在清律中，刑法是重要組成部分，它集歷代刑法的大成，但有其明顯的特點。
犯上罪是反對封建專制統治的行為，被認為是“法不容寬”的罪行，一律加重處刑。凡謀反、謀大逆，不分首從，皆凌遲處死。同時，還擴大謀反罪的適用範圍，凡上書奏事犯諱、奏疏不當，以反逆論罪。乾隆年間連異姓人訂盟結拜兄弟也要按謀叛律治罪。順治年間嚴禁“盟社”，違者治罪。清律還規定凡觸犯皇帝尊嚴，蔑視皇帝權威，構成大不敬罪。不依藥方為皇帝“合和禦藥”，造御膳誤犯食禁，御用車輿服飾保管不善，製造御用舟船不符標準等，都要以危害皇帝安全罪，處杖刑和徒刑。清律中沿用明律中的“奸黨”罪規定，嚴禁內外官交結朋黨。一經發現查獲，本人處斬，妻流2000裡。這是為防備八旗諸王與地方官勾結，威脅皇權所作的規定。
乾隆二十六年(公元1761年)首次規定這個罪。凡是濱海或沿江行劫客船者，為江洋大盜，只要得財，不論首從，皆擬斬決。到嘉慶、道光年間，對江洋大盜防範更嚴，處刑更重，一經查獲，立斬梟示，如拒捕殺人者，凌遲處死。此外，清律對強盜罪處罰也十分嚴厲，凡已實施犯罪並未得財者，杖100，流3000裡，得財者不論首從，皆斬。對竊盜、侵占田產等侵犯財產的犯罪，處刑都比較重。
清嘉慶朝以後走下坡路，農民起義興起，他們利用宗教形式組織群眾，進行反抗。清律設這個罪名，顯然是針對起義的農民。嘉慶六年(公元1801年)條例規定，凡傳習白陽、白蓮、八卦等邪教的為首者處絞刑。
雍正七年(公元1729年)清政府第一次頒布了禁煙令。後來在嘉慶年間先後頒布10餘道有關禁煙的法令，主要規定了吸食鴉片的罪名和罰則。道光十九年(公元1839年)頒布了《嚴禁鴉片煙草章程》39條，規定販賣、吸食鴉片煙者，處杖刑；私開鴉片煙館引誘良家子弟吸食者，處絞刑，從犯杖100，流3000裡；船戶、地保杖100，徒二年；失職的地方官交部嚴加議處。然而，由於清政府上下官吏多捲入吸毒行列，加上西方資本主義國家政府支持國際販毒集團向中國傾銷鴉片，造成“法愈嚴而販毒者愈多，吸食者越眾”的狀況。鴉片戰爭失敗後，上述禁煙之法也成了廢紙。
清代的刑罰制度沿用笞、杖、徒、流、死五種法定刑罰。另外，創設了“發遣”，即將罪犯發往邊疆地區，為駐防官兵充當奴隸。類似明律中的“充軍”刑，但比充軍刑重。林則徐就曾被道光皇帝“發遣”到新疆。在死刑中除斬、絞之外，還設有凌遲、梟首、戮屍等殘酷刑罰。隨著司法鎮壓的加強，清代擴大了斬、絞刑的適用範圍，在同治九年(公元1870年)最後修訂的《大清律》，有關絞斬的律例723條，適用斬、絞的罪名有1000個以上。這充分暴露了清朝統治者的暴虐和對人民反抗的殘酷鎮壓。此外，清朝的貴族官僚之家普遍採用私刑，甚至把奴僕打死也不犯罪。雍正在上諭中說：“凡旗下奴僕違犯教令，家主依法決罰致死及過失殺者，仍照例不論。”從而肯定了私刑的合法性。
懲罰“異端”思想，大興文字獄，是清律和清代法制的重要特點。清代推行文化高壓政策，懲治所謂“異端”思想，即以反對封建專制主義為主要內容的啟蒙民主主義思潮和具有民族意識的社會輿論，突出表現在大興“文字獄”。
康熙年間，莊廷〔LONG龍〕從明朝宰相朱國禎的後人那裡，買得一部《明史》中的《列朝諸臣傳》尚未刊行的稿本，連同他自己所補寫的崇禎歷史，刊刻發行。書中稱努爾哈赤為建州都督，不寫清帝年號，而寫南明年號。此書被歸安知縣吳之榮告發。當時，莊廷已死，清朝下令開棺戮屍，其兄弟、子侄及刻書者、讀書者、保存該書者70餘人，全部處死。
乾隆時的文字獄達到頂峰，次數多，處刑殘酷。例如，公元1755年，胡中藻在《堅磨生詩鈔》中有“一把心腸論濁清”、“與一世爭在醜夷”、“斯文欲被蠻”等句，被指責為在“清”的國號上加“濁”字，有夷、蠻等字樣，犯了詆罵滿人的罪行。胡中藻因此被處死。又如，乾隆四十三年(公元1778年)徐述夔寫的《一柱樓詩》中，有“大明天子重相見，且把壺兒擱半邊”，“明朝期振翩，一舉去清都”等句，徐和兒子被戮屍，孫及校對人被處死。此外，著名詩人沈德潛，因他的《詠黑牡丹》一詩中有“奪朱非正色，異種也稱王”的句子，也被剖棺戮屍。從馮王孫所著《五經簡詠》一書中，找出“飛龍大小見，亢悔更何年”；從石單槐所著《茶園詩鈔》中找出“大道日以沒，誰與相維持”；從祝庭舒所著《續三字經》中，找出“發被左，衣冠更。難華夏，遍地僧”等語，說他們反清復明，分別被戮屍、凌遲處死，子孫坐斬，家屬發遣為奴。康熙、雍正、乾隆三朝的文字獄有百餘起之多，以“莫須有”的罪名橫加殺戮，株連之廣，懲罰之嚴，是歷史上少見的。
文字獄是清朝統治者挑剔文字過錯興起的大獄，是專門對付文人的“特刑庭”，是統治者進行政治鎮壓、箝制思想，鞏固其獨裁統治的手段。文字獄造成了政治局面和學術思想沉寂窒息，加深人民的不滿，這是清王朝衰落和滅亡的一個重要原因。