9世紀中葉至12世紀初葉，在中國西境存在著一個史稱“哈拉汗國”的少數民族地方王朝。其疆域在鼎盛時期包括現在中國新疆的大部、吉爾吉斯斯坦、塔吉克斯坦及哈薩克斯坦和烏茲別克斯坦的一部分。哈拉汗王朝的貴族是西遷的回鶻汗國的貴族。唐開成四年(公元839年)，回鶻汗國崩潰。龐特勤率15部“西奔葛邏祿”(游牧地在金山西，巴爾喀什湖南)。這就是蔥嶺西回鶻。不久，他們反客為主，壓倒葛邏祿部，建立了“哈拉汗王朝”。中國史籍稱其為“黑汗”或“黑韓”王朝。 “哈拉”有“黑”之意。哈拉汗王朝的始祖是毗伽闕·卡迪爾汗。他極有可能就是龐特勤。初期建都於八剌沙袞(今吉爾吉斯斯坦托克馬克城附近)。蘇圖克(死於公元955年)統治時把王朝政治中心移往喀什噶爾。
回鶻人的宗教是薩滿教和摩尼教，而哈拉汗王朝的臣民絕大多數信仰伊斯蘭教是在哈拉漢王朝統治者改宗之後的事情。最早改宗的統治者是蘇圖克·布格拉汗(公駝汗)。他在位45年，死後葬於阿圖什，其陵墓至今猶存。這就是蘇丹·蘇圖克麻札(陵墓)。蘇圖克死後，其長子穆薩·阿布杜勒·克里木在喀什噶爾繼位，稱阿爾斯蘭汗(獅子汗)。公元960年有20萬帳突厥人皈依伊斯蘭教。就在這一年穆薩宣布伊斯蘭教為哈拉汗王朝的國教。
眾所周知，西域是佛教的第二故鄉。哈拉汗王朝伊斯蘭化以後，于闐便成為兩種宗教(以及以宗教為背景的文化)交鋒的前沿陣地。誰勝誰負不僅關係著這一地區的歷史發展，而且關係著這一地區人民精神生活的方向。約在宋大中祥符二年(公元1009年)，于闐被哈拉汗王朝征服，並且逐漸改宗伊斯蘭教。在征服于闐以後，中國西部這塊土地上的宗教地圖發生了變化。在天山南麓，伊斯蘭教沿著塔里木盆地南緣繼續向東挺進；在塔里木盆地北緣，阿克蘇、庫車等地的伊斯蘭化最遲也在哈拉汗朝後期完成。在天山北麓，13世紀初，昌吉以東是佛教的天下，以西是伊斯蘭教的世界。
哈拉汗王朝修建了許多清真寺和經學院。穆罕默德·阿爾斯蘭汗於1121年在撒馬爾罕建造的大清真寺非常有名。它以高大的拱門、中央拱頂、高聳的圓塔為特色，是哈拉汗王朝寺院建築的典型代表。此外還有1119年修建的布哈拉清真寺，1127年修建的卡梁清真高塔。這一時期興建的清真寺，主體建築多為中央拱頂，附以木柱迴廊的內院。喀什噶爾的哈拉克麥地納斯經學院是哈拉汗王朝最高學府，由一方形院落組成。遺址至今保存完好。它是由蘇圖克之子穆薩修建的。哈拉汗王朝修造“麻札”始於蘇圖克。喀什烏帕爾鎮有哈拉汗王朝著名學者、《突厥語大詞典》作者馬赫穆德·喀什噶裡的麻札。哈拉汗王朝著名作家、《福樂智慧》作者優素甫的麻札也在喀什。在庫車有默拉納額什丁的麻札。據說此人於13世紀初來庫車傳教。
遼宗室耶律大石在遼國滅亡時開始西征，1124年在起兒漫(今烏茲別克斯坦布哈拉附近)稱帝，後定都虎思斡耳朵(巴拉沙袞)。耶律大石建立的這個王朝，史學家一直視為契丹遼國皇統的延續，因此稱其為“西遼”。非漢文史籍稱其為“哈拉契丹”。西遼轄地包括整個哈拉汗王朝的疆域。
西遼境內的宗教主要有伊斯蘭教、佛教和景教(基督教的一派)。穆斯林最多，所佔地域最廣，勢力最大。西遼皇族與哈拉汗王朝貴族不同，一直沒有改宗伊斯蘭教，是佛教信徒。耶律大石在征服塔里木盆地以南地區的時候，曾毀壞了一些清真寺，並強制穆斯林改變信仰。但不久西遼統治者就開始調整宗教政策，允許伊斯蘭教的存在與發展，保留其一些宗教特權，籠絡其上層人物。例如教職人士可以徵收宗教稅，可以按照伊斯蘭教法處理部分民事案件。這種寬容政策取得了預期的效果，伊斯蘭教承認了西遼的統治。 1211年屈出律篡位，放棄了宗教多元化政策，對伊斯蘭教採取取消的作法。它嚴重地損害了穆斯林的感情，進一步加劇了社會動盪。如果占人口大多數的穆斯林把西遼王朝視為異己力量，那麼，這個政權的滅亡就指日可待了。當成吉思汗派大將哲別打著“信教自由”的旗幟征討西遼的時候，那裡穆斯林的心已傾向了漠北升起的這顆新星。