《內經》中已經有了關於人體生理活動呈現節律性週期性變化的概念。 2000多年前，人們已經意識到人體的生理活動與自然界的晝夜週期變化有著密切的關係。 《素問·金匱真言論》說：在自然界裡是陰中有陰、陽中有陽。從早晨到中午(6—12時)這段時間裡，自然界中的陽氣是陽中之陽，從中午到黃昏(12—18時)這段時間裡，自然界中的陽氣是陽中之陰。從黃昏到雞鳴(18—24時)這段時間裡，自然界中的陰氣是陰中之陰。從雞鳴到平旦(0—6時)這段時間裡，自然界中的陰氣是陰中之陽。自然界中的陰陽之氣是這樣的，人體內的陰陽之氣也是這樣的。這種週期性的陰陽節律變化觀念，頗類現代的“近似晝夜節律”(日鐘)。 《內經》具體談到了人體的這種節律。 《素問·生氣通天論》中說：人體的陽氣，一天裡都是屬於外部的。天曉時，人的陽氣開始生髮，到中午時，陽氣最旺盛；到了日落時陽氣衰退，氣門也就隨著關閉了。在中醫學中，“衛氣”具有營養溫煦機體、抗禦外邪的作用。 《內經》已經認識到“衛氣”在體內的運行和作用，與人的睡著和醒來這種週期性節律有著密切的關係。 《靈樞經·衛氣》說：陽在白天，陰在夜間，所以衛氣的運行和天體環週一樣地有規律。在一日一夜中要循行全身50週次。白天在陽分行25週次，夜間在陰分行25週次。 《靈樞經·大惑論》中又說：衛氣循環運行周身的順序是經常在白晝行於陽分，夜間則行於陰分。所以夜間陽氣逐漸衰盡的時候，就要睡眠；陰氣逐漸衰盡的時候，就會醒來。這裡明確指出“衛氣”運行有“晝夜節律”，這是很正確的。現代醫學認為白天醒時交感神經興奮，佔優勢，基礎代謝旺盛；相反，夜間睡眠時副交感神經興奮佔優勢，基礎代謝相對降低。
不僅這樣，《內經》還指出：人體在生病時，其徵兆的輕重，也會呈現“晝夜節律”的變化。 《靈樞經·順氣一日分四時》中說：各種疾病的變化，常常是早晨覺得清爽些，白晝較為安靜；而到傍晚則病勢加重，夜裡更為嚴重。這是什麼緣故呢？答案是：這是四時變化造成的。春生、夏長、秋收、冬藏，這是一年四季氣候的正常狀況。人體生理和它是相應的。以一日分為四時，早晨是春天，中午是夏天，傍晚是秋天，夜半是冬天。早晨人體正氣開始活躍，病邪暫時衰退，所以感到清爽些。到中午，人體正氣趨於旺盛，以正克邪，病邪愈趨衰亡，所以感到平靜。到午夜人體正氣已經入臟，邪氣在體內佔絕對優勢，所以病勢就更趨於嚴重。 《內經》關於人體生理晝夜節律的認識，都是從大量實踐中總結出來的，是有一定科學根據的。
除“晝夜節律”以外，《內經》中還有關於“潮汐節律”、“周月節律”以及“週年節律”的記述，也很值得研究。