中國歷代皇帝只有朱元璋出身貧民，但也正是他殺戮功臣最多，刀鋒所及，平民百姓也深受其害。他歷經千辛萬苦，九死一生，方才取得皇位，貴為天子，富甲天下。這位貧民，不是一般意義上的貧苦，而是窮到衣不蔽體、食不裹腹。全家9口人，一次飢荒就餓死了5口。家裡養不起，朱元璋17歲時去皇覺寺出家，誰知三個月後寺裡也揭不開鍋。他只好走出寺門，成了雲遊僧人，開口化緣，雲遊四方。雲遊僧和窮乞丐沒有什麼區別。他嘗盡了人們的白眼，飽受了世間的飢寒。
貧苦的出身，使朱元璋深知民間疾苦。他在即位後，整頓吏治，懲治貪官污吏；獎勵墾荒，鼓勵生產；大修水利，輕役薄賦；清查戶口，承認私人對土地的所有權。這些措施促進了經濟的發展，改善了人民生活。但是，朱元璋以謀反起家，猜疑心極重，深恐有一天自己的江山也斷送在反賊手中。為此，他揮起屠刀，先是大肆屠戮開國功臣，殺得人們膽戰心驚。繼而又妒賢嫉能，殺害有才能的賢臣明士。再往後，連普通百姓和士人也不放過，只要犯了他身世的忌諱，就格殺毋論；只要引起他的懷疑，就絕不放過。
洪武六年（1373年），胡惟庸當上了丞相。胡惟庸一意孤行，專權擅斷，國家大事私自處理，不向朱元璋報告。看到內外各衙門的報告中有對自己不利的內容，他就擅自扣壓下來，不轉呈朱元璋。他的兒子騎著快馬在鬧市上橫衝直撞，不小心摔了下來，跌死在一輛路過的貨車前。胡惟庸遷怒於拉車的人，把他抓起來殺掉洩憤。朱元璋大發脾氣，要他為車夫償命。胡惟庸連連謝罪，承諾出錢撫卹死者家屬。朱元璋放了胡惟庸一馬。但胡惟庸本已蓄有異心，這件事發生後，他更加緊了陰謀活動。
洪武十三年（1380年）的一天，胡惟庸向明太祖朱元璋禀告：“臣家住宅後院有一口井突然湧出泉水，味道甘甜如酒，這真是國家的祥瑞！請陛下駕臨觀看。”朱元璋答應了，帶著一群官員出皇宮西華門向丞相府進發。丞相府離西華門不遠，宮內有一個守西華門的太監叫雲奇，已探聽到胡惟庸圖謀反叛的消息，只是還沒找到機會向朱元璋告發。他一聽說朱元璋要到丞相府去，就急急忙忙跑去阻擋。他氣喘吁籲地趕上隊伍，顧不上禮節，衝過去就抓住朱元璋的馬韁繩。雲奇本來說話就有點大舌頭，加上心情一緊張，更說不清楚。朱元璋一向明令禁止宦官干預宮外的事情，又惱火他衝撞了自己的出行，喝令左右把他扯下去責罰。一時之間，撾捶亂下，雲奇被打得奄奄一息。他掙扎著用手指著丞相府的方向，朱元璋猛然明白過來。忙返駕回宮，登上皇城高處向西華門外的丞相府俯視，發現府內埋伏著很多披甲帶刀的壯士。他緊急調遣錦衣衛，把胡惟庸抓了起來。胡惟庸受到抄家滅族的處置，牽連而死的，有三萬多人。
朱元璋以胡惟庸謀反的事為藉鑑，決心下令廢除中書省，不再設丞相之職；由吏、戶、禮、兵、刑、工六部分理朝政，各部尚書直接對皇帝負責。這樣，朱元璋實際上是以皇帝的身份又兼任了宰相，獨攬大權，不受任何制約。
在廢中書省的同時，朱元璋把大都督府一分為五，設左、右、中、前、後五軍都督府。都督府只管軍籍、軍政；頒發軍令、銓選軍官的權利在兵部尚書手上。但不管是都督府，還是兵部，都不能直接指揮和統率軍隊。遇有戰事，由皇帝任命帶兵的統帥。這樣，軍權也被皇帝牢牢控制住了。朱元璋的侄兒朱文正文武全才，深受眾望，曾任大都督，後來被朱元璋加上一個“親近儒生，胸懷怨望”的罪名，鞭打至死。
