明末清初，以顧炎武、顧祖禹等為代表，提倡“經世致用”的學術新風，極力主張做學問要為社會服務，要探求科學規律。但是，從不久的雍正時代開始，清政府為了加強封建專制統治，嚴禁人們評議時政，製造了幾起駭人的“文字獄”，迫使學者走向脫離現實、埋頭書案的古籍整理工作，終於形成以文獻校文獻的整理、校注古代典籍的乾嘉“考據”學風，並一直影響到清末的許多治學工作。這時的地理學研究也不例外，亦出現了校勘、註釋、整理、補作古代地理著作的高潮，以致成為清代地理學的主要成就和發展特點。
我國古代地理著作很多，成書時間也較早，在長時間的流傳中，主要靠相互傳抄、翻刻，所以，到清代，各種古代地理著作的版本就比較多，相互之間都有缺漏、差異，甚至造成意思上的矛盾。加之我國上古、中古語言文字變化較大，使後人對前人著作的理解因時代而不同。這些都為後人的閱讀造成極大困難。因此，由乾隆時代興盛的“考據”學派，其最主要的工作，首先便是對古代著作進行文字、版本上的整理、校勘和意義(內容)上的註釋。在地理學方面，用功最大，成績最著者，主要是對《禹貢》、、《水經註》以及歷代“正史”《地理志》的校勘、註釋。
關於《禹貢》的校勘，主要有胡渭、徐文靖、朱鶴令、丁晏等。胡渭(公元1633—1714年)蒐集歷代方志輿地著作史料，對《禹貢》的內容進行詳細的考釋註解，還對所謂“禹河”(傳說大禹治水之後的黃河下游河道)在歷史上的遷徙，以及漢、唐、宋、元、明代黃河河道，進行了精密的考證。著有《禹貢錐指》20卷，地圖47幅。晚於胡渭的徐文靖在胡渭研究的基礎上，又旁徵博引，參校其他版本著作，寫成《禹貢會箋》12卷，總匯各種校注成果。胡渭、徐文靖的著作在校勘《禹貢》中，最為重要，考釋詳細繁多。此外，在他們之前的朱鶴令曾寫過《禹貢長箋》一書，校注《禹貢》；晚於胡渭、徐文靖的則有丁晏、程瑤田等關於《禹貢》的研究。丁晏著有《禹貢錐指正誤》，以指明胡渭校注中的一些錯誤；程瑤田著《禹貢三江考》，主要考釋長江。
關於的校勘，主要有畢沅的《山海經新校正》18卷；郝懿行的《山海經箋疏》18卷。畢沅主要對的篇目、文字、山川等進行了考證。尤其是在山川方面，加強了地理內容的考釋。郝懿行較畢沅晚，他的著作除文字等校釋外，對山川、方位等論證，多與畢沅相同。
清以前的24部“正史”中，16部有《地理志》，清代學者對這些“正史”《地理志》進行校勘、註釋的人很多，著作也很多。主要有：錢坫〔dian店〕撰、徐松集釋的《新斠〔jiao叫〕注漢書地理志集釋》16卷；汪遠孫《漢書地理志校本》二卷；陳澧《漢書地理志水道圖說》七卷；洪頤煊《漢志水道疏證》四卷；徐松《漢書西域傳補注》二卷；吳卓信《漢書地理志補注》103卷；畢沅《晉書地理志新補正》五卷；楊守敬《隋書地理志考證附補遺》九卷等。在清代校注“正史”《地理志》的學者中，尤以清末丁謙(公元1843—1919年)的校注考證最為豐富和著名。丁謙刊行於世的“正史”地理考證著作就有17種35卷。上自《漢書》，下及《明史》的邊疆域外地理都有考證。如：《漢書·匈奴傳》地理考證二卷；《漢書·西域傳》地理考證一卷；《後漢書·東夷傳》地理考證一卷；《新、舊唐書·西域傳》地理考證一卷；《明史·外國傳、西域傳》地理考證二卷等。
