這是中國歷史上迫害儒者和儒學的重大事件。
孔子的時候，他的主張就得不到諸侯的採納。孔子以後，孟子、荀子的主張也得不到諸侯的採納。孟子描寫他當時的情形是，天下人的言論，不是讚成揚朱，就是讚成墨子。雖然有不少儒者在以各種形式為當時的政權服務，但是儒學的主張得不到諸侯的支持。秦朝統一中國後，也面臨著一個如何統治的問題，或者說用什麼思想進行統治的問題。這樣的爭論在一個突然的時機爆發了。
公元前213年，秦始皇在皇宮中大擺宴席，擔任博士（皇帝顧問）的儒生們向皇帝祝酒。這時，一個軍事長官周青臣頌揚道，過去秦國的土地不過千里，由於皇帝的英明，現在只要是日月能夠照到的地方，就都是我們的領土。原來的諸侯國成了郡縣，百姓人人安樂，千秋萬代，再不受戰爭之苦。從古以來，都沒有哪位皇帝有這樣偉大的功德。秦始皇聽了，非常高興。
這時，一位博士名淳于越的上前反駁道，我聽說商朝和周朝的統治都延續了上千年，是因為他們分封了子弟和功臣，作為中央政權的枝葉和輔佐。現在我們卻實行郡縣，子弟們都和平民差不多。假如有人要篡奪中央政權，如何互相救援。統治一個國家而不效法古人，這樣的統治就不會長久。可是周青臣卻當面阿諛奉承，這是要加重皇帝您的過錯，不是忠臣的行為。
秦始皇把他們的意見交給臣子們討論。丞相李斯認為，從古以來，歷代的政策都不相同，但都能把國家治好。不是他們要故意相反，而是情況發生了變化。現在皇帝創立了這麼大的功業，愚蠢的儒生們是不能理解的。淳于越講的是古代的情況，怎可作為今天的榜樣！過去諸侯們互相戰爭，都用豐厚的禮物招聘到處奔走、謀求做官的學者。現在天下統一了，百姓們應當人人把農業生產作為主要事業，士人們應當好好學習國家的法令。但這些儒生們卻要學習古代的東西，誹謗今天的政策，迷惑百姓。我認為，戰爭期間各種言論可以自由發表的狀況不能再繼續下去，這樣會使人根據自己的學說來反對國家的統一號令，他們互相吹捧，到處發表誹謗言論，如果不加禁止，就會削弱皇帝的權威。這種情況，我認為應該嚴厲禁止。因此建議，第一，焚毀民間的、《尚書》及學者們的專著，國家收藏的保留；第二，保留醫藥、占卜和種樹之類的書籍；第三，有願意學習法令的，向官吏學習。
這次焚書執行得相當嚴厲，沉重打擊了儒學在民間的傳播。
經過這次焚毀，儒學的書籍雖然在民間幾乎絕跡，但國家還保留著。然而秦朝末年，項羽帶兵推翻了秦朝的統治，並且焚毀了秦朝的宮殿，這一次，國家的藏書也遭到了重大損失，終使許多儒學書籍失傳。