既然人們本來具有智慧覺悟的本性，可是為什麼會迷失本性而不能覺悟呢？禪宗從佛性與煩惱的關係回答這個問題。他們認為，人心本來具有佛教覺悟的智慧，它就是人的本性；智慧覺悟的本性本來清淨，但是它被人們心中的煩惱妄念所掩蓋，於是人們便成為迷失本性的眾生，而不能成為現實的佛。慧能把清淨的本性比作日月常明，把煩惱妄念比作烏雲蔽日，它使本來明亮的日月不能顯現。所謂煩惱妄念掩蓋了智慧本性，也就是說煩惱妄念是妨礙人們覺悟解脫的心理障礙，因此必須加以克服。
在禪宗看來，智慧本性與煩惱妄念相即不離，二者同時集於人心，但是前者不生不滅，後者生滅變幻，因此煩惱妄念是可以克服的，無論人心當中充滿多少煩惱，都不能改變人們智慧覺悟的本性。慧能說“即煩惱是菩提。前念迷即凡，後念悟即佛”；“自色身中邪見煩惱、愚癡迷妄，自有本覺性”。就是說覺悟的本性就在煩惱妄念之中。儘管二者相即共在，但它們的性質完全相反：佛性智慧是真實的本體，煩惱妄念是虛假的現象。為什麼呢？因為智慧本性是清淨的，清淨就意味著無相，“性體清淨，是以無相為體”；“淨無形相”，“無相”就是沒有任何具體的相狀，“清淨”是無相的比喻性說法，比如一個無色透明的物體，人們無法說它是黑的還是白的、紅的還是綠的，等等。所謂佛性（本性）清淨無相，也就是說佛性沒有任何具體的規定性；如果從生滅的角度來說，佛性也就是無生無滅、常住不變的實體。所以慧能的弟子神會說：“佛性體常故，非是生滅法。”與此相反，煩惱妄念隨生隨滅、變幻不已。他認為佛性好像虛空，煩惱如同明暗，“明暗有來去，虛空無來去”，來來去去就意味著生生滅滅；二者又好比金屬與礦石，“金之與礦，俱時而生。得遇金師，爐冶烹煉，金之與礦，當時自別。金既百煉百精，礦若再煉，變成灰土”。佛性與煩惱的關係也是如此，佛性常住不變，煩惱變紀不居。佛教把無生無滅（常）看做真實性的象徵，把生滅無常作為虛假的標誌，所以禪宗說佛性不生不滅就意味著佛性是真實的本體，說煩惱有生有滅就意味著煩惱是虛假的現象。神會認為人心中這個真實的方面就是根本性的，而虛假的方面則是派生的，所以說：“以不生不滅故，得稱為常；以常故，得稱為本。”既然佛性是根本性的，所以它“本有今無”，即本來具有而被“煩惱蓋覆不見”；既然煩惱是派生的，所以它“本無今有”，即本來沒有而後天生起。這就表明，無論人們心中充滿多少煩惱，都改變不了智慧覺悟的本性；無論煩惱多麼深重，人們都可以將它克服。