對自己的親侄兒尚且如此，對其他的功臣更是大開殺戒。魏國公徐達是開國功臣第一人，又是朱元璋少年時代的好朋友，為人老成持重。朱元璋找不出任何岔子整他，但就是想要他的命。洪武十八年（1385年），徐達背部長毒瘡，患這種病的人，最忌吃發物。朱元璋卻派官員到他府裡賜蒸鵝，徐達老淚縱橫，當著官員的面吃下蒸鵝，幾天后，毒發而死。另一個朱元璋童年夥伴信國公湯和，眼見一個個功臣不得善終，主動提出解除兵權，告老還鄉。朱元璋知他庸庸碌碌，況且年老體衰，不可能再有所作為，就許他回鄉養老，算是格外開恩。
藍玉則是一員戰無不勝、攻無不克的驍將，因屢立戰功，被朱元璋比為漢代名將衛青和唐代名將李靖，封為涼國公。但在他回京上朝的當天即被捕，第三天就被處死。以後又是一連串的濫殺。這一次快刀斬亂麻，兩個多月，就殺了1萬5千多人。
開國元勳功高蓋主，倘不知功成身退而遭殺戮，還可說朱元璋為後世子孫、江山社稷著想，而對一般官吏儒生的任意殺戮就有些莫明其妙了。朱元璋當過和尚，又是造反起家，所以，特別忌諱“僧”與“賊”一類字眼。臣下的奏章、賀表裡，明明是拍他馬屁的“睿性生知”、“體乾法坤”、“作則垂憲”、“天下有道”等話語，在他讀起來，卻變成了“僧智”、“發髡”（剃掉頭髮）、“作賊”、“有盜”，有關的人統統被殺掉，官員個個膽戰心驚。
朱元璋有個下意識的習慣，心裡一想殺人，兩手就把腰間的玉帶撳到肚皮下面。滿朝官員一看到他這個動作，就會嚇得面無人色。朱元璋堅持早朝制度，朝官天不亮就得起床梳洗穿戴，趕著在黎明前進宮參加早朝。許多人出門以前，就鄭重地向妻子訣別，安頓好後事。活著回來了，闔家都歡喜雀躍，慶賀他又多活了一天。在這種氣氛下，許多人逃避當官；朝廷去征召，千方百計推託不就；已經做了官的，想方設法辭掉。朱元璋又大罵這些人不肯幫朝廷做事，是“大不敬”的行為，也要殺掉。
普通百姓也難逃其禍。有一年的元宵節，朱元璋微服出行，看到一群人圍在那裡猜謎語。有一則謎語是畫謎，畫的是一個形容醜陋的農婦，赤著一雙大腳，兩手捧著一隻大西瓜；謎底是一句俗語：“淮西（懷西）婦人好大腳”。朱元璋的皇后馬氏正是淮西人；馬氏是回族人，不纏腳，正好又是一雙大腳。朱元璋認為這是在拿皇后開玩笑。第二天，派兵到那一帶，把住在那裡的老百姓統統殺掉。
朱元璋殺人的手段特別殘酷。涼國公藍玉是以謀反的罪名被處死的，用的是剝皮的酷刑。皮剝下來後，當中填上草，傳示各省。藍玉的女兒是蜀王的妃子。這張皮傳到四川時，她央求丈夫向朱元璋啟奏，把皮留下來，由她保存。明末張獻忠攻進蜀王府，還看到這張人皮。貧苦老百姓為了逃避賦稅勞役，流竄到寺廟里當和尚。朱元璋把他們視為“頑民”，下命令：挖一個大坑，將他們活埋，土埋到脖頸，把頭留在土面上，15個人排成一列。然後，他又叫劊子手揮起大斧，貼著地面掃過去，一下子就砍掉好幾個腦袋。這種酷刑，被叫做“鏟頭會”。
朱元璋死於洪武三十一年（1398年），終年71歲，功臣宿將已經死傷殆盡。同他一起在淮西參加紅軍起義的伙伴，活得最長的是湯和。很快，燕王朱棣從北平起兵，反抗朝廷，由於朝中能征善戰的大將早已被朱元璋殺戮殆盡，無人領兵，遂被燕王輕而易舉地奪去朱元璋孫子的皇位。