使，毅然回答道：“天朝無降宰相，有與城盡耳！”此時，部將李棲鳳、高鳳歧出城叛降，守城兵力極為孱弱。時窮節乃現，危難見英雄。留下守城禦敵的均是為民族大義和史可法高風亮節所感染的豪傑之士。他們懷著與城共存亡的決心日夜堅守，屢退清兵，殺敵數千。
四月十三日，清軍以紅夷大砲猛攻揚州西北隅，守城軍民在史可法率領下前仆後繼，浴血奮戰。二十五日揚州城為清軍所破，清軍蜂擁而入，史可法自刎不及，為清軍所俘。敵人百般利誘，許以高官厚祿，史可法不為所動，慷慨就義。
史可法被俘身亡後，高郵總兵劉肇基率領軍民與清軍展開巷戰，直至人盡矢絕。清軍痛恨揚州軍民的拼死抵抗，屠城10天，縱兵搶劫屠殺，約80萬人慘遭殺害。史稱“揚州十日”，為中國歷史上極為慘痛的一頁。
揚州失守後不久，南明弘光政權滅亡，清軍迅速佔領江南各地。 1645年6月，清廷頒布“留發不留頭，留頭不留發”的“剃髮令”，強令漢族人民剃髮、蓄辮，極大地傷害了漢人的民族自尊心，引起強烈反抗。
六月上旬，清朝委派的江陰知縣方亨在江陰城發布“剃髮令”。江陰人民群情激憤，10餘萬人召開集會，宣告：“頭可斷，發決不可剃！”集會群眾殺掉知縣方亨，推舉本縣主簿陳明遇與前任典史閻應元為領袖，揭起抗清義旗。閻應元迅速組織起一支堅強的抗清隊伍，他們修繕城池，製造武器，徵集軍需，加強防守，作好了充分的準備。
不久，清軍大集，重兵圍困江陰城。七月初，清兵重砲猛轟，萬弩齊發，蜂擁攻城，均為守城軍民擊退。清軍派明朝降將劉良佐勸降，閻應元慨然答复：“有降將軍，無降典史！”八月二十日，江陰城內彈盡糧絕，清軍又以大砲轟破城門，才得攻入城內。陳明遇、閻應元壯烈犧牲。
江陰人民抗擊清軍80天，擊敗清軍三十萬大軍，殺死清兵七萬五千人，使清廷三位王爺和十八員大將喪命於江陰城下，在中國歷史上寫下了可歌可泣的一頁。清軍痛恨江陰人民的頑強抵抗，屠城三日。全城人民均以先死為榮，無一人投降。三日之內，十七萬餘人被殺，僅老幼53人倖免於難。史稱“江陰三日”。
不畏犧牲、從容就義的壯烈行為也發生在嘉定。幾乎與江陰同時，清朝知縣張維熙在嘉定執行剃髮令。城內外人民不約而同地起兵，趕走了張維熙，並推舉士紳黃淳耀、侯峒曾為首主持大計，共拒清兵。
黃、侯等人糾合義兵，整飭編練，稱為“嘉定恢剿義師”，堅守嘉定。清軍攻城，嘉定義軍困守孤城10余天，終因連天大雨，城牆傾塌，被清軍攻入城內。黃、侯等人自殺殉國，清兵屠殺城內百姓二萬餘人。不久，義士朱瑛乘清軍退出嘉定，重新入城，重興義旅，再度舉起抗清大旗。清兵進攻，嘉定再次為清軍所破，城中百姓又一次遭到慘酷的屠殺。二十天后，明軍將領吳之藩反攻嘉定，無功而返。清軍遷怒於嘉定百姓，又進行了第三次大屠殺。