這兩部石經時代相近，而且都沒有唐、蜀兩石經那樣齊全。北宋九經，南宋七經，都不是12經或13經。
通稱“嘉祐石經”。宋仁宗慶曆元年(公元1041年)始刻，仁宗嘉祐六年(公元1061年)完成，歷時20年。北宋刻石經時，蜀石經尚未刻完原計劃中的經文，宋人也尚未補刻《孟子》。宋仁宗皇祐元年(公元1049年)，蜀石經刻完《春秋》三傳，12年之後宋石經才刻完。
宋代正式升《孟子》於經書，所以北宋石經刻《周易》、《毛詩》、《尚書》、《周禮》、《禮記》、《春秋》、《孝經》、、《孟子》九種經書(宋人稱“九經”)，立在開封國子監。因此，北宋石經又稱“汴學石經”或“開封府石經”。
書丹者有楊南仲、趙克繼、張次立等。書體為篆、隸兩體，所以也有稱“二體石經”或“二字石經”的。
這部石經在宋中葉的戰亂中已殘，到元末盡毀。近代曾有《周易》、《尚書》、《周禮》、《禮記》、《孝經》的少量殘石出土。
通稱“紹興御書石經”，也稱“宋高宗御書石經”。始刻於南宋高宗紹興五年(公元1135年)，至宋孝宗淳熙四年(公元1177年)完成。立於臨安(今杭州)太學，所以也稱“臨安石經”或“宋太學御書石經”。孝宗淳熙四年特地建石經閣，閣下置石經，閣上藏拓本，閣名“光堯”，所以南宋石經也稱“光堯石經”。
這部石經初刻《周易》、《毛詩》、《尚書》、《春秋左氏傳》、、《孟子》六種，後來又增刻《禮記》中的《大學》、《中庸》、《學記》、《儒行》、《經解》這五篇文章，總共七種經書。南宋石經大多是宋高宗的手筆，間或有少數是憲聖皇后吳氏的墨跡。
據記載，南宋高宗喜歡寫字。他經常寫經送給大臣，據宋人王應麟《玉海》記述，高宗曾對大臣們說：“學寫字不如便寫經書。不惟可以寫字，又得經書不忘。”又據宋人葉紹翁《四朝聞見錄》說：
高宗御書六經，嘗以賜國子監及石本於州庠。上親禦翰墨，稍倦，即命憲聖皇后續書，至今莫能辨。
南宋石經字體，《易》、《詩》、、《左傳》和《禮記》中五篇文章為楷書，、《孟子》為行書。
碑石數目未詳。宋亡以後多有殘毀。至今杭州西湖書院尚存80餘碑。