關於《水經註》的校勘註釋。北魏酈道元《水經註》自問世以來，即被後人廣為刊印、傳抄、引用。到宋代時，版本間已有了較大差異。所以，金代即有人開始進行《水經註》的版本、文字整理校訂，但直到明代朱謀瑋的《水經註箋》，整理都不十分精慎。到了清代，對《水經註》的校勘研究一下子成了一門用功最多的學問，幾乎清代第一流的學者、地理學家，十有八九都校注過《水經註》。如清初有黃宗羲、顧炎武、閻若璩、顧祖禹、胡渭、黃儀、劉獻廷；清中葉有齊召南、全祖望、戴震、趙一清、孫星衍、段玉裁；清晚期有陳澧、王先謙、楊守敬、熊會貞、丁謙等。當時為《水經註》校勘、考訂、註釋、作圖的各種版本不下50種，而其中最著名的有全祖望、趙一清、戴震、王先謙、楊守敬的整理本，即：全祖望的《全氏七校水經註》、趙一清的《水經註釋》、戴震的《水經註》、王先謙的《合校水經註》、楊守敬、熊會貞的《水經註疏》。
除以上幾種地理著作的校勘整理外，清人還對《穆天子傳》、晉代法顯《佛國記》、唐代杜環《經行記》、元代耶律楚材《西遊錄》等著作中的地理問題，也都進行了校勘、註釋、整理。
清代對古代地理著作的校勘、整理、註釋，主要有以下幾方面的成績：
第一，訂正文字，理順版本。即通過文字、版本比較校勘，恢復了各種地理著作的原來面貌，便於後人閱讀、使用。如全祖望、趙一清、戴震的工作，就在於校理清楚了《水經註》在傳抄流傳過程中，“經”文與“注”文之間、篇目之間的混亂現象，逐漸理出一個比較正確的《水經註》版本。
第二，訂正訛誤，增補內容。如吳卓信的《漢書地理志補注》，就對班固《漢書·地理志》中許多錯訛之處，旁徵博引予以糾正。楊守敬的《隋書地理志考證附補遺》，為《隋書·地理志》全文的六倍，不僅糾正了《隋書·地理志》中的錯謬之處，更重要的是擴大、豐富了它的內容。
第三，對一些沿革地理問題進行了探討。清代學者在對古代地理著作的校勘中，往往依據多種資料對一些政區沿革、河道變遷等問題，進行系統的探討。如胡渭關於黃河河道的歷史變遷考證；楊守敬《水經註疏》中的許多考釋工作等。
清代學者在對“正史”中的《地理志》進行校勘、註釋的同時，也對24部“正史”中沒有《地理志》的八部(即《史記》、《三國志》、《梁書》、《陳書》、《北齊書》、《周書》、《南史》、《北史》)進行了研究，在匯集、分析古代相關資料的基礎上，對它們進行了《地理志》的補著工作。其主要成績如下：
吳增僅撰、楊守敬補正的《三國郡縣表附考證》八卷；謝毓英的《三國疆域表》二卷等，可補《三國志》無地理誌之缺；洪齮〔yi椅〕孫的《補梁疆域志》四卷，可補《梁書》無地理誌之缺；臧勵龢《補陳疆域志》四卷，可補《陳書》無地理誌之缺；汪士鐸《南北史補志》14卷，可補《南史》、《北史》無地理誌之缺；練恕《五代地理考》一卷，可補《舊五代史》郡縣誌及《新五代史》職方考的簡略。 《北齊書》、《周書》雖未有專門補志，但實際上楊守敬的《隋書地理志考證補遺》，對梁、陳、北齊、北周、隋的地理都有補注和考證。此外，洪亮吉的《十六國疆域志》(16卷)，也對《北齊書》、《周書》地理志的補著有一定意義。
總之，由於清代學者的努力，基本上補齊了我國古代正史中的《地理志》一章，使自漢至清一直貫穿下來，形成我國古代地理學中獨特的正史地理誌著作體系。